View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5944-Insertion-1 (Length: 825)

Name: NF5944-Insertion-1
Description: NF5944
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5944-Insertion-1
NF5944-Insertion-1
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (9-825)||(42527489-42528303)
chr8 (9-507)||(42519631-42520130)
chr8 (502-808)||(42519244-42519563)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (280-403)||(35085534-35085657)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 708; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 708; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 825
Target Start/End: Complemental strand, 42528303 - 42527489
Alignment:
Q  9 cacattatgtgttagaacttacattctttctattgcagaagacacgaaacgaactgaaaagctccttagattcgttgtccatttggcgcatatatgctct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42528303 cacattatgtgttagaacttacattctttctattgcagaagacacgaaacgaactgaaaagctccttagattcgttgtccatttgtcgcatatatgctct 42528204  T
Q  109 gcctacatcatcattggcatcaacagatacatggcttccagctgcattaatgaatcattgaagtaattaacgtgtgcatggtattctgaaataatatatc 208  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42528203 gcctacatcgttattggcatcaacagatacatggcttccagctgcattaatgaatcattgaagtaattaacgtgtgcatggtattctgaaataatatatc 42528104  T
Q  209 attcaatgaaaaatatttaggcctagaatgaagaataataaataattacttgttgtaggaatggaagaagctttttgtctaacatggactaataagagat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42528103 attcaatgaaaaatatttaggcctagaatgaagaataataaataattacttgttgtaggaatggaagaagctttttgtctaacatggactaataagagat 42528004  T
Q  309 gttgatctttaggaagaacattatcaacagcccatttagctscatattggcttgttttgttgttctcaattgccactgccacaacacgtcctgcagctaa 408  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42528003 gttgatctttaggaagaagattatcaacagcccatttagctgcatattggcttgttttgttgttctcaattgccactgccacaacacgtcctgcagctaa 42527904  T
Q  409 ctttttctcttgaatagaccttgacattatgttaatcaatttactttctcaatattgatgaaacccctattgg-tttattattaccttcaattgaatgaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||    
T  42527903 ctttttctcttgaatagaccttgacattatgttaatcaatttactttctcaatattgatgaaacccctattggttttattattaccttcaat----tgaa 42527808  T
Q  508 tgaatgaatttgtaaaatcaactagaagcaatttcaatttattgtgnnnnnnnnagtgtactagctagagacagaatatgttttgaagaaggaattgaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42527807 tgaatgaatttgtaaaatcaactagaagcaatttcaatttattgtgttttttttagtgtactagctagagacagaatatgttttgaagaaggaattgaca 42527708  T
Q  608 acaaatgtaagtgtaactaatacgcggtcgtaactgttttaagaattattttgtaactccaggttagcattttattaatattttctatagttagtgaac- 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||     
T  42527707 acaaatgtaagtgtaactaatacgcggtcgtaactattttaagaattattttgtaactccaagttagcattttattaatattttctatatttagggaaca 42527608  T
Q  707 atcatgcgtactatatattgtaatgttccataacataatgacacttattgctacaatataggaagcctaatattgacgccacccataattagctaactaa 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42527607 atcatgcgtactatatattgtaatgttccataacataatgacacatattgctataatataggaaggttaatattgacgccacccataattagctaactaa 42527508  T
Q  807 aataaagtacttcttatta 825  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  42527507 aatatagtacttcttatta 42527489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 42520130 - 42519631
Alignment:
Q  9 cacattatgtgttagaacttacattctttctattgcagaagacacgaaacgaactgaaaagctccttagattcgttgtccatttggcgcatatatgctct 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42520130 cacattatgtgttagaacttacattctttctattgcagaagacacgaaacgaactgaatagctccttagattcgttgtccatttgtcgcatatatgctct 42520031  T
Q  109 gcctacatcatcattggcatcaacagatacatggcttccagctgcattaatgaatcattgaagtaattaacgtgtgcatggtattctgaaataatatatc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42520030 gcctacatcatcattggcatcaacagatacgtggcttccagctgcattaatgaatcattgaagtaattaacgtgtgcatggtattctgaaataatatatc 42519931  T
Q  209 attcaatgaaaaatatttaggcctagaatgaagaataataaataattacttgttgtaggaatggaagaagctttttgtctaacatggactaataagagat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42519930 attcaatgaaaaatatttaggcctagaatgaagaataataaataattacttgttgtaggaatggaagaagctttttgtctaacatggactaataagagat 42519831  T
Q  309 gttgatctttaggaagaacattatcaacagcccatttagctscatattggcttgttttgttgttctcaattgccactgccacaacacgtcctgcagctaa 408  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42519830 gttgatctttaggaagaagattatcaacagcccatttagctgcatattggcttgttttgttgttctcaattgccactgccacaacacgtcctgcagctaa 42519731  T
Q  409 ctttttctcttgaatagaccttgacattatgttaatcaatttactttctcaatattgatgaaacccctattgg-tttattattaccttcaattgaatgaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42519730 ctttttctcttgaatagaccttgacattatgttaatcaatttactttctcaatattgatgaaacccctattggttttattattaccttcaattgaatgaa 42519631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 502 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 42519563 - 42519244
Alignment:
Q  502 aatgaatgaatgaatttgtaaaatcaactagaagcaatttcaatttattgtgnnnnnnnnagtgtactagctagagacagaatatgttttgaagaaggaa 601  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||||         |||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  42519563 aatgaatgaatgaatttgtgaaatcagctagaagaaatttctatttattgtattttttttagtgtactagctagagacagaacat--tatgaagaaggaa 42519466  T
Q  602 ttgacaacaaatgtaagtgta----------actaatacgcggtcgtaactgttttaagaattattttgtaactcca----ggttagcattttattaata 687  Q
    |||||||||||||||||||||          ||||||||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||     ||||||| ||| ||||||    
T  42519465 ttgacaacaaatgtaagtgtagaaacatataactaatacctggtcgtaactattttaagaagtattttgtaactccaagttagttagcagtttgttaata 42519366  T
Q  688 ttttctatagttagtgaa-catcatgcgtactatatattgtaatgttccataacataatgacacttattgctacaatataggaagcctaatattgacgcc 786  Q
     |||||||| ||||||||  |||| |||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||  | ||| |  ||| || ||||  |||||||||| ||    
T  42519365 atttctatatttagtgaataatcacgcgtactacattttgtaatgaaccataacataatgacatgtgttgttgtaatctatgaaggttaatattgactcc 42519266  T
Q  787 acccataattagctaactaaaa 808  Q
    ||||||||||||||||| ||||    
T  42519265 acccataattagctaacaaaaa 42519244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 66; Significance: 9e-29; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 280 - 403
Target Start/End: Original strand, 35085534 - 35085657
Alignment:
Q  280 tttttgtctaacatggactaataagagatgttgatctttaggaagaacattatcaacagcccatttagctscatattggcttgttttgttgttctcaatt 379  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||||   ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| || |||||||||    
T  35085534 tttttgtttaacatggattaaaaagaggcattgatctttgggaagaagattttcaacagcccatttaactgcatgttggcttgttttattattctcaatt 35085633  T
Q  380 gccactgccacaacacgtcctgca 403  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  35085634 gccacagccacaacacgtcctgca 35085657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University