View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5975_low_5 (Length: 516)

Name: NF5975_low_5
Description: NF5975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5975_low_5
NF5975_low_5
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-439)||(38456248-38456686)
chr5 (1-439)||(38180888-38181325)
chr5 (1-439)||(38189806-38190243)
chr5 (1-439)||(38208112-38208549)
chr5 (1-439)||(38217031-38217468)
chr5 (14-415)||(26032924-26033324)
chr5 (295-414)||(38447447-38447566)
chr5 (149-182)||(38447655-38447688)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (149-267)||(6067743-6067860)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (234-405)||(53351249-53351429)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (318-405)||(38342739-38342826)
chr1 (318-405)||(38446932-38447019)
chr1 (99-154)||(38343008-38343063)
chr1 (99-154)||(38447201-38447256)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (330-396)||(4121643-4121709)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38456686 - 38456248
Alignment:
1 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38456686 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 38456587  T
101 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38456586 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 38456487  T
201 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38456486 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 38456387  T
301 ctcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 400  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38456386 cttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 38456287  T
401 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38456286 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38456248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38181325 - 38180888
Alignment:
1 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
38181325 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatataacac-ctcatataaacaattttaacat 38181227  T
101 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38181226 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 38181127  T
201 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38181126 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 38181027  T
301 ctcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 400  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38181026 cttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 38180927  T
401 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38180926 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38180888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 38189806 - 38190243
Alignment:
1 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
38189806 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatataacac-ctcatataaacaattttaacat 38189904  T
101 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38189905 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 38190004  T
201 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38190005 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 38190104  T
301 ctcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 400  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38190105 cttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 38190204  T
401 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38190205 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38190243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38208549 - 38208112
Alignment:
1 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
38208549 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatataacac-ctcatataaacaattttaacat 38208451  T
101 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38208450 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 38208351  T
201 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38208350 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 38208251  T
301 ctcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 400  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38208250 cttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 38208151  T
401 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38208150 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38208112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 38217031 - 38217468
Alignment:
1 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
38217031 tataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatataacac-ctcatataaacaattttaacat 38217129  T
101 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38217130 ataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagttttt 38217229  T
201 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38217230 catttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaa 38217329  T
301 ctcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 400  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38217330 cttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgctt 38217429  T
401 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38217430 cttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38217468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 14 - 415
Target Start/End: Original strand, 26032924 - 26033324
Alignment:
14 atatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaatttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatg 113  Q
    |||| |||||||||||||||||| |   |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
26032924 atataagaagttccaataatgcttc---ccctgaaattaatgaaagtaacagtaaatttaacac-ctcgtataaacaattttaacatataaaagaaaatg 26033019  T
114 gaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccaca---ttattgtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctc 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
26033020 gaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacaatattattgtagaacatgtttgggacatctaaaagtttttcatttatctc 26033119  T
211 atcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatca 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||     
26033120 atcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatatgaaattcatcttcttgtgaatcctcaatttgttggctactattcagctcatcatcc 26033219  T
311 ggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggta 410  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26033220 agttccatgttgtcagggaagggtgacaagccacgcctttcaagttttctttttctcgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggta 26033319  T
411 actga 415  Q
    |||||    
26033320 actga 26033324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 295 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 38447566 - 38447447
Alignment:
295 attcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcatta 394  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
38447566 attcaactcatcatccagttccatgttgtcagggaagggtgacaagccacactttttatgttttctctttctcgcattccaaaagttcttgatgtcatta 38447467  T
395 tcgcttcttcccggtaactg 414  Q
    ||| ||||||| || |||||    
38447466 tcggttcttccaggcaactg 38447447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 38447688 - 38447655
Alignment:
149 gaagtacttcccacattattgtagaacatgtttg 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
38447688 gaagtacttcccacattattgtagaacatatttg 38447655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 7e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 149 - 267
Target Start/End: Original strand, 6067743 - 6067860
Alignment:
149 gaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtg 248  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
6067743 gaagtacttcccacgttattgtagaacatgtttgggacatctaaaagtgtttcatttatctcataaaaaatttatggatattttctaaatttcaattgtg 6067842  T
249 gtatattaaattcatcttc 267  Q
    ||||| |||||||||||||    
6067843 gtata-taaattcatcttc 6067860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 234 - 405
Target Start/End: Original strand, 53351249 - 53351429
Alignment:
234 taaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctact------------attcaactcatgatcaggttccatgtt 321  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |            ||||||||||| ||   ||||||| ||    
53351249 taaatttcacttgcggtatattaaattcatcatcttgtgaatccttaacttgttggctatttgaaccacttttattcaactcatcattcagttccatctt 53351348  T
322 gtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 405  Q
    ||| || ||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
53351349 gtcaggaaagggtgacat---acgcttttcaagttttctttttcttgcattccaaaaattcttgatgtcattatcgcttcttcc 53351429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 318 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38342826 - 38342739
Alignment:
318 tgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 405  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |  ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
38342826 tgttgtcagggaagggtgacaagcaatgtctttgatgttttctttttcttgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcggttcttcc 38342739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 318 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38447019 - 38446932
Alignment:
318 tgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 405  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |  ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
38447019 tgttgtcagggaagggtgacaagcaatgtctttgatgttttctttttcttgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcggttcttcc 38446932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38343063 - 38343008
Alignment:
99 atataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagta 154  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
38343063 atataaaagagaatggcattgcataatcaactcacctatcaatcaatgtagaagta 38343008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 99 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 38447256 - 38447201
Alignment:
99 atataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagta 154  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
38447256 atataaaagagaatggcattgcataatcaactcacctatcaatcaatgtagaagta 38447201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 330 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4121709 - 4121643
Alignment:
330 agggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatc 396  Q
    ||||||| | ||||| ||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
4121709 agggtgataggccactctttttatattttctttttcttgcattccaaaagttcttgatagcattatc 4121643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University