View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5989_high_9 (Length: 407)

Name: NF5989_high_9
Description: NF5989
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5989_high_9
NF5989_high_9
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-389)||(22204356-22204747)
chr6 (10-389)||(20128132-20128514)
chr6 (1-380)||(20086419-20086792)
chr6 (49-388)||(24384569-24384909)
chr6 (63-389)||(18997277-18997597)
chr6 (172-363)||(20238497-20238688)
chr6 (172-363)||(22132481-22132672)
chr6 (169-308)||(21972462-21972601)
chr6 (67-319)||(20205805-20206051)
chr6 (67-319)||(22099828-22100074)
chr6 (67-134)||(21972366-21972433)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (51-380)||(16418-16741)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (208-378)||(47202-47372)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (63-389)||(4703-5014)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (15-137)||(47634876-47634998)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22204747 - 22204356
Alignment:
Q  1 atgaagctttctgtgtttgagatattgagactg---ttcatcataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaa 97  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22204747 atgaagctttctgtgtttgagacattgagactgctgttcattataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaa 22204648  T
Q  98 ccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtcttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaa 197  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22204647 ccatgcactcctcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtttttctgttgcattaactatgcatttttgacagaa 22204548  T
Q  198 ctgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacg 297  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22204547 ctgagatagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagaggggtttatactagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacg 22204448  T
Q  298 gcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaaatggaatacag 389  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22204447 gcttttgatgataaagaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaaatggaatacag 22204356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 389
Target Start/End: Original strand, 20128132 - 20128514
Alignment:
Q  10 tctgtgtttgagatattgagactg---ttcatcataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcact 106  Q
    ||||||||||||| ||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20128132 tctgtgtttgagacattgagactgctgttcattataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcact 20128231  T
Q  107 catcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtcttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagag 206  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20128232 cctcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtttttctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagatag 20128331  T
Q  207 tacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgat 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20128332 tacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagaggggtttatactagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgat 20128431  T
Q  307 gataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaaatggaatacag 389  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20128432 gataaagaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaaatggaatacag 20128514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 380
Target Start/End: Original strand, 20086419 - 20086792
Alignment:
Q  1 atgaagctttctgtgtttgagatattgagactgttcatcataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaacca 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||| || | || |||||  ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||    
T  20086419 atgaagctttctgtgtttgagacattgagaatgctcgacataaaaagactatgatgtgtatcaacagtggaaaagaaagactcgctggagtatcgaacca 20086518  T
Q  101 tgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtcttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactg 200  Q
    |||| |  |||||  |||| |||||| ||||||||||  |||||||      | |||| ||| ||   |||||||||||||||||||  | |||||  ||    
T  20086519 tgcaattttcgtaataaattacagcttgtttggataatgggcaatc------taaggaaagtttttgagttgcattaactatgcattcatcacagatttg 20086612  T
Q  201 agagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggct 300  Q
    | ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |      |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  20086613 aaaggtgacatcacccctgcacatgaacaatccatagacagaattagagtggtctcctgtggtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccggtggct 20086712  T
Q  301 tttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaaat 380  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  20086713 tttgatgacaatgaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtcccattggaggaacaaat 20086792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 24384909 - 24384569
Alignment:
Q  49 ccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccg 148  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||| |   |||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| |||  |||||| |    
