View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6015_low_18 (Length: 250)

Name: NF6015_low_18
Description: NF6015
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6015_low_18
NF6015_low_18
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (1-204)||(43057410-43057613)
chr7 (1-204)||(152010-152213)
chr7 (3-204)||(35089835-35090036)
chr7 (1-204)||(30110955-30111158)
chr7 (1-204)||(27418371-27418574)
chr7 (2-188)||(40097247-40097434)
chr7 (1-112)||(47914878-47914989)
chr7 (1-187)||(39301002-39301177)
chr7 (109-204)||(47914058-47914153)
chr7 (5-113)||(46037170-46037278)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (1-204)||(41386599-41386802)
chr8 (1-204)||(7148192-7148395)
chr8 (1-204)||(2112943-2113146)
chr8 (1-204)||(29260005-29260208)
chr8 (1-204)||(42275124-42275328)
chr8 (1-204)||(43605093-43605296)
chr8 (1-204)||(40265010-40265213)
chr8 (2-204)||(4655200-4655402)
chr8 (1-204)||(41965529-41965730)
chr8 (1-171)||(10802533-10802703)
chr8 (2-188)||(28619997-28620183)
chr8 (1-154)||(9457695-9457848)
chr8 (5-188)||(4302551-4302736)
chr8 (1-187)||(37567118-37567304)
chr8 (1-187)||(30382420-30382606)
chr8 (4-160)||(8502787-8502943)
chr8 (1-138)||(9209188-9209325)
chr8 (7-160)||(35142200-35142353)
chr8 (127-204)||(41965327-41965404)
chr8 (108-188)||(40013242-40013324)
chr8 (1-44)||(1605902-1605945)
chr8 (2-42)||(40013363-40013403)
chr8 (168-204)||(9457832-9457868)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-204)||(6476442-6476645)
chr6 (1-154)||(29834064-29834217)
chr6 (1-154)||(29865498-29865651)
chr6 (1-187)||(10643758-10643946)
chr6 (3-188)||(30878006-30878191)
chr6 (1-180)||(3110038-3110217)
chr6 (5-104)||(7858203-7858302)
chr6 (5-113)||(709070-709178)
chr6 (5-113)||(7100320-7100428)
chr6 (5-113)||(8794202-8794310)
chr6 (5-113)||(5957285-5957393)
chr6 (168-204)||(29834044-29834080)
chr6 (168-204)||(29865478-29865514)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (1-204)||(24150561-24150764)
chr3 (1-204)||(35731084-35731287)
chr3 (6-204)||(38629529-38629727)
chr3 (1-204)||(36054736-36054939)
chr3 (20-204)||(26005584-26005768)
chr3 (3-204)||(26293296-26293497)
chr3 (2-204)||(30588992-30589195)
chr3 (1-204)||(50900176-50900379)
chr3 (1-188)||(13662700-13662887)
chr3 (1-188)||(46251948-46252135)
chr3 (1-146)||(26005770-26005915)
chr3 (2-187)||(27593305-27593490)
chr3 (1-204)||(19551887-19552080)
chr3 (1-187)||(39338046-39338229)
chr3 (1-188)||(36786123-36786309)
chr3 (1-175)||(26555966-26556123)
chr3 (1-181)||(52023955-52024131)
chr3 (2-149)||(38682579-38682728)
chr3 (4-34)||(53183972-53184002)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-204)||(29941097-29941300)
chr2 (1-202)||(6289232-6289433)
chr2 (2-204)||(45547084-45547286)
chr2 (1-187)||(11534987-11535173)
chr2 (2-187)||(24193232-24193417)
chr2 (1-188)||(34028677-34028864)
chr2 (2-188)||(20157502-20157688)
chr2 (1-182)||(11998169-11998349)
chr2 (4-168)||(24193704-24193875)
chr2 (2-129)||(45485514-45485631)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (1-204)||(45318612-45318815)
chr1 (1-204)||(26882555-26882758)
chr1 (1-204)||(52705545-52705748)
chr1 (1-187)||(36402399-36402585)
chr1 (1-188)||(1928149-1928336)
chr1 (1-184)||(29208907-29209090)
chr1 (1-187)||(33243060-33243242)
chr1 (1-187)||(33263233-33263415)
chr1 (1-187)||(10896952-10897138)
chr1 (56-154)||(45534991-45535089)
chr1 (65-150)||(9831782-9831867)
chr1 (1-58)||(9831442-9831499)
chr1 (5-113)||(19007400-19007508)
chr1 (5-113)||(48194746-48194854)
chr1 (6-36)||(45534963-45534993)
chr1 (5-113)||(48203504-48203612)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (2-204)||(8583734-8583936)
chr4 (2-204)||(44930028-44930230)
chr4 (1-204)||(42218175-42218378)
chr4 (1-169)||(8880596-8880764)
chr4 (2-204)||(3435692-3435888)
chr4 (5-187)||(52109562-52109744)
chr4 (7-188)||(25935945-25936127)
chr4 (1-188)||(26336220-26336407)
chr4 (1-184)||(45332818-45333001)
chr4 (1-184)||(45340508-45340691)
chr4 (1-184)||(42720871-42721055)
chr4 (2-182)||(47685297-47685477)
chr4 (1-187)||(54509866-54510050)
chr4 (4-168)||(33449944-33450108)
chr4 (26-204)||(7820239-7820402)
chr4 (6-187)||(40143933-40144098)
chr4 (5-113)||(38230928-38231036)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (3-204)||(40410744-40410945)
chr5 (1-187)||(6828537-6828724)
chr5 (4-168)||(17518584-17518748)
chr5 (4-168)||(10571266-10571430)
chr5 (5-113)||(2276025-2276133)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (1-204)||(81511-81714)
[»] scaffold0153 (1 HSPs)
scaffold0153 (2-204)||(34543-34745)
[»] scaffold0237 (2 HSPs)
scaffold0237 (1-154)||(21192-21345)
scaffold0237 (168-204)||(21172-21208)
[»] scaffold0202 (1 HSPs)
scaffold0202 (1-188)||(16303-16474)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (29-113)||(1705-1789)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 43057613 - 43057410
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057613 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 43057514  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43057513 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 43057414  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  43057413 caaa 43057410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 152010 - 152213
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  152010 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 152109  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  152110 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagcctttagattttgtaatactctac 152209  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  152210 caaa 152213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 35090036 - 35089835
Alignment:
Q  3 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtga 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35090036 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtga 35089937  T
Q  103 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcca 202  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35089936 gattgtttggtataaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcca 35089837  T
Q  203 aa 204  Q
    ||    
T  35089836 aa 35089835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 30110955 - 30111158
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30110955 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctattattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 30111054  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30111055 gagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 30111154  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  30111155 caaa 30111158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27418574 - 27418371
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27418574 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtaatcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 27418475  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27418474 gagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagactttttggtctcccacacaaagccttgagattttgtaatactcttc 27418375  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  27418374 caaa 27418371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 188
Target Start/End: Original strand, 40097247 - 40097434
