View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5962_low_4 (Length: 656)

Name: NF5962_low_4
Description: NF5962
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5962_low_4
NF5962_low_4
[»] scaffold0135 (7 HSPs)
scaffold0135 (1-238)||(1853-2090)
scaffold0135 (1-238)||(6068-6305)
scaffold0135 (1-238)||(10283-10520)
scaffold0135 (1-238)||(14498-14735)
scaffold0135 (1-238)||(18713-18950)
scaffold0135 (1-238)||(22928-23165)
scaffold0135 (1-238)||(27143-27380)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-238)||(9203770-9204007)
chr4 (1-238)||(9207989-9208226)
chr4 (332-484)||(35902676-35902828)
chr4 (332-523)||(23892461-23892653)
chr4 (133-252)||(37617280-37617399)
chr4 (92-122)||(14863498-14863528)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (133-252)||(22082576-22082695)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (133-252)||(40164687-40164805)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (138-252)||(6921531-6921646)
chr1 (138-252)||(38238232-38238347)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (133-248)||(45456467-45456583)
chr3 (133-203)||(19767547-19767617)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (133-252)||(7827716-7827835)


Alignment Details
Target: scaffold0135 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 7)
Name: scaffold0135
Description:

Target: scaffold0135; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 1853 - 2090
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1853 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 1952  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  1953 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 2052  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2053 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 2090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 6068 - 6305
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6068 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 6167  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  6168 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 6267  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6268 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 6305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 10283 - 10520
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10283 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 10382  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10383 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 10482  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10483 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 10520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 14498 - 14735
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14498 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 14597  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  14598 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 14697  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 14735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 18713 - 18950
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18713 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 18812  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  18813 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 18912  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18913 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 18950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 22928 - 23165
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22928 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 23027  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  23028 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 23127  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23128 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 23165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0135; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 27143 - 27380
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27143 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 27242  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  27243 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 27342  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27343 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 27380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 9203770 - 9204007
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9203770 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 9203869  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  9203870 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 9203969  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9203970 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 9204007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 9207989 - 9208226
Alignment:
Q  1 gtgtgtgttaactcatttagaacacatgatagccttaggtagcatacaatgcaaactaaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9207989 gtgtgtgttaactcatttagaacacgggatagccttaggtagcatacaatgcaaacttaactgatagtatggattatggaatgctttgtcttgatattgg 9208088  T
Q  101 aacaaatctaaactcaactgtattannnnnnngaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaa 200  Q
    ||||| ||| |||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  9208089 aacaactctgaactcagctgtattatttttttgaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaactatatgatgcatttgaatcttatagcaa 9208188  T
Q  201 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9208189 cctacaactcacaaagttgtttagcattgtgtttgatg 9208226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 332 - 484
Target Start/End: Original strand, 35902676 - 35902828
Alignment:
Q  332 tttagttttaattagattctttatctaatttttagtttcagtttggtcata-tatagtctcattttatattcagtttcgtcttaatgatcctttatattt 430  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| | |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||| |||    
