View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5972-Insertion-5 (Length: 735)

Name: NF5972-Insertion-5
Description: NF5972
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5972-Insertion-5
NF5972-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-723)||(37027509-37028227)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 723
Target Start/End: Original strand, 37027509 - 37028227
Alignment:
Q  9 attatttcatatactaatctatctatgtaactttagttt-----gtgtaataatttataaaacatatgtaacttttgttaaatttgcagatgctataaat 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37027509 attatttcatatactaatctatctatgtaacttcagtttaatttgtgtagtaattaataaaacatatgtaacttttgttaaatttgcagatgctataaat 37027608  T
Q  104 catggaagaggtagtagaagctactccatcaaatcatggaagaaactcaaattttcatcatttggctactcagacttagattcttcatatggtactcctt 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37027609 catggaagaggtagtagaagctactccatcaaatcatggaagaaactcaaattttcatcatttggctactcagacttagattcttcatatggtactcctt 37027708  T
Q  204 cttctcaaccacttccacctttcaattcacttgctccacaacctacctctctaccaccttattcacctgttccaaacccacctcatgatgtttttagacc 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37027709 cttctcaaccacttccacctttcaattcacttgctccacaacctacctctctaccaccttattcacctgttccaaacccacctcatgatgtttttagacc 37027808  T
Q  304 accaccaagtcctaaaaccgttgccacaatatcgccgccgccacctccaagccaatcaaaacatgttccaagcccacctaaaagtgttataggcccacct 403  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37027809 accaccaagtcctaaaaccattgttacaatgtcgccgccgccacctccaagcccatcaaaacatgttccaagcccacctaaaagtgttataggcccacct 37027908  T
Q  404 caagtatacttgcctcctattgtttatccaccaccaccttcaactcataagaagccaccacaatatgctatttggtgtgtggcaaagcctacagttcctg 503  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37027909 caagtatacttgccacctattgtttatccaccaccaccttcaactcataagaagccaccacaatatgctatttggtgtgtggcaaagcctacagttcctg 37028008  T
Q  504 gtcctataattcaagtggctatggactatgcctgtgggtctggggctgactgtaaatcagttcagcctaatgggatatgctttcagcccaacacagtgtt 603  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37028009 atcctataattcaagtggctatggattatgcctgtgggtctggggctgactgtaaatcagttcagcctaatgggatatgctttcagcccaacacagtgtt 37028108  T
Q  604 ggcacatgcttcttatgcattcaatagctattggcagaacactaagattggtnnnnnnnacttgtgattttggtggtactgctatgcttgtcactgttga 703  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37028109 ggcacatgcttcttatgcatttaatagctattggcagaacactaagattggt-ggggggacttgtgattttggtggtactgctatgcttgtcactgttga 37028207  T
Q  704 tccaagtaagtttgcactac 723  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37028208 tccaagtaagtttgcactac 37028227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University