View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5939_low_1 (Length: 690)

Name: NF5939_low_1
Description: NF5939
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5939_low_1
NF5939_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (43-681)||(16421951-16422608)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 487; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 681
Target Start/End: Original strand, 16421951 - 16422608
Alignment:
Q  43 attgagatggctgtagaaaagaaaaatgggaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttgggagtttttacaagatgttggaagatgcatagatga 142  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16421951 attgagatggttgtagaaaagaaaaatggaaaagtctattttgcaaaagtatgggaagttcttgggagtttttacaagatattggaagatgcataaatga 16422050  T
Q  143 ccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgagcttcgcaacatgcatggacaagaattgatatatcctcaattcatccctcctcagcgaatttt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16422051 ccttggtgtatgtcaatagtcacattttcctatttgaggttcgcaacatgcatggacaagaactgatgtatcctcaattcatcactcctcagcgaatttt 16422150  T
Q  243 actacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagattatcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaa 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422151 actacaagaacataatgcacaagactaccgaaattcattctttcggtatggatcaaatgcagattatcttcccacaaagttcactcatctacttgcgaaa 16422250  T
Q  343 gagttgacttaagctgatgtcacttctggaagattggtaactttagatatagnnnnnnnagtatttggtgttaatgcggtgttgtttacatttacttatg 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422251 gagttgacttaagttgatgtcacttctggaagattggtaactttagatatagtttttttagtatttggtattaatgcggtgttgtttacatttacttatg 16422350  T
Q  443 tttcttcaatgttcacataaattggactgcctagaattttgtcaagctgtgttaccagctgaacgcaatgaggtgaccgtggttgactaccttggataca 542  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16422351 tttcttcaatgttcacataatttggactggctaggattttgtcaagttctgttaccagctgaacgcaatgaggtgaccgtggttgactaccttggataca 16422450  T
Q  543 catggaagttactcatagatttctgccatgacgatggtctgtcttgc-------------------aagcactggctaagccacgcaaatttacttcagg 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16422451 catggaagttactcatagatttctgccatgacgatggtctgtcttgcatttttactggccagtggaaagctctggctgagccacgcaaatttacttcagg 16422550  T
Q  624 gcaagttatcaagtttggtgttaccggaaaagctaacaacatggttatttacctttgc 681  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16422551 gcaggttatcaagttgggtgttaccagagaagctaacaacagggttatttacctttgc 16422608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University