View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5977-Insertion-1 (Length: 985)

Name: NF5977-Insertion-1
Description: NF5977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5977-Insertion-1
NF5977-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-934)||(42193182-42194099)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 934
Target Start/End: Original strand, 42193182 - 42194099
Alignment:
Q  11 aggttggtattttgtggatgtcgatgtcactaaacaaaattgacacccattttgggagtgatactgaaagggggagtttgttttacacttgtcgttattt 110  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193182 aggttggtattttgtggatgtcaatgtcactaaacaaaattgacacccattttgggagtgatactgaaagggggagtttgttttacacttgtcgttattt 42193281  T
Q  111 gttgggtgaaggttcattttcaaatgttaaataattaataataaaaggttgtgctgaaaaaa--ggttgaggattttctaatgaagtgaaacttcttttg 208  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193282 gttgggtgaaggtttattttcaaatgttaaataattaataataaa-ggttgtgctgaaaaaaaagattgaggattttctaatgaagtgaaacttcttttg 42193380  T
Q  209 acaatttgaaaaggattgggtatcataagcagtacaattgaaaagatgttgtaccaaaagatatgcatgtttgattgtttgatttaacagtgattttgct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193381 acaatttgaaaaggattgggtatcataagcagtacaattgaaaagatgttgtaccaaaagatatgcatgtttgattgtttgatttaacagtgattttgct 42193480  T
Q  309 agaattacgatgagtgtttttgaaaatcgaagtgtgattgactctgattctgacaaacatagtgataccatgcacaaaatctatcttttccaaataattt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193481 agaattacgatgagtgtttttgaaaatcgaagtgtgattgactctgattctgacaaacatagtgataccatgcacaaaatctatcttttccaaataattt 42193580  T
Q  409 cattacaacttgtgtgtatttgatcacagctcgagtgtacattttaattgttcattcaacttcaattttaaattaaataagaaaataaactcaactctat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193581 cattacaacttgtgtgtatttgatcacagctcgagtgtacattttaattgttcattcaacttcaattttaaattaaataagaaaataaactcaactctat 42193680  T
Q  509 aaaaaagttgcacaagatatttcatgcnnnnnnntaatgttggaaacattaaaatcatggttgatattttaccttaaaagattagtagatttgcatggta 608  Q
     |||||||||||||||||||||||||         ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193681 caaaaagttgcacaagatatttcatgaaaaaaaaaaatgttggaaatattaaaatcatggttgatattttaccttaaaagattagtagatttgcatggta 42193780  T
Q  609 attttttagagatatgatgatgagacttctaattcttaagactatggatttttcaggcataggttgctgatgttaaacatgatgagatagagcagcatga 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42193781 attttttagagatatgatgatgagacttctaattcttaagactatggatttttcaggcata-attgctgatgttaaacatgatgagatagagcagcatga 42193879  T
Q  709 tcaagatcaagcttcagtgaaacagtctttaatttcatcctataagaaaaacttataccctgctcttaaagaagatattcagcacattaacactgagcca 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  42193880 tcaagatcaagcttcagtgaaacagtcattaatttcatcctataagaaaaacttataccctgctcttaaagaagatattcagcacattaacacagaacca 42193979  T
Q  809 gtggtttttgcatcaagaggaacatctagacgtaagtgaaatttttgttgttccatttggattgatgttgcttctactttaaggcat-gaattattatgg 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  42193980 gtggtttttgcatcaagaggaacatctagacgtaagtgaaattttcg-tgtt-cattt-gattgatgttgcttctactttaaggcatggaattattat-g 42194075  T
Q  908 tacaaaaaccataacccatatggctaa 934  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||||    
T  42194076 tac-aaaaccata--ccatatggctaa 42194099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University