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  40097247 cagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgactaatggattttgtg 40097346  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    ||| | |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  40097347 agactttttaatgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagactttttttgtctcccacacatagtcttgagatttt 40097434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 47914989 - 47914878
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914989 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacagatttttatggattgttgtgagtaatggattttgt 47914890  T
Q  101 gagattgtttag 112  Q
    ||||||||||||    
T  47914889 gagattgtttag 47914878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 39301177 - 39301002
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||         
T  39301177 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatagattgttgtgagtaatggat----- 39301083  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
           |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  39301082 -------tttaatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagactttttttgtctcccacatatagccttgagattt 39301002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 109 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 47914153 - 47914058
Alignment:
Q  109 ttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47914153 ttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 47914058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 46037278 - 46037170
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||||| | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  46037278 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 46037179  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  46037178 ctttttagt 46037170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 41386802 - 41386599
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41386802 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 41386703  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41386702 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 41386603  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  41386602 caaa 41386599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 7148192 - 7148395
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148192 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttagaaattgtctactggcattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 7148291  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7148292 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 7148391  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  7148392 caaa 7148395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 2112943 - 2113146
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2112943 ccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 2113042  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2113043 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactgacaatctcacacctagcattgagacttttctgtctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttc 2113142  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  2113143 caaa 2113146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29260208 - 29260005
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29260208 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 29260109  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29260108 gagattgtttagtgtaaaatgtacgtactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactattc 29260009  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  29260008 caaa 29260005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 42275124 - 42275328
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42275124 ccagcggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggatttttatggattgttgtgagtaatggattttgt 42275223  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaa-caatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactctt 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42275224 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaaccaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagattttgtaatactctt 42275323  T
Q  200 ccaaa 204  Q
    |||||    
T  42275324 ccaaa 42275328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 43605296 - 43605093
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43605296 ccagtggtattcaattgagatttcgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 43605197  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43605196 gagattgtttaatgtaaaatgtacttactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 43605097  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  43605096 caaa 43605093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 40265213 - 40265010
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40265213 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaatggtattcaaaactctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 40265114  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |    
T  40265113 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacgtagcctttagattttgtaatactctac 40265014  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  40265013 caaa 40265010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Original strand, 4655200 - 4655402
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4655200 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctaccggtattcaaaactctacggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtg 4655299  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4655300 agattgtttagtgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattttgtgatactcttcc 4655399  T
Q  202 aaa 204  Q
    |||    
T  4655400 aaa 4655402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 41965730 - 41965529
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965730 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaa--ttgtctactggtattcaaaactctacatattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 41965633  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965632 gagattatttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 41965533  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  41965532 caaa 41965529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10802703 - 10802533
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10802703 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 10802604  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccaca 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10802603 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccaca 10802533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 188
Target Start/End: Original strand, 28619997 - 28620183
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  28619997 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaactttgtg 28620096  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  28620097 agattgtttaatgtacaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagatttt 28620183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Original strand, 9457695 - 9457848
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9457695 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 9457794  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9457795 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 9457848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 5 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 4302736 - 4302551
