View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF6016_high_12 (Length: 480)
Name: NF6016_high_12
Description: NF6016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF6016_high_12 |
 | |
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| [»] scaffold0054 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold0054 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:
Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 464
Target Start/End: Original strand, 7557 - 8005
Alignment:
| Q |
15 |
aatatgttatgtgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
114 |
Q |
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| T |
7557 |
aatatgttatatgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatccc-tatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
7655 |
T |
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| Q |
115 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
214 |
Q |
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| T |
7656 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
7755 |
T |
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| Q |
215 |
aaattacaaattctttaaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacataaattcataatataagtccaacaaaaccca |
314 |
Q |
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| T |
7756 |
aaattacaaattctttaaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacatcaattcataatataagtccaacaaaaccca |
7855 |
T |
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| Q |
315 |
tttaagatgttatgatgattttaaatagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgcataca |
414 |
Q |
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| T |
7856 |
tttaagatgttatgatgattttaaatagattaaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgtataca |
7955 |
T |
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| Q |
415 |
atttacagagaatacattttaatgggatattctattgaataacaatattt |
464 |
Q |
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| T |
7956 |
atttacagagaatacattttaaagggatattctaatgaataacaatattt |
8005 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 464
Target Start/End: Original strand, 22878456 - 22878904
Alignment:
| Q |
15 |
aatatgttatgtgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
114 |
Q |
| |
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| T |
22878456 |
aatatgttatatgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatccc-tatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
22878554 |
T |
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| Q |
115 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
214 |
Q |
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| T |
22878555 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
22878654 |
T |
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| Q |
215 |
aaattacaaattctttaaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacataaattcataatataagtccaacaaaaccca |
314 |
Q |
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| T |
22878655 |
aaattacaaattctttaaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacatcaattcataatataagtccaacaaaaccca |
22878754 |
T |
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| Q |
315 |
tttaagatgttatgatgattttaaatagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgcataca |
414 |
Q |
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| T |
22878755 |
tttaagatgttatgatgattttaaatagattcaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgtataca |
22878854 |
T |
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| Q |
415 |
atttacagagaatacattttaatgggatattctattgaataacaatattt |
464 |
Q |
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| T |
22878855 |
atttacagagaatacattttaaagggatattctaatgaataacaatattt |
22878904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 464
Target Start/End: Original strand, 22896591 - 22897024
Alignment:
| Q |
31 |
tatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaagattcatcatcaaaaaca |
130 |
Q |
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|
| T |
22896591 |
tatattgcttgggacgcctgaccaattcaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaagattcatcatcaaaaaca |
22896690 |
T |
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| Q |
131 |
tcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatgaaaattacaaattcttt |
230 |
Q |
| |
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|
| T |
22896691 |
tcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatgaaaattacaaattcttt |
22896790 |
T |
|
| Q |
231 |
aaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacataaattcataatataagtccaacaaaacccatttaagatgttatgat |
330 |
Q |
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|
| T |
22896791 |
aaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacatcaattcataatataagtccagcaaaacccatttaagatgttatgat |
22896890 |
T |
|
| Q |
331 |
gattttaaatagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgcatacaatttacagagaataca |
430 |
Q |
| |
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| T |
22896891 |
gattttaaatagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgtatacaatttacagagaataca |
22896990 |
T |
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| Q |
431 |
ttttaatgggatattctattgaataacaatattt |
464 |
Q |
| |
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| T |
22896991 |
ttttaatgggatattctaatgaataacaatattt |
22897024 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 464
Target Start/End: Original strand, 19536897 - 19537346
Alignment:
| Q |
15 |
aatatgttatgtgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
114 |
Q |
| |
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|
| T |
19536897 |
aatatgttatgtgaaatatattgcttggcacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatctcttataaccacaaactcattaatataatcacaaga |
19536996 |
T |
|
| Q |
115 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
214 |
Q |
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| T |
19536997 |
ctcatcaccaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcattcataggcataattctcttcaaacatga |
19537096 |
T |
|
| Q |
215 |
aaattacaaattctttaaactgtacactaatcaactgaactactactacgagaaaaatgaaactacacataaattcataatataagtccaacaaaaccca |
314 |
Q |
| |
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| T |
19537097 |
aaattacaaattcttcaaactttgcactaatcaactgagctactactacgagaaaaatgaaatcacacatcaattcataatataagtccaacaaaaccca |
19537196 |
T |
|
| Q |
315 |
tttaagatgttatgatgattttaaatagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattctactattatgcataca |
414 |
Q |
| |
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| T |
19537197 |
tttgatatgttatgatgattttaaaaagatttaatttaatcacaaaatggatcacaaacatttccttcttcacctaatttattatactattatgtataca |
19537296 |
T |
|
| Q |
415 |
atttacagagaatacattttaatgggatattctattgaataacaatattt |
464 |
Q |
| |
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| T |
19537297 |
atttacagagaatacattttaatgggatattctaatgaataacaatattt |
19537346 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 188
Target Start/End: Original strand, 17229119 - 17229292
Alignment:
| Q |
15 |
aatatgttatgtgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
114 |
Q |
| |
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|
| T |
17229119 |
aatatgttatgtgaaatatattgtttggcacacctgaccaatacaaaattgaacataagacatctcctatgaccacaaactcattaatataatcacaaga |
17229218 |
T |
|
| Q |
115 |
ttcatcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcattc |
188 |
Q |
| |
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| T |
17229219 |
ttcatcaccaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcattc |
17229292 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 187
Target Start/End: Original strand, 197766 - 197936
Alignment:
| Q |
17 |
tatgttatgtgaaatatattgcttgggacgcctgaccaatacaaaactgaacataagacatcccctatgaccacaaactcattaatataatcacaagatt |
116 |
Q |
| |
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| T |
197766 |
tatgttatgtgaaatatattgtttggcacacctgaccaatacaaaattgaacatgagacatctcctatgaccacaaagtcattaatataatcacaagatt |
197865 |
T |
|
| Q |
117 |
catcatcaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacatacaagcttattcaccatgaatcatt |
187 |
Q |
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| T |
197866 |
catcaccaaaaacatcacaactccgcacaaccatacaattcaacctacaagcttattcaccatgaatcatt |
197936 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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