View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6034_high_1 (Length: 469)

Name: NF6034_high_1
Description: NF6034
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6034_high_1
NF6034_high_1
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (11-453)||(74581-75023)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (22-451)||(618295-618733)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (11-453)||(29471394-29471836)
chr6 (11-453)||(29662979-29663429)
chr6 (11-453)||(28487724-28488160)
chr6 (11-453)||(29800136-29800572)
chr6 (11-451)||(29718617-29719057)
chr6 (11-453)||(29767413-29767851)
chr6 (15-453)||(29689438-29689869)
chr6 (118-451)||(29756007-29756339)
chr6 (118-355)||(29712088-29712319)
chr6 (11-352)||(29671545-29671884)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-453)||(12591828-12592271)
[»] scaffold0012 (2 HSPs)
scaffold0012 (157-451)||(209615-209907)
scaffold0012 (11-160)||(208911-209060)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (221-370)||(5918746-5918895)


Alignment Details
Target: scaffold0007 (Bit Score: 439; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 75023 - 74581
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  75023 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 74924  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74923 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatca 74824  T
Q  211 aatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatgg 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74823 aatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatgg 74724  T
Q  311 aggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  74723 aggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcaatagatttaggaagaactgtgaattga 74624  T
Q  411 ttttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  74623 ttttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 74581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 618733 - 618295
Alignment:
Q  22 atggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatccggaacc 121  Q
    ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||||| | ||||||||||||| | ||  || ||||||   ||||||    
T  618733 atggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatcctgccaaacattggtgattgaaccactctggaattttcgcttgtggcaaatggaacc 618634  T
Q  122 aagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaag---tttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacatt 218  Q
    |||| ||||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  618633 aagtatttccagcctcatgtaattcctattagtcataaataattaatgtaaaatttttaactatatcaagaataatatcaattatcatatcaaatgcata 618534  T
Q  219 aca-----aaata-aatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggag 312  Q
    |||     ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  618533 acacaaaaaaatataatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaacgatttgcagtttattgcagataaagattttaagcatggag 618434  T
Q  313 gaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgatt 412  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  618433 gaatcccttcaatttccaaaagttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaagatgacatttttcgatagatttaggaagaactgtgaattgatt 618334  T
Q  413 ttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacat 451  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  618333 tttagttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacat 618295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29471836 - 29471394
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||||||| ||||| ||||||| || || || || ||||||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| || ||  ||||||    
T  29471836 cacagagagctatgacaggaaacttgttcctgaaccagaaagaaatagacaatcctgccaagcattgatggtcgaaccactctggaatccttgttcgtgg 29471737  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaa-tatatcaagaagaatatcaattatcatatc 209  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||       
T  29471736 caaacggaaccaagtgtttcctgcctcatgtaattcctggtagtcataaattattaatgtaagtttaacctatatcaagaagaatatcaaata-cattaa 29471638  T
Q  210 aaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatg 309  Q
    ||||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29471637 aaattaaatacaaaatatatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacggtgaggtcaatgatttgcagtttaatgcagataatgtttttaagcatg 29471538  T
Q  310 gaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattg 409  Q
    | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  29471537 gtggaatcccttcaatttcctgaagttcctcacagttatccaggacaagcctctgtaaaaaatgacatttttcgatagattttggaagaattttgaattg 29471438  T
Q  410 attttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
     || ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  29471437 gttatcacttaggtgtaattctttcacattagtaaacaacatga 29471394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 29662979 - 29663429
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||| ||||||||||||||||| || || |  || ||||| ||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |||    
T  29662979 cacaaagaactatggcaggaaacttgttacggaaccagaatgaaattgacaatcctgccaagccttggtggtcgaatcactctggaatctttgctcatgg 29663078  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatca 210  Q
