View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5992_low_11 (Length: 301)

Name: NF5992_low_11
Description: NF5992
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5992_low_11
NF5992_low_11
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-285)||(6572658-6572927)
[»] chr3 (26 HSPs)
chr3 (32-285)||(8471977-8472230)
chr3 (77-267)||(6838279-6838469)
chr3 (16-285)||(8568308-8568577)
chr3 (16-256)||(4388326-4388566)
chr3 (16-255)||(5268456-5268695)
chr3 (16-255)||(5250569-5250808)
chr3 (16-139)||(6519668-6519791)
chr3 (20-139)||(6553944-6554063)
chr3 (20-135)||(6736394-6736509)
chr3 (16-139)||(6947669-6947792)
chr3 (16-139)||(8455054-8455177)
chr3 (16-139)||(6448288-6448411)
chr3 (8-139)||(6721569-6721700)
chr3 (19-259)||(5299134-5299374)
chr3 (16-139)||(6479488-6479611)
chr3 (16-139)||(8590129-8590252)
chr3 (16-230)||(6900516-6900730)
chr3 (18-139)||(13270094-13270215)
chr3 (16-139)||(5281084-5281207)
chr3 (16-139)||(7750427-7750550)
chr3 (29-229)||(6259595-6259795)
chr3 (19-139)||(6266122-6266242)
chr3 (16-102)||(6917526-6917612)
chr3 (16-132)||(6590841-6590957)
chr3 (16-118)||(6142711-6142813)
chr3 (19-62)||(6882935-6882978)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (20-139)||(6983-7102)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-93)||(35139940-35140017)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 6572927 - 6572658
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6572927 atcaaatgattttgagacatggacccaagctttaaggtcaaactgtttctccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggtcttccccatc 6572828  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    
T  6572827 ccacccaaacccactatgctgattattgatacttggttgtcgttgtctttgtatgaaagcaaatggttgattatttcttctttctcaccctctctaccat 6572728  T
Q  216 atatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatctttttgaggattgcaagctaactgcaccttc 285  Q
    |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  6572727 atatgcaagatttatccaccagagatgcagttggcgatctttttgaggattgctggctaactgcaccttc 6572658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 26)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 32 - 285
Target Start/End: Original strand, 8471977 - 8472230
Alignment:
Q  32 acatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccacta 131  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  8471977 acatggacccaaactttaagttcaaactgcttgtccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggtcttccccatcccaggcaaacccacta 8472076  T
Q  132 tgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccatatatgcaagattcatc 231  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  8472077 tgctgatagttgatacttggttgccattgtcgttgtaagaaagcaaatacttgattaattcttctttgtcaccttctctaccacgtatggaagattcatc 8472176  T
Q  232 caccaatgatgcagttggcaatctttttgaggattgcaagctaactgcaccttc 285  Q
    ||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  8472177 cactaaagatgcagttggcgatcttttcgaggattgcaggctaactgcaccttc 8472230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 77 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 6838469 - 6838279
Alignment:
Q  77 tcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagca 176  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  6838469 tcattgtagacaagctgagcaagggtggtctttcccatcccacccaaaccaactatgctgatagttgatacttggttgccattgtccttgtaagacagca 6838370  T
Q  177 aatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccatatatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatctttttgaggattg 267  Q
    ||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  6838369 aatagttaattatttcttctttttcaccttctctaccacgtatggaagattcatccaccaaagatgcagttggagatctttttgaggattg 6838279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 8568577 - 8568308
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  8568577 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagggtggtcttacccatc 8568478  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    ||||| | |||||| || || |||      || || ||||||   || |||||| | |||||||| |||||||| |  | ||| | | | ||||||||||    
T  8568477 ccacctagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccat 8568378  T
Q  216 atatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatctttttgaggattgcaagctaactgcaccttc 285  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  8568377 atatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttc 8568308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 4388566 - 4388326
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||     
T  4388566 atcaaaagtttctgaaacgtagacccaagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccatt 4388467  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||  |||| ||||| ||| |||||| || ||| ||||||| ||| | ||||||||    
T  4388466 ccaccgagacccactatgctgattattggtacttggttgccgctgtctatgtcagacagtaaaaagttgactaactcctctttgtcaccgtttctaccat 4388367  T
Q  216 atatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatctt 256  Q
    ||||||  ||| |||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  4388366 atatgctcgatccatccaccaaagatgtagttggaaatctt 4388326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 255
Target Start/End: Original strand, 5268456 - 5268695
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||  ||| ||||||| |||||| |||||| ||| ||||| || ||  ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||     
T  5268456 atcaaaaatttccgaaacatagacccaggctttatgtttaaaattctccttgatcctttggtcattgtacacgagttgagcaagggtggtcttacccatt 5268555  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||| | ||||||| ||| || |||| ||| ||||||||||    
T  5268556 ccaccgagacccactatgctgattattggtacatggttgcccttgtctatgtcagacagtaaaaaattgattaactcctccttgtcaccatctctaccat 5268655  T
Q  216 atatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatct 255  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5268656 atatgctggattcatccaccaaagatgtagttggcaatct 5268695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 255
