View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5971-Insertion-5 (Length: 840)

Name: NF5971-Insertion-5
Description: NF5971
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5971-Insertion-5
NF5971-Insertion-5
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (280-618)||(11050389-11050731)
chr5 (9-220)||(11050117-11050329)
chr5 (12-198)||(10719146-10719333)
chr5 (12-198)||(10749263-10749450)
chr5 (683-840)||(11050817-11050975)
chr5 (12-196)||(10765363-10765548)
chr5 (12-198)||(9838576-9838763)
chr5 (35-198)||(10562801-10562965)
chr5 (34-196)||(10742972-10743135)
chr5 (12-198)||(10609484-10609671)
chr5 (280-389)||(10218583-10218690)
chr5 (719-812)||(10218891-10218984)
chr5 (9-93)||(19608110-19608195)
chr5 (13-96)||(7190878-7190962)
chr5 (546-613)||(10218761-10218831)
chr5 (69-197)||(10548578-10548706)
chr5 (12-123)||(10556769-10556881)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (12-194)||(12897343-12897526)
chr6 (12-194)||(12904964-12905147)
chr6 (12-194)||(12946419-12946602)
chr6 (12-194)||(12955856-12956039)
chr6 (12-125)||(12930123-12930237)
chr6 (94-194)||(12955578-12955678)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-194)||(17925654-17925837)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 280 - 618
Target Start/End: Original strand, 11050389 - 11050731
Alignment:
Q  280 cattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatagttttgtttgtgtggaaaaattatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggta 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11050389 cattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatatttttgtttgtgtggaaaaattatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggta 11050488  T
Q  380 agaggtagcactgaatgagaattttaattttaatcatcttcgcattcnnnnnnnntaatgcagagtcaagtcaattgatacaacagacaaagaagcacga 479  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11050489 agagggagcactgaatgagaattttaattttaattatcttcgcattcaaaaagattaatgcagagtcaagtcaattgatacaacagacaaagaagcacga 11050588  T
Q  480 cacatgcatgggagcaaaagtgaatcacaaaattcacaatgttatatggact-----ttgatgannnnnnngtttggtagataaaagaaacgacaaagtt 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11050589 cacatgcatgggagcaaaagtgaatcacaaaattcacaatgttatatggactttttattgatgatatttttatttggtagataaaagaaac-acaaagtt 11050687  T
Q  575 attaaaaacttacatacacaaatgaaatagtcggagttcaaaca 618  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11050688 gttaaaaactcacatacacaaatgaaatagtcggaattcaaaca 11050731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 9 - 220
Target Start/End: Original strand, 11050117 - 11050329
Alignment:
Q  9 attgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11050117 attgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaag 11050216  T
Q  108 aattccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgcttgtgccac 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11050217 aattccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatgatctgtttggtttcctaatgcttgtgcaac 11050316  T
Q  208 aattctgtttggg 220  Q
    || ||||||||||    
T  11050317 aactctgtttggg 11050329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 198
Target Start/End: Original strand, 10719146 - 10719333
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactcttg-atgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10719146 gatccatgtaacagatatcctcctaggttcaactctgtaactctttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaat 10719245  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgc 198  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||| |  ||||  |||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10719246 tccaagattcaagagcttcatatggatcactggttattcattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggttacctaatgc 10719333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 12 - 198
Target Start/End: Original strand, 10749263 - 10749450
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactcttg-atgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10749263 gatccatgtaaatgatatccttctaagttcaactttgtaactctttcatgcatgggtttgcatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaat 10749362  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgc 198  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||   |||||| |||||| |||||   |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10749363 tccaagattcaagagctttatttgggtcactcgatattgattctttaaatttgtgcaatgccaaatgatctgtttggtttcctaatgc 10749450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 683 - 840
Target Start/End: Original strand, 11050817 - 11050975
Alignment:
Q  683 gttagccggccacttattgtccatatagnnnnnnnntagccggccacttttattctttttattgaaacatcaatagactgtctgtgccaattgttcttgt 782  Q
    |||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  11050817 gttagccggccacttattgtccatata-aaaaaaaatagccggccacttttattctttttattgaaacatcaatagactctttgtgccaattgttcttgt 11050915  T
Q  783 tacaaaactcattaccagttaccattgtatgg-ttatc-tttaattcatgatgatgatca 840  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  11050916 tacaaaacttattaccagttaccattgtatggtttgtcttttaattcatgatgatgatca 11050975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 12 - 196