    ||  ||||||| |||||||||||| |||||  |||||| ||| |||  || |||||| ||  ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  29663079 caaacggaaccgagtgtttcctgcctcatgcaattcctattactca--aacaattaacgtttgtttaaccatatcaagaagaataacgattatcatatca 29663176  T
Q  211 aatacatta----------caaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagttt 300  Q
    |||||||||          ||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||  ||||||||||| |  |||||||| | ||    
T  29663177 aatacattaacaataaaaacaaaataaatcattacctgacttagtaatttgcttttgcatgacgaagacagcgatttgcagttaaaagcagataatgatt 29663276  T
Q  301 ttaagcatggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaac 400  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||     
T  29663277 ttaagcatggtggaatccctttaatttcctgaagttccttacaattatccaagacaggcctccataaaaaatgacatttttcgaaagatttaggaagaaa 29663376  T
Q  401 tgtgaattgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
     ||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29663377 cgtgaattgactttcatttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacatga 29663429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 28487724 - 28488160
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| |||||    ||||    
T  28487724 cacagagagctatggcaggaaacttgttaagaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgctttggtggtcgaaccactctggaatctttgtctgtgg 28487823  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatca 210  Q
    ||  |||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    |||||| ||||||||||| || |||  ||    
T  28487824 caaacggaaccaagtgtttccatcctcatgtaattcctgttagtcataaataattaatttaagtcta----tatcaataagaatatcaaata-cattaca 28487918  T
Q  211 aatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatgg 310  Q
    |||| ||  |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||| |||    
T  28487919 aata-atagcaaaataaatcataacctgctttactaatatgcttttgcatgaagaagtcaacgatatgcaatttagtgcagataacatttttaagcttgg 28488017  T
Q  311 aggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattga 410  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||||||||| || ||  |||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  28488018 aggattccctttaatttcctgaagatccttgcaatcatccaaaacgagtttccacaaaaaatgacatttttcaatagatttaggaagaactgtgaattga 28488117  T
Q  411 ttttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
     | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28488118 atgttagttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacatga 28488160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 29800136 - 29800572
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| || ||   ||| ||||||||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| |||||    ||||    
T  29800136 cacagagagctatggcaggaaacttgttaagaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgctttggtggtcgaaccactctggaatctttgtctgtgg 29800235  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatca 210  Q
    ||  |||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||    |||||| ||||||||||| || |||  ||    
T  29800236 caaacggaaccaagtgtttccatcctcatgtaattcctgttagtcataaataattaatttaagtcta----tatcaataagaatatcaaata-cattaca 29800330  T
Q  211 aatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatgg 310  Q
    |||| ||  |||||||||||| |||||| |||| |||| | |||||||| || |||||||| ||| |||| |||| |||||||||  ||||||||| |||    
T  29800331 aata-atagcaaaataaatcataacctgctttactaatatgcttttgcatgaagaagtcaacgatatgcaatttagtgcagataacatttttaagcttgg 29800429  T
Q  311 aggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattga 410  Q
    |||| |||||| ||||||| |||  ||||  ||||||||||| || ||  |||| ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  29800430 aggattccctttaatttcctgaagatccttgcaatcatccaaaacgagtttccacaaaaaatgacatttttcaatagatttaggaagaactgtgaattga 29800529  T
Q  411 ttttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
     | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29800530 atgttagttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacatga 29800572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 11 - 451
Target Start/End: Original strand, 29718617 - 29719057
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcg 107  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||| |||| |||||   || ||    
T  29718617 cacaaagagctatggcaggaaatttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatcctgcctcgcatttgtggtcgaaccactttggaatctttggaacccg 29718716  T
Q  108 tggcatccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcata 207  Q
    |||||  || || || |||||||  || |||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||     
T  29718717 tggcaaacgaaagcaggtgtttctagcctcatgtaattcctgttagtaaaaaataattaatgtaagtttaactatatcaaaaagaatataaaata-catt 29718815  T
Q  208 tcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagca 307  Q
     |||| | |  | ||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||   | ||||||     
T  29718816 acaaacaaa--aaaaaaagaatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaacgatatgcagtgtactgcagataacactcttaagcg 29718913  T
Q  308 tggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaat 407  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| | |||||| || ||||||||||||| || ||||| |    
T  29718914 tggaggaatccctttaatttcgtgaagttccttacaatcatccaagacaagtttccataaaaattgacatttttcaatagatttaggaataattgtgagt 29719013  T
Q  408 tgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacat 451  Q
