View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5997_low_1 (Length: 675)

Name: NF5997_low_1
Description: NF5997
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5997_low_1
NF5997_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-667)||(33503042-33503683)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 593; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 667
Target Start/End: Original strand, 33503042 - 33503683
Alignment:
Q  20 aaagaaatatataaacttattatcaacgattgaacattacaaaattattatggaggcatgtatcatgcagttagcctagctaggtagggaagggaataaa 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33503042 aaagaaatataaaaacttattatcaacgattgaacattacaaaattattatggaggcatgtatcatgcagttagcctagctaggtagggaagggagtaaa 33503141  T
Q  120 gccatatatatcttcctgcaggaagattggcctcaacccgaagttatatatcaatacatattaatgtattaattttttgaactccagaaaattatcttta 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33503142 gccatatatatcttcctgcaggaagattggcctcaacccgaagttatatatcaatacatatcaatgtattaactttttgaactccagaaaattatcttta 33503241  T
Q  220 atcagatcaaagcattacttgtccatttctttcaggaacatgtcgtatgctggaaaatgtagtcggaggcctgttggtgctgttaaagattcaaaagtga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503242 atcagatcaaagcattacttgtccatttctttcaggaacatgtcgtatgctggaaaatgtagtcggaggcctgttggtgctgttaaagattcaaaagtga 33503341  T
Q  320 accttccattcgcaacatctgctactaatggaactaatgatcccaaccatacaaatgcatcctctccaacagttggctcattagtaacctggtgagataa 419  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503342 accttccattcgctacatctgctactaatggaactaatgatcccaaccatacaaatgcatcctctccaacagttggctcattagtaacctggtgagataa 33503441  T
Q  420 tttatgcaatatgattagaaagcaagttgtacaaagtaagagtaagtaaccagttacactttggacctaaaatcataaatattcaatttcaatgtacctg 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||    
T  33503442 tttatgcaatatgattagaaagcaagttgtacaaagtaagagtaagtaaccagttacactttggacctaaaatcataaata------ttcaatgtacttg 33503535  T
Q  520 tatcaatctggcttggtttcaaaatttaaaaaatgaagaagaaaatgttcttacaaggaggggcatgatgtctgaataaaaaagagggatatcatcctgt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503536 tatcaatctggcttggtttcaaatttttaaaaatgaagaagaaaatgttcttacaaggaggggcatgatgtctgaataaaaaagagggatatcatcctgt 33503635  T
Q  620 tcttgagtggtttttgcagttaacttcttttcttctttctcctttgct 667  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33503636 tcttgagtggtttttgcagttaacttcttttcttctttctcctttgct 33503683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University