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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5942-Insertion-2 (Length: 960)
Name: NF5942-Insertion-2
Description: NF5942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5942-Insertion-2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 9698314 - 9697475
Alignment:
| Q |
8 |
aataataataaataatggggccaaaattgatgtgtttagctggtttatgattataagatgaaccataagttatattttgttatgtgttgctgacagaaaa |
107 |
Q |
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| T |
9698314 |
aataataataaataatggggccaaaattgatgtgtttagctggtttatgattataagatgaaccataagttatattttgttatgtgttgctgacagaaaa |
9698215 |
T |
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| Q |
108 |
ataaacttgttgtaatgtttattttttaatgaaacttatatagtactttattgtaatgttatatttgttttttcttacatataatttgtgttaagaagac |
207 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
9698214 |
ataaacttattgtaatgtttattttttaatgaaacttatatagtactttattgtaatgttatatttgttttttcttacatataatttgtgttaagaagac |
9698115 |
T |
|
| Q |
208 |
agaaatgagaagagtatacttcttctcacatatgacagcaataaactagggtgaacctcgttgatgtcaaataatacagaagtgatctttgtaggagacg |
307 |
Q |
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| T |
9698114 |
agaaatgagaagagtatacttcttctcacatatgacagcaataacctagtgtgaacctcgttgatgtcaaataatacagaagtgatctttgtaggagacg |
9698015 |
T |
|
| Q |
308 |
ttgatgtgttgtgaaagaaatatagtacttgatgcctaagtcaatgttttgataatgtatatgaagttttgtcaagaatgaatgtgtaca------tata |
401 |
Q |
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| T |
9698014 |
ttga--tgttgtgaaagaaatatagtacttgatgcctaagtcaatgttttgataatgtatatgaagttttgtcaagaatgaatgtgtacatataactata |
9697917 |
T |
|
| Q |
402 |
agagattctatcctagaagttcatctttaggatcaaagttctaggtcagtatagtttttataaaatcatggtggcttgtttgctataattttgtcaaaac |
501 |
Q |
| |
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| T |
9697916 |
agagattctatcctagaagttcatctttgggatcaaagttctaggtcagtatagtttttataaaatcatggtggcttgtttgctataattttgtcaaaac |
9697817 |
T |
|
| Q |
502 |
tcaatgcaaatacaaacaa---aactcgtttttcatattcattgaatgattagttattccatgaatatgaaaaatgcatctttctttatatttgagacta |
598 |
Q |
| |
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| T |
9697816 |
tcaatgcaaatataaacaaattaactcgtttttcatattcattgaatgatgagttattccatgaatatgaaaaatgcatctttctttatacttgggacta |
9697717 |
T |
|
| Q |
599 |
aagggagtatcaaacaagcacaaatta-tttataaacaatgaatttagaatgatagatacttcaatataacctatgaagtttggatactctaaataagga |
697 |
Q |
| |
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| T |
9697716 |
aagggagtatcaaacaagcacaaattattttataaacaatgaatttggaatgatagatacttcaatataacctacgaagtttggatactctaaataagga |
9697617 |
T |
|
| Q |
698 |
gacgtacccatataagttacatattggagttcgataatccacagatacataccacgaagtattgaaattaacttttaatttttnnnnnnntattttaata |
797 |
Q |
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| T |
9697616 |
gacgtacccatataa--tacgtattggatatcgataatccgcagatacataccacgaagtattgaaattaacttttaattttttaaaaaatattttgata |
9697519 |
T |
|
| Q |
798 |
tttcactaatacagacatatacttataagatactttatatatat |
841 |
Q |
| |
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| T |
9697518 |
tttcactaatacacacatatacttataagatactttatatatat |
9697475 |
T |
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Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 812 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 12848598 - 12848558
Alignment:
| Q |
812 |
acatatacttataagatactttatatatatgtatcttagaa |
852 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |
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| T |
12848598 |
acatatacttataagatactttacatatacgtatcttagaa |
12848558 |
T |
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