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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5969-Insertion-3 (Length: 782)
Name: NF5969-Insertion-3
Description: NF5969
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5969-Insertion-3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 31138836 - 31138065
Alignment:
| Q |
9 |
gtttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttg |
108 |
Q |
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| T |
31138836 |
gtttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttg |
31138737 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
31138736 |
ttcaattttccaatctcaggaggaataggagtgccaacgaaattgttgcctcctaaatctagatacaataggttggataaatttcctatggaattaggaa |
31138637 |
T |
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| Q |
209 |
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308 |
Q |
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| T |
31138636 |
ttgctccacttagtttacaaaaggaaaaatcaatattttgtaaactttttaatgtgaacatttcttgagggatggaaccatcaataggatttagagaaaa |
31138537 |
T |
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| Q |
309 |
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408 |
Q |
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| T |
31138536 |
attcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaagtagttattgtaaatgtttagtgtttggagatttgagaatgaa |
31138437 |
T |
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| Q |
409 |
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508 |
Q |
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| T |
31138436 |
gaaaaagtgagagagtgaagtgtaccttttagtccaaaattttcaaggtttatggtagaaatggatttcgagttgtcacaaaaaattcctttccattttg |
31138337 |
T |
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| Q |
509 |
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608 |
Q |
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| T |
31138336 |
tgcatgtatttgtggtatttttccaagttgacaagagagactggctttggttgtcaaagctatgtttccattttaacaaagcttgtgcttcactatcttc |
31138237 |
T |
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| Q |
609 |
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707 |
Q |
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| T |
31138236 |
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31138137 |
T |
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| Q |
708 |
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779 |
Q |
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| T |
31138136 |
aatcaatattggtaaaggattaatgagtttttcatggatctgttgttgtatataagtttgagttttaaataa |
31138065 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 31182551 - 31181875
Alignment:
| Q |
9 |
gtttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttg |
108 |
Q |
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| T |
31182551 |
gtttgacaaatcaatataagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttg |
31182452 |
T |
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| Q |
109 |
ttcaattttccaatctcaggaggaataggagtgccaacgaaattgttgcctcctaaatctagatacaataggttggataaatttcctatggaattaggaa |
208 |
Q |
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| T |
31182451 |
ttcaattttccaatcacaggaggaataggagtgccaacgaaattgttgcctcctaaatctagatacaataggttggttaaatttcctatggaattaggaa |
31182352 |
T |
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| Q |
209 |
ttgctccacttagtttacaaaaggaaaaatcaatattttgtaaactttttaatgtgaacatttcttgagggatggaaccatcaataggatttagagaaaa |
308 |
Q |
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| T |
31182351 |
ttgctccacttaatttacaatacaaaaaatcaatattttgtaaactttttaaggtgaacatttcttgagggatggaaccatcaataggatttcgagaaaa |
31182252 |
T |
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| Q |
309 |
attcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaagtagttattgtaaatgtttagtgtttggagatttgagaatgaa |
408 |
Q |
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| T |
31182251 |
attcaatgaatttatttttgagaggttaccaatttgtggaggaatggttccataaaagttgttatcatagatatttagggttgtgaggtttgtgaatgaa |
31182152 |
T |
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| Q |
409 |
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508 |
Q |
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| T |
31182151 |
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31182055 |
T |
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| Q |
509 |
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605 |
Q |
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| T |
31182054 |
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31181955 |
T |
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| Q |
606 |
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688 |
Q |
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| T |
31181954 |
ttgagctacagcttgtggccatgaa---gtgaacaaaattatgaacagaatcatgatgaatgtggatagtgccattattcaag |
31181875 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 9 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 31101459 - 31100884
Alignment:
| Q |
9 |
gtttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttg |
108 |
Q |
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| T |
31101459 |
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31101360 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
31101359 |
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31101260 |
T |
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| Q |
209 |
ttgctccacttagtttacaaaaggaaaaatcaatattttgtaaactttttaatgtgaacatttcttgagggatggaaccatcaataggatttagagaaaa |
308 |
Q |
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| T |
31101259 |
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31101160 |
T |
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| Q |
309 |
attcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaagtagttattgtaaatgtttagtgtttggagatttgagaatgaa |
408 |
Q |
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| T |
31101159 |
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31101060 |
T |
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| Q |
409 |
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508 |
Q |
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| T |
31101059 |
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31100960 |
T |
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| Q |
509 |
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584 |
Q |
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| T |
31100959 |
tgcatggatttgtggtatttttccaagttgacaagatactttgactttggttgtcaaagctagctttccattttaa |
31100884 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 31057023 - 31056449
Alignment:
| Q |
10 |
tttgacaaatcaataagagtaaggtttgtcaaaaacccaatttcttttggaatagaaccaataaggttacatttttgaattgatagaaaccataatttgt |
109 |
Q |
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| T |
31057023 |
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31056924 |
T |
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| Q |
110 |
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209 |
Q |
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| T |
31056923 |
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31056824 |
T |
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| Q |
210 |
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309 |
Q |
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| T |
31056823 |
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31056724 |
T |
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| Q |
310 |
ttcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaagtagttattgtaaatgtttagtgtttggagatttgagaatgaag |
409 |
Q |
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| T |
31056723 |
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31056624 |
T |
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| Q |
410 |
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508 |
Q |
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| T |
31056623 |
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31056524 |
T |
|
| Q |
509 |
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581 |
Q |
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| T |
31056523 |
tttgcatggatttgtgttatttttccaagttgacaagagagtttgactttggtcgtcaaagctatctttccattt |
31056449 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 266 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 31213983 - 31213666
Alignment:
| Q |
266 |
acatttcttgagggatggaaccatcaataggatttagagaaaaattcaatgtatttatttttgagatgttaccaatttgtgggggaatggttccataaaa |
365 |
Q |
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| T |
31213983 |
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31213884 |
T |
|
| Q |
366 |
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465 |
Q |
| |
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| T |
31213883 |
gttgttgttgaagatatttaggatgaggaggttggggaatgatgagaaactaagagtgtggagtttaccttttagtccataatttgcaagatttatggta |
31213784 |
T |
|
| Q |
466 |
gaaatggatttcgagttgtcacaaaaaattcctttccattttgtgcatgtatttgtggtatttttccaagttgacaagagagactggctttggttgtcaa |
565 |
Q |
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| T |
31213783 |
gagatggatttggatttgtcacattgaattccttcccagt---tgcatggactcgtagttcttgtccaagttgacagcagagcttggctgtggttgtcaa |
31213687 |
T |
|
| Q |
566 |
agctatgtttccattttaaca |
586 |
Q |
| |
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| T |
31213686 |
agctatctttccatttcaaca |
31213666 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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