View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6046_low_37 (Length: 288)

Name: NF6046_low_37
Description: NF6046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6046_low_37
NF6046_low_37
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (1-146)||(11904854-11904999)
chr8 (1-144)||(35200559-35200702)
chr8 (1-117)||(10592006-10592122)
chr8 (47-145)||(28897997-28898095)
chr8 (81-150)||(12142078-12142147)
chr8 (1-147)||(41075631-41075779)
chr8 (46-145)||(2599533-2599632)
chr8 (1-147)||(31774724-31774873)
chr8 (52-145)||(45413625-45413718)
chr8 (24-139)||(8368430-8368545)
chr8 (1-145)||(1993675-1993820)
chr8 (46-141)||(10391386-10391481)
chr8 (1-145)||(43065941-43066084)
chr8 (61-142)||(16465708-16465789)
chr8 (67-139)||(45502670-45502742)
chr8 (95-145)||(14342319-14342369)
chr8 (17-145)||(44081069-44081195)
chr8 (46-145)||(27497175-27497273)
chr8 (95-145)||(4077091-4077141)
chr8 (57-142)||(32093408-32093493)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (3-147)||(28713677-28713821)
chr7 (1-147)||(38349495-38349641)
chr7 (1-146)||(37536351-37536496)
chr7 (162-282)||(41286810-41286930)
chr7 (17-140)||(11752604-11752727)
chr7 (46-147)||(42974459-42974560)
chr7 (3-147)||(13768373-13768513)
chr7 (46-150)||(31741040-31741144)
chr7 (16-151)||(38754947-38755081)
chr7 (16-145)||(33496501-33496631)
chr7 (57-141)||(47480105-47480188)
chr7 (54-145)||(46576331-46576422)
chr7 (82-145)||(48460661-48460724)
chr7 (1-151)||(30922746-30922896)
chr7 (162-212)||(41279824-41279874)
chr7 (45-145)||(51940-52040)
chr7 (79-139)||(13108156-13108215)
chr7 (79-139)||(23980139-23980198)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-148)||(43100244-43100391)
chr5 (1-147)||(12248273-12248419)
chr5 (3-151)||(33687643-33687791)
chr5 (1-95)||(8076307-8076401)
chr5 (46-141)||(35906000-35906095)
chr5 (46-145)||(15285331-15285430)
chr5 (54-145)||(13988249-13988340)
chr5 (65-145)||(36890379-36890459)
chr5 (79-141)||(20151390-20151452)
chr5 (82-145)||(11247194-11247257)
chr5 (81-146)||(6043007-6043070)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (1-147)||(47571599-47571745)
chr1 (1-141)||(29731194-29731334)
chr1 (1-148)||(48489448-48489595)
chr1 (46-145)||(39858349-39858448)
chr1 (57-147)||(26040970-26041060)
chr1 (1-140)||(19989246-19989383)
chr1 (46-145)||(526980-527079)
chr1 (46-145)||(46845737-46845836)
chr1 (57-148)||(7178203-7178294)
chr1 (46-145)||(13276545-13276644)
chr1 (46-144)||(40314095-40314193)
chr1 (46-142)||(49430545-49430641)
chr1 (1-150)||(1994950-1995098)
chr1 (17-144)||(15225041-15225170)
chr1 (54-156)||(27325717-27325819)
chr1 (1-145)||(44797503-44797646)
chr1 (65-145)||(6487730-6487810)
chr1 (1-145)||(1673371-1673515)
chr1 (54-145)||(40294820-40294911)
chr1 (1-147)||(33502560-33502706)
chr1 (66-143)||(29637311-29637388)
chr1 (5-91)||(15066060-15066147)
chr1 (94-145)||(40030840-40030891)
chr1 (95-145)||(2403055-2403105)
chr1 (66-145)||(32267566-32267645)
chr1 (79-139)||(19258796-19258855)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (1-147)||(48525326-48525472)
chr4 (1-148)||(41277214-41277364)
chr4 (46-144)||(51579323-51579421)
chr4 (56-151)||(5817471-5817566)
chr4 (219-282)||(19524238-19524301)
chr4 (46-145)||(22364542-22364641)
chr4 (55-145)||(43749094-43749184)
chr4 (46-145)||(25783989-25784088)
chr4 (46-145)||(50498212-50498311)
chr4 (16-141)||(26719954-26720077)
chr4 (1-145)||(25164507-25164651)
chr4 (57-145)||(24059225-24059313)
chr4 (54-145)||(37605780-37605871)
chr4 (46-141)||(42179218-42179313)
chr4 (54-145)||(55281210-55281301)
chr4 (1-56)||(14149996-14150051)
chr4 (70-145)||(51579583-51579657)
chr4 (68-150)||(17044000-17044082)
chr4 (68-145)||(20107112-20107190)
chr4 (55-145)||(32525112-32525202)
chr4 (57-143)||(36851231-36851317)
chr4 (47-144)||(3287087-3287184)
chr4 (1-145)||(45995931-45996074)
chr4 (148-200)||(19524300-19524352)
chr4 (3-95)||(40947142-40947233)
chr4 (50-145)||(32290216-32290306)
chr4 (98-145)||(39631271-39631318)
chr4 (109-139)||(44275714-44275744)
chr4 (100-145)||(9118622-9118667)
[»] chr2 (22 HSPs)
chr2 (1-147)||(40216409-40216555)
chr2 (46-145)||(3121612-3121711)
chr2 (54-145)||(32599337-32599428)
chr2 (46-141)||(24475782-24475877)
chr2 (46-145)||(33299981-33300082)
chr2 (54-144)||(36272750-36272840)
chr2 (54-145)||(13697054-13697145)
chr2 (1-145)||(17823581-17823725)
chr2 (95-145)||(14945866-14945916)
chr2 (55-145)||(42061321-42061411)
chr2 (54-145)||(40095265-40095356)
chr2 (70-145)||(4434695-4434770)
chr2 (103-145)||(23860302-23860344)
chr2 (96-144)||(37143091-37143139)
chr2 (54-145)||(5562938-5563029)
chr2 (82-145)||(14242632-14242695)
chr2 (100-145)||(33555498-33555543)
chr2 (79-139)||(6376357-6376416)
chr2 (79-139)||(33732577-33732636)
chr2 (79-139)||(36315569-36315628)
chr2 (79-139)||(37914360-37914419)
chr2 (79-139)||(44958121-44958180)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-145)||(16717992-16718143)
chr6 (1-141)||(12748217-12748358)
chr6 (1-145)||(34792687-34792831)
chr6 (46-145)||(23915974-23916073)
chr6 (1-145)||(14314022-14314166)
chr6 (65-147)||(29429584-29429666)
chr6 (45-145)||(9521891-9521997)
chr6 (1-145)||(9045835-9045978)
chr6 (54-144)||(1244645-1244735)
chr6 (79-139)||(14022942-14023001)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-146)||(36674555-36674700)
chr3 (57-145)||(23004758-23004846)
chr3 (50-145)||(12224088-12224183)
chr3 (55-145)||(9271112-9271202)
chr3 (1-142)||(48034844-48034986)
chr3 (54-143)||(33288136-33288225)
chr3 (65-145)||(50989205-50989285)
chr3 (65-145)||(51092337-51092417)
chr3 (54-144)||(38247801-38247891)
chr3 (16-139)||(54713532-54713656)
chr3 (96-145)||(29915090-29915139)
chr3 (96-145)||(29964243-29964292)
chr3 (65-145)||(8330692-8330772)
chr3 (65-141)||(8496712-8496788)
chr3 (70-141)||(39947262-39947333)
chr3 (78-139)||(29820422-29820482)
chr3 (82-139)||(34750025-34750081)
chr3 (5-139)||(54413434-54413572)
chr3 (79-139)||(38231301-38231360)
chr3 (79-143)||(46135531-46135595)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (66-145)||(10332-10411)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (1-142)||(3092-3231)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 11904999 - 11904854