    ||||| |  ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  29719014 tgattgtttgttaggtgtaattctttcacattggcaaacaacat 29719057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Original strand, 29767413 - 29767851
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||    | ||| |||||||||||||||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||    
T  29767413 cacagagagctatggcaggaaacttgccacaaaaccagaaagaaattgactttcctgcctcgcattggtggtcgaaccactctggaatctttgcacgtgg 29767512  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgt-aagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatc 209  Q
    ||  || |||| ||| ||||| || |||||| ||| || ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||  |    
T  29767513 caaacgaaaccgagtatttccagcctcatgtaatttctattagtcataaataattaatgttaagtttaactatatcaagaaaaatataaaata-cattac 29767611  T
Q  210 aaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatg 309  Q
    ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||||||||| |||||||||   | |||||||||    
T  29767612 aaataaaa-acaaaataaatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaata---tgcagtttagtgcagataactctcttaagcatg 29767707  T
Q  310 gaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattg 409  Q
    ||||||||||||  ||||||  || ||||| ||||||||||||||| |   |||||||||| | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  29767708 gaggaatccctttcatttccataagttccttacaatcatccaagacgattttccataaaaattgacatttttcaatagatttaggaataactgtgaattg 29767807  T
Q  410 attttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
    |   | ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  29767808 acagttagttatgtgtagttctttcacattagcaaacaacatga 29767851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 453
Target Start/End: Original strand, 29689438 - 29689869
Alignment:
Q  15 gagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtggcatc 114  Q
    |||| |||||| |||||| || || | ||| |||||||||| ||||| |||| ||  |||||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||      
T  29689438 gagagctatggaaggaaacttgttacaaaaccagaaagaaactgacattcctgcctcgcattggtggtcaaaccactctggaatctttgcccgtggcaaa 29689537  T
Q  115 cggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaata 214  Q
    |  |||| ||||||||| || |||||| ||| |||||| |||||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||  || ||   || |||||     
T  29689538 caaaaccgagtgtttccagcctcatgtaatttctgttattcataaatta--aatgtaagtttaacgatatcaagaagaatagaaaatacagta-caaatt 29689634  T
Q  215 cattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggagga 314  Q
     |  |  |||||||| | ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||   |||||||||| |||||||||   | ||||||||||||||    
T  29689635 taaaaataaataaat-ataacctgatttagtaaattgcttttgcatgacgaagtcaat---ttgcagtttactgcagataactctcttaagcatggagga 29689730  T
Q  315 atcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgatttt 414  Q
    ||||||| |||||||  || ||||| ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| | | |    
T  29689731 atccctttaatttcctcaagttccttacaatcatccaagaccagtttccatagaaaattacatttttcaatagatttaggaataactgtgaatttactgt 29689830  T
Q  415 cagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29689831 tagttaggtgtaattctttcacattagcaaacaacatga 29689869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 118 - 451
Target Start/End: Original strand, 29756007 - 29756339
Alignment:
Q  118 aaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacat 217  Q
    ||||| || ||||| || |||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||  |||||| |     
T  29756007 aaccatgtttttccagcctcatgtaattcctgttagtcataaacaattaatataagtttaactatatcaagaagaatataaaata-cattacaaataaaa 29756105  T
Q  218 tacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatc 317  Q
     | ||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||    
T  29756106 aagaaaataaatcataacctgatttagcaatttgctcttgcacgacgaagtcaacgacttgcagtttagtgcagataacattcttaagcatggaggaatc 29756205  T
Q  318 ccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcag 417  Q
    |||| ||||||   || | ||  ||||||||||||||  ||  |||| ||||| | ||| || || ||||||||||||| ||||||||| |||||   ||    
T  29756206 cctttaatttctttaagtgccgtacaatcatccaagatgagtttccacaaaaattgacaattttcaatagatttaggaataactgtgaaatgattactag 29756305  T
Q  418 ttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacat 451  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29756306 ttaagtgtaattctttcacattagcaaacaacat 29756339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 355
Target Start/End: Original strand, 29712088 - 29712319
Alignment:
Q  118 aaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacat 217  Q
    ||||||||||||||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| || || |||  |||||| |     
T  29712088 aaccaagtgtttcctgccttatgtaattcctgtcaataataaataattaatttaagtttaactatatcaaaaggaatataaaata-cattacaaata-aa 29712185  T
Q  218 tacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatc 317  Q
     | |||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||      ||||||||||||||||    
T  29712186 aataaaaaaaatcataacctgatttagtaatctgcttttgcacgacgaagtcaacgacatgcagtttactgcagataa----cataagcatggaggaatc 29712281  T
Q  318 ccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagac 355  Q
     ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  29712282 acttgaatttcctgaagttccttacaatcatccaagac 29712319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 11 - 352
