View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5977-Insertion-8 (Length: 463)

Name: NF5977-Insertion-8
Description: NF5977
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5977-Insertion-8
NF5977-Insertion-8
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (7-463)||(39471922-39472378)
chr5 (74-459)||(39454592-39454977)
chr5 (43-453)||(39450921-39451338)
chr5 (68-457)||(39475453-39475848)
chr5 (60-359)||(39464465-39464764)
chr5 (63-453)||(39470594-39470984)
chr5 (68-453)||(39486406-39486803)
chr5 (68-463)||(39458121-39458516)
chr5 (60-453)||(39460189-39460585)
chr5 (68-189)||(39480320-39480441)
chr5 (216-457)||(39483355-39483599)
chr5 (410-450)||(39464395-39464435)
chr5 (73-177)||(43312626-43312730)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 463
Target Start/End: Original strand, 39471922 - 39472378
Alignment:
Q  7 cacttctaacacaaagaaaaagagagtcactcatactaagtgtatatccattttcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctctttt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39471922 cacttctaacacaaagaaaaagagagtcactcatactaagtgtataaccattttcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtccctttt 39472021  T
Q  107 ccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccac 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472022 ccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccac 39472121  T
Q  207 acatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472122 acatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatca 39472221  T
Q  307 aggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtacctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgct 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472222 aggtccctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagtagtatctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgct 39472321  T
Q  407 tttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtc 463  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472322 tttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtc 39472378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 74 - 459
Target Start/End: Original strand, 39454592 - 39454977
Alignment:
Q  74 atgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtc 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||| | ||  || ||| |||||||  | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39454592 atgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttctcctggtgttggccatttagtttccacccttgagttcgcgaaacttctaatcaaccgtgataaccgtc 39454691  T
Q  174 tccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaacct 273  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| ||||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  39454692 tccgaataactgttttagtcctcaaatttccacacgccactgaaactgatgtatacagtaaatctcttccaatctccgattcaatccgcatcatcaacct 39454791  T
Q  274 tccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtacctaacctc 373  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||  ||| || |||||| ||| | || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  39454792 tccagaatgctctcttcccccaaacactaatccagtttcctccatgtccgctcaccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagccgtatctaacctc 39454891  T
Q  374 attaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctc 459  Q
    |||||  |   || || ||||||||| || ||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  39454892 attactggtgaagcaagtggagtcctcgcagctttcgttgttgacatgtcctgcacagccatgattgatgttgccaaagagttctc 39454977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 43 - 453
Target Start/End: Original strand, 39450921 - 39451338
Alignment:
Q  43 taagtgtatatcc-attttcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtt 141  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | || | | ||| |||||||  | || || ||    
T  39450921 taagtgtatatcctattatcctgtgcttcaagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcctggtgtgagccatctagtttccacccttgaatt 39451020  T
Q  142 tgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatccctt 241  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  39451021 cgcgaagcttctaatcaatcgtgataaccgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacatatatcagaaaatgatgtcaacactaaatccctt 39451120  T
Q  242 cctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggtt---cctctatgactgcgctcctcgaagctc 338  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||  ||| |||||   | || ||| |||| |||||||||||||    
T  39451121 cctatctcagattctctcaacatcatcaaccttccagaagtttctcttcctccaaacaccaatccaggtttcgcttccatgcctgctctcctcgaagctc 39451220  T
Q  339 agaaaccaaacgtcaaacaagttgtacctaacctcattac---cagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacat 435  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||  ||||||||| |||     ||  ||||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||||||| | |||    
T  39451221 agaaaccaaatgtcaaacaagccgtttctaacctcactactggaggaggagaaaatggagtcctcgccaccatcgttgttgacatgttctgcaccaccat 39451320  T
Q  436 gattgatgttgccaaaga 453  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  39451321 gattgatattgccaaaga 39451338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 68 - 457
Target Start/End: Original strand, 39475453 - 39475848
Alignment:
Q  68 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgata 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  | | ||| || ||||  | || ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39475453 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttatcccttttcccggtctgagccatctaatttccacacttgagtttgtgaagcttctaatcaatcgtgata 39475552  T