Target Start/End: Original strand, 10765363 - 10765548
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  10765363 gatccatgtaactgatatcctgctaggttcaactctgtaaccctttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccactttcaaaagtggatggaagaat 10765462  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaat 196  Q
    |||||||||||||||||  || ||| ||||   |||||| |||||||||||| | |||||| || || |||| |||||||||||||    
T  10765463 tccaagattcaagagctttatatggatcacttgatattgattctttgaatttgagcaatgccaattgatctgattggtttcctaat 10765548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 198
Target Start/End: Original strand, 9838576 - 9838763
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||||||||  ||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  9838576 gatccatgcaacttgtatccttgtaagttcaattttgtaactctttgatgcatggggttgcatgtgattccatgccagttgcagaagtggatagaagaat 9838675  T
Q  111 tccaagattc-aagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgc 198  Q
    ||||||| || |||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||  | |||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  9838676 tccaagaatctaaga-ctccatttgggtcactggatattgattctttgaattggagcaatgcaagatgatcagtttggtttcctaatgc 9838763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 10562965 - 10562801
Alignment:
Q  35 taggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattcaagagctccattt 133  Q
    ||||||||||| | |||||||| |||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    | |    
T  10562965 taggttcaactctataactctttgatgcatggggttgcaagtgattccctgccacttgcagaagtggatggaagaattccaagattcaagagcattgtat 10562866  T
Q  134 gggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgc 198  Q
    || |||| | |||||| |||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10562865 ggatcactggatattgattctttgaatttgagcaatgctaaatgatctgtttggtttcctaatgc 10562801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Original strand, 10742972 - 10743135
Alignment:
Q  34 ctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattcaagagctccatt 132  Q
    |||||| ||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||     
T  10742972 ctaggtccaactctataactctttgatgcatggggttgcatgtgattccataccacttgcagaagtggatggaagaattccaagactcaagagctttata 10743071  T
Q  133 tgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaat 196  Q
    ||| ||||   |||||| |||||||||||| | |||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  10743072 tggatcacttgatattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatctgattggtttcctaat 10743135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 10609671 - 10609484
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||| |||||   ||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||| |||    
T  10609671 gatccatgcaactgatatccttcaaggttcaactctataactctttgttgcatagagctgcatgtgactccacgccacttacataaatggatggaaaaat 10609572  T
Q  111 tccaagattc-aagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcctaatgc 198  Q
    ||||||| || |||| |||||||||| |||  | |||||| |||||||||||||| |||||  ||||  || |||||||||||||||||    
T  10609571 tccaagaatctaaga-ctccatttggatcattggatattgattctttgaatttaagcaatgacaaataatcagtttggtttcctaatgc 10609484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 280 - 389
Target Start/End: Original strand, 10218583 - 10218690
Alignment:
Q  280 cattcggtttaggagaaaggtttatgctgtatagttttgtttgtgtggaaaaattatgttggaatagagaagaaacatatgcatttaaattatagtggta 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  10218583 cattcggtttaggagaaaggtttatgctatata-ttttgtttgtgtggaaaaattatg-tggaacagagaagaagcatatgcgttcaaattctagtggta 10218680  T
Q  380 agaggtagca 389  Q
    |||| |||||    
T  10218681 agagctagca 10218690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 719 - 812
Target Start/End: Original strand, 10218891 - 10218984
Alignment:
Q  719 tagccggccacttttattctttttattgaaacatcaatagactgtctgtgccaattgttcttgttacaaaactcattaccagttaccattgtat 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||    
T  10218891 tagccggccacttttattctttttattgaaatatcaatagatcgtttgtgccaattgttcttgttacaaaacttattatcagttatcattgtat 10218984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 93
Target Start/End: Original strand, 19608110 - 19608195
Alignment:
Q  9 attgatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgca 93  Q
    |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  19608110 attgatccatgcaattcatatccttgtaggttcaattctataactctttgatgcatggggctgcatgtgattccatgccaattgca 19608195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 7190962 - 7190878
Alignment:
Q  13 atccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaa 96  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||| ||||  | ||||||| |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7190962 atccatgcagctgatatccttccaagtttaactcggcaactctttgatgcatgggactgcatgtgattccataccacttgcagaa 7190878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 613
Target Start/End: Original strand, 10218761 - 10218831
Alignment:
Q  546 gtttggtagataaaagaaacgac---aaagttattaaaaacttacatacacaaatgaaatagtcggagttc 613  Q
