View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6016_high_11 (Length: 495)
Name: NF6016_high_11
Description: NF6016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6016_high_11 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 478
Target Start/End: Original strand, 15472997 - 15473474
Alignment:
| Q |
1 |
ccatagattaaaacatgaataaaatatgcatttatttataagtttctttcttcgtgttcagtgaactcttaatctcaacaacaattgatgaattttatta |
100 |
Q |
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| T |
15472997 |
ccatagattaaaacatgaataaaatatgcatttatttataagtttctttctccgtgtttagtgaactcttaatctcaacaataattgatgaattttatta |
15473096 |
T |
|
| Q |
101 |
gtatgtcatacgctctcatccaccaatattaacttgctaacgtgcatatcatacacaccttagtttttggatgaatgcatccaactatcatgtttacact |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
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| T |
15473097 |
gtatgtcatacgctctcatccaccaatattaacttgctaacatgcatatcatacacaccttggtttttggatgaatgcatccaactttcatgtttacact |
15473196 |
T |
|
| Q |
201 |
caagtcatggattcgtcatgacgttaagtattactttttaatatatgtgagttgatcaaatatatcagttattttcagacgagtgaaatattatttatcg |
300 |
Q |
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| T |
15473197 |
caagtcatggatccgtcatgacgttaagtattactttttaatatatgtgagttgatcaaatatatcagttattttcaaacgagtgaaatattatttatcg |
15473296 |
T |
|
| Q |
301 |
atattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaacttataaact-nnnnnnnntacaaattaaacatagggtcaaatggta |
399 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15473297 |
atattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaacatataaactaaaaaaaaatacaaattaaacatagggtcaaatggta |
15473396 |
T |
|
| Q |
400 |
tccaaattctaacattttatgtggttggtaaatttcaatttcgctacaaatgttattgaagaattctaccatgtctaac |
478 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15473397 |
tccaaattctaacattttat-tggttggtaaatttcaatttcgctacaaatgttattgaagaattctaccatgtctaac |
15473474 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 83 - 478
Target Start/End: Original strand, 15463142 - 15463540
Alignment:
| Q |
83 |
aattgatgaattttattagtatgtcatacgctctcatccaccaatattaacttgctaacgtgcatatcatacacaccttagtttttggatgaatgcatcc |
182 |
Q |
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| T |
15463142 |
aattgatgaattttattaggatatcatacgctctctcccaccaacattaactaattaacatgcatatcatacaaacctttgtttttgggtgaatgcatcc |
15463241 |
T |
|
| Q |
183 |
aactatcatgtttacactcaagtcatggattcgtcatgacgttaagtattactttttaatatatgtgagttgatcaaatatatcagttattttcagacga |
282 |
Q |
| |
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| || | ||||||| || ||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || | |||||| ||||| |
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|
| T |
15463242 |
accttccttgtttaccctaaagacatggatctatcataacactaa-tattactttttaatatgtgtgaattgatcaaatatgtcggatattttgggacga |
15463340 |
T |
|
| Q |
283 |
gtgaaatattatttatcgatattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaacttataaactnnnnnnnntacaaattaaa |
382 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| | | | |||||| |
|
|
| T |
15463341 |
gtgaaatattatttatcgatattgat-tatcttcaaattttcaaattaaaagtgagaaagaaatatgtgaacatataaattaaaaaagaaatatattaaa |
15463439 |
T |
|
| Q |
383 |
catagggtcaaatggtatccaaattctaacattttatgtggttg-----gtaaatttcaatttcgctacaaatgttattgaagaattctaccatgtctaa |
477 |
Q |
| |
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|||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
|
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| T |
15463440 |
cataaggtcacatggtttccaaattctaacattttatgtggttggcaatgtcacattcagtttcactacaaatattattgaagaattttaccatgtctaa |
15463539 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 278 - 478
Target Start/End: Original strand, 15427008 - 15427198
Alignment:
| Q |
278 |
gacgagtgaaatattatttatcgatattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaacttataaactnnnnnnnntacaaa |
377 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
15427008 |
gacgaatgaaatattatttatcgatattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaac--ataa--------------aaa |
15427091 |
T |
|
| Q |
378 |
ttaaacatagggtcaaatggtatccaaattctaacattttatgtggttggtaa------atttcaatttcgctacaaatgttattgaagaattctaccat |
471 |
Q |
| |
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||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |
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|
| T |
15427092 |
ttaaaaataaggtcaaatggtttccaaattcaaacaatttatggagttggcaatgtctcatttcaatttcgctacaaatattattgaacaattctaccat |
15427191 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 258 - 478
Target Start/End: Original strand, 15459897 - 15460116
Alignment:
| Q |
258 |
aaatatatcagttattttcagacgagtgaaatattatttatcgatattgatatatcttcaatttttcaaa-ttaaaagtttgaaagaaatacatgaactt |
356 |
Q |
| |
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|
| T |
15459897 |
aaatatgttagttattttgggacaagtgaaatattatttattgatattgatatatcttcaattttccaaaattaaaagtttaaaagaaatacgtaaacat |
15459996 |
T |
|
| Q |
357 |
ataaactnnnnnnnntacaaattaaacatagggtcaaatggtatccaaattctaacattttatgtggttggtaaatttcaatttcgctacaaatgttatt |
456 |
Q |
| |
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||||| | || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||| | |||| |
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|
| T |
15459997 |
ataaatcaaaaaagaaataacttaaacataaggtcaaatggtttccaaattctaatatttaatg--gttggcaaatttcaattttgctacaaaagatatt |
15460094 |
T |
|
| Q |
457 |
gaagaattctaccatgtctaac |
478 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||| |
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|
| T |
15460095 |
gaagtattctaccatgtctaac |
15460116 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 87 - 306
Target Start/End: Original strand, 15464126 - 15464344
Alignment:
| Q |
87 |
gatgaattttattagtatgtcatacgctctcatccaccaatattaacttgctaacgtgcatatcatacacaccttagtttttggatgaatgcatccaact |
186 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |
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|
| T |
15464126 |
gatgaattttattagtatctcatacgctctcacccgccaacattaactaattaacatgcatatcatacaaaccttgatttttgggtgaatgcatccacct |
15464225 |
T |
|
| Q |
187 |
atcatgtttacactcaagtcatggattcgtcatgacgttaagtattactttttaatatatgtgagttgatcaaatatatcagttattttcagacgagtga |
286 |
Q |
| |
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| |||||| || ||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| |||| |||||| ||||||||| |
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| T |
15464226 |
tccttgtttatcctgaagacatggatctatcataacactaa-tattactttttaatatgtgtgaattggttaaatatgtcagatattttgggacgagtga |
15464324 |
T |
|
| Q |
287 |
aatattatttatcgatattg |
306 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15464325 |
aatattatttatcgatattg |
15464344 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 300 - 477
Target Start/End: Original strand, 15465126 - 15465309
Alignment:
| Q |
300 |
gatattgatatatcttcaatttttcaaattaaaagtttgaaagaaatacatgaacttataaactnnnnnnnntacaaattaaacatagggtcaaatggta |
399 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| | | | ||||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
15465126 |
gatattgatatatcttcaaattttcaaattaaaagtgtgaaagaaatacgtgaacatataagttaaaaaagaaatatattaaacttacggtcaaatggtt |
15465225 |
T |
|
| Q |
400 |
tccaaattctaacattttatgtggttggtaa------atttcaatttcgctacaaatgttattgaagaattctaccatgtctaa |
477 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15465226 |
tccaaattctaacattttatgtggttggcaatgtcacatttcagtttcgctacaaatattattgaagaattttaccatgtctaa |
15465309 |
T |
|
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