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11904999 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgagtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 11904900  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11904899 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 11904854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 35200702 - 35200559
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35200702 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtatgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtggg 35200603  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35200602 tgtacaagtaatatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 35200559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 10592122 - 10592006
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10592122 acattgtaccactttcatatgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 10592023  T
Q  101 tgtacaagtggtatatg 117  Q
    |||||||||||||||||    
T  10592022 tgtacaagtggtatatg 10592006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 47 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 28898095 - 28897997
Alignment:
Q  47 gagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28898095 gagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 28897997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 81 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 12142147 - 12142078
Alignment:
Q  81 atgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 150  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12142147 atgtcacaattatatgtggatgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 12142078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 41075631 - 41075779
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgt--gtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtg 98  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| || | | |  || ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  41075631 acattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagttttttttttttttgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgtg 41075730  T
Q  99 ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  41075731 ggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcaccaccc 41075779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 2599632 - 2599533
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2599632 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 2599533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 31774873 - 31774724
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgt---gtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgt 97  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||  ||||||| || | | |   || ||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  31774873 acattgtaccactatcatgtgagagtgtgtgaaagacacaaaatgtgagtttttttttttttttgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgt 31774774  T
Q  98 gggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    | |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  31774773 gagtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcaccaccc 31774724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 52 - 145
Target Start/End: Original strand, 45413625 - 45413718
Alignment:
Q  52 tcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| | | ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45413625 tcttgtgtgtgtggggaccatatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 45413718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 139
Target Start/End: Original strand, 8368430 - 8368545
Alignment:
Q  24 agtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacct 123  Q
    ||||| ||||||||| ||||  ||| ||| || | ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8368430 agtgtgtgagagacaaaaaaagtgatttttttttttgtatggggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacct 8368529  T
Q  124 aaggtggtttatgtat 139  Q
    |||||||| |||||||    
T  8368530 aaggtggtctatgtat 8368545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 1993675 - 1993820
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggga--ccacatggatacatgtcacaattatatgtg 98  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || | ||||| ||||  ||||| ||| || ||||| |||| | ||||    
T  1993675 acattgtacca-tttcatgtgagagtgtatgagagacaatacatgtgagttttttttatgtgtggggagaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtg 1993773  T
Q  99 ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1993774 ggtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 1993820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 46 - 141
Target Start/End: Original strand, 10391386 - 10391481
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||| | |||||||||||| || | |||||||||    
T  10391386 tgagtttcttatgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggcacatgccacctaagatgatctatgtatca 10391481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 43065941 - 43066084
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |||| | |||||    
T  43065941 acattgtacca-ttccatgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtgggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgg 43066038  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43066039 atgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 43066084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 142
Target Start/End: Original strand, 16465708 - 16465789
Alignment:
Q  61 tgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 142  Q
    ||||| |||||| | || ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||    
T  16465708 tgtagagaccacgtagacacatgtcacaattgtatgtgggtatacaagtggtacatgccgtctaaggtggtctatgtatcac 16465789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 45502742 - 45502670
Alignment:
Q  67 gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  45502742 gaccacatggacacatgtcacaattgtatatgaatgtacaagtggtacataccacttaaggtggtttatgtat 45502670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 145
Target Start/End: Original strand, 14342319 - 14342369
Alignment:
Q  95 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14342319 tgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14342369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 44081195 - 44081069
Alignment:
Q  17 atgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatat 116  Q
    |||||| ||||| ||||||| |  ||| |||||||| |||||||||  || | ||| |||  ||||||||||||||  ||||| ||||||| || || ||    
