View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5973-Insertion-3 (Length: 883)

Name: NF5973-Insertion-3
Description: NF5973
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5973-Insertion-3
NF5973-Insertion-3
[»] scaffold0187 (7 HSPs)
scaffold0187 (224-883)||(1-662)
scaffold0187 (9-549)||(27244-27791)
scaffold0187 (9-281)||(16916-17188)
scaffold0187 (9-281)||(6588-6860)
scaffold0187 (365-551)||(6904-7096)
scaffold0187 (365-551)||(17232-17424)
scaffold0187 (728-802)||(28124-28198)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (9-549)||(37911286-37911833)
chr1 (9-554)||(37881337-37881888)
chr1 (9-322)||(37867531-37867848)
chr1 (9-262)||(37855398-37855660)
chr1 (365-513)||(37855174-37855324)
chr1 (372-482)||(37867379-37867493)
chr1 (728-802)||(37910879-37910953)
chr1 (510-550)||(37854886-37854926)
chr1 (600-666)||(38474623-38474689)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (123-322)||(9239670-9239873)
chr7 (54-142)||(45759321-45759409)
chr7 (372-482)||(9239911-9240025)
chr7 (601-699)||(26765442-26765539)
chr7 (613-699)||(34726640-34726729)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (595-666)||(41513870-41513941)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (613-656)||(3007688-3007731)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (605-659)||(14013899-14013953)


Alignment Details
Target: scaffold0187 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: scaffold0187
Description:

Target: scaffold0187; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 224 - 883
Target Start/End: Original strand, 1 - 662
Alignment:
Q  224 cctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggtagactctttggttggtgagagtgag 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 cctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggtagactctttggttggtgagagtgag 100  T
Q  324 aatattaattagccttagtgactagaaagtagtatttaagaaaggaagtgt---gttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatat 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101 aatattaattagccttagtgactagaaagtagtattgaagaaaggaagtgttgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatat 200  T
Q  421 agtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagacaaggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagttca 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 agtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagacaaggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagttca 300  T
Q  521 catggaacagtaaattatgattcaacttttggacaaaggcacatcaacatatcaattaaaactataaccttgactgaaaaatatcaatcaagttagtccc 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  301 catggaacagtaaattatgattcaacttttggacaaaggcacatcaacatatcaattaaaactataaccttgattgaaaaatatcaatcaagttagtccc 400  T
Q  621 tccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaaacatatattgtcttaaatagtattttgctgcattaaagcattaataacatcttc 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  401 tccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaaacatatattgtcttaaatagtattttgctgcattaaaacattaataacatcttc 500  T
Q  721 acaactgtggtgcaaaatttgagaacatgtctaagttgattgatatttttcaatttaacggtctatattgatatcttgtaaatttgaggactaaattgat 820  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  501 acaactgtggtgcaaaatttgagaacatgtctaagttgattgatatttttcaatttaacggtctatattgatatctcgtaaatttgaggactaaattgat 600  T
Q  821 agtttacaaccatctataaaattgttgcttactcttcactacagacctttatgaattcattag 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  601 agtttacaaccatctataaaattgttgcttactcttcactacagacctttatg-attcattag 662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 549
Target Start/End: Original strand, 27244 - 27791
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27244 tgatcaggttgaccttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 27343  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc---------tttgcttgttactgct 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  27344 caccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttactgct 27443  T
Q  200 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27444 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 27543  T
Q  300 gactctttggttggtgagagtgagaatattaattagccttagtgactagaaagtagtatttaagaaaggaagtgtgttgtcttgtgttacaatctgaaag 399  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||  |||| ||||| |||||  ||||||    
T  27544 gactctttggttggtgagaatgagaatattaattagccttagtgactagaaagtagtattgaaggaaagaagtg-cttgtgttgtgctacaaattgaaag 27642  T
Q  400 ctagggggtctcagtttatatagtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagac-aaggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaat 498  Q
    |||||||||||   |||||||||||| |||||    |||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||    
T  27643 ctagggggtctatatttatatagtactaatta----taaacaacctttttgttaaacttagacaaaggaatctgattcaaaccactggggtgtctccaat 27738  T
