View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5943-Insertion-1 (Length: 979)

Name: NF5943-Insertion-1
Description: NF5943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5943-Insertion-1
NF5943-Insertion-1
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (7-979)||(48655849-48656821)
chr1 (292-858)||(48666540-48667112)
chr1 (292-964)||(48660848-48661517)
chr1 (556-978)||(48628183-48628605)
chr1 (122-589)||(48652791-48653258)
chr1 (122-589)||(48618197-48618664)
chr1 (122-603)||(11546888-11547369)
chr1 (642-964)||(48652392-48652714)
chr1 (650-977)||(48618749-48619076)
chr1 (306-852)||(48584729-48585278)
chr1 (102-511)||(48628612-48629024)
chr1 (642-863)||(11546604-11546825)
chr1 (291-394)||(48639763-48639866)
chr1 (917-963)||(48666441-48666488)
chr1 (891-963)||(48584615-48584689)
chr1 (102-188)||(48667219-48667305)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (12-584)||(19665443-19666015)
chr3 (642-964)||(19666097-19666419)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (106-590)||(27227837-27228321)
chr8 (623-866)||(27227525-27227768)
chr8 (642-861)||(27223339-27223558)
chr8 (100-603)||(27223633-27224136)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (124-174)||(44044611-44044661)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 920; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 920; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 979
Target Start/End: Complemental strand, 48656821 - 48655849
Alignment:
Q  7 caccaatttcttgcatcataaacaacattttcatttcatgggtttgtgatgtagccacagaacacaaaattccttttgctattttgtttaatgaatctag 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656821 caccaatttcttgcatcataaacaacattttcatttcatgggtttgtgatgtagccacagaacacaaaattccttttgctattttgtttaatgaatctag 48656722  T
Q  107 tgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtcctt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656721 tgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtcctt 48656622  T
Q  207 aaacacagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgt 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656621 aaacacagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgt 48656522  T
Q  307 gtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656521 gtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcaatcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaa 48656422  T
Q  407 cccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656421 cccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagactgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtg 48656322  T
Q  507 gtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacatttttatgggcaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656321 gtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacatttttatgggcaa 48656222  T
Q  607 agaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatcc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656221 agaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatcc 48656122  T
Q  707 ttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaa 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48656121 ttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaa 48656022  T
Q  807 cctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggattagattgggttatagtggagctgaaaacagattgattaaccaagagatgagatgaa 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||    
T  48656021 cctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggattagattgggttatagtggagctgaaaacagattgat--aacaagagatgaggtgaa 48655924  T
Q  907 gaagtgcttg-tggaagctacaacaggggaaaaagcaga-gagttgaagaaaaatgcaattcagtgggagaaggc 979  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  48655923 gaagtgcttgttggaagctacaacaggggaaaaagcagaggagttgaagaaaaatgcaatcaagtggaagaaggc 48655849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 292 - 858
Target Start/End: Complemental strand, 48667112 - 48666540
Alignment:
Q  292 tgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattgg 391  Q
    |||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||  ||||    
T  48667112 tgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttcggaaaaatcaatcgccataagacccgttgg 48667013  T
Q  392 tccggtgttcaacaacccaaacataataggtgcaagtaa---tattcgtcgtgattttgttaaga---atgatgattctactattatagagtggctaaac 485  Q
    |||  |||| || || |||||   ||  || ||||| ||   ||| | | |||||||   |||||   ||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  48667012 tcctttgtttaaaaatccaaaggcaaacggagcaagcaacaatatacttggtgatttcactaagagcaatgatgattgtaatattatagagtggctaaac 48666913  T