T  35902676 tttagttttagttaggttctttatcttacttttaaattcagtttggtcataatatagtctcattttttattca-tttagtcctaatgatcctttattttt 35902774  T
Q  431 tttaaattgttcttttgcttctatgacaaatttaaagatcatgattggtgagga 484  Q
    || ||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  35902775 ttcaaattgttctttcacttttatgacaaatttaaggatcatgagttgtgagga 35902828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 332 - 523
Target Start/End: Original strand, 23892461 - 23892653
Alignment:
Q  332 tttagttttaattagattctttatctaatttttagtttcagtttggtcata-tatagtctcattttatattcagtttcgtcttaatgatcctttatattt 430  Q
    |||||||||| || | || ||||||| |||||||  | ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| |||    
T  23892461 tttagttttagtttggttatttatcttatttttaaatccagtttgctcataatattgtctcattttatattcaatttagtcctaatgaccctttattttt 23892560  T
Q  431 tttaaattgttcttttgcttctatgacaaatttaaagatcatgattggtgaggactgaaatttcagaaggaaaacattgcttaacatgtgagg 523  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||| |  ||||||| |||| |||||||| | |||||| ||||    
T  23892561 ttcaaattgttctttcgcttctatgacaaatttaaggatcatgagttgcgaggattacaatttcaaaaggtaaacattgttgaacatgagagg 23892653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 133 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 37617399 - 37617280
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagcattgtgt 232  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||| |||| |||| |||||| |||| | ||||||||  | |    
T  37617399 gaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcagcctataactcaaaaagctatttagcatgatat 37617300  T
Q  233 ttgatgttgagaatgtgtct 252  Q
    || |||||||||||||||||    
T  37617299 tttatgttgagaatgtgtct 37617280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 14863528 - 14863498
Alignment:
Q  92 tgatattggaacaaatctaaactcaactgta 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14863528 tgatattggaacaaatctaaactcaactgta 14863498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 133 - 252
Target Start/End: Original strand, 22082576 - 22082695
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagcattgtgt 232  Q
    |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||| |||||| | ||||||| |||||| |||| | ||||||||  | |    
T  22082576 gaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaaccaaaaatgtacgacacatttggatcttaaaacaacctataactcaaaaagctatttagcatgatat 22082675  T
Q  233 ttgatgttgagaatgtgtct 252  Q
    || |||||||||||||||||    
T  22082676 tttatgttgagaatgtgtct 22082695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 252
Target Start/End: Original strand, 40164687 - 40164805
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagcattgtgt 232  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||| ||||| |||| |||| ||  |||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||  | |    
T  40164687 gaaaggattcttcata-aaactttaggcttgaactaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcaacctataactcaaaaagttatttagcatgatat 40164785  T
Q  233 ttgatgttgagaatgtgtct 252  Q
    || ||||||| |||||||||    
T  40164786 tttatgttgataatgtgtct 40164805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 252
Target Start/End: Original strand, 6921531 - 6921646
Alignment:
Q  138 gattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaag-ttgtttagcattgtgtttga 236  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||| || || | || ||||||||  | ||| |    
T  6921531 gattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtatgacacatttggatcttaaagcaacctataacccaaaaggtttatttagcatgatatttta 6921630  T
Q  237 tgttgagaatgtgtct 252  Q
    ||||||||||||||||    
T  6921631 tgttgagaatgtgtct 6921646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 138 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 38238347 - 38238232
Alignment:
Q  138 gattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaag-ttgtttagcattgtgtttga 236  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||| ||||||||| ||| || || | || ||||||||  | ||| |    
T  38238347 gattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtatgacacatttggatcttaaagcaacctataacccaaaaggtttatttagcatgatatttta 38238248  T
Q  237 tgttgagaatgtgtct 252  Q
    ||||||||||||||||    
T  38238247 tgttgagaatgtgtct 38238232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 45456583 - 45456467
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgta-tgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagcattgtg 231  Q
    |||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||| ||||||||| ||| || || ||| ||||||||  |     
T  45456583 gaaaggattcttcataaaatctttaggcatgaaccaaaaatgtattgacacatttggatcttaaagcaacctataacccaaaaggttatttagcatgata 45456484  T
Q  232 tttgatgttgagaatgt 248  Q
    ||| |||||||||||||    
T  45456483 ttttatgttgagaatgt 45456467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 133 - 203
Target Start/End: Original strand, 19767547 - 19767617
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacct 203  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||  |||||| |||||| ||||||||    
T  19767547 gaaaggattcttcataaaaactttaggcatgaacaaaaaatgtacgacacatttggatcttaaagcaacct 19767617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 133 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 7827835 - 7827716
Alignment:
Q  133 gaaaagattctacatataaactttaggcatgaaccaaaagtgtatgatgcatttgaatcttatagcaacctacaactcacaaagttgtttagcattgtgt 232  Q
    |||| ||||||  |||| |||||||||| | |||||||| ||||| |  |||||||||||||  |||||    |||||| |||||| ||||||||| | |    
T  7827835 gaaaggattctttatatcaactttaggccttaaccaaaaatgtattacacatttgaatcttaatgcaacaagtaactcaaaaagttatttagcattatct 7827736  T
Q  233 ttgatgttgagaatgtgtct 252  Q
    || ||| |||||||||||||    
T  7827735 tttatgctgagaatgtgtct 7827716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University