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  4302736 tggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattagtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggatttagcgaga 4302637  T
Q  105 ttgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac--ttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  4302636 ctttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacatttttttgtctcccacacatagccttgagatttt 4302551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 37567304 - 37567118
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37567304 ccagtagtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtacggattttaatgaattgttgtgagtaatggattttgt 37567205  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  37567204 gaggctttttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttaagattt 37567118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 30382606 - 30382420
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  30382606 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatcaattttgt 30382507  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||    
T  30382506 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttttttgtctcccacacataactttgagattt 30382420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 160
Target Start/End: Original strand, 8502787 - 8502943
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgag 103  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8502787 gtggtattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtatttaaaattctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttatgag 8502886  T
Q  104 attgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttc 160  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8502887 actttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacatagccttaagacttttc 8502943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 138
Target Start/End: Original strand, 9209188 - 9209325
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||  |||||||    
T  9209188 ccagtggtattcaattgaaattttggacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaactctaaggattttaatagtttgttgtgggtaatttattttgt 9209287  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctc 138  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9209288 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctc 9209325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Original strand, 35142200 - 35142353
Alignment:
Q  7 gtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagatt 106  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  35142200 gtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaatattacggattttattagattgttgtgagtaatggattttatgagact 35142299  T
Q  107 gtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttc 160  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||    
T  35142300 ttttagtgtaaaatctacctactaacactctcacaactagcctcaagacttttc 35142353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 127 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 41965404 - 41965327
Alignment:
Q  127 actaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41965404 actaacaatctcgcacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 41965327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 40013324 - 40013242
Alignment:
Q  108 tttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggct-cccacacatag-ccttgagatttt 188  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||    
T  40013324 tttagtataaaatatacctactaacaatctcacacttggccttgagacttttctgtctccccacacatagactttgagatttt 40013242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 1605945 - 1605902
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtct 44  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1605945 ccagtagtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtct 1605902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 40013403 - 40013363
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgt 42  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  40013403 cagtggtattcaatttagattttgcacaacttaaaaattgt 40013363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 204
Target Start/End: Original strand, 9457832 - 9457868
Alignment:
Q  168 cacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9457832 cacacctaaccttgagattttgtaatactcttccaaa 9457868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 6476645 - 6476442
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6476645 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 6476546  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  6476545 gagattgtttagtgtaaaatgtaactactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttt 6476446  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  6476445 caaa 6476442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29834217 - 29834064
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29834217 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 29834118  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29834117 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29834064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29865651 - 29865498
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  29865651 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 29865552  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29865551 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 29865498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 10643946 - 10643758
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttg--cataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggatttt 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10643946 ccagtggtattcaattgagattttgatcacaacttaaaaattgtctattggtaatcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggatttt 10643847  T
Q  99 gtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  10643846 gtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaatcttaagacttttttgtctcccacacatagccttaagattt 10643758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 3 - 188
Target Start/End: Original strand, 30878006 - 30878191
Alignment:
Q  3 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtga 102  Q
    |||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30878006 agtggtattcaattcagattttgtacagcttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgtga 30878105  T
Q  103 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    || | |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  30878106 gactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacatctagccttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgagatttt 30878191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 3110217 - 3110038
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3110217 ccagtgatattcaattgagattttgcctaacttgaaaattgtgtgcagttattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 3110118  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagcctt 180  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  3110117 gagattgtttagtgtaaaatgtacatactgacaatctcgcacctagtattaagacttttctatctcccacacatagcctt 3110038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 7858302 - 7858203
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  7858302 tggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaattctacggattttaatgcattgttgtgagtaatagattttgtgaga 7858203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 709070 - 709178
