View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5970-Insertion-3 (Length: 905)
Name: NF5970-Insertion-3
Description: NF5970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5970-Insertion-3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 814
Target Start/End: Original strand, 33241489 - 33242295
Alignment:
| Q |
9 |
aatatatcagaagcaaacttaatatttaaaatatgaaatctattgttacgactacaagtatcctccgtactctttcccttgagaaatatttgggttttcc |
108 |
Q |
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| T |
33241489 |
aatatatcagaagcaaacttaatatttaaaatatgagatctattgttacgactacaagtatcctccgtactctttcccttgagaaatatttgggttttcc |
33241588 |
T |
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| Q |
109 |
catgatgcatggatgcctccaaaggagagattttgaatttt-ttgaggaaaacatatgccaacggttagcttcgcggcaacatcacctgttaaacaaagt |
207 |
Q |
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| T |
33241589 |
catgatgcatggaggcctccaaaggagagattttgaatttttttgaggaaaacataagccaacggttagcttcgtggcaacatcacctgttgaacaaagt |
33241688 |
T |
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| Q |
208 |
tggttgaatgactttggttaaatctgtattaatttcaattccctattattatatgcaagtggcttggttgccccaatcaacttgtgagtctattgataga |
307 |
Q |
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| T |
33241689 |
tggtcgaatgactttggttaaatctgtattaaattctattccctattattatatgcaagtggcttggttgccccaatcaacttgtgagtctattgataga |
33241788 |
T |
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| Q |
308 |
ttggcaataaatttcttgtggaaaggttcttccaattttgggatccaatcagttggattggagaaaataaccaaacccaaaaagctaggtggtcacggaa |
407 |
Q |
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| T |
33241789 |
ttggcaataaatttcttgtggaaaggttcttccaattttaggatctacttagttggctgggagaaaataaccaaacccaaaaagctaggtggtctcgaaa |
33241888 |
T |
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| Q |
408 |
cgaggaaggctagagaggctaacacatctctgctgggcatattagtttggaggttacatcaaaattgtgattctttatgggtgcaggttttaactcacaa |
507 |
Q |
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| T |
33241889 |
tcaggaaggctagagaggctaacacatctctgctgggcagattagtttggaggttacatcaaaattgtgattctttatgggtgaaggttttaactcacaa |
33241988 |
T |
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| Q |
508 |
gtatatttatgcagacaaacttctcactgttagtaggaaatcaggatcggtcacttggaatgctattatgaaagctaggtttgctcttagggatggtttt |
607 |
Q |
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| T |
33241989 |
gtattttcatgcagacaagcttctcactgttaccaggaaatcaggatcagtcacttggaatgctattatgaaagctaggtttactcttagggatggtttt |
33242088 |
T |
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| Q |
608 |
gatttccgattgggtgatggcaactcctcattttggtttgttaattggtctagcataggaaagttaacagaaaagattctttatgtggacattcacgatc |
707 |
Q |
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| T |
33242089 |
gatttccgattgggtgatgacaactcctcattttggtttgttaattggtctgggataggaaagttaacagaaaaggttctttatgtggacattcacgatc |
33242188 |
T |
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| Q |
708 |
tcaatctaagagtgaaggatgtctttgtgaatggagcttggaattttaatcatatccacacaactctccctgcatctatcacagatagcttgaaaacgct |
807 |
Q |
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| T |
33242189 |
tcaatctaagagtgaaggatgtcttcgtgaatggagcttggaattttaatcatatctacacaactctccctgcatctattacagatagcttgaaaattct |
33242288 |
T |
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| Q |
808 |
ccccatt |
814 |
Q |
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| T |
33242289 |
ccccatt |
33242295 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 814
Target Start/End: Original strand, 33249410 - 33250216
Alignment:
| Q |
9 |
aatatatcagaagcaaacttaatatttaaaatatgaaatctattgttacgactacaagtatcctccgtactctttcccttgagaaatatttgggttttcc |
108 |
Q |
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| T |
33249410 |
aatatatcagaagcaaacttaatatttaaaatatgagatctattgttacgactacaagtatcctccgtactctttcccttgagaaatatttgggttttcc |
33249509 |
T |
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| Q |
109 |
catgatgcatggatgcctccaaaggagagattttgaatttt-ttgaggaaaacatatgccaacggttagcttcgcggcaacatcacctgttaaacaaagt |
207 |
Q |
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| T |
33249510 |
catgatgcatggaggcctccaaaggagagattttgaatttttttgaggaaaacataagccaacggttagcttcgtggcaacatcacctgttgaacaaagt |
33249609 |
T |
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| Q |
208 |
tggttgaatgactttggttaaatctgtattaatttcaattccctattattatatgcaagtggcttggttgccccaatcaacttgtgagtctattgataga |
307 |
Q |
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| T |
33249610 |
tggtcgaatgactttggttaaatctgtattaaattctattccctattattatatgcaagtggcttggttgccccaatcaacttgtgagtctattgataga |
33249709 |
T |
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| Q |
308 |
ttggcaataaatttcttgtggaaaggttcttccaattttgggatccaatcagttggattggagaaaataaccaaacccaaaaagctaggtggtcacggaa |
407 |
Q |
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| T |
33249710 |
ttggcaataaatttcttgtggaaaggttcttccaattttaggatctacttagttggctgggagaaaataaccaaacccaaaaagctaggtggtctcgaaa |
33249809 |
T |
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| Q |
408 |
cgaggaaggctagagaggctaacacatctctgctgggcatattagtttggaggttacatcaaaattgtgattctttatgggtgcaggttttaactcacaa |
507 |
Q |
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| T |
33249810 |
tcaggaaggctagagaggctaacacatctctgctgggcagattagtttggaggttacatcaaaattgtgattctttatgggtgaaggttttaactcacaa |
33249909 |
T |
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| Q |
508 |
gtatatttatgcagacaaacttctcactgttagtaggaaatcaggatcggtcacttggaatgctattatgaaagctaggtttgctcttagggatggtttt |
607 |
Q |
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| T |
33249910 |
gtattttcatgcagacaagcttctcactgttaccaggaaatcaggatcagtcacttggaatgctattatgaaagctaggtttactcttagggatggtttt |
33250009 |
T |
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| Q |
608 |
gatttccgattgggtgatggcaactcctcattttggtttgttaattggtctagcataggaaagttaacagaaaagattctttatgtggacattcacgatc |
707 |
Q |
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| T |
33250010 |
gatttccgattgggtgatgacaactcctcattttggtttgttaattggtctgggataggaaagttaacagaaaaggttctttatgtggacattcacgatc |
33250109 |
T |
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| Q |
708 |
tcaatctaagagtgaaggatgtctttgtgaatggagcttggaattttaatcatatccacacaactctccctgcatctatcacagatagcttgaaaacgct |
807 |
Q |
| |
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| T |
33250110 |
tcaatctaagagtgaaggatgtcttcgtgaatggagcttggaattttaatcatatctacacaactctccctgcatctattacagatagcttgaaaattct |
33250209 |
T |
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| Q |
808 |
ccccatt |
814 |
Q |
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| T |
33250210 |
ccccatt |
33250216 |
T |
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