View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5987_low_3 (Length: 866)

Name: NF5987_low_3
Description: NF5987
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5987_low_3
NF5987_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (36-848)||(12512132-12512960)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 12512960 - 12512132
Alignment:
Q  36 cttgataggtgtcgacattctaaatacacaattatccaaaagctcacaatattaaaggacaaatctcttacttccaagttgacaaaaacgaaattagtgg 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512960 cttgataggtgtcgacattctaaatacacaattatccaaaagctcacaatattaaaggacaaatctcttacttccaagttgacaaaaacgaaattagtgg 12512861  T
Q  136 catcttaatcttaaggccacatttaggtgattagtcataattcaaatggaccacgtcttcaacaataggacaaaatagccatcttaatttcacccgctaa 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512860 catcttaatcttaaggccacatttaggtgattagtcataattcaaatggaccacgtcttcaacaataggacaaaatagccatcttaatttcacccgctaa 12512761  T
Q  236 acacaatttgcaacaaattaaataatccgaaatcatatcatataaaaataaggtgaaagcatttaagggtaaatggaaacagaagaaaaaacaagggtac 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512760 acacaatttgcaacaaattaaataatcctaaatcatatcatataaaaataaggtgaaagcatttaagggtaaatggaaacagaagaaaaaacaagggtac 12512661  T
Q  336 aaaaataagtggagcccttaattcattctatcaacaactgctaaattccaatacgtcactagaagctataaataaactttatcaattgatattataatgt 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512660 aaaaataagtggagcccttaattcattctatcaacaactgctaaattccaatacgtcactagaagctataaataaactttatcaattgatattataatgt 12512561  T
Q  436 atattagggttatgatttaacgttgcgaacccgttctttgtttgtgccctaattttgtatgcttcttgttgtattgtctgctttgtactttaaacgaaca 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512560 atattagggttatgatttaacgttgcgaacccgttctttgtttgtgccctaattttgtatgcttcttgttgtattgtctgctttgtactttaaacgaaca 12512461  T
Q  536 gcctcggctacggcttagccaacttccaagctctctagctatggataaattttgcagtaat----------------ttacttacacaagagaaagagac 619  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||    
T  12512460 gcctcggctacggcttagccaactcccaagctctctagctatggataaattttgcagtaatttacatgattagtaatttacttacacaagagaaagagac 12512361  T
Q  620 aagttggcttatgccnnnnnnngaaagagacaagttggcttaaagaatattaacttgagtttaatctttagggcatgcaatttgaaagaatgtaagttgg 719  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512360 aagttggcttatgccaaaaaaagaaagagacaagttggctaaaagaatattaacttgagtttaatctttagggcatgcaatttgaaagaatgtaagttgg 12512261  T
Q  720 aagttaacaacagtaaaacttattttgaccaaaacaaaacaaaaatgaaggtgaagttttaattatcttatataaaattagtttcccttttaaattttaa 819  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512260 aaattaacaacagtaaaacttattttgaccgaaacaaaacaaaaatgaaggtgaagttttaattatcttatataaaattagtttcccttttaaattttaa 12512161  T
Q  820 tctcctacatattagaatcgtgtaatttt 848  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512160 tctcctacatattagaatcgtgtaatttt 12512132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University