View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6036_low_1 (Length: 479)

Name: NF6036_low_1
Description: NF6036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6036_low_1
NF6036_low_1
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (47-460)||(31541321-31541734)
chr7 (47-457)||(33304682-33305097)
chr7 (9-457)||(31532667-31533112)
chr7 (47-452)||(31572357-31572762)
chr7 (102-456)||(31576303-31576660)
chr7 (110-452)||(31614841-31615186)
chr7 (118-456)||(31604969-31605310)
chr7 (55-456)||(31438541-31438942)
chr7 (110-456)||(31595360-31595709)
chr7 (110-456)||(31608563-31608912)
chr7 (110-456)||(31618573-31618922)
chr7 (110-456)||(31585713-31586064)
chr7 (145-365)||(32351696-32351921)
chr7 (155-425)||(21897908-21898178)
chr7 (250-381)||(32355802-32355941)
chr7 (115-224)||(32355685-32355794)
chr7 (145-269)||(31574240-31574364)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (118-456)||(52173895-52174236)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (55-460)||(15062888-15063293)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 47 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 31541734 - 31541321
Alignment:
Q  47 acaatgtggaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataa 146  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  31541734 acaatgtggaggattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaagcaatatagatatgcagaagtgaaaaaaatgacaaactcgtttcgagataa 31541635  T
Q  147 attaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaa 246  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  31541634 attaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaa 31541535  T
Q  247 gaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatg 346  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541534 gatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatg 31541435  T
Q  347 aattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaat 446  Q
    | ||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31541434 agttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaat 31541335  T
Q  447 tggcattgctcgag 460  Q
     || ||||||||||    
T  31541334 cggaattgctcgag 31541321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 47 - 457
Target Start/End: Original strand, 33304682 - 33305097
Alignment:
Q  47 acaatgtggaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataa 146  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| || || | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33304682 acaatgcggaggatttcatacaaagttataatatgtcggtgccaatcaaacactatagatatgcagaagtaaaaagaatgacaaactcatttcgagataa 33304781  T
Q  147 attaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaa 246  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  33304782 attaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtccaagggaaatggagaa 33304881  T
Q  247 gaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcac-----atatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaat 341  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||    
T  33304882 gaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgagaacaaaagagctctgat 33304981  T
Q  342 atatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaatt 441  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  33304982 atatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagtggatctcctgatgctatttgtgatttggattggaacacaatgtaccaaatt 33305081  T
Q  442 gcaattggcattgctc 457  Q
    || |  ||||||||||    
T  33305082 gctacaggcattgctc 33305097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 9 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 31533112 - 31532667
Alignment:
Q  9 gtggatcttcaggaaagtaataaaatctaccaatgatgacaatgtggaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatat 108  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||||   |||  ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| | | | |||    
T  31533112 gtggatcttcaagaaaacaataaaatctac---tgaccacagtgtagaggattttatataaagttataacttgtcagtgccaattaagcagtatgggtat 31533016  T
Q  109 tcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||||| ||||||||| |||| |    
T  31533015 tcagaagtgaaaagaatgacaaactcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtgaagtgg 31532916  T
Q  209 cagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcactttt 308  Q
    | |||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||    
T  31532915 cggtgaaagtaataaacgagtcaaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacatcgtttcactttt 31532816  T
Q  309 gggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatt 408  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| | |||||||| || ||||||||||||    
T  31532815 gggtttttgctatgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttgcctgatgctatt 31532716  T
Q  409 tgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgctc 457  Q
    |||| ||| ||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  31532715 tgtagtttagattggaacgcattgtaccaaattgcaatcggcattgctc 31532667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 47 - 452
Target Start/End: Original strand, 31572357 - 31572762
Alignment:
Q  47 acaatgtggaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataa 146  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| |||| || |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31572357 acaatgtggaggctttcatgcaaagttataatttgtcggtgccaatcaaacaatatggatatgcagaagtgaaaagaatgacaaactcatttcgagataa 31572456  T
