View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6029_low_2 (Length: 618)

Name: NF6029_low_2
Description: NF6029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6029_low_2
NF6029_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-601)||(1034580-1035171)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (10-601)||(13897523-13898114)
chr1 (10-598)||(13887090-13887684)
chr1 (305-599)||(7295556-7295855)
chr1 (183-254)||(7295875-7295946)
chr1 (436-517)||(7291699-7291781)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (146-598)||(28666863-28667315)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 568; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 1035171 - 1034580
Alignment:
Q  10 agaagcaaaggaaaatagctagtatcgagtttcattcgacaaattttagaaagttaacaattgagtcaatttttgagcttgtgaacaataggctcatacc 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1035171 agaaacaaaggaaaatagctagtatcgagtttcattcgacaaattttagaaagttaacaaatgagtcaatttttgagcttgtgaacaataggctcatacc 1035072  T
Q  110 agtcttagaattatcattgaagaaaaatgttgccatagatcttcaagatattttgctgaggctaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgtt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1035071 agtcttagaattatcattgaagaaaaatgttgccatagatcttcaagatattttgctgagactaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgtt 1034972  T
Q  210 gatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaattccctttgcagcagcttttgaggatgcaacagaagctattttgtttcgatttgtcgtgccgattt 309  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1034971 gatcctggttgcttacaacctcatttgcctgaaattccctttgcaggagcttttgaggatgcaacagaagctattttgtttcgatttgtcgtgccgattt 1034872  T
Q  310 gtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggtatggaaagaaagcttaagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 409  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1034871 gtgtatggaaagctatgaggtttcttaacttaggtatggaaagaaagcttaagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 1034772  T
Q  410 aagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacgataaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1034771 aagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacgataaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttat 1034672  T
Q  510 tcagataagtttttgagggatatttgtgtaaattttatattagctgggagagacacttcttcagttgctttgagctggtttttctggttggt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1034671 tcagataagtttttgagggatatttgtgtaaattttatattagctgggagagacacttcttcagttgctttgagctggtttttctggttggt 1034580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 516; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 516; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 13898114 - 13897523
Alignment:
Q  10 agaagcaaaggaaaatagctagtatcgagtttcattcgacaaattttagaaagttaacaattgagtcaatttttgagcttgtgaacaataggctcatacc 109  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13898114 agaaacaaaggaaaatagcgagtatcgagtttcattcgacaaattttaggaagttaacaattaagtcaatttttgagcttgtgaacaataggctcatacc 13898015  T
Q  110 agtcttagaattatcattgaagaaaaatgttgccatagatcttcaagatattttgctgaggctaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgtt 209  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13898014 tgtcttagaatcatcattgaagaaaaatgttgcaatagatcttcaagatattttgttgagactaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgtt 13897915  T
Q  210 gatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaattccctttgcagcagcttttgaggatgcaacagaagctattttgtttcgatttgtcgtgccgattt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  13897914 gatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaattccctttgctgcagcttttgaggatgcaacagaagctactttgtttcgatttgtcatgccggttt 13897815  T
Q  310 gtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggtatggaaagaaagcttaagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897814 gtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggtatggaaagaaagctcaagaaatcaatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 13897715  T
Q  410 aagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacgataaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttat 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13897714 aagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacaataaggaaaaatcggatttgttaactgtgttcatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttat 13897615  T
Q  510 tcagataagtttttgagggatatttgtgtaaattttatattagctgggagagacacttcttcagttgctttgagctggtttttctggttggt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13897614 tcagataagtttttgagggatatttgtgtaaatttcatattagctgggagagacacttcttcagttgctttaagctggtttttctggttggt 13897523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 598
Target Start/End: Original strand, 13887090 - 13887684
Alignment:
Q  10 agaagcaaaggaaaatagctagtatcgagtttcattcgacaaattttagaaagttaacaattgagtcaatttttgagcttgtgaacaataggctcatacc 109  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13887090 agaaacaaaggaaaacagcgagtatcgagtttcattcaacaaagtttaggaaattaacaactgattcattgtttgagcttgtgaacaataggctcatacc 13887189  T
Q  110 agtcttagaattatcattgaagaaaaatgttgccatagatcttcaagatattttgctgaggctaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgtt 209  Q
     |||||||| | ||| |||||||||   ||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13887190 tgtcttagattcatcgttgaagaaatcggtttccatcgatcttcaagatattttgttgagactaacttttgataatgtttgtatgatagcttttgatgtt 13887289  T
