View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6046_high_1 (Length: 881)

Name: NF6046_high_1
Description: NF6046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6046_high_1
NF6046_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-867)||(43483072-43483930)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 814; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 867
Target Start/End: Complemental strand, 43483930 - 43483072
Alignment:
Q  9 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483930 agcaaaggagaacaaaaatcacttgtagaatgcgtttgttttgtgaagcaaccatcttaaaagttaaaagcaatttagacttgtgtagtatatgatttgc 43483831  T
Q  109 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483830 tctttttctgaatataccatatggatatgttaatttaggtcctatatatagacacattttggcagtttctagctacctaagttaactgtcatgaattatt 43483731  T
Q  209 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483730 gggtccgtatattaatagatcatggtggtaaattgtatatgaccctaatggtccatgcagggtcaacatcatttttgtctggtttgaaatcgattgccat 43483631  T
Q  309 ttatatttttctgaaatgataatnnnnnnnttatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 408  Q
    |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483630 ttatatttttctgaaatgataataaaaaaattatatgatcgctatatatgaattaatgtcaacctataatgtatatatacgtgtatttgagccatcttag 43483531  T
Q  409 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgtttcatgcatattagttagtgataatgtttgtct 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483530 ttttcctatcatcattatctgcttcctattaatctaatatattgatataatattgttccctaactgttccatgcatattagttagtgataatgtttgtct 43483431  T
Q  509 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgccagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttgtgattctattaa 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43483430 ctaaattcaccaaagactaaggattttgtcttctcaaacctgttcggtcacttgacagaaactcctgtttaggactctgtttgtcttatgattctattaa 43483331  T
Q  609 ttgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatgatatt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483330 ttgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataatacatatcaactgtgcttataatctatggatgatatt 43483231  T
Q  709 cctctcaaaaaataatcaggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaattgtatg 808  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43483230 cctctcaaaaaataatctggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgacaaactcatttattttctttaaacttaactgtatg 43483131  T
Q  809 attggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagtaaaaact 867  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43483130 attggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagcaaaaact 43483072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University