Q  147 attaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaa 246  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || || ||| | |||||||| || |||||| ||||||||    
T  31572457 attaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaacgaatctaagggagatggagaa 31572556  T
Q  247 gaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatg 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31572557 gaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatgagaacaaaagagcactaatatatg 31572656  T
Q  347 aattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaat 446  Q
    |||||||| | || || ||| | || |||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||    
T  31572657 aattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattggaacacgttgtaccgaattgcaat 31572756  T
Q  447 tggcat 452  Q
     |||||    
T  31572757 aggcat 31572762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 102 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31576660 - 31576303
Alignment:
Q  102 tagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgt 201  Q
    ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||    
T  31576660 tagatatacagaagtaaaaaggatcacaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgt 31576561  T
Q  202 caagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtct 301  Q
    ||||| || |||||| | ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || |    
T  31576560 caagtggcggtgaaagtaataaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgt 31576461  T
Q  302 cacttttgggattttgttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcc 398  Q
    | ||||| || |||||||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  31576460 cccttttaggcttttgttatgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcc 31576361  T
Q  399 tgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    | | ||||||||| |||| |||||||| || || | |||||| |||||||||||||||    
T  31576360 taacgctatttgtgattttgattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgct 31576303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 110 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 31615186 - 31614841
Alignment:
Q  110 cagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagc 209  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||| || ||    
T  31615186 cagaagtaaaaaggataacaaactctttccgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggc 31615087  T
Q  210 agtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttg 309  Q
     |||||| |  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||| || || |||||     
T  31615086 ggtgaaagtactaaatgagtcaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatccctttta 31614987  T
Q  310 ggattttgttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgcta 406  Q
    || |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||| ||||||    
T  31614986 ggcttttgttatgaggtgaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgcta 31614887  T
Q  407 tttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcat 452  Q
    ||||| ||||  ||||||| || || | ||||||||||||||||||    
T  31614886 tttgtgattttaattggaacactttgttccaaattgcaattggcat 31614841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 118 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31605310 - 31604969
Alignment:
Q  118 aaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaa 217  Q
    ||||| || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||||| || ||||||     
T  31605310 aaaaggataacaaactctttccgagttaaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaag 31605211  T
Q  218 tgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttg 317  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||    
T  31605210 taataaatgaatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttg 31605111  T
Q  318 ttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaat 414  Q
    ||||||   | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| ||    
T  31605110 ttatgaggtggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgat 31605011  T
Q  415 ttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    || |||||||| || || | |||||| |||||||||||||||    
T  31605010 tttgattggaacactttgttccaaatagcaattggcattgct 31604969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 55 - 456
Target Start/End: Original strand, 31438541 - 31438942
Alignment:
Q  55 gaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtc 154  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||   |||  | ||| ||| |||||||||||||  | ||||||||||| |||||||| || ||||    
T  31438541 gaggatttcataaaaagatataatttgtcggtgccaa---agcggtatagttatgcagaagtgaaaaggttcacaaactcatttcgagataagttgggtc 31438637  T
Q  155 aaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcat 254  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||| | ||||  |||| ||||||| | ||||||||||| ||    
T  31438638 aaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagtgagtgcaagggagacggagaagaatttat 31438737  T
Q  255 aaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatg---agaacaaaagagcactaatatatgaattc 351  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  31438738 aaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaaagaacaaaagtgcattgatatatgaattc 31438837  T
Q  352 atgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggca 451  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||| | | ||| ||||||||| |||    
T  31438838 atgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattggaacacaatgttccatattgcaattagca 31438937  T
Q  452 ttgct 456  Q
    |||||    
