View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5970_high_4 (Length: 615)
Name: NF5970_high_4
Description: NF5970
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5970_high_4 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 596
Target Start/End: Complemental strand, 10071048 - 10070444
Alignment:
| Q |
1 |
tgatgtggaagccagaatattccttttaaattcatatcattgatggaaatgatatt-gataatacatgaaaattactttgttattatccattaagattgt |
99 |
Q |
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| T |
10071048 |
tgatgtggaagccagaatattccttttaaattcatatcattgatggaaatgatatttgataatacatgaaaattactttgttattatccattaagattgt |
10070949 |
T |
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| Q |
100 |
acaaaatattacttcggatgagattgtatgtaaaagaaataaaataaaatatttattttttaaattaagcaaattagttgtatagttttcatttattaaa |
199 |
Q |
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| T |
10070948 |
acaaaatattacttcggatgagattttatgtaaaagaaataaaataaaatatttattttttaaattaagcaaattagttgtatagttttcatttattaaa |
10070849 |
T |
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| Q |
200 |
gtagatattaaaacttgaattttacaaaatcatttcttttattggatactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatattcgaactccgacgtttgca |
299 |
Q |
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| T |
10070848 |
gtagatattaaaacttgaattttacaaaatcatttcttttattggatactcaaaaagaaaaatgaaatgaaaaaattatattcgaactccgacgtttgca |
10070749 |
T |
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| Q |
300 |
tattaacatttttataggtattaactaagttgtgtttaccaaa--------attatcatatatcttaaaatatagaaatattatctctttttccatgcaa |
391 |
Q |
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| T |
10070748 |
tattaacatttttatagttattaactaagttgtgtttaccaaacatttgaaattattatatatcttaaaatatagaaatattatctctttttccatgcaa |
10070649 |
T |
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| Q |
392 |
ttgatattttctccttccttattatttctctacaacaaccataagcaaaggcaagagaggtttgagtgcaaggaaataacagcttctccactttcttatg |
491 |
Q |
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| T |
10070648 |
ttgatattttctccttccttattatttctctacaacaaccataagcaaaggcaagagaggtttgagtgcaaggaaataacagcttctccactttcttatg |
10070549 |
T |
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| Q |
492 |
ggccatatatcaaacgacacatttggtcaaggatcatgactgaaagatataaagttatattaatcattcattttggtggatgctagctacttttgttgta |
591 |
Q |
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| T |
10070548 |
ggccatatatcacacgacacatttggtcaaggatcatgactgaaagatataaagttatattaatcattcattttggtggatgctagctacttttgttgta |
10070449 |
T |
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| Q |
592 |
ctact |
596 |
Q |
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| T |
10070448 |
ctact |
10070444 |
T |
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