View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5977-Insertion-4 (Length: 870)

Name: NF5977-Insertion-4
Description: NF5977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5977-Insertion-4
NF5977-Insertion-4
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (8-864)||(4329335-4330199)
chr7 (8-864)||(4497715-4498574)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (228-295)||(15620730-15620799)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 864
Target Start/End: Complemental strand, 4330199 - 4329335
Alignment:
Q  8 acaagttaactgtgcttgatgtttcaaataacttgttatctggtaatcttggccactgttggattcattggcaaaatttaatgcacttgaatttaggaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4330199 acaagttaactgtgcttgatgtttcaaataacttgttatctggtaatcttggccactgttggattcattggcaaaatttaatgcacttgaatttaggaag 4330100  T
Q  108 aaacaatttgtctggtgaaattccaaactccattggttttttatctgaacttgaatctttgctattagatgacaatgatttttatagatccattccttca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4330099 aaacaatttgtctggtgaaattccaaactccattggttttttatctgaacttgaatctttgctactagatgacaatgatttttatggatccattccttca 4330000  T
Q  208 actctgcaaaattgttctatgttgaagttcattgacctgggaaataacaaactttctgacacattaccatcttggatttgggaaatgcaatatctaatgg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4329999 actctgcaaaattgttctatgttgaagttcattgacctgggaaataacaaactttctgacacattaccatcttggatttgggaaatgcaatatctaatgg 4329900  T
Q  308 ttcttcgtctgcgatctaacgaattcaaaggtagcattactcaaaagatgtgtcaactttcgtcccttattgtgctagatattgccaacaatagcctatc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4329899 ttcttcgtctgcgatctaacgaattcaaaggtagcattactcaaaagatgtgtcaactttcgtcccttattgtgctagatattgccaacaatagcctatc 4329800  T
Q  408 aggaacaatccccaattgtttgaatgaaatgaaaacaatggctggtgaagatgatttctttgccaaccctttaaaatataactatggttttggctttaac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4329799 aggaacaatccccaattgtttgaatgaaatgaaaacaatggctggtgaagatgatttctttgccaaccctttaaaatataactatggttttggctttaac 4329700  T
Q  508 tataacaattacaaagaaagtcttgtcctggttccaaaaggagatgagttggagtatagagacaacttgatacttgtgagaatgattgatctttcaagta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4329699 tataacaattacaaagaaagtcttgtcctggttccaaaaggagatgagttggagtatagagacaacttgatacttgtgagaatgattgatctttcaagta 4329600  T
Q  608 ataatctttttggaactattcctcctcaaattgcgaagctatccgcgcttcggtttttgaacttgtctcaaaacagtctttatggagagatacc-aatga 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4329599 ataatctttttggaactattcctcctcaaattgcgaagctatccgcgcttcggtttttgaacttgtctcaaaacagtctttatggagagataccaaatga 4329500  T
Q  707 catggggaaaatgaaattgttagaatcacttgatctttcattgaac-aaatttca-gtcaaatacctcaaagtatgtctga-ttgtcattttt-agtttc 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4329499 catggggaaaatgaaattgttagaatcacttgatctttcattgaacaaaatttcaggtcaaatacctcaaagtatgtctgatttgtcatttttaagtttc 4329400  T
Q  803 ctgaatctatcaa--cacaacctatcagg-agaattcc-actagcactctcacttcagagctttga 864  Q
    |||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  4329399 ctgaatctatcaaacaacaacttatcaggaagaattccaactagcactc-aacttcagagctttga 4329335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 864
Target Start/End: Original strand, 4497715 - 4498574
Alignment:
Q  8 acaagttaactgtgcttgatgtttcaaataacttgttatctggtaatcttggccactgttggattcattggcaaaatttaatgcacttgaatttaggaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4497715 acaagttaactgtgcttgatgtttcaaataacttgttatctggtgatcttggtcactgttggatacattggcaaaatttaatgcacttgaatttaggaag 4497814  T
Q  108 aaacaatttgtctggtgaaattccaaactccattggttttttatctgaacttgaatctttgctattagatgacaatgatttttatagatccattccttca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  4497815 aaacaatttgtctggtgaaattccaaatcccatcggttttttatctgaacttgaatctttgctactagatgacaatgatttttatggatccattccttcc 4497914  T
Q  208 actctgcaaaattgttctatgttgaagttcattgacctgggaaataacaaactttctgacacattaccatcttggatttgggaaatgcaatatctaatgg 307  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4497915 actctgcaaaattgttctatg---aagttcattgacttgggaaataacaaactttctgacacattgccatcttggatttgggaaatgcaatatctaatgg 4498011  T
Q  308 ttcttcgtctgcgatctaacgaattcaaaggtagcattactcaaaagatgtgtcaactttcgtcccttattgtgctagatattgccaacaatagcctatc 407  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498012 ttcttcgtttgcgatctaatgaattcaaaggttgcattactcaaaagatgtgccaactttcgtcccttattgtgctagatattgccaacaatagcctatc 4498111  T
Q  408 aggaacaatccccaattgtttgaatgaaatgaaaacaatggctggtgaagatgatttctttgccaaccctttaaaatataactatggttttggctttaac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  4498112 aggaacaatccccaattgtttgaatgaaatgaaaacactggcgggtgaagatgatttctttgccaaccctttaaaatatttctatggttttggctttaac 4498211  T
Q  508 tataacaattacaaagaaagtcttgtcctggttccaaaaggagatgagttggagtatagagacaacttgatacttgtgagaatgattgatctttcaagta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498212 tataacaattacaaagaaagtcttgtccttgttccaaaaggagatgagttggagtatagagacaatttgatacttgtgagaatgattgatctttcaagta 4498311  T
Q  608 ataatctttttggaactattcctcctcaaattgcgaagctatccgcgcttcggtttttgaacttgtctcaaaacagtctttatggagagatacc-aatga 706  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||| |||||    
T  4498312 ataatctttttagaactattccacctcaaatttcgaagctatctgcacttcggtttttgaacttgtctcgaaaccgtctttatg--gagataccaaatga 4498409  T
Q  707 catggggaaaatgaaattgttagaatcacttgatctttcattgaac-aaatttca-gtcaaatacctcaaagtatgtctga-ttgtcattttt-agtttc 802  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  4498410 catggggaaaatgaaattgttagaatcaattgatctttcattgaacaaaatttcatgtcaaatacctcaaagtatgtctgatttgtcatttttaagtttc 4498509  T
Q  803 ctgaatctatcaa--cacaacctatcagg-agaattcc-actagcactctcacttcagagctttga 864  Q
    |||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  4498510 ctgaatctatcaaacaacaacttatcaggaagaattccaactagcactc-aacttcagagctttga 4498574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 228 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15620799 - 15620730
Alignment:
Q  228 gttgaagttcattgacctgggaaataacaaactttctgacacat--taccatcttggatttgggaaatgc 295  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||  ||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  15620799 gttgaagttcactgacttgggcaataaccaactttcccacacattataccagcttggatttgggaaatgc 15620730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University