T  44081195 atgtgagagtgtatgagagatattaaatatgagttttttgtgtgtg--ggaatcacgtgggcacatgtcacaattacgtgtggatgtacaaatgatacat 44081098  T
Q  117 gccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  44081097 gccatctaaggtggtgtatgtatcactac 44081069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 27497273 - 27497175
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| |||||||| | |  |||||||| | ||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  27497273 tgagttttttgtgtgtatggaaaccacatgaacacatgtcgcaattgtctgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaagtggtct-tgtatcactac 27497175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 145
Target Start/End: Original strand, 4077091 - 4077141
Alignment:
Q  95 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4077091 tgtgggtatacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatatatcactac 4077141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 57 - 142
Target Start/End: Original strand, 32093408 - 32093493
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 142  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||| | || || ||| |||  ||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  32093408 tgtgtgtagggaccacgtagacacatgtcacaattgtgtgcggatgttcaaaaggtgtatgtcatctaaggtggtttatgtatcac 32093493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 3 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 28713821 - 28713677
Alignment:
Q  3 attgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtg 102  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  28713821 attgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtgggtg 28713722  T
Q  103 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28713721 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 28713677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 38349495 - 38349641
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38349495 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgtagggaacacatggacacatgtcacaattatatgtggg 38349594  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38349595 tgtacaagtggtatatgccacctaagatggtttatgtatcactaccc 38349641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 37536351 - 37536496
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37536351 acattgtaccactttcatgtgagagtgtttgagagatacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccgcatggacacatgtcacaattatatgtggg 37536450  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 146  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  37536451 tgtacatgtgatatatgccacctaagatgatttatgtatcactacc 37536496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 162 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 41286930 - 41286810
Alignment:
Q  162 gtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatcatacatttgtatatggtaccagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattcccttccgc 261  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41286930 gtacaaagcaatatatataatacaatttatccccaatcatacatttctatatggtaccagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaatccccttccgc 41286831  T
Q  262 aacaaaatcagagccaaatgg 282  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  41286830 aacaaaatcagagccaaatgg 41286810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 11752727 - 11752604
Alignment:
Q  17 atgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatat 116  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  11752727 atgtgagagtgtgtgagagacacaaaaggtgagttttttatgtgtgtggggaccacgtgaacacatgtcacaattatatgtaggtgtacaagtgatacat 11752628  T
Q  117 gccacctaaggtggtttatgtatc 140  Q
    ||||||||||||||| ||||||||    
T  11752627 gccacctaaggtggtctatgtatc 11752604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 147
Target Start/End: Original strand, 42974459 - 42974560
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42974459 tgagttttttgtgtgtgtggggaccatatgaacacatgtcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 42974558  T
Q  146 cc 147  Q
    ||    
T  42974559 cc 42974560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 13768513 - 13768373
Alignment:
Q  3 attgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtg 102  Q
    |||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||  |||||||| |||||     ||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  13768513 attgtatcacttccatatgagagtgtttgagagacatgaaagatgaatttct----cgtgtaggaaccatatggacacatatcacaattatatgtaggtg 13768418  T
Q  103 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    | ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  13768417 tgcaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatcattaccc 13768373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 31741144 - 31741040
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  31741144 tgagtttcttgtgtgtgtggggagcacatagacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcattac 31741045  T
Q  146 ccata 150  Q
     ||||    
T  31741044 tcata 31741040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 16 - 151
Target Start/End: Original strand, 38754947 - 38755081
Alignment:
Q  16 catgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtata 115  Q
    ||||||| ||||| |||||||||  |||  ||||||| || ||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||||| ||||||||| |    
T  38754947 catgtgagagtgtgtgagagacaataaatgtgagtttttt-tgtgtgtggggatcacatggacacatgtcataattatgtatgggtgttcaagtggtaca 38755045  T
Q  116 tgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 151  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||    
T  38755046 tgccacctaaggtggtctatgtatcattactcataa 38755081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 33496631 - 33496501
Alignment:
Q  16 catgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtat 114  Q
    ||||||| ||||| |||||||||  | | |||||||| || |||||||  |||| ||||  || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  33496631 catgtgagagtgtgtgagagacaatacatatgagtttttttgtgtgtggggggatcacaaagacacttgtcaaaattatatgtgggtgtacaagtggtac 33496532  T
Q  115 atgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  33496531 atgtcacctaaggtggtctatgtatccctac 33496501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 57 - 141
Target Start/End: Original strand, 47480105 - 47480188
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  47480105 tgtgtgtgggaaccatatggacacatgtcacaattgtat-tgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 47480188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Original strand, 46576331 - 46576422
