View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5973-Insertion-1 (Length: 1033)

Name: NF5973-Insertion-1
Description: NF5973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5973-Insertion-1
NF5973-Insertion-1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (170-1033)||(54847806-54848702)
chr3 (9-110)||(54848675-54848772)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 170 - 1033
Target Start/End: Complemental strand, 54848702 - 54847806
Alignment:
Q  170 gcatcacattggcgaagattatattgttgagaaggataaatttnnnnnnnttgatttcatttttctatattgaaactgtacaatgtatataaaccgcatg 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848702 gcatcacattggcgaagattatattgttgagaaggataaatttaaaaaaattgatttcatttttctatattgaaactgtacaatgtatataaaccgcatg 54848603  T
Q  270 aatgcggaagtgctagaaatattaaacaataattaacttatatatacaacatgaggaagaaagcagagtaatgaatgattctaaacacgtgtttggaatg 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848602 aatgcggaagtgctagaaatattaaacaataattaacttatatatacaacatgaggaagaaagcagagtaatgaatgattctaaacacgtgtttggaatg 54848503  T
Q  370 acactgagattgtcagaattatggtgaacataataattttgacaaaaactacgttttagagcttgaataa-------------------atttgtcaatc 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||    
T  54848502 acactgagattgtcagaattatggtgaacataataattttgacaaaaactacgttttagagcttgaataagataacagtgtcacgctaaatttgtcaatc 54848403  T
Q  451 aaggtcaatccaaacatgtactgattcttgtgaacatccaaataattttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgac 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848402 aaggtcaatccaaacatgtactgattcttgtgaacatccaaataattttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgac 54848303  T
Q  551 aatgatatggattaaggttgatgaattcctttctatgagaatgtttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatg 650  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848302 aatgatatggattaaggttgatgaattccttcctatgagaatgtttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatg 54848203  T
Q  651 tacatcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaataccttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaa 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848202 tacatcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaataccttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaa 54848103  T
Q  751 aattaa------------ttaaacaaacaattaaatgctcttacttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttc 838  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848102 aattaattaattaattaattaaacaaacaattaaatgctcttacttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttc 54848003  T
Q  839 ttgttccatttgttcagcttaagag-aaaattat-aaatacaattgttaaaaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttga-tat 935  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  54848002 ttcttccatttgttcagcttaagagaaaaattataaaatacaattgtt-aaaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttgattat 54847904  T
Q  936 atatgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatgagaggcacattccgttacttaagaaaatgatt-gattggattggatttagattca 1033  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  54847903 atatgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatgagaggcacatt-cgttacttaagaaaatgattggattggattggatttagattca 54847806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 54848772 - 54848675
Alignment:
Q  9 aaaatctcttataaatttaataggtagtctcaagttcaaatatatagaaatcttacaattattgaatcaagatagcatcacattggtgaagattatagtg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  54848772 aaaatctcttataaatttaataggtagtctcaagttcaaaga----gaaatcttacaattattgaatcgagatagcatcacattggcgaagattatattg 54848677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University