Q  486 tcaaagccaaaaggttctgtggtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctc 585  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  48666912 acaaagccaaaaggttctgtggtttatatttcttttggtactgttgtgtatcttcctcaagaactagtgtatgaaatagcatatgggttattggattctc 48666813  T
Q  586 aagtcacatttttatgggcaaagaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccaca 685  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  48666812 aagtcacatttttgtgggcaaagaaacaacatgatgatttgccgtatggattcttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaattggagtccaca 48666713  T
Q  686 agaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaaca 785  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | || ||| ||||| ||| |||||||||| |||| |||    
T  48666712 agaacaagtattggctcatccatcagtggcatgtttcataacacattgtggttggaactcatcaatggaagcacttactttaggagttccaatgttgaca 48666613  T
Q  786 tttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggattagattgg 858  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||    
T  48666612 tttccaacatttggtgaccaacttacaaacgcaaagttcttggttgatgtttatggggttgggattagattgg 48666540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 292 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 48661517 - 48660848
Alignment:
Q  292 tgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattgg 391  Q
    |||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||  |||| ||| ||| ||||||||   ||||    
T  48661517 tgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagacatgttgg 48661418  T
Q  392 tccggtgttcaacaacccaaacataataggtgcaagtaa---tattcgtcgtgattttgttaaga---atgatgattctactattatagagtggctaaac 485  Q
    |||  |||| || || |||||   ||  || ||||| ||   || || | |||||||   |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48661417 tcctttgtttaagaatccaaaggcaaatggagcaagcaacaatactcttggtgatttcactaagagtaatgatgattctactattatagagtggctaaac 48661318  T
Q  486 tcaaagccaaaaggttctgtggtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctc 585  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| | | | ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48661317 acaaagccaaaaggttctgtagtttatatttcttttgggactattgtgaatcatactcaagaacaagttaacgaaattgcatatgggttattgaattctc 48661218  T
Q  586 aagtcacatttttatgggcaaagaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccaca 685  Q
    ||||| | ||||| |||| |   ||| | |||| |   || ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48661217 aagtctcgtttttgtgggtattaaaacaacatgtt---ttccccgatggcttcttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccaca 48661121  T
Q  686 agaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaaca 785  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || ||| |||||||||| |||| |||    
T  48661120 agaacaagtacttgctcattcttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcatcgatggaagcaattactttaggagttccaatgttgaca 48661021  T
Q  786 tttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggattagattgggttatagtggagctgaaaacagattga 885  Q
    ||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||||      | ||| || | | ||     
T  48661020 tttcctgcatttggtgaccaacttacaaacgcaaagttcttggtcgatgtttttggggctgggattagattgggttat------ggtgataagaaactgg 48660927  T
Q  886 ttaaccaagagatgagatgaagaagtgctt-gtggaagctacaacaggggaaaaagcagaga-gttgaagaaaaatgcaat 964  Q
    |  | ||||||||||| |||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||    
T  48660926 t--aacaagagatgaggtgaagaagtgcttattggaagcaataacaggggaaaaagcagagaggttgaaacaaaatgcaat 48660848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 556 - 978
Target Start/End: Complemental strand, 48628605 - 48628183
Alignment:
Q  556 atgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacatttttatgggcaaagaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgg 655  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||| || ||| | |||||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||     
T  48628605 atgaaattgcatttgggttattaaattctaaagtcaaatttttgtgggcgaaaaaacaccatgatcatttgcctgatgggttcttggaggaaacaagtga 48628506  T
Q  656 gagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaa 755  Q
    | |||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| |||    
T  48628505 gtgaggaaaagtggtgaagtggagtccacaagaggaagtacttgatcatccttcggtggcatgtttcgtgacacattgtggctggaattcaacgatggaa 48628406  T
Q  756 tcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggattagat 855  Q
     || ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48628405 gcaattgcttcaggagttccagtgttggcatttccagcatttggtgaccaccttacaaatgcaaagtttttgatagatgtttttggtgtagggattagat 48628306  T
Q  856 tgggttatagtggagctgaaaacagattgattaaccaagagatgagatgaagaagtgctt-gtggaagctacaacaggggaaaaagcaga-gagttgaag 953  Q