Target Start/End: Original strand, 5250569 - 5250808
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||||  |||| |||||||| |||||||| |||||     
T  5250569 atcaaaagtttctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagctgagcaagagtggtcttacccatt 5250668  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || |||||| |||   |||| ||||| ||| | |  |||| ||| || |||| ||| ||||||||||    
T  5250669 ccaccgagacccactatgctgattattggtacatgattgccactgtttatgtcagacagtaaaaaatcaattaactcctccttgtcaccatctctaccat 5250768  T
Q  216 atatgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatct 255  Q
    ||||||  |||||||||||||| | || |||||| |||||    
T  5250769 atatgctcgattcatccaccaaagctgtagttggaaatct 5250808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6519791 - 6519668
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   || | | ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||     
T  6519791 atcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttgtcatgttgtcattgtagacatgttgagcaagggtggttttacccatt 6519692  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    || || ||||||||||||||||||    
T  6519691 cctcctaaacccactatgctgatt 6519668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6554063 - 6553944
Alignment:
Q  20 aaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccac 119  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| |    
T  6554063 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 6553964  T
Q  120 ccaaacccactatgctgatt 139  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  6553963 ctaaacccactatgctgatt 6553944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 135
Target Start/End: Original strand, 6736394 - 6736509
Alignment:
Q  20 aaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccac 119  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| |    
T  6736394 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 6736493  T
Q  120 ccaaacccactatgct 135  Q
    | ||||||||||||||    
T  6736494 ctaaacccactatgct 6736509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 6947669 - 6947792
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| | |||||| |||||||||| ||| ||| | | ||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  6947669 atcaaaagattctgaaacgtagacccatgttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 6947768  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    || || ||||||||||||||||||    
T  6947769 cctcctaaacccactatgctgatt 6947792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 8455054 - 8455177
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||  ||| | | ||||||||| ||||| | |||||||||||| || ||||||    
T  8455054 atcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttacccatc 8455153  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    || || ||||| ||||||||||||    
T  8455154 cctcctaaaccgactatgctgatt 8455177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6448411 - 6448288
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||  ||| | | || |||||| ||||| | |||||  |||||||| ||||||    
T  6448411 atcaaaatattctgaaacatagacccaagatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagcttagcaaaagtggtcttacccatc 6448312  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||    
T  6448311 ccacccagacccactatgctgatt 6448288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 8 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6721700 - 6721569
Alignment:
Q  8 cgaagaatatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtct 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||| | | ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  6721700 cgaagaacatcaaaagattctgaaagatagacccaagctttaagttcatattgctccactatcctgtggtcattgtaaacaagctgggcaagggttgtct 6721601  T
Q  108 tccccatcccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    | || ||||||  || ||||||||| ||||||    
T  6721600 tacctatcccaatcagacccactatactgatt 6721569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 19 - 259
Target Start/End: Original strand, 5299134 - 5299374
Alignment:
Q  19 aaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccca 118  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||| ||||| |||||||| || ||||  ||| | | || |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||    
T  5299134 aaaagtttccgaaacatagacccaggcttttagttcaaactgtttctgtatcatgttgttattgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattcca 5299233  T
Q  119 cccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccatata 218  Q
    || | |||||||||||||||| ||| |||  | | ||||   ||  |||| || || ||| | ||| |||  || ||||||| ||| ||||| |||||||    
T  5299234 cctagacccactatgctgattattggtacacggtcgccagcatctatgtcggaaagtaaaaatttggttacttcctctttgtcaccatctctgccatata 5299333  T
Q  219 tgcaagattcatccaccaatgatgcagttggcaatcttttt 259  Q
    |||  |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  5299334 tgctcgattcatccaccaaagatgtacttggcaatcttttt 5299374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 6479611 - 6479488
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| | | ||  ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  6479611 atcataagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgttcctctatcttgttgttgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 6479512  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    || || ||||| ||||||||||||    
T  6479511 cctcctaaaccaactatgctgatt 6479488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 8590129 - 8590252
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  || ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||    
T  8590129 atcaaaagattcagaaacatagacccatgctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatc 8590228  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    || || ||||| ||||||||||||    
T  8590229 cctcctaaaccgactatgctgatt 8590252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 230
Target Start/End: Original strand, 6900516 - 6900730