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||| ||||  ||| |||||  ||||||||| | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   ||||||||||||||||||    
T  709070 tggtattcaattgaaatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatgtaatggattttgtgaga 709169  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  709170 ctttttagt 709178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 7100320 - 7100428
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  7100320 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtccattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 7100419  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  7100420 ctttttagt 7100428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 8794310 - 8794202
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  8794310 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtccattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 8794211  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  8794210 ctttttagt 8794202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 5957285 - 5957393
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| |||||  ||||||||| | |||||||||| ||||  |||||||||  ||| ||  |  |||||||||||||||||    
T  5957285 tggtattcaattaagatttctcatgacttatgaattgtctattggtattcaaaagtctatagattttaatatattttttcgtataatggattttgtgaga 5957384  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  5957385 ctttttagt 5957393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29834080 - 29834044
Alignment:
Q  168 cacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29834080 cacacctaaccttgagattttgtaatactcttccaaa 29834044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29865514 - 29865478
Alignment:
Q  168 cacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29865514 cacacctaaccttgagattttgtaatactcttccaaa 29865478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 24150764 - 24150561
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150764 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtccactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 24150665  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24150664 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 24150565  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  24150564 caaa 24150561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 35731084 - 35731287
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731084 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 35731183  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35731184 gagattgtttagtgtaaaatgcacctgctaacaatctcacacctagcattgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 35731283  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  35731284 caaa 35731287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 6 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 38629727 - 38629529
Alignment:
Q  6 ggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629727 ggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactatacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagat 38629628  T
Q  106 tgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38629627 tgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 38629529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 36054939 - 36054736
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054939 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagttttcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 36054840  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36054839 gagattgtttagtgtaaaatgtatctattaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 36054740  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  36054739 caaa 36054736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26005768 - 26005584
Alignment:
Q  20 attttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005768 attttgcataacttaaaaattgtctattggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaa 26005669  T
Q  120 tgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005668 tgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 26005584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26293497 - 26293296
Alignment:
Q  3 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtga 102  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26293497 agtgatatttaattgagattttgcataacttaaaaattgtttactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgt 26293398  T
Q  103 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26293397 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaacctcacacctaatcttgagacttttctgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcca 26293298  T
Q  203 aa 204  Q
    ||    
T  26293297 aa 26293296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Original strand, 30588992 - 30589195
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30588992 cagtggtattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 30589091  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgg-ctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30589092 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagactttttttatcacccacacatagccttcagattttgtaatactcttc 30589191  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  30589192 caaa 30589195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 50900379 - 50900176
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50900379 ccagtggtattcgattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctagagattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 50900280  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  50900279 gagattgtttaatgtaaaatgtacatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacatttccttgagattttgtaatactcttc 50900180  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  50900179 caaa 50900176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 13662700 - 13662887
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13662700 ccagtggtattcaattgagatttcgcacaacttaaaaattgtctactcgtattcaaaacactacgggttttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 13662799  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  13662800 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgcctcccacacataaccttgagatttt 13662887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 46252135 - 46251948
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46252135 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctggtattcaaaactttacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 46252036  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||    
T  46252035 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctcccacacataagctcgagatttt 46251948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 26005915 - 26005770
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005915 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 26005816  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctag 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26005815 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctag 26005770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Original strand, 27593305 - 27593490
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27593305 cagtggtattcaattgaggttttgcacatcttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 27593404  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||    