    |||||||||||      |||||||  ||| |  | ||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48628305 tgggttatagtcttatggaaaacaagttggt--aacaagagatgaggtgaagaagtgcttattggaagcaacaacaggggaaaaagcagaggagttgaag 48628208  T
Q  954 aaaaatgcaattcagtgggagaagg 978  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||    
T  48628207 aaaaatgcaatgaagtggaagaagg 48628183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 122 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 48653258 - 48652791
Alignment:
Q  122 ttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtccttaaacacagtgaaatt 221  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| | ||||||     
T  48653258 ttactacaactatttccacaaactggtacgtttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttcaattaccttttgtagttcttaaacataatgaaatc 48653159  T
Q  222 cctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggata 321  Q
    || | | |||||||||||| || ||||| ||  |   | ||  ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || || || |    
T  48653158 ccagattttctgcatccttttagtacatttctatcatttgggacactcgtcttagaacaaattaagaatttatctaaagtattttgtgttttagtagaaa 48653059  T
Q  322 cctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaacccaaacataatagg 421  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||  | || ||| || |||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||| | |||    
T  48653058 cctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaacaaatcaatcctcataagacccattggtccattgtttaacaactcaaacattaaagg 48652959  T
Q  422 tgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtggtttatgtttccttt 521  Q
    |||||  ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  48652958 tgcaaacaatatccgtggtgattttgttaagagtgatgattgtaatattatagagtggctaaactcaaagacaaaaggttctgtggtttatatttctttt 48652859  T
Q  522 gggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagt 589  Q
    || ||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  48652858 ggtactgttgtgtaccttcctcaagaacaagtgaatgaaatagcatatgggttattggattctcaagt 48652791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 122 - 589
Target Start/End: Original strand, 48618197 - 48618664
Alignment:
Q  122 ttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtccttaaacacagtgaaatt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |  ||| |||||| ||| ||||||     
T  48618197 ttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcacaaacagaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagttcttaaatacaatgaaatc 48618296  T
Q  222 cctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggata 321  Q
    || | | |||| ||||||| || |  || ||| ||||||||  ||||||| |||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||||| || || || |    
T  48618297 ccagattttcttcatccttttagtcaatttccatttctagggacactcatcttagaacagtttaagaatttgtctaaagtattttgtgttttagtagaaa 48618396  T
Q  322 cctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaacccaaacataatagg 421  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||  ||||  || |  || ||||||| ||||||||  ||||  |||| ||||| || | |||    
T  48618397 cctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaaaaaaacaattttcgtaagacccattggtccattgtttcacaatccaaatattaaagg 48618496  T
Q  422 tgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtggtttatgtttccttt 521  Q
    |||||  ||||||||| | ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  48618497 tgcaaaaaatattcgtggagattttgttaagagtgatgattgtaatattatagagtggctaagcacaaagccaaaaggttctgtggtttatatttctttt 48618596  T
Q  522 gggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagt 589  Q
    ||| |||||||| |  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48618597 gggtctattgtgtacattccacaagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattggattctcaagt 48618664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 122 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 11547369 - 11546888
Alignment:
Q  122 ttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtccttaaacacagtgaaatt 221  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||   ||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |  |||||||||| ||| ||||||     
T  11547369 ttactataactatttcaacaaactggtacattttcctttggaaaaagaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagtccttaaatacaatgaaatc 11547270  T
Q  222 cctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggata 321  Q
    || | | |||| ||||||| || | ||||||| ||||||||  ||||||| |||| |||  |||||||||| |||||||  || ||||| || || || |    
T  11547269 ccagattttcttcatccttttagtccatatccatttctagggacactcatcttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgttttagtagaaa 11547170  T
Q  322 cctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaacccaaacataatagg 421  Q
    |||||||||||||||| | |||||| || || |||||| |  |||| ||  ||  ||||||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||    
