View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5996_high_1 (Length: 564)
Name: NF5996_high_1
Description: NF5996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5996_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 38674654 - 38674116
Alignment:
| Q |
17 |
atctcctcctcctgatccaggtgcattaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
116 |
Q |
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| T |
38674654 |
atctcctcctcctgatccaggtgcattaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
38674555 |
T |
|
| Q |
117 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaactttgaagaagaggattattctactataagagaaag |
216 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38674554 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaactttg---aagaggattattctactataagagaaag |
38674458 |
T |
|
| Q |
217 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggattttatattaattctcacaaact-----atatgatatg |
311 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
38674457 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggagtt--tattaattctcacaaactatatgatatgatatg |
38674360 |
T |
|
| Q |
312 |
atatgatgaaattaaattgtgatatgttgatgtgttttgatggaatga-ggggtggcacaactcatatatatag-ggagtggaatttgaagtgtttattg |
409 |
Q |
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| T |
38674359 |
atatgatgaaattaaattgtgatatgttaatgtgttttgatgaaaggagggggtggcataactcatttatatagaggagtggaa-ttaaaatgtttattg |
38674261 |
T |
|
| Q |
410 |
ttttactttgactttgaaggcttttgaatattgaaaattttgaatagcaataacttggactccaaacacgcgacccatatcactagaatatgaccatgtc |
509 |
Q |
| |
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|
| T |
38674260 |
ttttgctttgactgtgaaggcttttgaatattgaaaaatttgaatagcaataacttggactccaaacccgcgacccatatcactagaatatgaccatgtc |
38674161 |
T |
|
| Q |
510 |
aaaaaactgaacaagaaagagtaaatagtgtaacatgtgcctatg |
554 |
Q |
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|
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| T |
38674160 |
aaaaaactgaacaagaaagagtaaacagtgtaacatgtgcctatg |
38674116 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 38666903 - 38666388
Alignment:
| Q |
17 |
atctcctcctcctgatccaggtgcattaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
116 |
Q |
| |
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|
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| T |
38666903 |
atctcctcctcctgatccaggtgcattaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
38666804 |
T |
|
| Q |
117 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaactttgaagaagaggattattctactataagagaaag |
216 |
Q |
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| T |
38666803 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaactttg---aagaggattattctactataagagaaag |
38666707 |
T |
|
| Q |
217 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggattttatattaattctcacaaactatatgatatgatatg |
316 |
Q |
| |
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| T |
38666706 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggagtt--tattaattctcacaaactatatgatatgatatg |
38666609 |
T |
|
| Q |
317 |
atgaaattaaattgtgatatgttgatgtgttttgatggaatga-ggggtggcacaactcatatatatag-ggagtggaatttgaagtgtttattgtttta |
414 |
Q |
| |
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| T |
38666608 |
atgaaattaaattgtgatatgttaatgtgttttgatgaaaggagggggtggcataactcatttatatagaggagtggaa-ttaaaatgtttattgttttg |
38666510 |
T |
|
| Q |
415 |
ctttgactttgaaggcttttgaatattgaaaattttgaatagcaataacttggactccaaacacgcgacccatatcactagaatatgaccatgtcaaaaa |
514 |
Q |
| |
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|||||||| |||| | ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||| |
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| T |
38666509 |
ctttgactgtgaaag-gtttgaatattgaaaaattggaatagcaataccttggactccaaacac---acccatatcactaaaacatgactatgtcaaaat |
38666414 |
T |
|
| Q |
515 |
actgaacaagaaagagtaaatagtgt |
540 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
38666413 |
attgaacaagaaagagtaaacagtgt |
38666388 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 427
Target Start/End: Original strand, 38668768 - 38669171
Alignment:
| Q |
17 |
atctcctcctcctgatccaggtgcattaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
116 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38668768 |
atctcctcctcttgatccaggtgctttaccatttggaagtgattgcaaaataagtccatgatcccaagaccattgataataattcaatgacaatggcctg |
38668867 |
T |
|
| Q |
117 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaactttgaagaagaggattattctactataagagaaag |
216 |
Q |
| |
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| T |
38668868 |
caatctactcctcctgattgaggtgtaacgaatatgttgaagatgattagtacatagagaagaacttt---gaagaggattattctactataagagaaag |
38668964 |
T |
|
| Q |
217 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggattttatattaattctcacaaactatatgatatgatatg |
316 |
Q |
| |
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| T |
38668965 |
ccatgtatgtttgtttgattcaactaatatcaatctatgaactgttgttgtgctttgaaggagtt--tattaattctcacaaactatatgatatgatatg |
38669062 |
T |
|
| Q |
317 |
atgaaattaaattgtgatatgttgatgtgttttgatggaatgaggggtggcacaactcatatatatagggagtggaatttgaagtgtttattgttttact |
416 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
38669063 |
atgaaattaaattgtgatatgttaatgtgttttgatggaaggaggggtgg--caactcatatatatagggagtggaatttgaagtgtttattgttttact |
38669160 |
T |
|
| Q |
417 |
ttgactttgaa |
427 |
Q |
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||||||||||| |
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| T |
38669161 |
ttgactttgaa |
38669171 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 478 - 547
Target Start/End: Original strand, 38669218 - 38669287
Alignment:
| Q |
478 |
cgcgacccatatcactagaatatgaccatgtcaaaaaactgaacaagaaagagtaaatagtgtaacatgt |
547 |
Q |
| |
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| T |
38669218 |
cgcgacccataacactaaaacacgaccatgtcaaaaaattgaacaagaaagagtaagcagtgtaatatgt |
38669287 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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