Q  210 gatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaattccctttgcagcagcttttgaggatgcaacagaagctattttgtttcgatttgtcgtgccgattt 309  Q
    ||||||  |||||| |||| |||||| |||||||| || ||||||  ||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||||||||||| |||  |||    
T  13887290 gatccttcttgtttgcaacttcatttacctgaaataccttttgcaagagcttttgaagatgcaaccgaagcaactttgcttcgatttgtcgcgccagttt 13887389  T
Q  310 gtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggtatggaaagaaagcttaagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13887390 gtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggtatggagagaaagttgaaggaatcaatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggc 13887489  T
Q  410 aagaaagaaagaactttctttgcaaaat------gaagacgataaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaag 503  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||      ||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  13887490 aagaaagaaagaactttctttggaacatgatatggaagatgataagcgaaaatcagatttgttaactgtgtttatgaagcttaaagatgagaatggaaag 13887589  T
Q  504 tcttattcagataagtttttgagggatatttgtgtaaattttatattagctgggagagacacttcttcagttgctttgagctggtttttctggtt 598  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13887590 gcttattcagataagttcttgagggatatatgtgtaagttttatattagctgggagagacacttcttcagttgctttaagctggtttttctggtt 13887684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 305 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 7295855 - 7295556
Alignment:
Q  305 gatttgtgtatggaaggctatgaggttt--cttaacttaggtatggaaagaaagctt--aagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgt 400  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||  ||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  7295855 gatttgtgtgtggaaagctatgacgtttttcttaacttaggtatgacaagaaagcttttaagaaaacaatacaaaaagctgatgaatttgctgagaatat 7295756  T
Q  401 tataagggcaagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacgataaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatgga 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  7295755 tataagggcaagaaagaaggaactttctttgcaaaattaagatgataaggaaaaatcaaatttgttaactgtgttaatgaggcttacggatgagaatgga 7295656  T
Q  501 aagtcttattcagataagtttttgagggatatttgtgtaaattttatattagctgggagagacacttcttc---agttgctttgagctggtttttctggt 597  Q
    |  || || |||||||||  | |||||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||  || |||||||||    
T  7295655 atttcatactcagataag--tgtgagggatatatgtttgaatttcatattagccgggagagacacttcttctttagttgctttgaggcggcttttctggt 7295558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 183 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 7295946 - 7295875
Alignment:
Q  183 aatgtttgtatgatagcttttggtgttgatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaattccctttgca 254  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||| || ||||||    
T  7295946 aatgtttgcatgatatcttttggtgttgatcctggttgttcacaaccacatttgtttgaaataccatttgca 7295875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 436 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 7291781 - 7291699
Alignment:
Q  436 atgaagacgataaggaaaaa--tcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttattcagataa 517  Q
    ||||||| ||||||||||||  || |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  7291781 atgaagatgataaggaaaaaaatcagattcgtaaa-tgtgtttatgaggcttaaggatgagaatgaaaattcatattcagataa 7291699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 146 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 28667315 - 28666863
Alignment:
Q  146 agatcttcaagatattttgctgaggctaacttttgataatgtttgtatgatagcttttggtgttgatcctggttgtttacaacctcatttgcctgaaatt 245  Q
    |||||||||||| ||| |  | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |   |  | ||||| ||     
T  28667315 agatcttcaagacattcttttaagactaacttttgacaatgtttgtatgatagcttttggtgttgatcctggttgtttgagtcaaaaacttcctgagata 28667216  T
Q  246 ccctttgcagcagcttttgaggatgcaacagaagctattttgtttcgatttgtcgtgccgatttgtgtatggaaggctatgaggtttcttaacttaggta 345  Q
    || ||||||  ||| |||||||||||||||||||| |   || |||| || ||  |||| |  ||||  ||||||   |||||| ||||||||||||||     
T  28667215 ccatttgcaaaagcctttgaggatgcaacagaagccaccgtgcttcgtttcgttatgcctacgtgtgcttggaagttcatgaggcttcttaacttaggtg 28667116  T
Q  346 tggaaagaaagcttaagaaatccatacaaaaagttgatgaatttgctgagaatgttataagggcaagaaagaaagaactttctttgcaaaatgaagacga 445  Q
    | |||||||| || |||||||| ||  ||   ||||||||||||||   |||||| |||||| | ||||| || ||||| |||||| ||  ||| ||  |    
T  28667115 tagaaagaaaactcaagaaatcaattaaaggggttgatgaatttgcaatgaatgtcataaggactagaaaaaaggaactatctttggaagttgatgaaaa 28667016  T
Q  446 taaggaaaaatcggatttgttaactgtgtttatgaggcttaaggatgagaatggaaagtcttattcagataagtttttgagggatatttgtgtaaatttt 545  Q
     ||  |||  || |||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  28667015 gaaacaaaggtcagatttgttaactgtttttatgaagatgaaggatgagaatggaagtgcttattcagataagtttctgagggatatatgtgtgaatttt 28666916  T
Q  546 atattagctgggagagacacttcttcagttgctttgagctggtttttctggtt 598  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||    
T  28666915 atactagctgggagagacacttcttctgtggctttgagttggtttttttggtt 28666863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University