T  11547169 cctatgaagaactagaacatgatttcattgactatattacaaaaaaatccatccacataagacctattggtccattgtttaaaaatccaaatattaaagg 11547070  T
Q  422 tgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtggtttatgtttccttt 521  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||| |||    
T  11547069 tgcaagtaatattcgtggagattttgttaagagtgatgattgtaatattatagagtggctaaacacaaagccaaaagattctgtggtttatatttctttt 11546970  T
Q  522 gggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacatttttatggg 603  Q
    |||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||  ||||||| ||||    
T  11546969 gggactattgtgtaccttccacaagaacaagtgaatgaaatagcatatgggttattagattctcaagtatcatttttgtggg 11546888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 150; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 642 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 48652714 - 48652392
Alignment:
Q  642 gaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttgga 741  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  48652714 gaggaaacaagtgagagaggaaaagttgtaaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgcttcataacacattgtggttgga 48652615  T
Q  742 attcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttgg 841  Q
    ||||| | || ||| ||||| |||  ||||||||| |||| |||||||||| ||  ||||| |||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48652614 attcatcaatggaagcactttctttgggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaaattcttggtagatgtttttgg 48652515  T
Q  842 tgtagggattagattgggttatagtggagctgaaaacagattgattaaccaagagatgagatgaagaagtgcttg-tggaagctacaacaggggaaaaag 940  Q
     ||||||||||| ||||||||||||   |||||||| | |||| | |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |   | ||||||||||    
T  48652514 agtagggattaggttgggttatagtcatgctgaaaataaattggtga--caagagatgaggtgaagaagtgcttgttggaagcaatggctggggaaaaag 48652417  T
Q  941 caga-gagttgaagaaaaatgcaat 964  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  48652416 cagaggagttgaagaaaaatgcaat 48652392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 650 - 977
Target Start/End: Original strand, 48618749 - 48619076
Alignment:
Q  650 aagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacg 749  Q
    ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |     
T  48618749 aagtgagagaggaaaagtggtgaactggagtccacaagaagaagtacttgctcatccttcagtggcatgcttcataacacattgtggttggaattcatca 48618848  T
Q  750 attgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtaggga 849  Q
    || ||| ||||| |||  ||||||||| |||| |||||||||| ||  ||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48618849 atggaagcactttctttgggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtaggga 48618948  T
Q  850 ttagattgggttatagtggagctgaaaacagattgattaaccaagagatgagatgaagaagtgctt-gtggaagctacaacaggggaaaaagcaga-gag 947  Q
    |||||||||||||| ||     |||||| | ||| | ||| ||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48618949 ttagattgggttatggtatgattgaaaataaatt-agtaa-caagagatgaggtgaaaaagtgtttattggaagctacaacaggggaaaaagcagaggag 48619046  T
Q  948 ttgaagaaaaatgcaattcagtgggagaag 977  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  48619047 ttgaagaaaaatgcaatgaagtggaagaag 48619076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 306 - 852
Target Start/End: Complemental strand, 48585278 - 48584729
Alignment:
Q  306 tgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaaca 405  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||| |||| ||| ||  ||||||| |  |||||||    || || |    
T  48585278 tgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatatttcgaaaaaatcaatccccataagaactgttggtccttcatttaaaa 48585179  T
Q  406 acccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaaga---atgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttc 502  Q
    | |||||   || ||| ||||| || |||| | ||||||| |  ||||   ||||||||  ||  || |||||||||||| || |||||||||||| |||    
T  48585178 atccaaatgcaaaaggagcaagcaacattcatggtgatttcgccaagagcaatgatgatgataaaatcatagagtggctagacacaaagccaaaagattc 48585079  T
Q  503 tgtggtttatgtttcctttgggactattgtgcaact-tcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacatttttatg 601  Q
     || ||||| || || || |||||| | ||  |||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||    
T  48585078 cgtagtttacgtctctttcgggactctagta-aactatcctcaagaacaaatgaatgaaattgtatacgggttattgaattctcaagtctcgtttttgtg 48584980  T
Q  602 ggcaaagaaaaagcatgatgatttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgct 701  Q
    | ||   |  || | || || ||||||| |||  |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||| | ||||||||||||| | | |||||||||    