Target Start/End: Original strand, 29671545 - 29671884
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcg 107  Q
    |||||||| ||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||  ||  | ||| |||||| |||||||||||| | |||   || ||    
T  29671545 cacagagagctatggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaattgacaatccggcctcgtatttgtggtcaaaccactctggaatttttggcacccg 29671644  T
Q  108 tggcatccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcata 207  Q
    |||||  |  |||||||||||||| || | |||| |||||||||| | |||||||||| |    ||||||| |||||||| |||||||| || ||   ||    
T  29671645 tggcaaacaaaaccaagtgtttccagccttatgtaattcctgttagttataaataattca----agtttaactatatcaaaaagaatataaaataaatta 29671740  T
Q  208 tcaaatacattacaaaataaatcacaa-cctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagc 306  Q
     |||||| |  ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||  |||||||||  ||||||||  || ||||||    
T  29671741 -caaataaaa-acaaaataaatcataaacctgatttagtaatttgcttgtgcacgaagaagtcaacgacgtgcagtttacagcagataacattcttaagc 29671838  T
Q  307 atggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaa 352  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||    
T  29671839 atggaggaatcactttaatttcctgaagttccttacaatcatccaa 29671884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 12592271 - 12591828
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtcttt---actcg 107  Q
    |||| ||||||||||  ||||| || || | ||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||   || ||    
T  12592271 cacaaagaactatggagggaaacttgttacgaaaccaaaaagaaattgacaatcctgccgagcatttgtggtcgaaccactctggaatctttggcacccg 12592172  T
Q  108 tggcatccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcata 207  Q
    |||||  || |||||||||||||  || || ||  |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||  || || |||     
T  12592171 tggcaaacgaaaccaagtgtttctagcctcgtgcaattcctgttagtcaaaaataattaaagtaagtttaactatatcaaaaagaatacaaaata-catt 12592073  T
Q  208 tcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagca 307  Q
     |||| | |  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || ||||||     
T  12592072 acaaacaaaa-acaaaatgaatcataacctgatttagtaatttgcttttgcacgacgaagtcaatgacttgcagtttagtgcagataacattcttaagcg 12591974  T
Q  308 tggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaat 407  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||  |||||| | |||||||||||| |||||    
T  12591973 tggaggaatccctttaatttcctgaagttccttacaatcatccaagacgagtttccataaaaaatgacattcttcgatacaattaggaagaactttgaat 12591874  T
Q  408 tgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacatga 453  Q
    ||||  | |||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||    
T  12591873 tgatagttagttaggtgtaattcttgcacattagaaaacaagatga 12591828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 157 - 451
Target Start/End: Original strand, 209615 - 209907
Alignment:
Q  157 taaataattaatgtaagtttaaatatatcaagaagaatatcaattatcatatcaaatacattacaaaataaatcacaacctgatttagtaattttctttt 256  Q
    |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||  || |||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  209615 taaacaatcaatgtaagtttaactatatcaagaagaatataaaatatagta-caaataaaagg-aaaataaatcataacctgatttagtaatttgctttt 209712  T
Q  257 gcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatcccttcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagaca 356  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | ||| |||||||||||||||     
T  209713 gcacgacgaagtcaatgatatgcagtttagtgcagataacattcttaagcatggaggaatccctttaatttcttgaagtgccttacaatcatccaagacg 209812  T
Q  357 agcctccataaaaaattacatttctcgatagatttaggaagaactgtgaattgattttcagttaggtgtaattcttttacattagcaaacaacat 451  Q
    ||  |||| ||| | ||||| |  ||||||||||||||||  |||||||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  209813 agtttccacaaagatttacaatattcgatagatttaggaattactgtgaagtgattactagttaggtgtaattctttcacattagcaaataacat 209907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 160
Target Start/End: Original strand, 208911 - 209060
Alignment:
Q  11 cacagagaactatggcaggaaatttatttctaaagcagaaagaaattgacaatcctcccgagcattggtggtcgaaccactctggagtctttactcgtgg 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| || || | ||| |||||||||| |||||||| | || | || |||||||||||||||||||||    |  |||||||    
T  208911 cacagagagctatggcaggaaacttgttacgaaaccagaaagaaaatgacaatcttgccaaacagtggtggtcgaaccactctggaaatgtcgctcgtgg 209010  T
Q  111 catccggaaccaagtgtttcctgcttcatgtgattcctgttaatcataaa 160  Q
    ||  || |||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||    
T  209011 caaacgaaaccaagtgtttccagcctcatgtaattcctgttagtcataaa 209060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 221 - 370
Target Start/End: Original strand, 5918746 - 5918895
Alignment:
Q  221 aaaataaatcacaacctgatttagtaattttcttttgcacgacgaagtcaatgatttgcagtttattgcagataaagtttttaagcatggaggaatccct 320  Q
    |||||||||||  |||||||| |  || || ||| | |||||| ||||||| ||| ||||||| || || || ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  5918746 aaaataaatcaagacctgattcataaacttgcttgtacacgacaaagtcaaagatatgcagttaatggccgaaaaagtttttaagtttggcggaatccct 5918845  T
Q  321 tcaatttcccgaatttcctcacaatcatccaagacaagcctccataaaaa 370  Q
    |  |||||| |||  | |||||| | |||||||| |||| || |||||||    
T  5918846 ttgatttcctgaagattctcacagttatccaagaaaagcttctataaaaa 5918895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University