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  || |||||| ||| || ||| | |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46576331 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgttaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 46576422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48460724 - 48460661
Alignment:
Q  82 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48460724 tgtcaaaattgtatgtggatgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 48460661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 30922746 - 30922896
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||  ||||| ||| ||| || ||||| |||||| ||||     
T  30922746 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggactacaaggacacttgtcaaaattatgtgtga 30922844  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 151  Q
     |||||| |||||| || |||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  30922845 atgtacatgtggtacataccacctaaggtgatctatgtatcactactcataa 30922896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 162 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 41279874 - 41279824
Alignment:
Q  162 gtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatcatacatttgtata 212  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  41279874 gtacaaagcaatatatataatacaatttatccccaatcatacatttctata 41279824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 52040 - 51940
Alignment:
Q  45 atgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||||| || |||||| | |||||||| |||||| ||| | |||| ||| | | ||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  52040 atgagttttttttgtgtggaaggaccacaaggatacttgttaaaattgtatatagatgtacaaatagtacataccacctaaggtggtctatgtatcacta 51941  T
Q  145 c 145  Q
    |    
T  51940 c 51940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 13108215 - 13108156
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  13108215 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtat 13108156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 23980198 - 23980139
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  23980198 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctatggtggtttatgtat 23980139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Original strand, 43100244 - 43100391
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43100244 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtagagaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 43100343  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 148  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43100344 tgtacaagtggtatataccacctaagatggtttatgtatcactaccca 43100391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 12248419 - 12248273
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  12248419 acattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgcgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtgga 12248320  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12248319 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcactaccc 12248273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 3 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 33687791 - 33687643
Alignment:
Q  3 attgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtg 102  Q
    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  33687791 attgtaccacttttatctgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagagatcacatggacacatgtcacaattatatatggatg 33687692  T
Q  103 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 151  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  33687691 tacaagtggtatatgccacctaagatgatttatgtatcactacccataa 33687643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 8076401 - 8076307
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatat 95  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  8076401 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataaatttcttgtgtgtgtaggaaccacatagacgcatgtcacaattatat 8076307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 35906095 - 35906000
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  35906095 tgagtttcttgtgtgtgtagggactacatggacacatgtcacaattgtatatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 35906000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 15285430 - 15285331
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | || ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15285430 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 15285331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 13988340 - 13988249
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13988340 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 13988249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 36890459 - 36890379
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36890459 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 36890379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 20151452 - 20151390
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  20151452 acatgtcataattatgtgtgggtgttcaagtggtatatgctacctaaagtggtctatgtatca 20151390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 82 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11247257 - 11247194
Alignment:
Q  82 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  11247257 tgtcaaaattgtgtgtggatgtacaagtagtatatgccatctaaggtagtctatgtatcactac 11247194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 6043070 - 6043007
Alignment:
Q  81 atgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 146  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   ||||| | |||||||||||||||||    
T  6043070 atgtcacaattatatatgggtgtacaagtggtacatac--tctaagattgtttatgtatcactacc 6043007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 47571599 - 47571745
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47571599 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttatgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 47571698  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47571699 tgtacaagtggcatatgtcacctaaggtggtttatatatcactaccc 47571745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 29731334 - 29731194