T  48584979 gtcattaagcaatcctggtgttttgcctgatgattttttggaggaaacaaatgagagagggaaagtggtggagtggagtccacaagtagatgtacttgct 48584880  T
Q  702 catccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtg 801  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| | ||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||  |   ||||    
T  48584879 catccttcagttgcatgtttcataacacattgtggttggaattcatcaattgaagctctttctttaggagttcctgtgttgacatttccatcaagaggtg 48584780  T
Q  802 accaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttggtgtagggatta 852  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  48584779 accaacttacaaatgcaaaattcttggttgatgtttttggggtaggaatta 48584729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 102 - 511
Target Start/End: Complemental strand, 48629024 - 48628612
Alignment:
Q  102 tctagtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtag 201  Q
    ||||||||||||||| |   ||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||    
T  48629024 tctagtgctgttttcgccacttactataactatgtccacaaacttgtaccttttccttcagaaacagaaccttatattgatgttcatttgccttttatag 48628925  T
Q  202 tccttaaacacagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagc 301  Q
    |||||||| ||| |||||| || | | |    ||||||| |||| | |||||  |||||||  |||||||      ||| || || || ||||| |||      
T  48628924 tccttaaatacaatgaaatcccagatttaacacatccttttaatccctatccaattctagggacactcatcacgtcacatatgaataacttgtccaaaat 48628825  T
Q  302 attgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttc 401  Q
    ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||  |||| |||||| |||| ||||| ||||||||  |||||    
T  48628824 attttgtgtattagcggatacctatgaagaactagagcatgatttcatcgattatctttccaaaaaatcagtcctcattagacccattggtcctctgttc 48628725  T
Q  402 aacaacccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaaga---atgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaag 498  Q
    || |||||||  |||| ||  ||||| ||||||||  |||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||| ||    
T  48628724 aagaacccaacaataaaagcagcaagcaatattcgaggtgattttgttaagagcgatgatgattgtagtattatagagtggctacacacaaagccaacag 48628625  T
Q  499 gttctgtggttta 511  Q
    ||||||| |||||    
T  48628624 gttctgttgttta 48628612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 642 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 11546825 - 11546604
Alignment:
Q  642 gaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttgga 741  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  11546825 gaggaaacaaatgagagaggaaaagttgtgaaatggagtccacaagaagaagtattggctcatccttcattggtatgtttcataacacattgtggttgga 11546726  T
Q  742 attcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttgg 841  Q
    ||||  | || ||  |||||  || ||| |||||| |||| |||||||||| ||  ||||| |||   |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11546725 attcttcaatagaggcacttagtttaggtgttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggtagatgtttttgg 11546626  T
Q  842 tgtagggattagattgggttat 863  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  11546625 tgtagggattagattgggttat 11546604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 291 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 48639866 - 48639763
Alignment:
Q  291 ttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattg 390  Q
    ||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||  |||| ||| ||| ||||||||| ||||    
T  48639866 ttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgatttcatagattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagacctattg 48639767  T
Q  391 gtcc 394  Q
    ||||    
T  48639766 gtcc 48639763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 917 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 48666488 - 48666441
Alignment:
Q  917 tggaagctacaacaggggaaaaagcagaga-gttgaagaaaaatgcaa 963  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48666488 tggaagttacaacaggggaaaaagcagagacgttgaagaaaaatgcaa 48666441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 891 - 963
Target Start/End: Complemental strand, 48584689 - 48584615
Alignment:
Q  891 caagagatgagatgaagaagtgcttgt-ggaagctacaacaggggaaaaagcagag-agttgaagaaaaatgcaa 963  Q
    ||||||||||| |||||||||| || | |||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  48584689 caagagatgaggtgaagaagtgtttattggaagcaacaataggtgaaaaagcagagaagttgaagcaaaatgcaa 48584615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 48667305 - 48667219
Alignment:
Q  102 tctagtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaa 188  Q
    |||||||||||||||||   || |||| | ||| |||||||| || | ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||    