T  27593405 agactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttgtctccaacacatagctttgagattt 27593490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 19552080 - 19551887
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||          |||||||    
T  19552080 ccagtggtatttaattaagattttgcataacttaaaaattgtctagtggtattcaaaactctacagattttaattgattgttg----------attttgt 19551991  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19551990 gaaattgtttagtgtaaaatgtacctaataacaatctcacacctagccttgagacttttctttctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttc 19551891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 39338229 - 39338046
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  39338229 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattt--t 39338132  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||    
T  39338131 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagactttt-tgtctcccacaaatagccttcagattt 39338046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 36786123 - 36786309
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| | |||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  36786123 ccagtggtattcaattgagattttgcaaaactttaaacttgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatgaattgttgtgagtaatggattttat 36786222  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  36786223 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatcacacacct-gccttgagacttttttgtctctcacacatagccttgagatttt 36786309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Original strand, 26555966 - 26556123
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||    
T  26555966 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaactctacggattttaat-----------------ggattttgt 26556048  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacata 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  26556049 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacacata 26556123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 52024131 - 52023955
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  52024131 ccagtggtattcaattgagattttgcacaatttaaaaattgtctattagtaatcaaaattctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttaa 52024032  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttg 181  Q
    |||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |    |||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  52024031 gagactttttagtataaaatgtacctagtaacaatctcacacctaac----agacttttttgtctcccacacatagacttg 52023955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 149
Target Start/End: Original strand, 38682579 - 38682728
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38682579 cagtgatattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgt-tattggtattcaaaattctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgag 38682677  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaat---gtacctactaacaatctcacacctagcct 149  Q
    ||||| |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38682678 agattttttagtataaaatgtagtacctactaacaatctcacacctagcct 38682728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 53184002 - 53183972
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataactta 34  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184002 gtggtattcaattgagattttgcataactta 53183972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 29941097 - 29941300
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29941097 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 29941196  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29941197 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcccacatatagccttgagattttgtaatactcttc 29941296  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  29941297 caaa 29941300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 6289433 - 6289232
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289433 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 6289334  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6289333 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 6289234  T
Q  201 ca 202  Q
    ||    
T  6289233 ca 6289232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Original strand, 45547084 - 45547286
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45547084 cagtggtattcaattgagatttagcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtaagtaatggattttgtg 45547183  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45547184 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttatatctcccacacatagccttgagattttgtaatacacttcc 45547283  T
Q  202 aaa 204  Q
    |||    
T  45547284 aaa 45547286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 11534987 - 11535173
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11534987 ccagtggaattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 11535086  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  11535087 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacataaccttgagacttttttgtctcccacacatagctttgagattt 11535173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 24193417 - 24193232
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24193417 cagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 24193318  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||    
T  24193317 agactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgaaattt 24193232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 34028864 - 34028677
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  34028864 ccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattataaggattttaatggattgttacgagtaatggattttgt 34028765  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||||    
T  34028764 gagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctgccacacatagtcttgagatttt 34028677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 20157688 - 20157502
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  20157688 cagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaatattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatagattgttatgagtaatggattttgtg 20157589  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    ||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  20157588 agactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagctttgagacttttttgtctcccacacatagtcttgagatttt 20157502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 11998349 - 11998169
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11998349 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggtttgttgtgagtaatggattttgt 11998250  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttga 182  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  11998249 gagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacc-agccttgagatttttttgtctcccacacatagccttga 11998169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 168
Target Start/End: Original strand, 24193704 - 24193875
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggatttt-------aatggattgttgtgagtaatggatt 96  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || | |||||||||| |||||| |||||       ||||||||| |||||||||||||||    
T  24193704 gtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaactgtttattggtattcaaaattctacgaattttaatttttaatggattgctgtgagtaatggatt 24193803  T
Q  97 ttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctccc 168  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||    