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29731334 acattgtatcacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgaatttcttgtgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 29731235  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29731234 tgtactagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 29731194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 48489595 - 48489448
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||     
T  48489595 acattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgcgtagggaccacatggacagatgtcacaattatatatgga 48489496  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48489495 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtgatttatgtatcattaccca 48489448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 39858448 - 39858349
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39858448 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtatatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 39858349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 57 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 26041060 - 26040970
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26041060 tgtgtgtggggaccacgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtttgtgtatcactaccc 26040970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 19989383 - 19989246
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||||| || |||||| |   |||||||||| |||||||||| || |||||||     
T  19989383 acattgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacacaaaatgtaagttttttatgtgtggaa--accacatggacacatgtcacacttgtatgtgga 19989286  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatc 140  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  19989285 tgtacaagtggtatatgtcatctaaggtggtttatgtatc 19989246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 526980 - 527079
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  526980 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 527079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 46845737 - 46845836
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  46845737 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 46845836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 57 - 148
Target Start/End: Original strand, 7178203 - 7178294
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 148  Q
    ||||||| | |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7178203 tgtgtgtcgagaccacatagacacttgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatggtacatgtcacctaaggtggtctatgtatcactaccca 7178294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 13276545 - 13276644
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| |||| | | || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||    
T  13276545 tgagtttcttgtgtgtgtgggtaccacatggacacatgtcataattgtgtatgagtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcactac 13276644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 46 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 40314193 - 40314095
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | ||| |||| || ||||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  40314193 tgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatggatgtataaatggtacatactacctaaggtggtttatgtatcacta 40314095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 46 - 142
Target Start/End: Original strand, 49430545 - 49430641
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 142  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||| | | | | |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49430545 tgagtttcttgtgtgtgtggagaccagatggacacatgtcacaattgtgtattgatgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcac 49430641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 1995098 - 1994950
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtag-ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||||| | ||||||||  || || ||||| |||| | |||||    
T  1995098 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtggaggaccacaaagacacttgtcaaaattgtgtgtgg 1995001  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 150  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  1995000 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcata 1994950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 144
Target Start/End: Original strand, 15225041 - 15225170
Alignment:
Q  17 atgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgta--gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtat 114  Q
    |||||| ||||| ||||||| | ||||  ||||||| ||||||||||   |||||||  |||| | |||||||||||  ||||||||||| |||| |||     
T  15225041 atgtgagagtgtgtgagagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtgtggggaccatgtggacatatgtcacaattgcatgtgggtgtataagttgtac 15225140  T
Q  115 atgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15225141 atgccacctaaggtggtctatgtatcacta 15225170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 156
Target Start/End: Original strand, 27325717 - 27325819
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataaca 153  Q
    |||||||||  || |||||| ||| || | ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  27325717 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcataaaa 27325816  T
Q  154 tta 156  Q
    |||    
T  27325817 tta 27325819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 44797503 - 44797646
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||| | ||| |||||| ||| || | ||| |||| | |||||    
T  44797503 acattgtaccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtttgggggaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtgg 44797600  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44797601 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 44797646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 6487810 - 6487730
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  6487810 gggaccacgtggacacatgtcacaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaattggtctatgtatcactac 6487730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 1673515 - 1673371
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggg--accacatggatacatgtcacaattatatgtg 98  Q
    ||||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||  | | |||||||| || ||| |||||||  |||||| ||| || | ||| |||| | ||||    
T  1673515 acattgtacca-tttcatgtaagagtgtatgagagacaatacatatgagtttttt-tgtatgtaggggaaccacaaggacacttatcaaaattgtgtgtg 1673418  T
