View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6026_high_2 (Length: 809)

Name: NF6026_high_2
Description: NF6026
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6026_high_2
NF6026_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-795)||(10433205-10433979)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 748; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 748; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 10433979 - 10433205
Alignment:
Q  20 taagtcatcattggagtttcatacagtttcaaataatgttccacggtgtagaagttgcctcagtcagttgcatcaaaagctagataaagttccttctatc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433979 taagtcatcattggagtttcatacagtttcaaataatgttccacggtgtagaagttgccttagtcagttgcatcaaaagctagataaagttccttctatc 10433880  T
Q  120 aaaaccatgtttcaatccccaaaccataagatgaaaaataaaggaaaagtgtctgttaacattttaaaaatatcacgaaattaagtcttgagccttgaaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433879 aaaaccatgtttcaatccccaaaccata-gttgaaaaataaaggaaaagtgtctgttaacattttaaaaatatcacgaaattaagtcttgagccttgaaa 10433781  T
Q  220 acatgtttttgtgctctaaatgcagttccagatgcattataagtgtcttttcaagcatcttcatttagtaagagcttcaaattattgaaacaagttactt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433780 acatgtttttgtgctctaaatgcagttccagatgcattataagtgtcttttcaagcatgttcatttagtaagagcttcaaattattgaaacaagttactt 10433681  T
Q  320 ataacatttgattaatctgatattatgaccgacagttggaaggttcatttctgaaaaaaggcaatccctattcattttgggccttctttcccacaggact 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433680 ataacatttgattaatctgatattatgaccgacagttggaaggttcatttctgaaaaaaggcaatccctattcattttgggccttctttcccacaggact 10433581  T
Q  420 tacaggtatgagcattttgtgcttgctattaagaaagtaattcctcactaacattgagttaaatgcacttattaacaaatgtcaccatcattacgtgctt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433580 tacaggtatgagcattttgtgcttgctattaagaaagtaatttctcactaacattgagttaaatgcacttattaacaaatgtcaccatcattacgtgctt 10433481  T
Q  520 gaataggtccaaaggggttttctctgtcatcatataactcaggagcaagcactgttgaaccgtttctagttgatgagaagaaagttaattcaaaactcat 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433480 gaataggtccaaaggggttttctctgtcatcatataactcaggagctagcactgttgaaccgtttctagttgatgagaagaaagttaattcaaaactcat 10433381  T
Q  620 tgtcttttgggttgaaaaacgtttggcagcacaagggattattcctgtatggaaagattgattctcataaacaaattttcattttggttgcaaatgatgt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433380 tgtcttttgggttgaaaaacgtttggcagcacaagggattattcctgtatggaaagattgattctcataaacaaattttcattttggttgcaaatgatgt 10433281  T
Q  720 agcatacatttcaccattctcttgtaccttggctcattgactatgtggtgtatggtatataaagtgttgttttgat 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433280 agcatacatttcaccattctcttgtaccttggctcattgactatgtggtgtatggtatataaagtgttgttttgat 10433205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University