T  31438938 ttgct 31438942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 110 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31595709 - 31595360
Alignment:
Q  110 cagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagc 209  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||    
T  31595709 cagaagtaaaaaggatcacaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggc 31595610  T
Q  210 agtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttg 309  Q
    ||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||     
T  31595609 agtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcactttta 31595510  T
Q  310 ggattttgttatgag---aacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgcta 406  Q
    || | |||||| |||   || |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | || || ||||||| |||||||||||||||||| |||     
T  31595509 ggttattgttacgaggcaaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctg 31595410  T
Q  407 tttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    ||||| |||| |||| ||| || || | ||||||||| || |||||||||    
T  31595409 tttgtgattttgattcgaacactttgttccaaattgctatcggcattgct 31595360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 110 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31608912 - 31608563
Alignment:
Q  110 cagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagc 209  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||    
T  31608912 cagaagtaaaaaggatcacaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggc 31608813  T
Q  210 agtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttg 309  Q
    ||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| || ||||| ||     
T  31608812 agtgaaagtaataaacgagtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactctta 31608713  T
Q  310 ggattttgttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgcta 406  Q
    || |||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||     
T  31608712 ggtttttgttatgaggtgaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctg 31608613  T
Q  407 tttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    ||||| |||| |||||||| || || | |||| |||| || |||||||||    
T  31608612 tttgtgattttgattggaacactttgttccaagttgctatcggcattgct 31608563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 110 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31618922 - 31618573
Alignment:
Q  110 cagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagc 209  Q
    ||||||||||||  || |||||||  || ||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||    || |||||||||| ||    
T  31618922 cagaagtgaaaatgatcacaaactattttcgagaaaagttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggc 31618823  T
Q  210 agtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttg 309  Q
    ||||||| | |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||     
T  31618822 agtgaaagtaataagcgagacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgctttta 31618723  T
Q  310 ggattttgtt---atgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgcta 406  Q
    |||| |||||   | |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| |    
T  31618722 ggatattgttacgaagagaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgcca 31618623  T
Q  407 tttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    ||||| |||| |||||||| || || |  | |||||||||||||||||||    
T  31618622 tttgtgattttgattggaacactttgtttcgaattgcaattggcattgct 31618573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 110 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31586064 - 31585713
Alignment:
Q  110 cagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgaga--taaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagta 207  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||   ||||||||||| ||     
T  31586064 cagaagtaaaaaggatcacaaactcatttcgagagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtg 31585965  T
Q  208 gcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttt 307  Q
    || |||||| | ||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||    
T  31585964 gcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaatggagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttt 31585865  T
Q  308 tgggattttgttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgc 404  Q
    | || ||||| |||||   ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||   ||||||| ||||    
T  31585864 taggcttttgctatgaggtgaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgc 31585765  T
Q  405 tatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    ||| | | |||| |||||||| || || | |||||||||| |||||||||||    
T  31585764 tatatatgattttgattggaacactttgttccaaattgcagttggcattgct 31585713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 145 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 32351921 - 32351696
Alignment:
Q  145 aaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggag 244  Q
    ||||||||| ||||| ||| | | |||||||||||   ||||||||  ||| ||| ||||||||  |||||||| ||||| || || |||||| |||||     
T  32351921 aaattaggtaaaggaggatttagggttgtgtacaatataagcttacgtgatagtcatcaagtagaggtgaaaataataaatgattcaaagggagatggaa 32351822  T
Q  245 aagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaag-----agcacta 339  Q
    |||| |||||||||||||| | ||| |||| |||||| |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||    
T  32351821 aagatttcataaatgaagtagatagaattactagaacctcacatgtgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaattaaaaagcacta 32351722  T
Q  340 atatatgaattcatgtccaaaggatc 365  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||    