Q  99 ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  1673417 ggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 1673371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Original strand, 40294820 - 40294911
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| | | | |||| ||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  40294820 ttgtgtgtgtgaggaccacatagatacatgtcacaattgtgtataggtggacaagtggtacgtgccacctaaagtggtctatgtatcactac 40294911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Original strand, 33502560 - 33502706
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||| |  |||||| ||||| ||| ||| | ||||  ||||||| |||||||||| | |||||  || | | |||||||||||  |||| ||    
T  33502560 acattgtaccacctctatgtgagagtgtgtgaaagatataaaatgtgagttttttgtgtgtgtggagaccatgtgaacatatgtcacaattgcatgtagg 33502659  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||||||||||    
T  33502660 tgtacaagtggtacatgtcatctaatgtggtctatgtatcactaccc 33502706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 66 - 143
Target Start/End: Original strand, 29637311 - 29637388
Alignment:
Q  66 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 143  Q
    |||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||    
T  29637311 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcact 29637388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 91
Target Start/End: Original strand, 15066060 - 15066147
Alignment:
Q  5 tgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttc-ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaatt 91  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||||| || |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||    
T  15066060 tgtaccactctcatgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagtttctttttgtgtgtacggatcacatggacacatgtcacaatt 15066147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 40030891 - 40030840
Alignment:
Q  94 atgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  40030891 atgtgggtgtacaagtggtacatgctacctaaggtggtctatgtatcactac 40030840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 145
Target Start/End: Original strand, 2403055 - 2403105
Alignment:
Q  95 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  2403055 tgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaagatggtctatgtatcactac 2403105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 66 - 145
Target Start/End: Original strand, 32267566 - 32267645
Alignment:
Q  66 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||| | ||| ||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  32267566 ggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaattgtacatgccacttaagatggtctatgtatcactac 32267645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Original strand, 19258796 - 19258855
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  19258796 acatgtcacaaatatatgtgggtgta-aaaaggtgtatgccaccttagatggtttatgtat 19258855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 48525472 - 48525326
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||     
T  48525472 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagataagtttcttatgtgtgtagggaacacatgaacacatgtcacaattatatgtgga 48525373  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48525372 tgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatcactaccc 48525326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 41277364 - 41277214
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt---gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgt 97  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||| ||   |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||    
T  41277364 acattgtaccactatcatgtgagactgtgtgagagacacaaaaggtgagtttttttttgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatgt 41277265  T
Q  98 gggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccca 148  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | |||||||||| |||||    
T  41277264 gggtgtacaggtggtacatgtcacctaaggtgatctatgtatcaccaccca 41277214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 51579421 - 51579323
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    ||||||| |||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51579421 tgagttttttgtatgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 51579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 151
Target Start/End: Original strand, 5817471 - 5817566
Alignment:
Q  56 gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccataa 151  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  5817471 gtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactactcataa 5817566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 219 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 19524301 - 19524238
Alignment:
Q  219 cagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattcccttccgcaacaaaatcagagccaaatgg 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19524301 cagagcacgattcttgtgcctgcccaacctaattaccttccgcaacaaaatcagagccaaatgg 19524238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 22364542 - 22364641
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  22364542 tgagtttcttgtgtgttaggggaccacatggacacatatcacaattgtatatgggtgtataagtggtatatgccacctaagttgatttatgtatcactac 22364641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 55 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 43749184 - 43749094
Alignment:
Q  55 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43749184 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 43749094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Original strand, 25783989 - 25784088
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||    
T  25783989 tgagttttttgtgtatgtggggactacatgaatacatgtcacaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaagatgatctatgtatcactac 25784088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 50498311 - 50498212
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||    
T  50498311 tgagtttcttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatactacctaaggtgatctatgtatcactac 50498212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 141
Target Start/End: Original strand, 26719954 - 26720077
Alignment:
Q  16 catgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtata 115  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||  |||| |||| |||||||||  || |||||| ||||||  ||||||||||| |||||||| |    