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| | | ||||| ||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||    
T  6900516 atcaaaagattccgaaacatggacccaagctttaatttcaaaatgctccacgatcatgtcgtcatagtaaacaagctgggcgagggttgtcttacccatc 6900615  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccat 215  Q
    |||  || ||||||||  |||||| | | |||||| |||| | ||||  |||| || || ||||||| |||||| || | ||| | |  ||||||| |||    
T  6900616 ccaatcacacccactacactgattatgggtacttggttgcgactgtcactgtcggaaagtaaatagtcgattatttcgtatttctcaagctctctatcat 6900715  T
Q  216 atatgcaagattcat 230  Q
    ||||| |||||||||    
T  6900716 atatgaaagattcat 6900730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 13270215 - 13270094
Alignment:
Q  18 caaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccc 117  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  13270215 caaaagattctggaacatagacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgagcaagggctgtcttacccatccc 13270116  T
Q  118 acccaaacccactatgctgatt 139  Q
       || ||||||||| ||||||    
T  13270115 catcagacccactatactgatt 13270094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 5281084 - 5281207
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |  || || | ||| || || ||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  5281084 atcaaaaaattctgaaacatagacccaagctttatgttcaaaatgctctttaattctatcgtcgttatacacaagctcagcaagggtggtcttacccatc 5281183  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    |||||  ||||||||||| |||||    
T  5281184 ccaccagaacccactatggtgatt 5281207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Original strand, 7750427 - 7750550
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |  ||| | ||||| ||||| |||||| | |||| ||| ||||| ||||||    
T  7750427 atcaaaagattctgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgtaaacaagtcgggcaatggttgtcttacccatc 7750526  T
Q  116 ccacccaaacccactatgctgatt 139  Q
    |||  || ||||||||| ||||||    
T  7750527 ccaatcacacccactatactgatt 7750550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 229
Target Start/End: Original strand, 6259595 - 6259795
Alignment:
Q  29 gaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaaccca 128  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| ||||||||   || |||||    
T  6259595 gaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttacccatccccgtcagaccca 6259694  T
Q  129 ctatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgattatctcttctttgttaccctctctaccatatatgcaagattc 228  Q
    |||| |||||| | ||||| || || |  ||||   ||||||| || ||| | |||||||| || ||||| | ||  |||||||||||||||  ||||||    
T  6259695 ctatactgattatggatacctggtttcggttgtaactgtctgaaagtaaaaatttgattatttcctctttttcacgttctctaccatatatgatagattc 6259794  T
Q  229 a 229  Q
    |    
T  6259795 a 6259795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 139
Target Start/End: Original strand, 6266122 - 6266242
Alignment:
Q  19 aaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatccca 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| ||||| || |||||||  ||||| || |||||     
T  6266122 aaaagtttctgaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttaccaatcccc 6266221  T
Q  119 cccaaacccactatgctgatt 139  Q
      || ||||||||| ||||||    
T  6266222 gtcagacccactatactgatt 6266242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Original strand, 6917526 - 6917612
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggt 102  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |  |||| | || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  6917526 atcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttccacatgctccatcatcttatgatcattgtaaacaagttgcgcaagggt 6917612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 6590957 - 6590841
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |   ||| | ||||| ||||| |||||  | |||||||| ||||| ||||||    
T  6590957 atcaaaagattttgaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctccagtatcttgtggtccttgtaaacaagccgggcaagggttgtcttacccatc 6590858  T
Q  116 ccacccaaacccactat 132  Q
    |||  || |||||||||    
T  6590857 ccaatcatacccactat 6590841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 118
Target Start/End: Original strand, 6142711 - 6142813
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatc 115  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  ||||| ||||||||||| | ||  || |||||||| ||||| || |||    
T  6142711 atcaaaagatcttggaacatggacccaagcattaagttcaaattgctcctgtatcctgtggtcattgtaaataaactgcgcaagggttgtcttacctatc 6142810  T
Q  116 cca 118  Q
    |||    
T  6142811 cca 6142813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 62
Target Start/End: Original strand, 6882935 - 6882978
Alignment:
Q  19 aaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgct 62  Q
    ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  6882935 aaaagattctggaacattcacccaagctttaagttcaaaatgct 6882978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 64; Significance: 5e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 7102 - 6983
Alignment:
Q  20 aaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttgagcaagggtggtcttccccatcccac 119  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  ||| | | ||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||||||||||| |    
T  7102 aaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctc 7003  T
Q  120 ccaaacccactatgctgatt 139  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  7002 ctaaacccactatgctgatt 6983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 16 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 35140017 - 35139940
Alignment:
Q  16 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaaatgcttctccatcctctggtcattgtagacaagttg 93  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  35140017 atcaaaagattcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcatgtatcctatggtcattgtaaacaagttg 35139940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University