View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6029_low_8 (Length: 369)

Name: NF6029_low_8
Description: NF6029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6029_low_8
NF6029_low_8
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-357)||(30070988-30071344)
chr5 (1-354)||(30045158-30045511)
chr5 (1-360)||(30005637-30005996)
chr5 (1-354)||(29999205-29999558)
chr5 (1-354)||(29962896-29963249)
chr5 (1-354)||(30011549-30011902)
chr5 (1-354)||(29990501-29990854)
chr5 (144-354)||(29949338-29949548)
chr5 (1-357)||(29943667-29944023)
chr5 (24-140)||(29952005-29952121)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Original strand, 30070988 - 30071344
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  30070988 ccaaaatactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaata 30071087  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30071088 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 30071187  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30071188 agaaatgattctgcagcttttgaagatgaaatgataatagttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattggaccatattttttggagagtgattgaa 30071287  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtgatg 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30071288 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtgatg 30071344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 30045158 - 30045511
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  30045158 ccaaaatactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaata 30045257  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  30045258 aggaccatactcacaaaaagccatccctttggaaccataagacatgagctcagatccttgaatctttggtcggcttgcgaaaacgatgtcgtgggttttg 30045357  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30045358 aggaatgattctgctgcttttgaagatgaaatgacaatagctgggacttgaccaagttgtaaggacatgattggaccatattttttggagagtgactgaa 30045457  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtg 354  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  30045458 gtgttctatgtggaagggtgcctaatatgtgaaggttccctattattggtagtg 30045511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 30005996 - 30005637
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    ||||||||  ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  30005996 ccaaaacatccaacttctccttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaaaaagtttcaaagtgcaaaatttcctcacactacgccaata 30005897  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30005896 aggaccatactcagaaaaagccatccctttggaaccataagacatgagatctgatccttgaacctttggtcgacttgcaaaaacgatgtcatgagttttg 30005797  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30005796 aggaatgattctgcagcttttgaagatgaaatgataatagttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattggaccatattttttggagagtgattgaa 30005697  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtgatgatg 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30005696 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtgttgatg 30005637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 29999558 - 29999205
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||    
T  29999558 ccaaaacacccaactcctcttttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaaatttcctcatactgcgccaata 29999459  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||| |||||||||   | |||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29999458 aggaccatactcagaaaaaggcaaccctttagaaccataggacatgagctctgatccttgaatcttcggtcggcttgcgaaaacgatgtcatgggttttg 29999359  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29999358 aggaatgattctgctccttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattggaccatatcttttggagagtgattgaa 29999259  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtg 354  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29999258 gtgttctatgtggaagtttacctaacatgtgaaggtttcctattattggtagtg 29999205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 29963249 - 29962896
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    ||||||||  ||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  29963249 ccaaaacatccaactccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagtttctttacactacgccaata 29963150  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||||  ||||||||| ||||||    
T  29963149 aggaccatactcagaaaaagccaaccctttggaaccataaaaaatgagctgagatgcttgagtctttggccgacttgcaaaattgatgtcatgagttttg 29963050  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29963049 aggaatgattctgcagcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgaaccatattttttggacagtgattgaa 29962950  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtg 354  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  29962949 gtgttctatgtggaagtttacctaacatgtgaaggtttcctattattggtagtg 29962896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 30011549 - 30011902
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    ||||||||  ||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||    
T  30011549 ccaaaacatccaactccttcttcctaataggaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcaaagtttctttacactacgccaata 30011648  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||| ||||||| || |||||||||  ||||||||| ||||||    
T  30011649 aggaccatactcagaaaaagccaaccctttggaaccataaaaaatgagctgagatgcttgagtctttggccgacttgcaaaattgatgtcatgagttttg 30011748  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30011749 aggaatgattctgcagcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgaaccatattttttggacagtgattgaa 30011848  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtg 354  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  30011849 gtgttctatgtggaagtttacctaacatgtgaaggtttcctattattggtagtg 30011902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 29990854 - 29990501
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | ||||||||||||||    
T  29990854 ccaaaatacccaactcctctgttctaataggacccgacttctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgcagagtttctttacactacgccaata 29990755  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    |||  | || | ||||||  | | ||||||| |||||||  | |||| ||| | ||||  |   || |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  29990754 agggtcgtacttagaaaacgccaaccctttgcaaccataagatatgatctctgctcctataagtttcggtcggtttgcgaaaacgatgtcatgggttttg 29990655  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29990654 aggaatgattctgctgcttttgaagatgaaatgacaattgttggaacttgtccaagttgtaaagacataattggaccatattttttggagagtgattgaa 29990555  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtg 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29990554 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttcctattattggtagtg 29990501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 144 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 29949548 - 29949338
Alignment:
Q  144 atgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttgagaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttg 243  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||   |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  29949548 atgagttcagttccttgaatctttggccggcttgcaaatttgatgtcgtgagttttgaggaatgattctgcagcttttgaagaagaaattataattgttg 29949449  T
Q  244 gaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaagtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaat 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  29949448 gaacttgaccaagttgtaaggacatgattggaccatattttttggagagtgattgaagtgttctatgtggaagtttacctaataggtgaaggtttccaat 29949349  T
Q  344 tattggtagtg 354  Q
    |||||||||||    
T  29949348 tattggtagtg 29949338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 29944023 - 29943667
Alignment:
Q  1 ccaaaacactcaactcctcttttctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaata 100  Q
    ||||||||  ||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| | || ||| |||||||||||||||||    
T  29944023 ccaaaacatccaacttctccttcctaataggaccaaacatctcaactttcgaagcactaagaagttttgaagtacaaagttttctcacactacgccaata 29943924  T
Q  101 aggaccatagtcagaaaaaactatccctttggaaccatataacatgagctcagatccttgactctttggtcggcttgcaaaaacgatgtcatgggttttg 200  Q
    ||   | || | ||||||  | | ||||||| |||||||  |||||| ||  | ||||  |   |  |||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  29943923 agagtcgtacttagaaaacgccaaccctttgcaaccataagacatgatctgtgctcctacaagttccggtcggtttgcgaaaacgatgtcatgggttttg 29943824  T
Q  201 agaaatgattctgctgcttttgaagatgaaataacaattgttggaacttgaccaagttgtaaggacatgattgcaccatattttttggacagtgattgaa 300  Q
    |  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  29943823 acgaatgactctgcggcttttgaagatgaaatgacaatagctgggacttgacctagttgtaaggacatgattggaccatattgtttggagagtgattgaa 29943724  T
Q  301 gtgttctatgtggaagtttgcctaatatgtgaagatttccaattattggtagtgatg 357  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  29943723 gtgttctatgtggaagggtgcctaatatgtggaggtttccgattattggtagtgatg 29943667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 29952121 - 29952005
Alignment:
Q  24 ctaataggaccagacatctcaacttttgaagcactaagaagtttcaaagtgctaactttcctcacactacgccaataaggaccatagtcagaaaaaacta 123  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |    
T  29952121 ctaatagaaccaaacatctcaacttttgaagcactaagaagttttaaagtgcaaagtttcctcacactacgccaataaggaccatacttagaaaaagcca 29952022  T
Q  124 tccctttggaaccatat 140  Q
     ||||||||||||||||    
T  29952021 accctttggaaccatat 29952005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University