T  24193804 ttgtgagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttagcctcaagacttttctgtctccc 24193875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Original strand, 45485514 - 45485631
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45485514 cagtggtattcaattgagattttgcataa----------gtctactaatattcaaaattctatggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 45485603  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctact 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45485604 agattgtttagcgtaaaatgtacctact 45485631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 45318612 - 45318815
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318612 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 45318711  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45318712 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttttatcacccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 45318811  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  45318812 caaa 45318815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26882758 - 26882555
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882758 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacagattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 26882659  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26882658 gagattgtttagtgtaaaatgtatatactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatcacccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 26882559  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  26882558 caaa 26882555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 52705545 - 52705748
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52705545 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 52705644  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52705645 gagattgtttggtgtaaaatgtacttactaacaatctcacgcctagccttaagacttttctatctcccacacatagccttgagatattgtaatactcttc 52705744  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  52705745 caaa 52705748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 36402399 - 36402585
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36402399 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 36402498  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||    
T  36402499 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagacttttttgtctcccacacataactttgagattt 36402585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1928336 - 1928149
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1928336 ccagtggtattcaattcagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgt 1928237  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||| | |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  1928236 gagactttttagtgtaaaatgcatctactaacaatctcacacctagccttgtgacttttttgtctcccacacatagtcttgagatttt 1928149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 29208907 - 29209090
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29208907 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaagttctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 29209006  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgaga 184  Q
    |||| | |||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  29209007 gagactttttagtgtaacatatatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 29209090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 33243242 - 33243060
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33243242 ccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 33243143  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    || | | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33243142 gaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacaccta----agagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 33243060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 33263415 - 33263233
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33263415 ccagtggtattcaattgagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 33263316  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    || | | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||     ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33263315 gaaactttttaatgtaaattgtacctactaacaatctcacaccta----agagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 33263233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 10896952 - 10897138
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||| |    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10896952 ccagtggtattcaattgagattttgcccaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattggtaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgt 10897051  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    || |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||| |||||||||| |||||||||    
T  10897052 gaaacattttaatgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgacacttttttgtctctcacacatagctttgagattt 10897138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 154
Target Start/End: Original strand, 45534991 - 45535089
Alignment:
Q  56 aaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 154  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45534991 aaactctactgattttaatggattgttgtgagtaatggattttttgagattgttgagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacgtagccttgaga 45535089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 65 - 150
Target Start/End: Original strand, 9831782 - 9831867
Alignment:
Q  65 ggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagcctt 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  9831782 ggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagactttttagtgtaaaatatacttactaacaatctcacacctaacctt 9831867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 58
Target Start/End: Original strand, 9831442 - 9831499
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaa 58  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  9831442 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttacaaattgtctattggtattcaaaa 9831499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 19007508 - 19007400
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||||| | ||||| |||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  19007508 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtctattggtattaaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 19007409  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  19007408 ctttttagt 19007400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 48194746 - 48194854
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  48194746 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtccattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 48194845  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  48194846 ctttttagt 48194854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 36
Target Start/End: Original strand, 45534963 - 45534993
Alignment:
Q  6 ggtattcaattgagattttgcataacttaaa 36  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45534963 ggtattcaattgagattttgcataacttaaa 45534993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 48203504 - 48203612
