View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5961_high_4 (Length: 477)

Name: NF5961_high_4
Description: NF5961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5961_high_4
NF5961_high_4
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-469)||(9170247-9170698)
chr1 (18-469)||(9218330-9218781)
chr1 (18-465)||(9199814-9200261)
chr1 (20-469)||(9118580-9119029)
chr1 (20-469)||(9161423-9161872)
chr1 (35-469)||(9155526-9155960)
chr1 (23-456)||(9229220-9229653)
chr1 (153-444)||(1843008-1843299)
chr1 (87-460)||(1815668-1816041)
chr1 (199-460)||(1868601-1868862)
chr1 (87-444)||(1857019-1857376)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (212-249)||(41703820-41703857)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (188-249)||(40573369-40573430)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 469
Target Start/End: Original strand, 9170247 - 9170698
Alignment:
Q  18 ttaaacaccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttt 117  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170247 ttaaacaccttgaagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaaatccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttt 9170346  T
Q  118 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactcca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170347 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactcca 9170446  T
Q  218 aagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170447 aagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgttt 9170546  T
Q  318 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170547 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataat 9170646  T
Q  418 tggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgct 469  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170647 tggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgct 9170698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 469
Target Start/End: Original strand, 9218330 - 9218781
Alignment:
Q  18 ttaaacaccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttt 117  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9218330 ttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttt 9218429  T
Q  118 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactcca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218430 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactcca 9218529  T
Q  218 aagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgttt 317  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  9218530 aagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggttt 9218629  T
Q  318 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218630 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataat 9218729  T
Q  418 tggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgct 469  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  9218730 tggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgct 9218781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 465
Target Start/End: Original strand, 9199814 - 9200261
Alignment:
Q  18 ttaaacaccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttt 117  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  9199814 ttaaacaccttgcagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttttcatcatccaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttt 9199913  T
Q  118 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactcca 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9199914 taaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtttcttcttgcctgttaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaaccactcca 9200013  T
Q  218 aagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgttt 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9200014 aagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgttt 9200113  T
Q  318 gatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataat 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9200114 gatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataat 9200213  T
Q  418 tggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctc 465  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9200214 tggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctc 9200261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 9119029 - 9118580
Alignment:
Q  20 aaacaccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgtttta 119  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9119029 aaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcttccttgttatcatcattcaaaattccaacttgaatagcttcaaaaagtttatcttgtttta 9118930  T
Q  120 aacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaa 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118929 aacaagacaagaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaatcaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaa 9118830  T
Q  220 gctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttga 319  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  9118829 gctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttga 9118730  T
Q  320 tcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattg 419  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118729 tcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattg 9118630  T
Q  420 gaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgct 469  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118629 gaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgct 9118580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Original strand, 9161423 - 9161872
Alignment:
Q  20 aaacaccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgtttta 119  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9161423 aaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcctccttgttttcatcatttaaaataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgtttta 9161522  T
Q  120 aacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||    
T  9161523 aacaagacaaaaagtgcatagcaagactgatattctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtctcccgtaagaagctctgcaagaactacaccaaa 9161622  T
Q  220 gctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttga 319  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9161623 gctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttga 9161722  T
Q  320 tcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattg 419  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9161723 tcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataatag 9161822  T
Q  420 gaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagctgtctctgct 469  Q
    | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9161823 gtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgct 9161872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 35 - 469
Target Start/End: Original strand, 9155526 - 9155960
Alignment:
Q  35 agaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagt 134  Q
    |||| ||||||||| |||||||| | |||||| ||||| || |  || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  9155526 agaatagcaacctctttaatctcctccttgttttcatcatttaagataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagt 9155625  T
Q  135 gcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcact 234  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  9155626 gcattgcaagactaatactctcttctggcctattaaaagatagaggtttatctcctgtcagaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatcact 9155725  T
Q  235 tttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaat 334  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  9155726 tttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaac 9155825  T
Q  335 cttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatg 434  Q
    || |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  9155826 ctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatg 9155925  T
Q  435 aatgcagatacgataaagctccagctgtctctgct 469  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9155926 aatgtagatacgataaagctccggctgtctctgct 9155960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 23 - 456
Target Start/End: Original strand, 9229220 - 9229653
Alignment:
Q  23 caccttgaagcaagaaaagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaattccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaac 122  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||| |||||||||| | ||||| | |  | ||  | | ||||||    
T  9229220 caccttgcagcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaac 9229319  T
Q  123 aagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagct 222  Q
    |||| || ||||| || ||||| ||  || | |||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||||| |||||||| || ||||| || |||||    
T  9229320 aagataagaagtgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaagaaataggtttctcccccgttaggagctctgccagtactaccccgaagct 9229419  T
Q  223 ataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatca 322  Q
    ||||||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||  || ||||||   || ||||||    
T  9229420 ataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatca 9229519  T
Q  323 agtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaa 422  Q
    |||||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |    
T  9229520 agtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggta 9229619  T
Q  423 ttgatgcagatgaatgcagatacgataaagctcc 456  Q
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  9229620 aggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcc 9229653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 153 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 1843299 - 1843008
Alignment:
Q  153 tctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatg 252  Q
    ||||||| ||||||  |||| ||| |||||| || || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||      
T  1843299 tctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgact 1843200  T
Q  253 tgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcg 352  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||     
T  1843199 tgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatct 1843100  T
Q  353 gaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagata 444  Q
    || |||||||| ||||   |   ||| |||||||||||   |||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| |||||    
T  1843099 gatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagata 1843008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 87 - 460
Target Start/End: Original strand, 1815668 - 1816041
Alignment:
Q  87 cttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtc 186  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| ||||||||| ||||||||||  |  ||||||| ||||||  |||| ||| |||||| ||    
T  1815668 cttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctc 1815767  T
Q  187 acctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagt 286  Q
     || ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||      
T  1815768 ccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaata 1815867  T
Q  287 gttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaa 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||    
T  1815868 gttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaa 1815967  T
Q  387 tgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagct 460  Q
    |||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||    
T  1815968 tgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagct 1816041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 199 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 1868862 - 1868601
Alignment:
Q  199 ctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcacc 298  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  1868862 ctctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcacc 1868763  T
Q  299 attgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactct 398  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |   ||| |||||||||||   |||||    
T  1868762 attgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactct 1868663  T
Q  399 taacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagatacgataaagctccagct 460  Q
    | |||||||||||||| || || ||||| ||| ||||||| ||||| || |||||| |||||    
T  1868662 tgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagct 1868601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 87 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 1857376 - 1857019
Alignment:
Q  87 cttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtc 186  Q
    |||||||| ||||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||  |  | ||||| ||||||  |||| ||| |||||| ||    
T  1857376 cttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctc 1857277  T
Q  187 acctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagt 286  Q
     || || || | |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||||      
T  1857276 ccccgtcagcaactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatctaagtagccaata 1857177  T
Q  287 gttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaa 386  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| ||||   |  |||| |||||||    
T  1857176 gttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaa 1857077  T
Q  387 tgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgcagata 444  Q
    ||||   |||||| |||||||||||||| || ||  |||| ||| ||||||| |||||    
T  1857076 tgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagata 1857019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 212 - 249
Target Start/End: Original strand, 41703820 - 41703857
Alignment:
Q  212 actccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 249  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41703820 actccatagctataaacatcacttttatcggttaattg 41703857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 40573430 - 40573369
Alignment:
Q  188 cctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 249  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  40573430 cctgtcagtagctctgctaggactactccaaatctataaacatcactcttctctgttaattg 40573369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University