Q  168 accgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcat 267  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  39475553 accgtctccgagtaactgttttagttatcaaattcccacacataacagaaaatgatgtcaacactaaatcccttcctatctcagaatctctcaacatcat 39475652  T
Q  268 caaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctct---atgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgta 364  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||   ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||     
T  39475653 caaccttccagaagtttctcttcccccaaacaccgatccaggtttctcttccatgacagctctcctcgaagctcagaaaccaaacgtaaaacaagctgtc 39475752  T
Q  365 cctaacctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttc 457  Q
     | ||||||| ||| |||  ||   || |||||  ||| ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||| ||||||    
T  39475753 tccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctcgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgatcaatgttgccaatgagttc 39475848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 60 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 39464764 - 39464465
Alignment:
Q  60 tcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaa 159  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||  |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  39464764 tcctgtgcttcaaaatgaagaaagcagaagtagtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgcccttgagtttgcgaagcttctaatcaa 39464665  T
Q  160 ccgtgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactc 259  Q
    ||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||| |||| || || ||||| ||     
T  39464664 ccgtgataaccgtctccgaataaccatcttagtcatcaaactcccacaaaccgcagaatccgatgtctacactaaatccattcccatatctgattctctt 39464565  T
Q  260 cacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaag 359  Q
     |  |||||||||||||||||  ||||||| ||| || | | |||| ||||||| ||||||  || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  39464564 aatgtcatcaaccttccagaagtttctcttccccaaacctctgatccaggttccgctatgaacgctctccttgatgctcacaaaccaaacgtcaaacaag 39464465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 63 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 39470984 - 39470594
Alignment:
Q  63 tgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccg 162  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||||||||| || ||||||| ||||  |||||| ||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||     
T  39470984 tgtgctccaacatgaagaaagtggaagtggtgtttatcccttttcccgctgtaggtcatctagtttctgccttagagttcgccaagcttctaatcaacca 39470885  T
Q  163 tgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccac 262  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||   ||||| | ||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||||     
T  39470884 tgataaccgcctctgaataactgtcttagtcatgaaattcccacacactgcagaatctgatgtctacgctaaatccattcccatctctgattctctccat 39470785  T
Q  263 atcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttg 362  Q
     |||||||||||||||||  |||| ||  ||||| | | |||| ||||||   |||||  || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |     
T  39470784 gtcatcaaccttccagaagtttctgttctcccaacctctgatccaggttcggatatgaacgctctcctcgaagctcataaagcaaacgtcaaacaagcta 39470685  T
Q  363 tacctaacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaaga 453  Q
    |  | ||||||| |||  ||  | || |||||  ||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39470684 tctccaacctcactactggagaacaacatggacccctcgccgctgtcattgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaaga 39470594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 68 - 453
Target Start/End: Original strand, 39486406 - 39486803
Alignment:
Q  68 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgata 167  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || |||  || | ||  |||||| |||||||  | || || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39486406 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 39486505  T
Q  168 accgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacaga-aac-----cgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactcca 261  Q
    ||||||||||||||||  | || || |||||||||||||||| ||||||  ||     |||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  39486506 accgtctccgaataaccatcttggtcatcaaattcccacacaccacagatgacgatgtcgatgtctacacaaaatcccttcccatttccgattctctcca 39486605  T
Q  262 catcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagtt 361  Q
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | | |||     ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  39486606 ggtcatcaaccttccagaatgttctcttcccccaaacaccgaaccacgttttgtcatgaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagct 39486705  T
Q  362 gtacctaacctcattaccagatcagaaaa------tggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaaga 453  Q
    ||| | ||||||| ||| |||  || | |      ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||    
T  39486706 gtatccaacctcactactagagaaggacaaccacctggacaccttgccgccttcgttgttgacatgttctgcaccaccatgattgatattgccaaaga 39486803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 68 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 39458516 - 39458121
Alignment:
Q  68 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgata 167  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||  || | ||  |||||| |||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39458516 tccaggatgaagaaagcagaagtggtgattatctcttcacctggtgttggtcatctagtttccaccctcgaatttgcaaagcttctaatcaaccgtgata 39458417  T
Q  168 accgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcat 267  Q
    ||||||||||||||||| | || || || ||||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||| | |||  |||||| ||  ||||  |    
T  39458416 accgtctccgaataactatcttggtcatgaaatttccacacacaacagaaatagatgtctacactaaatcccttgccatcgacgattctcttaacattgt 39458317  T
Q  268 caaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtacct 367  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||  |  ||||   |||   |  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||  |     
T  39458316 cgaccttccagaatgttctcttcccccaaactccaatataacttccggcatggtggatctcctcaaagctcagaaaccaaacgtcaaaaaagccgtctcc 39458217  T
Q  368 aacctcattaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttctctgtc 463  Q
    ||||||| ||    | |||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||| || ||||||    
T  39458216 aacctcactaaagcaccagaaaatggagtcctagctgcattcattgttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgtaaaagaattttctgtc 39458121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 60 - 453
Target Start/End: Original strand, 39460189 - 39460585
Alignment:
Q  60 tcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaa 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| | |  | | ||| ||| |||  | || ||||| || |||||||||| |||    
T  39460189 tcctgtgctccaagatgaagaaagcagaagttgtgtttatcccttttcccggtccgagccatctagattccacccttgagttcgcaaagcttctaaccaa 39460288  T
Q  160 ccgtgataaccgtctccgaataactgttttagttatcaaattcccacacatcacagaaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactc 259  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||  |||| || ||| ||||| |||   ||||| |||||||  |||||||||| ||||| |  || ||||| |||    
T  39460289 ccgtgataagcgcctccgaattactgtcctagtcatgaaactcccatacacatcagaatccgatgttaacactaaatcacttcccacttctgattctctc 39460388  T
Q  260 cacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctctatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaag 359  Q
     ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  || | |  ||||   ||||  ||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39460389 gacatcatcaaccttccagaagtttctcttcccccaaacatcgaaccaacttccagaatgatggctttcctcgaagctcagaaatcaaacgtcaaacaag 39460488  T
Q  360 ttgtacctaacctc---attaccagatcagaaaatggagtccttgccgcttttgttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaaga 453  Q
      ||| |||| |||   | ||| |||  | || |||||  |||  | || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  39460489 ccgtatctaatctcactactactagagaaaaacatggaaccctcacagcctttgttgttgacatgttctgcactaaaatgattgatattgccaaaga 39460585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 68 - 189
Target Start/End: Original strand, 39480320 - 39480441
Alignment:
Q  68 tccaagatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgata 167  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| || || |||  || | ||  |||||| |||||||  | || || || |||||||||||||||||||||||||    
T  39480320 tccaggatgaagaaagcagaagtggtgattatcccttcacctggtgttggtcatctagtttccacccttgaattcgcgaagcttctaatcaaccgtgata 39480419  T
Q  168 accgtctccgaataactgtttt 189  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  39480420 accgtctccgaataactgtttt 39480441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 216 - 457
Target Start/End: Original strand, 39483355 - 39483599
Alignment:
Q  216 aaaccgatgtctacactaaatcccttcctatctccgattcactccacatcatcaaccttccagaatgttctcttgccccaaacacagatcaaggttcctc 315  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||  ||||  ||  |  | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||   |||| || |||  |    
T  39483355 aaaccaatgtctaccctaaatcccttcccatctttgattttcttaatgtaatcaaccttccagaatgttatcttcccccaaacttcgatctagtttctgc 39483454  T
Q  316 tatgactgcgctcctcgaagctcagaaaccaaacgtcaaacaagttgtacctaacctcattaccagatcag---aaaatggagtccttgccgcttttgtt 412  Q
     || |  || ||||| |||||||||||||||||| | | ||||| |||  | ||||||| ||| |||  ||   || |||||  |||  |||| || |||    
T  39483455 catcaacgctctccttgaagctcagaaaccaaacataatacaagctgtctccaacctcactactagagaaggacaacatggacacctctccgccttcgtt 39483554  T
Q  413 gttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaaagagttc 457  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  39483555 gttgacatgttctgcaccaccatgattgatgttgccaatgagttc 39483599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 410 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 39464435 - 39464395
Alignment:
Q  410 gttgttgacatgttctgcacaaacatgattgatgttgccaa 450  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39464435 gttgttgacatgttctgcaccaacatgattgatgttgccaa 39464395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 43312730 - 43312626
Alignment:
Q  73 gatgaagaaagcagaagtggtgtttgtctcttttccggctgagggtcatatagtttctgctctcgagtttgcgaagcttctaatcaaccgtgataaccgt 172  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| || ||| ||| | || ||| ||| |||| ||  | || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  43312730 gatgaagaaactagaagtggtgtttatcccttctccaggtgtgggacatttagtatccacccttgagtttgctaagcttctcatcaaccgtgataaccgt 43312631  T
Q  173 ctccg 177  Q
    |||||    
T  43312630 ctccg 43312626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University