    |||||||| ||||||||||||||   || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  10218761 gtttggtaaataaaagaaacgacgacaacgctattaaaaactcacatacacaaatgaaatagtcgaagttc 10218831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 69 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 10548706 - 10548578
Alignment:
Q  69 tgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaattccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaa 168  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||  ||||||||| |||||   || || |||||||| |  ||| | ||| |||||||||| |||    
T  10548706 tgcacgtgattccatgccagttgcaaaaatggatagaaccattccaagaatcaagcattctatgtgggtcactggttatagattccttgaatttaagcaa 10548607  T
Q  169 tgcaaaatggtctgtttggtttcctaatg 197  Q
    ||  | ||| || ||||||||||||||||    
T  10548606 tgatagatgatcagtttggtttcctaatg 10548578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 12 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 10556881 - 10556769
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactctt-gatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    ||||||||||||| ||||||   ||  |||||||  ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||  ||    
T  10556881 gatccatgcaacttatatccaggtaacttcaactcagtaactctttgatgcatggtgttgcatgtgattccataccagttgcaaaaatggatagaaccat 10556782  T
Q  111 tccaagattcaag 123  Q
    ||||||| |||||    
T  10556781 tccaagaatcaag 10556769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12897526 - 12897343
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12897526 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 12897427  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttccta 194  Q
    ||||||||||||||||    | |||||||| | | |||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  12897426 tccaagattcaagagcattgtatgggtcactggaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12897343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12905147 - 12904964
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12905147 gatccatgtaactgatatctttctaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 12905048  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttccta 194  Q
    ||||||||||||||||    | ||||||||    ||||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  12905047 tccaagattcaagagcattgtatgggtcactagttattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12904964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12946602 - 12946419
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||  |||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  12946602 gatccatgtaactgatatctttctagagtcaactgtgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaagtgaatggatgaat 12946503  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttccta 194  Q
    |||||||||||||||||   | |||||||| | | |||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  12946502 tccaagattcaagagctttgtatgggtcactggaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12946419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12956039 - 12955856
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12956039 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccttgccacttgcagaaatggatggaagaat 12955940  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttccta 194  Q
    ||||||||||||||||    | ||||||||   | |||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  12955939 tccaagattcaagagcattgtatgggtcacttgaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 12955856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 12930237 - 12930123
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12930237 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctacatgtgattccatgccacttgcagaagtggatggaagaat 12930138  T
Q  111 tccaagattcaagag 125  Q
    |||||||||||||||    
T  12930137 tccaagattcaagag 12930123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 94 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 12955678 - 12955578
Alignment:
Q  94 gaaatggatggaagaattccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttcct 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||   | |||| |||||||||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||    
T  12955678 gaaatggatggaagaattccaagattcaagagcattgtatgggtcactagaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttcct 12955579  T
Q  194 a 194  Q
    |    
T  12955578 a 12955578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 194
Target Start/End: Original strand, 17925654 - 17925837
Alignment:
Q  12 gatccatgcaactgatatccttctaggttcaactttgtaactc-ttgatgcatgaggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 110  Q
    |||||||| |||||||||| || |||| |||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17925654 gatccatgtaactgatatctttttaggctcaactctgtaactcgttcatgcatggggctgcatgtgattccatgccacttgcagaaatggatggaagaat 17925753  T
Q  111 tccaagattcaagagctccatttgggtcacggtatattgtttctttgaatttaatcaatgcaaaatggtctgtttggtttccta 194  Q
    |||||||||||||||||   | ||||||||   | |||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  17925754 tccaagattcaagagctttgtatgggtcactagaaattgattctttgaatttgagcaatgccaaatgatcagtttggtttccta 17925837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University