T  48667305 tctagtgctgttttcaccatttgctatgattatgtccacaaattgttacctttcccttcaaatgaagaaccttatattgatgttcaa 48667219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 5e-74; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 12 - 584
Target Start/End: Original strand, 19665443 - 19666015
Alignment:
Q  12 atttcttgcatcataaacaa-cattttcatttcatgggtttgtgatgtagccacagaacacaaaattccttttgctattttgtttaatgaatctagtgct 110  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||  |  ||||  | ||||||| |||| | || |  | | |||| | ||||    
T  19665443 atttcttgcatcataaacaatccttttc-ttccatgggtttgtgatgtagcttctcaacatgatattccttctgctttgttatggattcaatccactgct 19665541  T
Q  111 gttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtccttaaac 210  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| || |||  ||| | |||||||||  ||| |||||||| |||||||| |||||| ||||  ||||  |||||||    
T  19665542 gttttcactgcttactataactattttcataaaacggtacgtttcccttcggaaaaagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaac 19665641  T
Q  211 acagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgt 310  Q
    | |  ||||| || | | |||| ||||||| || || |||| | ||||||||  |||||||||||| |||  |||||||||| |||||||  || |||||    
T  19665642 ataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttctagggacactcattttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgt 19665741  T
Q  311 atttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaacaaccca 410  Q
    ||| |||||||  ||||| |||||||||| |||||  ||||| ||||||||| |||| ||| || | | ||| ||||| |||||  |||| || || |||    
T  19665742 attggtggatagttatgatgaactagagcatgattacatcgactatatttcgaaaaaatcaatccttacaaggccaatcggtccattgtttaataatcca 19665841  T
Q  411 aacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgtggttt 510  Q
    || || | | |||| ||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||    
T  19665842 aagattaaatgtgcgagtgatattcgcggtgattttgttaagagtgatgattgtaatattatagagtggctaaactcaaaggcaaatgattctgttgttt 19665941  T
Q  511 atgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattct 584  Q
    || |||| ||||| ||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  19665942 atatttcttttggtactattgtgtaccttccacaagaacaagtgaatgaaattgcacatgggttattggattct 19666015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 642 - 964
Target Start/End: Original strand, 19666097 - 19666419
Alignment:
Q  642 gaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttgga 741  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  19666097 gaggaaacaaatgagagaggaaaagtggtgaattggagtccacaagaagaagtacttgctcatccttcagtagcatgtttcataacacattgtggttgga 19666196  T
Q  742 attcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttgg 841  Q
    ||||  |||| ||| | |||  || |||||||||| |||| |||||||||| ||  ||||| |||   |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  19666197 attcgtcgatggaagcgcttagtttaggagttccaatgttgacatttccagcatggggtgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggttgatgtttttgg 19666296  T
Q  842 tgtagggattagattgggttatagtggagctgaaaacagattgattaaccaagagatgagatgaagaagtgctt-gtggaagctacaacaggggaaaaag 940  Q
     || || ||||||||||||||||||   ||||| || | |||| |  | ||||||||||  |||||||||||||  ||||||| |||| ||| |||||||    
T  19666297 agttggtattagattgggttatagtcatgctgataataaattggt--aacaagagatgaagtgaagaagtgcttattggaagcaacaataggagaaaaag 19666394  T
Q  941 caga-gagttgaagaaaaatgcaat 964  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||    
T  19666395 gagaggagttgaagcaaaatgcaat 19666419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 1e-56; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 106 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 27228321 - 27227837
Alignment:
Q  106 gtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgtagtcct 205  Q
    ||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  27228321 gtgctgttttcgcagcttactataactattttcacaaactggtacgtttcccttcgaatgcagaaccttatattgatgttcaattgtcttctctagtcct 27228222  T
Q  206 taaacacagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaagcattg 305  Q
    |||| ||| |||||| || | | | || |||  || || ||  ||||| ||||| ||  ||||| | || | ||| |||||||| ||||||||||  ||     
T  27228221 taaatacaatgaaataccagatttccttcattgttttagtaagtatccatttcttgggtcactcttattggaacagattaagaacttgtctaaagtgttt 27228122  T
Q  306 tgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgttcaaca 405  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| | || | |||||| ||  ||||||||||  || | || ||| | |||||||| ||||||||  | ||  | |    
T  27228121 tgtgtattggtggatacctatgaggaattggaacatgatttcataaattatatttcaaaatattctgtcttaataagacccattggtcctttatttcaaa 27228022  T
Q  406 acccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaaggttctgt 505  Q
    ||||||| | || |  ||||||||||||  || ||||||| ||||||| |||||||  |  ||||||||||||| ||||||||| |||| ||   |||||    