T  24384909 ccaggacgtattgcaacagtggaaaagaaataatagttggagtattgaaccatgcactcctcataccaaatgatagctcgtttggagaaagagcaatctg 24384810  T
Q  149 agtctgaggacagtcttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcaga 248  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||  ||||| |  ||||||   |  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24384809 agtctgaggacagtttttgagttgcattaactatgcattcatgacaaagttgagagtaaatgtcacccctgcacatgaacaatccatagacaaaatcaga 24384710  T
Q  249 t-gggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggt 347  Q
    | |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || ||||||| ||| ||| ||  |||  ||||| ||||    
T  24384709 tagggtttatactaatgactgaggtgttgtagaattcggtgttgctgacgtcttttgatgacaaagaagagaagagagtcatgagattagtttggaaggt 24384610  T
Q  348 gctattggttgtggtacgattggaggaacaaatggaataca 388  Q
    |||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||    
T  24384609 gctattggctgtggtacgaatggtggaacaattggaataca 24384569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 63 - 389
Target Start/End: Original strand, 18997277 - 18997597
Alignment:
Q  63 aacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagt 162  Q
    |||||||||||||||| || ||| |||||| |||||  | ||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||||| |||||||      | ||||||||    
T  18997277 aacagtggaaaagaaatagttgtaggagtaacgaacattacactcgtcgtaataaatgactgcttgtttggataaagggcaatc------taaggacagt 18997370  T
Q  163 cttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccag 262  Q
     ||   ||||||| |||||||||||    |||||  ||||||   || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||| |    
T  18997371 tttttagttgcatgaactatgcattcaacacagatttgagaggagacgtcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagttcgatttacaccgg 18997470  T
Q  263 tgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggt 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18997471 tgactgtggtgttgtagaattcggtgttgacggtggcttctgatgacaatgaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggt 18997570  T
Q  363 acgattggaggaacaaatggaatacag 389  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||    
T  18997571 aagattggaggaacaaaaggaatacag 18997597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 172 - 363
Target Start/End: Original strand, 20238497 - 20238688
Alignment:
Q  172 gcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtgg 271  Q
    |||||||||| |||||  |||||||  ||||||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| || |||||||||||    
T  20238497 gcattaactacgcattcatgacagagttgagagtagacgtcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagtgggatttacactagtgactgtgg 20238596  T
Q  272 tgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggta 363  Q
    ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||| |||| |||||| || ||  |   |||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  20238597 tgttgtagaattcagtgttgtctatggcttttgatgacaaggtagagagaagggtgttaagattgatttggaaggtgctgttgattgtggta 20238688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 172 - 363
Target Start/End: Original strand, 22132481 - 22132672
Alignment:
Q  172 gcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtgg 271  Q
    |||||||||| |||||  |||||||  ||||||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| || |||||||||||    
T  22132481 gcattaactacgcattcatgacagagttgagagtagacgtcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagtgggatttacactagtgactgtgg 22132580  T
Q  272 tgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggta 363  Q
    ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||| |||| |||||| || ||  |   |||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  22132581 tgttgtagaattcagtgttgtctatggcttttgatgacaaggtagagagaagggtgttaagattgatttggaaggtgctgttgattgtggta 22132672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 308
Target Start/End: Original strand, 21972462 - 21972601
Alignment:
Q  169 gttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactg 268  Q
    ||||| ||||||||||| |  ||||| |  |||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||  | || |  ||||||| ||||||||    
T  21972462 gttgccttaactatgcagtcatgacatagatgagagggtatgtcacctctacacatgaacaatccatagacggatacggacgaatttatactagtgactg 21972561  T
Q  269 tggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatga 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  21972562 tggtgttgtagaatttggtgttgcctatggcttttgatga 21972601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 319
Target Start/End: Original strand, 20205805 - 20206051
Alignment:
Q  67 gtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtcttg 166  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| |||  |||   ||   ||||||| || ||      
T  20205805 gtggaaaagaaagatatgttagagtatcgaaccatgcactcgccgtaccaaatcacagcttgtttggacaaagagca---cg---ctgaggatag-ctga 20205897  T
Q  167 ctg-ttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtga 265  Q
     || |||| ||||||||||| |  ||||| | | ||||  |||  |||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||| |||||    
T  20205898 ttggttgctttaactatgcagtcctgacatagcagagacggtatgtcacctctacacatgaacgatccatagacggactcagaaggatttatactagtga 20205997  T
Q  266 ctgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagaga 319  Q
    ||||   ||||||||||| |||||| ||   |||||||||||| || |||||||    