T  32351721 atctatgacttcatttccaaaggatc 32351696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 155 - 425
Target Start/End: Original strand, 21897908 - 21898178
Alignment:
Q  155 aaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcat 254  Q
    ||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||| ||    |||| | ||||| |||| || ||    
T  21897908 aaggaggatttgctgttgtctacaaagcaagcttaccagatggtcgtccagtagctgtgaagataataaatgatggaaaggcagatggacaagattttat 21898007  T
Q  255 aaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatg 354  Q
     |||||| | |  || |||||||||||  | ||| ||||||| || ||||||||||| ||||| |  ||| |||||| |||||| || ||||||||||||    
T  21898008 gaatgaactagacagtattagtagaaccgcccatgtgaacattgtgtcacttttggggttttgctgcgagcacaaaatagcactcatttatgaattcatg 21898107  T
Q  355 tccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaa 425  Q
     |||||||||| |||||||| |||||  | || | |||| ||||||||| ||| || | ||||||| ||||    
T  21898108 accaaaggatctttggataaattcataatgaacactggacttcctgatggtatatgcagtttggataggaa 21898178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 250 - 381
Target Start/End: Original strand, 32355802 - 32355941
Alignment:
Q  250 ttcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatgagaaca-----aaagagcactaatata 344  Q
    |||||||||||||| | ||| ||| ||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||     ||| ||||||||| ||    
T  32355802 ttcataaatgaagtagatagaattggtaaaacctcacatatgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaattaaaaagcactaattta 32355901  T
Q  345 tgaat---tcatgtccaaaggatcattggataagttcatc 381  Q
    ||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32355902 tgacttcatcatgtccaaaggatcattggataagatcatc 32355941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 224
Target Start/End: Original strand, 32355685 - 32355794
Alignment:
Q  115 gtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtga 214  Q
    |||||||||||||||||  | || | ||| ||||||||| ||||| |||   ||| |||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  32355685 gtgaaaagaatgacaaatacctttcaagagaaattaggtaaaggaggattcagtgatgtgtacaattcaagcttacgtgatggtcgtcaagtagcggtga 32355784  T
Q  215 aaatgataaa 224  Q
    |||| |||||    
T  32355785 aaataataaa 32355794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 145 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 31574364 - 31574240
Alignment:
Q  145 aaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggag 244  Q
    ||||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||| ||||| || |  |||| | | |||     
T  31574364 aaattaggtaaaggaggatttgatgttatgtacaaataaagcttacctgattgtcgtcaagtagttgtgaaaataataaatgattgaaaggaagaaggac 31574265  T
Q  245 aagaattcataaatgaagttgctag 269  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||    
T  31574264 aagatttcataaatggagtagctag 31574240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 118 - 456
Target Start/End: Original strand, 52173895 - 52174236
Alignment:
Q  118 aaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtcaaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaa 217  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||     
T  52173895 aaaaggatcacaaaatctttccgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaag 52173994  T
Q  218 tgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttg 317  Q
    | ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| || |||||||| || | |||    
T  52173995 taataaacgagttaaagggggatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattg 52174094  T
Q  318 ttatga---gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaat 414  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||    
T  52174095 ttatgaggtgaacaaaagagcactaatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgat 52174194  T
Q  415 ttggattggaaaacattataccaaattgcaattggcattgct 456  Q
    ||  ||||||| || || | ||||||||||||||||||||||    
T  52174195 tttaattggaacactttgttccaaattgcaattggcattgct 52174236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 55 - 460
Target Start/End: Original strand, 15062888 - 15063293
Alignment:
Q  55 gaggattttatacaaagttataatttgtcggtgtcaattaagcaatgtagatattcagaagtgaaaagaatgacaaactcattccgagataaattaggtc 154  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| |   |||||  | ||| ||| |||| ||||||||  | |||||||| || |||||||| || || |    
T  15062888 gaggatttcataaaaagatataatttgtcagtgcc---taagcggtttagttatgcagatgtgaaaaggttcacaaactcgtttcgagataagttgggcc 15062984  T
Q  155 aaggacgatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacccgatggtcgtcaagtagcagtgaaaatgataaacgagtccaagggaaatggagaagaattcat 254  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  15062985 aaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagcgagtgcaagggaaacggagaagaatttat 15063084  T
Q  255 aaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacatatgaacatcgtctcacttttgggattttgttatg---agaacaaaagagcactaatatatgaattc 351  Q
    |||||||||||| ||||| |  | ||| |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  15063085 aaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgagaagaacaaaagagcattgatatatgaattc 15063184  T
Q  352 atgtccaaaggatcattggataagttcatctttaaaagtggatttcctgatgctatttgtaatttggattggaaaacattataccaaattgcaattggca 451  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||    
T  15063185 atgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattggaacacattattccaaatcgtaattggca 15063284  T
Q  452 ttgctcgag 460  Q
    |||||||||    
T  15063285 ttgctcgag 15063293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University