View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5996_high_4 (Length: 459)
Name: NF5996_high_4
Description: NF5996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5996_high_4 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 32001953 - 32001537
Alignment:
| Q |
1 |
taagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaaacagctactata |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001953 |
taagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaaacagctactata |
32001854 |
T |
|
| Q |
101 |
gctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001853 |
gctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatg |
32001754 |
T |
|
| Q |
201 |
cttattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctcaagaacttgaagaacatttgttgaaatagga |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001753 |
cttattctcctcgagattcacgttacatatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctcaagaacttgaagaacatttgttgaaatagga |
32001654 |
T |
|
| Q |
298 |
ggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgt |
397 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001653 |
ggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgt |
32001554 |
T |
|
| Q |
398 |
tatcatgaccatgacca |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32001553 |
tatcatgaccatgacca |
32001537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 31942994 - 31942578
Alignment:
| Q |
1 |
taagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaaacagctactata |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942994 |
taagacgtgttttttggtccaaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaaacagctactata |
31942895 |
T |
|
| Q |
101 |
gctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942894 |
gctagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatg |
31942795 |
T |
|
| Q |
201 |
cttattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcc---tgattaccaccctcaagaacttgaagaacatttgttgaaatagga |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942794 |
cttattctcctcgagattcacgttacaaatcatgcttccatccaaattttcctgatgatcaccaccctcaagaacttgaagaacatttgttgaaatagga |
31942695 |
T |
|
| Q |
298 |
ggggtgttaatattattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgt |
397 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942694 |
ggggtgttaatattattatcaaaaccaccgcttgctctaaatgcttccacagccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgt |
31942595 |
T |
|
| Q |
398 |
tatcatgaccatgacca |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31942594 |
tatcatgaccatgacca |
31942578 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 103 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 32004779 - 32004565
Alignment:
| Q |
103 |
tagctagctagctctacctatgatcaatagcttcgttataggatactgttcatatcatcagattcattaaccaaaccaagtatgctattccaataatgct |
202 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004779 |
tagctagctagctctacctatgatctatagcttcattatagcataatgttcaaatcatgagattcattaaccaaaccaagt-tgctattccaataatgct |
32004681 |
T |
|
| Q |
203 |
tattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcctgattaccaccctcaag------aacttgaagaacatttgttgaaatagg |
296 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004680 |
tattctcctcgagattcacgttacacatcatgcttccatccaaattttcctgatcactaccctcaagaaatttaacttcaagaatatttgttgaaatagg |
32004581 |
T |
|
| Q |
297 |
aggggtgttaatatta |
312 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||| |
|
|
| T |
32004580 |
aggtgtattaatatta |
32004565 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 21 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 32004956 - 32004889
Alignment:
| Q |
21 |
aaatgaagccgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaa |
88 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004956 |
aaatgaagtcgacattgcattattatcaactcattgaactatcctaattaagtactccctatagccaa |
32004889 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 32004361 - 32004254
Alignment:
| Q |
311 |
tattatcaaatccaccgcttgctctaaatgcttccaca------gccgccataatatcatcatcttgctgaaagttcaacatagtgttattgttatcatg |
404 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32004361 |
tattatcaaatccaccacatgatctaaatgcttccacatgtaatgccgccataatataattatcttgctgaaagttcaac--agtgttattgttatcatg |
32004264 |
T |
|
| Q |
405 |
accatgacca |
414 |
Q |
| |
|
| |||||||| |
|
|
| T |
32004263 |
atcatgacca |
32004254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University