T  20205998 ctgtatggttgtagaatttggtgtttcctttggcttttgatgacaatgaagaga 20206051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 319
Target Start/End: Original strand, 22099828 - 22100074
Alignment:
Q  67 gtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagtcttg 166  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||| |||  |||   ||   ||||||| || ||      
T  22099828 gtggaaaagaaagatatgttagagtatcgaaccatgcactcgccgtaccaaatcacagcttgtttggacaaagagca---cg---ctgaggatag-ctga 22099920  T
Q  167 ctg-ttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtga 265  Q
     || |||| ||||||||||| |  ||||| | | ||||  |||  |||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||| |||||    
T  22099921 ttggttgctttaactatgcagtcctgacatagcagagacggtatgtcacctctacacatgaacgatccatagacggactcagaaggatttatactagtga 22100020  T
Q  266 ctgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagaga 319  Q
    ||||   ||||||||||| |||||| ||   |||||||||||| || |||||||    
T  22100021 ctgtatggttgtagaatttggtgtttcctttggcttttgatgacaatgaagaga 22100074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 67 - 134
Target Start/End: Original strand, 21972366 - 21972433
Alignment:
Q  67 gtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttgga 134  Q
    ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||    
T  21972366 gtggaaaagaaagagttgtcagagaatcgaaccatgcactcgccgtaccaaatcacagcttgtttgga 21972433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 51 - 380
Target Start/End: Original strand, 16418 - 16741
Alignment:
Q  51 aggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgag 150  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |  |||||  |||| |||||| ||||||||||  |||||||        
T  16418 aggacttgtagaaacagtggaaaagaaagactcattggagtatcgaaccatgcaattttcgtaataaattacagcttgtttggataatgggcaatc---- 16513  T
Q  151 tctgaggacagtcttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatg 250  Q
      | |||| ||| ||   |||||||||||||||||||  | |||||  ||| ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16514 --taaggaaagtttttgagttgcattaactatgcattcatcacagatttgaaaggtgacatcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagagg 16611  T
Q  251 ggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgct 350  Q
    |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16612 ggtttcctgtggtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgct 16711  T
Q  351 attggttgtggtacgattggaggaacaaat 380  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16712 attggttgtggtaccattggaggaacaaat 16741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 208 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 47372 - 47202
Alignment:
Q  208 acatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccagtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatg 307  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  47372 acatcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagagtggtttcctgtggtgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccggtggcttttgatg 47273  T
Q  308 ataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggtacgattggaggaacaa 378  Q
    | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  47272 acaatgaagagaggagtgtcttggtattgatttggtaggtgctattgcttgtggtaccattggtggaacaa 47202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 63 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 5014 - 4703
Alignment:
Q  63 aacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtaccaaatgacagctcgtttggataaatggcaatccgagtctgaggacagt 162  Q
    ||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||| |  |||||  |||| |||||| ||||||||||  |||||||      | ||||||||    
T  5014 aacagtggaaaagaaagactcattggagtatcgaaccatgcaattttcgtaataaattacagcttgtttggataatgggcaatc------taaggacagt 4921  T
Q  163 cttgctgttgcattaactatgcatttttgacagaactgagagagtacatcacctctgcacatgaacaatccatagacagaatcagatgggtttataccag 262  Q
     ||   |||||||||||||||||||  | |||||  ||| ||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||           
T  4920 ttttgagttgcattaactatgcattcatcacagatttgaaaggtgacatcacccctgcacatgaacaatccatagacagaatcagaggggtttc------ 4827  T
Q  263 tgactgtggtgttgtagaattcggtgttgccgacggcttttgatgataaggaagagaggagtgtcctggtattgatttggtaggtgctattggttgtggt 362  Q
       ||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||  |||  ||||| |||||||||||| ||||||    
T  4826 ---ctgtgatgttgtagaattcggtgttgcctgtggcttttgatgacaaggaagaaaggagggtcatgagattagtttggaaggtgctattggctgtggt 4730  T
Q  363 acgattggaggaacaaatggaatacag 389  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  4729 acgattggtggaacaattggaatacag 4703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 47634998 - 47634876
Alignment:
Q  15 gtttgagatattgagactgttcatcataaaaacaccaggacgtgtagaaacagtggaaaagaaagaggtgttggagtatcgaaccatgcactcatcgtac 114  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||| ||||| ||||| | |||||  |  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  47634998 gtttgtgatatttaggctgttcatcatgaaaacgccaggccttgtagccatggtggagaaaaaagaggtgttggaatatcgaaccatgcactcgtcgtac 47634899  T
Q  115 caaatgacagctcgtttggataa 137  Q
    || || |||||| ||||||||||    
T  47634898 cagattacagcttgtttggataa 47634876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University