Q  499 attc--atggtttaaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaacttt 549  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27739 attcctatggtttaaacaagatcacatggaactgtaaattatgattcaacttt 27791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 281
Target Start/End: Original strand, 16916 - 17188
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16916 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 17015  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataat------accctctttgcttgttactgctaga 202  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | ||| ||||||||| |        ||||||||||||||||| |||||    
T  17016 caccccaacttcctctatcttcatcacttggccatactttgttagcataagcaccatgatcataatactctcctccacctctttgcttgttactactaga 17115  T
Q  203 tttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttacta 281  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||||| |||   |||||||||||||||| ||||    
T  17116 tttaaaaatgttgaaaacagacctga---atgatgatttagaagacttcctttga---ttgtttcctcccatttcacta 17188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 281
Target Start/End: Original strand, 6588 - 6860
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6588 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaattcgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 6687  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataat------accctctttgcttgttactgctaga 202  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| | | ||| ||||||||| |        ||||||||||||||||| |||||    
T  6688 caccccaacttcctctatcttcatcacttggccatactttgttagcataagcaccatgatcataatactctcctccacctctttgcttgttactactaga 6787  T
Q  203 tttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttacta 281  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||||| |||   |||||||||||||||| ||||    
T  6788 tttaaaaatgttgaaaacagacctga---atgatgatttagaagacttcctttga---ttgtttcctcccatttcacta 6860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 365 - 551
Target Start/End: Original strand, 6904 - 7096
Alignment:
Q  365 aaggaagtgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatatagtaccaa---ttacta-ctaaacaccctttttgttaaacaaag 460  Q
    ||||||||||||| | ||||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  6904 aaggaagtgtgttatgttgtgctaaaacttggaagctagggggtctcagtttatatagtactaactattactaactaaacaccctttttgttaaactaag 7003  T
Q  461 acaa--ggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaacttttg 551  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  7004 acaaaaggaatctgattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagatcacatggaactgtaaattatgatacaacttttg 7096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 365 - 551
Target Start/End: Original strand, 17232 - 17424
Alignment:
Q  365 aaggaagtgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatatagtaccaa---ttacta-ctaaacaccctttttgttaaacaaag 460  Q
    ||||||||||||| | ||||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  17232 aaggaagtgtgttatgttgtgctaaaacttggaagctagggggtctcagtttatatagtactaactattactaactaaacaccctttttgttaaactaag 17331  T
Q  461 acaa--ggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaacttttg 551  Q
    ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  17332 acaaaaggaatctgattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaacaagatcacatggaactgtaaattatgatacaacttttg 17424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0187; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 728 - 802
Target Start/End: Original strand, 28124 - 28198
Alignment:
Q  728 tggtgcaaaatttgagaacatgtctaagttgattgatatttttcaatttaacggtctatattgatatcttgtaaa 802  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||||  ||||| |||||||| |||||||    
T  28124 tggtgcaaaatttaagaaaatgactaaattgattaatatatttcaatttaagagtctaaattgatattttgtaaa 28198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 37911833 - 37911286
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37911833 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 37911734  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc---------tttgcttgttactgct 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  37911733 caccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttactgct 37911634  T
Q  200 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911633 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 37911534  T
Q  300 gactctttggttggtgagagtgagaatattaattagccttagtgactagaaagtagtatttaagaaaggaagtgtgttgtcttgtgttacaatctgaaag 399  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||  |||| ||||| |||||  ||||||    
T  37911533 gactctttggttggtgagaatgagaatattaattagccttagtgactagaaagtagtattgaaggaaagaagtg-cttgtgttgtgctacaaattgaaag 37911435  T
Q  400 ctagggggtctcagtttatatagtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagac-aaggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaat 498  Q
    |||||||||||   |||||||||||| |||||    |||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||    
T  37911434 ctagggggtctatatttatatagtactaatta----taaacaacctttttgttaaacttagacaaaggaatctgattcaaaccactggggtgtctccaat 37911339  T