T  27228021 acccaaaaacaaaaactgcaagtaatatctgtggtgatttagttaagagtgatgatgattgtattatagagtggttaaactcaaggccacaatcatctgt 27227922  T
Q  506 ggtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtc 590  Q
    ||| ||  | || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  27227921 ggtatacatctcatttgggactattgtgcaccttcctcaagaacaagtgaatgaaattgcctatggattattggattctcaagtc 27227837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 623 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 27227768 - 27227525
Alignment:
Q  623 tttgcctcatggatttttggaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttc 722  Q
    ||||||| |||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27227768 tttgcctgatgggttcttggaggaaactagtgggaaaggaaaagttgcgaagtggtgtccacaagaacaagtactagctcatccttcagtggcatgtttc 27227669  T
Q  723 ataacccattgtggttggaattcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagt 822  Q
    || || |||||||||||||| ||  |||| ||  ||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||| ||  ||||| |||  ||||||||||||||    
T  27227668 atgacacattgtggttggaactcgtcgatggaggcacttactttaggagtgccgatgttaacatttccagcatggggtgatcaagttacaaatgcaaagt 27227569  T
Q  823 tcttggtagatgtttttggtgtagggattagattgggttatagt 866  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||||||    
T  27227568 tcttggtagatgtttttgaggtaggggtcagattgggttatagt 27227525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 642 - 861
Target Start/End: Complemental strand, 27223558 - 27223339
Alignment:
Q  642 gaggaaacaagtgggagaggaaaagtagtgaaatggagtccacaagaacaagtacttgctcatccttcagtggcatgtttcataacccattgtggttgga 741  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||    
T  27223558 gaggaaactagtgggagaggaaaagtggtgaagtggtgtccacaagaacaagtactagctcatccttcggtggcatgctttgtaacacattgtggttgga 27223459  T
Q  742 attcaacgattgaatcacttgcttcaggagttccagtgttaacatttccagtatttggtgaccaacctacaaatgcaaagttcttggtagatgtttttgg 841  Q
    | ||  |||| ||| ||||| ||| |||||| ||  ||||||||||||||| ||  || || |||   |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27223458 actcgtcgatggaagcacttactttaggagtgccgatgttaacatttccagcatggggcgatcaagtcacaaatgcaaagtttttggtagatgtttttgg 27223359  T
Q  842 tgtagggattagattgggtt 861  Q
     |||||||| ||||||||||    
T  27223358 ggtagggatcagattgggtt 27223339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 100 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 27224136 - 27223633
Alignment:
Q  100 aatctagtgctgttttcacttgttactataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaaccttgtattgatgttcaattgccttctgt 199  Q
    ||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||      |||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  27224136 aatctagtgctgttttcgccgcttactataactatttccacaaactggtacgtttcccttcggttgaagaaccatatattgatgttcaattgtcttctgt 27224037  T
Q  200 agtccttaaacacagtgaaattcctgttcttctgcatccttctaatacatatccctttctaggcccactcattttaggacaaattaagaatttgtctaaa 299  Q
    ||| |||||  ||| ||| || || | | || | ||   || || ||||| | |  |||| ||  || ||||  | | |||||||||||| |||||||||    
T  27224036 agttcttaagtacaatgagatcccggattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggacaatcataatggaacaaattaagaacttgtctaaa 27223937  T
Q  300 gcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcagtcatcataagaccaattggtccggtgt 399  Q
    |  || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||| ||||  |||| |||||||  |||||||| ||||||||  |||    
T  27223936 gtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgt 27223837  T
Q  400 tcaacaacccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagaatgatgattctactattatagagtggctaaactcaaagccaaaagg 499  Q
    | || |||||| | || | |  ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||     ||| ||||||||| | ||||||||||||  |      
T  27223836 ttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtgtatcatagagtggttgaactcaaagccaccatc 27223737  T
Q  500 ttctgtggtttatgtttcctttgggactattgtgcaacttcctccagaacaagtgaatgaaattgcatatgggttattgaattctcaagtcacattttta 599  Q
     |||||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||||  ||||| ||| |||| || |||||| |||||||     
T  27223736 atctgtggtttacatctcctttgggactgttgtgcaccttcctcaagaacagatcaatgaaattggttatggcttaatgaactcacaagtctcatttttg 27223637  T
Q  600 tggg 603  Q
    ||||    
T  27223636 tggg 27223633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 124 - 174
Target Start/End: Original strand, 44044611 - 44044661
Alignment:
Q  124 actataactatttccacaaactggtgcctttcccttcaaaaacagaacctt 174  Q
    ||||||||||||| |||||||||||   |||||||||| ||||||||||||    
T  44044611 actataactattttcacaaactggtatgtttcccttcagaaacagaacctt 44044661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University