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| |   |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  48203504 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtccataggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 48203603  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  48203604 ctttttagt 48203612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8583936 - 8583734
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8583936 cagtggtattcaattaagattttgcataacttaaaaattgtctactggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgtg 8583837  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8583836 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctccaacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 8583737  T
Q  202 aaa 204  Q
    |||    
T  8583736 aaa 8583734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Original strand, 44930028 - 44930230
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44930028 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacgggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaaaggattttgtg 44930127  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44930128 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagatttttctatctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 44930227  T
Q  202 aaa 204  Q
    |||    
T  44930228 aaa 44930230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 42218378 - 42218175
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42218378 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgt 42218279  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42218278 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatctcctacacatagccttgagattttgtaatattcttc 42218179  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  42218178 caaa 42218175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 8880596 - 8880764
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8880596 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatgaattttgt 8880695  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctccca 169  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8880696 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctgtctccca 8880764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 3435888 - 3435692
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3435888 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtgtgctggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatagattttgtg 3435789  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||      ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3435788 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctatct------catagccttgagattttgtaatactcttcc 3435695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 187
Target Start/End: Original strand, 52109562 - 52109744
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52109562 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtataccgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 52109661  T
Q  105 ttgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  52109662 ttgtttaatgtaaaatgtacctactaacaatcccacacctagccttgagacttttctgtctcccacacataaccttgagattt 52109744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 188
Target Start/End: Original strand, 25935945 - 25936127
Alignment:
Q  7 gtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25935945 gtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactcatcgaattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagatt 25936044  T
Q  107 gtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttc--tggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||||  |||||||||||    
T  25936045 gtttagtgtaaaatgaacctattaacaatctcaca-ctagccttgagacttttctgtgtctcccacacataatcttgagatttt 25936127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 26336220 - 26336407
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26336220 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtttattggtattcaaaattctaaggattttaatggattattgtgagtaatggattttgt 26336319  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  26336320 gagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagatttt 26336407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 45332818 - 45333001
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45332818 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 45332917  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgaga 184  Q
    || | | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  45332918 gaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 45333001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 45340508 - 45340691
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45340508 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 45340607  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgaga 184  Q
    || | | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  45340608 gaaactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgaga 45340691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Original strand, 42720871 - 42721055
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42720871 ccagaggtattcaattgagattttacacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctaaggattttaatgggttgttgtgagtaatggattttgt 42720970  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ttttctggctcccacacatagccttgaga 184  Q
    |||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  42720971 gagactttttagtgtaaaatgtatctaccaacaatctcacacctagccttgagactttttttgtctcccacacatagccttgaga 42721055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 182
Target Start/End: Original strand, 47685297 - 47685477
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  47685297 cagtggtattcaattgagattttgctcaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttgtgagtaatagattttgcg 47685396  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttga 182  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  47685397 agactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaacttgagacttttttgtctcccacacatagccttga 47685477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Original strand, 54509866 - 54510050
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || |||||||||||||||||| ||   ||||||||||||    
T  54509866 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaaggattttaatggattgttatg---aatggattttgt 54509962  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  54509963 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaggctttttttgtctcccacacatagctttgagattt 54510050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 33450108 - 33449944
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33450108 gtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctacggattttaatggattattgtgagtaatggattttgtgag 33450009  T
Q  104 attgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctccc 168  Q
    |   |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||| |||||    
T  33450008 acattttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacatagcctcaacacttttctgtctccc 33449944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 26 - 204
Target Start/End: Original strand, 7820239 - 7820402
Alignment:
Q  26 cataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagtgtaaaatgtacc 125  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||                ||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  7820239 cataacttaaaaattgtctactagtattcaaaactctacggattttaatgaatt----------------tttatgagattgtttagtgtaaaatgcacc 7820322  T