Q  499 attc--atggtttaaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaacttt 549  Q
    ||||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37911338 attcctatggtttaaacaagatcacatggaactgtaaattatgattcaacttt 37911286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 37881888 - 37881337
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37881888 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 37881789  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc---------tttgcttgttactgct 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||    
T  37881788 caccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttactgct 37881689  T
Q  200 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    ||||||||||||||| |||| | | ||| || |||||     
T  37881688 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttga---ctgtttcctcccatttcactagtta-gtatagagtggt- 37881594  T
Q  300 gactctttggttggtgagagtgagaatattaattagccttagtgactagaaagtagtatttaagaaaggaagtgtg-ttgtcttgtgttacaatctgaaa 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37881593 gactctttggttggtgagagtgagaatattaattatccttggtgactagaaagtagtattgaagaaaggaagtgtgtttgtcttgtgttacaatctgaaa 37881494  T
Q  399 gctagggggtctcagtttatatagtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagac--aaggaatcggattcaaaccactagggtgagtcca 496  Q
    ||||||| |||| | |||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||  | |||||| ||||||| ||| |  ||||||| ||    
T  37881493 gctagggagtcttaatttatatagtactaattactcataaacaccc-ttttgttaaactaagacagagggaatctgattcaacccattgaggtgagttca 37881395  T
Q  497 atattcatggtttaaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaacttttggac 554  Q
    |||||| ||||||||||||  |||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37881394 atattcttggtttaaacaaactcatgtggaacattaaattatcattcaacttttggac 37881337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 9 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 37867848 - 37867531
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37867848 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 37867749  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataatac---------cctctttgcttgttactgct 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  37867748 caccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttactgct 37867649  T
Q  200 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggta 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||     
T  37867648 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttga---ttgtttcctcccattttactactga-gtatagagtggt- 37867554  T
Q  300 gactctttggttggtgagagtga 322  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  37867553 gacactttggttggtgagagtga 37867531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 9 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 37855660 - 37855398
Alignment:
Q  9 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37855660 tgatcaggttgagcttggcaatgaatttgagattcagaaatacgtttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagcta 37855561  T
Q  109 caccccaactgcctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataatac---------cctctttgcttgttactgct 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  37855560 caccccaactacctctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttactgct 37855461  T
Q  200 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgtt 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37855460 agatttgaatatgttgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttgattgtt 37855398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 365 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 37855324 - 37855174
Alignment:
Q  365 aaggaagtgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatatagtaccaattactactaaacaccctttttgttaaacaaagacaa 464  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||  || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  37855324 aaggaagtgtgttatgttgtgctacaacttggaagctagggggtctcaatttatatagtactaattattactaaacaccccttttgttaaactaagacaa 37855225  T
Q  465 --ggaatcggattcaaaccactagggtgagtccaatattcatggtttaaac 513  Q
      |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37855224 agggaatctgattcaaacaactggggtgagtccaatattcatggttcaaac 37855174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 372 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 37867493 - 37867379
Alignment:
Q  372 tgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatatagtaccaattactac---taaaca-ccctttttgttaaacaaagacaagga 467  Q
    |||||||| ||||| |||||  || |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||   |||||| || |||||||||| | ||||||| ||    
T  37867493 tgtgttgtgttgtgctacaacttggaagctatggggtctcaatttatatagtacaaattactactaataaacagccttttttgttaagctaagacaaaga 37867394  T
Q  468 atcggattcaaacca 482  Q
    ||| |||||||||||    
T  37867393 atctgattcaaacca 37867379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 728 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 37910953 - 37910879
Alignment:
Q  728 tggtgcaaaatttgagaacatgtctaagttgattgatatttttcaatttaacggtctatattgatatcttgtaaa 802  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||||  ||||| |||||||| |||||||    
T  37910953 tggtgcaaaatttaagaaaatgactaaattgattaatatatttcaatttaagagtctaaattgatattttgtaaa 37910879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 510 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 37854926 - 37854886
Alignment:
Q  510 aaacaagttcacatggaacagtaaattatgattcaactttt 550  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37854926 aaacaagatcacatggaacagtgaattatgattcaactttt 37854886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 600 - 666
Target Start/End: Original strand, 38474623 - 38474689
Alignment:
Q  600 aatatcaatcaagttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaa 666  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  38474623 aatatcaatcaatttagttcctccatcaaaaaaattctttagcaaacatctaccaaaaccaataaaa 38474689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 123 - 322
Target Start/End: Original strand, 9239670 - 9239873
Alignment:
Q  123 ctgtcttcatcacttggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctc---------tttgcttgttactgctagatttgaatatgt 213  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9239670 ctgtcttcatcactaggccacactttgttatcatatgaagcattatcataataataccctcctcctcctctttgcttgttattgctagatttgaatatgt 9239769  T
Q  214 tgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctctgattgttgtttcctcccattttactactgaggtagagggtggtagactctttggttgg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||| || ||| || ||||  ||||||||||||||    
T  9239770 tgaaaactgacctgaatgatgatgatttagatgacttcctttga---ttgtttcctcccattttactaccga-gtatagagtgg-cgactctttggttgg 9239864  T
Q  314 tgagagtga 322  Q
    |||||||||    
T  9239865 tgagagtga 9239873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 142
Target Start/End: Original strand, 45759321 - 45759409
Alignment:
Q  54 ttcttgtattgagcaatgaatgctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctgcaccccaactgcctctgtcttcatcacttggcca 142  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  | ||| ||||||||||||| |||||    
T  45759321 ttcttgtatcgagcaataaaagctgtagctctcatgtcaataacaggatcagctaccccccatgtacctttgtcttcatcactaggcca 45759409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 372 - 482
Target Start/End: Original strand, 9239911 - 9240025
Alignment:
Q  372 tgtgttgtcttgtgttacaatctgaaagctagggggtctcagtttatatagtaccaattactac---taaac-accctttttgttaaacaaagacaagga 467  Q
    |||||||| ||||| |||||  || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||   ||||| ||| ||||| |||| | ||||||| ||    
T  9239911 tgtgttgtgttgtgatacaacttggaagctagggggtctcaatttatatagtacaaattactactaataaacaaccttttttattaagctaagacaaaga 9240010  T
Q  468 atcggattcaaacca 482  Q
    ||| |||||||||||    
T  9240011 atctgattcaaacca 9240025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 601 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 26765539 - 26765442
Alignment:
Q  601 atatcaatcaagttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaaacatatattgtcttaaatagtattttgctgcat 699  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||  |||  |  ||||||| |||||||||||||||||| |  | |||||||||| |||||||||||    
T  26765539 atatcaatcaatttagtcgctccaacaaaatatttatttattaagcatccataaaaaccaataaaaacataca-ggacttaaatagtcttttgctgcat 26765442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 613 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 34726729 - 34726640
Alignment:
Q  613 ttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaa---acatatattgtcttaaatagtattttgctgcat 699  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || |  ||||||| |||||||||||||   | | |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  34726729 ttagtccctccatcaaaatatttcttcagtaagcatccatgaaaaccaataaaagagatacatattgacttaaatagtcttttgctgcat 34726640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 595 - 666
Target Start/End: Original strand, 41513870 - 41513941
Alignment:
Q  595 tgaaaaatatcaatcaagttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaaccaataaaa 666  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||| ||||  |||||||| |||||||    
T  41513870 tgaaaaatatcaatcaatttagtctctccatcaaaatatttctttagcaaacatttatcaaaactaataaaa 41513941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 613 - 656
Target Start/End: Original strand, 3007688 - 3007731
Alignment:
Q  613 ttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaa 656  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||    
T  3007688 ttagtccctccatcaaaatatttctttagcaaacatccatcaaa 3007731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 605 - 659
Target Start/End: Original strand, 14013899 - 14013953
Alignment:
Q  605 caatcaagttagtccctccatcaaaatattttcttagcagacatccatcaaaacc 659  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||  |||| | |||||||||||||||    
T  14013899 caatcaatttagtccctctatcaaaatatttctttagtaaacatccatcaaaacc 14013953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University