View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5965-Insertion-5 (Length: 752)

Name: NF5965-Insertion-5
Description: NF5965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5965-Insertion-5
NF5965-Insertion-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-752)||(38080914-38081670)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 38081670 - 38080914
Alignment:
Q  9 tttagtttaatcgtaagtgtggctttgggccaatcaaagtcacttgtaactgccttagaatagaattgctcatattaagcagcaatag-------ccatc 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  38081670 tttagtttaatcggaagtgtggctttgtgccaatcaaagtcacttgtaactgccttagaatagaattgctcatattaagcagcaataggcaatagccatc 38081571  T
Q  102 atgttattcttaaaggtaaattcaataagtcattagctttgtgaacaaggctcgcgatcattattagaatatataagtaagataaatgcaatttttcatg 201  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38081570 atggtattcttaaaggtaaattcaacaagtcattagctttgtgaacaaggctcgcgatcattattagaatatataagtaagataaatgcaatttttcctg 38081471  T
Q  202 tgaacagaaaaatgaccaataaggagttctggctaaacttgaattaata---tataggactgactttaaacttgtcatgttacttgtgatacgtttgtgg 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38081470 tgaacagaaaaatgaccaataaggagttctggctaaacttgaattaataatatataggactgactttaaacttgtcatgttacttgtgatacgtttgtgg 38081371  T
Q  299 gattgtttttcccgacaggcacatcatttctatattaataatctaatttctgattttcaatgttatttgaagttataaacaatccattagagatgttgtg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38081370 gattgtttttcccgacaggcacatcatttctatattaataatctaatttctgattttcaatgttatttgaagttatacacaatccattagagatgttgtg 38081271  T
Q  399 cgaattacaaatacagaaaaccaaaact----atatggaattaaacacaa------------acgagtgaatattatttcacatgtttaagatcatggcc 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38081270 cgaattacaaatacagaaaaccaaaactatatatatggaattaaacacaaaatacttaagacacgagtgaatattatttcacatgtttaagatcatggcc 38081171  T
Q  483 tgctcaatgctctaaaataagccggcaggagaaaagacacaatcaaatgttggtaggtacatatgctaaccaacatatcaaaatataacaacaaataaag 582  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38081170 tgctcaatgctctaaaataagccggcaggagaaaagacacaatcaaatgttggtaggtacatatgctaaccaacatatcaaaatataacaacaaataaag 38081071  T
Q  583 gagcctatatgggataagttttagggcacgcacataagaactgagttatcccaaattcctcctatatatataaccgaacccattacttcacttcacttgt 682  Q
    ||||    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38081070 gagc----atgggataagtttta-ggcacgcacataagaactgagttatcccaaattcctcc----tatataaccgaa-acattacttcacttcacttgt 38080981  T
Q  683 attcaaggatcatgtttgttctcaggagccaatcccaacacaagctcctcagaatgttttccagcataga 752  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38080980 attcaaggatcatg-ttgttctcaggagccaat-ccaacacaagct-ctcagaatgttttccagcataga 38080914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University