View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6040_high_1 (Length: 681)

Name: NF6040_high_1
Description: NF6040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6040_high_1
NF6040_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-664)||(53184320-53184962)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 53184962 - 53184320
Alignment:
Q  10 attatactacaaagaaaaagaaatgttagaattcaatatcttatactcctcctatacaactaaatctctccaccaaatccacccttactcggactccgtt 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184962 attatactacaaagaaaaagaaatgttagaattcaatatcttatactcctcctatacaactaaacctctccaccaaatccacccttactcggactccgtt 53184863  T
Q  110 actattaacgatatccttcacacagatatagatatttgtatcaatcactgaattaaataatcactatggtctatgaatatgatggacccttcagaacccc 209  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  53184862 actattaaccatatccttcacacagatat------ttgtatcaatcactgaattaaataatcactatg-------aatatgatggacccttcagaacccc 53184776  T
Q  210 ctccaacgaaggttcataccaaacacagtggtacacttatttccaatcttcttagacacattttaataaaccacctcccttagcttacctcatctcccat 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184775 ctccaacgaaggttcataccaaacacagtggtacacttatttccaatcttcttagacacattttaataaaccacctcccttagcttacctcatctcccat 53184676  T
Q  310 ttctgtgctataaatatccttccatgnnnnnnnnnatacatgatcaacatgctggttcttgatttccttaattttcgttctcactaacatgtgttctaac 409  Q
    |||| |||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184675 ttctatgctataaatatccttccatgtttttttttatacatgatcaacatgctggttcttgatttccttaattttcgttctcactaacatgtgttctaac 53184576  T
Q  410 tctaatggatacaaaatgataaatcttttttaaggccataagtcatctatattctcaaggtttgaactttggtcatgaagcatacgaggccctcatctta 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53184575 tctaatggatacaaaatgataaatcttttttaaggccataagtcatctatattctcaaggtttgaactttggtcatgaagcatacgaggccctcatctta 53184476  T
Q  510 attaattaaatctgacaaacatttataactataattaaattgaatctttttaagc-nnnnnnnnnctccaacatttgaagaaataaagtccaagtttaga 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  53184475 attaattaaatctgacaaacatttataactataattaaattgaatctttttaagcttttttttttctccaacatttgaagacataaagtccgagtttaga 53184376  T
Q  609 ctgcttgatccttagaccagacctgtctcaaaatgagtaaacgtgtcccaaagtta 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53184375 ctgcttgatccttagaccagacctgtctcaaaatgagcaaacgtgtcccaaagtta 53184320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University