Q  126 tactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatag-ccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  7820323 tactaacaatctcacacctagcctggagacttttctgtctcccacacatagcccttgggattttgtattactcttccaaa 7820402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 187
Target Start/End: Original strand, 40143933 - 40144098
Alignment:
Q  6 ggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagat 105  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | || | |||||||||||||||||||||                |     
T  40143933 ggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattgtaagaattttaatggattgttgtgag----------------ac 40144016  T
Q  106 tgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  40144017 tttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacttaaccttgagacttttttgtctcccacacatagccttgagattt 40144098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 38230928 - 38231036
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||  ||||||| | | |||||||||| ||||  |||||| ||||||| |||   | ||||||||||||||||    
T  38230928 tggtattcaattgagatttctcatgacttatgaattgtccattggtattcaaaagtctatagattttgatggattcttggatggaatggattttgtgaga 38231027  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
     | ||||||    
T  38231028 ctttttagt 38231036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 3 - 204
Target Start/End: Original strand, 40410744 - 40410945
Alignment:
Q  3 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtga 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40410744 agtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctactcgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtga 40410843  T
Q  103 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  40410844 gattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagacttgagacttttctatctcccacacatagccttgaaattttgtaatacttttcca 40410943  T
Q  203 aa 204  Q
    ||    
T  40410944 aa 40410945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 6828724 - 6828537
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6828724 ccagtggtattcaattgagattttgcacaacttaaaaattgtctattgatattcaaaattgtaaggattttaatggattgttatgagtaatggattttgt 6828625  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagac-ttttctggctcccacacatagccttgagattt 187  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  6828624 gagactttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacatctaaccttgagactttttttgtctcccacacatagctttgagattt 6828537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 168
Target Start/End: Original strand, 17518584 - 17518748
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgag 103  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || | | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17518584 gtggtattcaattaagattttgcacaacttaaaaattgtttattgggattcaaaattctacggattttaatggaatgttgcgagtaatggattttgtgag 17518683  T
Q  104 attgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctccc 168  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| |||||    
T  17518684 actttttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacccagcctcaagacttttctgtctccc 17518748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 168
Target Start/End: Original strand, 10571266 - 10571430
Alignment:
Q  4 gtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgag 103  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||| |||| | | |||||| ||||||||| || ||||||||||||||     
T  10571266 gtggtattcaattaagattttgtacaacttaaaaattgtctattggtattcaaaattctatgaaatttaatagattgttgtcaggaatggattttgtgaa 10571365  T
Q  104 attgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctccc 168  Q
    | | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  10571366 actttttagtataaaatgtacatactaacaatctcacacctaaccttaagacttttctgtctccc 10571430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 2276133 - 2276025
Alignment:
Q  5 tggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgaga 104  Q
    |||||||||||| | ||||  ||| |||||  ||||||||| |  ||||||||| ||||  |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||    
T  2276133 tggtattcaattaaaatttctcatgacttatgaattgtctattgatattcaaaagtctatagattttaatggattcttttgtataatggattttgtgaga 2276034  T
Q  105 ttgtttagt 113  Q
    || ||||||    
T  2276033 ttttttagt 2276025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 81714 - 81511
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81714 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctcctggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 81615  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81614 gagattgtttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattttgtaatactcttc 81515  T
Q  201 caaa 204  Q
    ||||    
T  81514 caaa 81511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0153 (Bit Score: 171; Significance: 6e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0153
Description:

Target: scaffold0153; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 2 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 34745 - 34543
Alignment:
Q  2 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34745 cagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctgctgatattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtg 34646  T
Q  102 agattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 201  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34645 agattgtttagtgtaaaatgtatctactaacaatctcacacctaaccttgagacttttctatctctcacacatagccttgagattttgtaatactcttcc 34546  T
Q  202 aaa 204  Q
    |||    
T  34545 aaa 34543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 134; Significance: 7e-70; HSPs: 2)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21345 - 21192
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21345 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctatcggtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttat 21246  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctagccttgaga 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21245 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacctaaccttgaga 21192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 21208 - 21172
Alignment:
Q  168 cacacatagccttgagattttgtaatactcttccaaa 204  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21208 cacacctaaccttgagattttgtaatactcttccaaa 21172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0202 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0202
Description:

Target: scaffold0202; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 16474 - 16303
Alignment:
Q  1 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||                  |||||||||||||||||||    
T  16474 ccagtggtattcaattgagattttgcataacttaaaaattgtctattagtattcaaaattcta------------------tgtgagtaatggattttgt 16393  T
Q  101 gagattgtttagtgtaaaatgtacctactaacaatctcacacc--tagccttgagacttttctggctcccacacatagccttgagatttt 188  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||    
T  16392 gagattgtttagtgtaaagtgtacctactaacaatctcacacctataaccttgagacttttatgtctctcacacatagccttgaaatttt 16303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 1789 - 1705
Alignment:
Q  29 aacttaaaaattgtctacttgtattcaaaactctacggattttaatggattgttgtgagtaatggattttgtgagattgtttagt 113  Q
    |||||| ||| |||||| | |||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||   |||||||||||||||| | ||||||    
T  1789 aacttataaaatgtctattggtattcaaaaatctgcagattttaatggattcttttgtagaatggattttgtgagactttttagt 1705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University