View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5977-Insertion-7 (Length: 732)

Name: NF5977-Insertion-7
Description: NF5977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5977-Insertion-7
NF5977-Insertion-7
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (7-732)||(21384001-21384729)
chr4 (7-287)||(21372828-21373108)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 560; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 732
Target Start/End: Complemental strand, 21384729 - 21384001
Alignment:
Q  7 cacttccggttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccaccttcaaaagagatcaatgaagaacactattacacttctgaatggaa 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21384729 cacttccagttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccagcttcaaaagagatcaatgaagaacactattacacttctgaatggaa 21384630  T
Q  107 tgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctgagagaggtaagcgtgtggcttctgcagcaacacca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21384629 tgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctgagagaggaaagcgtgtggcttctgcagcaacacca 21384530  T
Q  207 ccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccacttta-tttgtttaaagtttaagggctaatgaatttcccatgctttaataagtta 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21384529 ccaaatacaactcctacccactagtagtacaagt--tatgccccactttattttgtttaaagtttaagggctaatgaatttcccatgctttaataagtta 21384432  T
Q  306 atattggtgtaaagttttacaccgttgaaactcctagataggatttggtgnnnnnnnnctcctttgatgtgaaaccctactttaaaagttcaagtgagat 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  21384431 atattggtgtaaagttttacaccgttgaaactcctagataggatttggtg-tttttttctcctttgatgttgaaacctactttaaaagttcaagtcagat 21384333  T
Q  406 gtaatggtttatattataatgatctgtcaatatatgtgcatgtaatataaactagattattttcttccacaaaatatc-ttattttcttaattatttttt 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  21384332 gtaatggtttatattataatgatctgtcaatatatgtccatgtaatataaactagattattttcttccacaaaatatctttattttcttaattatatttt 21384233  T
Q  505 actaattaaaacaaattgaccaatttaatcaagtgaatggagtatatcaag----tgattaattaaatttcgaatagagtttctgaagtttgaactctga 600  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21384232 actacttaaaacaaattgaccaatttaatcaagtgaat-gagtatatcaagtgattgattaatcaaattttgaatagagtttctaaagtttgaactctga 21384134  T
Q  601 caaaaataattattgattagacattatttacctcccgattataggtta-aaccagtttcattttaaaaaatcaaatgatttgactgcacatcttcatcgt 699  Q
    |  ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21384133 cggaaacaattattgattagacgttatttacctcctgattataggttataaccagtttcattctaaaaaatcaaatgatttgactgcatatcttcatcgt 21384034  T
Q  700 aaacttttgaatataagggtcctctttaactcc 732  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21384033 aaacttttggatataagggtcctctttaactcc 21384001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 7 - 287
Target Start/End: Original strand, 21372828 - 21373108
Alignment:
Q  7 cacttccggttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccaccttcaaaagagatcaatgaagaacactattacacttctgaatggaa 106  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21372828 cacttccagttgcttttgttcattttccacagtggggtagcatgttccttccagcttcaaaagagatcaatgaagaacactattacacttctgaatggaa 21372927  T
Q  107 tgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctgagagaggtaagcgtgtggcttctgcagcaacacca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21372928 tgaagatgaagtacagaaaggtttgcatcaaccaagtcttaggtttgctgagaatagtcgttctgagagaggaaagcgtgtggcttctgcagcaacacca 21373027  T
Q  207 ccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccactttatttgtttaaagtttaagggctaatgaatttc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21373028 ccaaatacaactcctacccactagtagtacaagttatatgccccactttatttgtttaaagtttaagggctaatgaatttc 21373108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University