T  26719954 catgtgacagtgtgtgagagacacaaaatgtgagttt--tgtgcgtgtggggaccacaaagacacatgttacaattgaatgtgggtgtagaagtggtaca 26720051  T
Q  116 tgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  26720052 cgccacctaaggtggtttatgtatca 26720077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 25164507 - 25164651
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||||| ||| |||||| ||| || ||||| |||| | |||||    
T  25164507 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggaggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgg 25164605  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25164606 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 25164651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 57 - 145
Target Start/End: Original strand, 24059225 - 24059313
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24059225 tgtgtgtgggaaccacatggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaaatgatacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 24059313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Original strand, 37605780 - 37605871
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37605780 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 37605871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 141
Target Start/End: Original strand, 42179218 - 42179313
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |   |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  42179218 tgagttttttgtgtgtgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgcatgggtgtataagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatca 42179313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 55281301 - 55281210
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55281301 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 55281210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 14149996 - 14150051
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttg 56  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14149996 acattgtaccacttccatgtgaaagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttg 14150051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 70 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 51579657 - 51579583
Alignment:
Q  70 cacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  51579657 cacatggacacatgtcacaattgtatttgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtct-tgtatcactac 51579583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 17044082 - 17044000
Alignment:
Q  68 accacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacccata 150  Q
    |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17044082 accacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactactcata 17044000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 68 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 20107190 - 20107112
Alignment:
Q  68 accacatggatacatgtcacaattatatgtggg-tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20107190 accacatggacacatgtcacaattgtgtgcggggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 20107112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 145
Target Start/End: Original strand, 32525112 - 32525202
Alignment:
Q  55 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  ||| ||||| || |||| |||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  32525112 tgtgtgtgtgtggaacacatagacacatatcacaattgtgtgtggatgtataagtggtatatgccacctaagatggtctatgtatcactac 32525202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 57 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 36851317 - 36851231
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 143  Q
    |||||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  36851317 tgtgtgtgaggactacatggacacatgtcacaatcatgcgtgggtgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgcatcact 36851231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 47 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 3287184 - 3287087
Alignment:
Q  47 gagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||| || |||||| || ||||||| |||  | ||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  3287184 gagttttttttgtgtggagagaccacaaggactcttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccatctaaggtggtttatgtatcacta 3287087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 45995931 - 45996074
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagg-gaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || ||||||| || ||||||| | | || ||||| |||| | |||||    
T  45995931 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttt-tgtgtgtgggagaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgg 45996028  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  45996029 gtgtacaagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 45996074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 148 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 19524352 - 19524300
Alignment:
Q  148 ataacattagcatcgtacaaagcaatatacataatacaatttatcctctatca 200  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19524352 ataacaatagcattgtacagagcaatatacataatacaatttatcctctatca 19524300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 95
Target Start/End: Original strand, 40947142 - 40947233
Alignment:
Q  3 attgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatat 95  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  40947142 attgtacca-tttcatatgagagtgtgtgagagacataaaatatgaattttttgtgtgtgtatggaccacgtggacacatgttacaattatat 40947233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 32290306 - 32290216
Alignment:
Q  50 tttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||     |||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  32290306 tttcttgtgtgtgtgaggaccacatgg-----tgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccacctaagatggtctatgtatcactac 32290216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 145
Target Start/End: Original strand, 39631271 - 39631318
Alignment:
Q  98 gggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39631271 gggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 39631318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 44275744 - 44275714
Alignment:
Q  109 tggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44275744 tggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 44275714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 145
Target Start/End: Original strand, 9118622 - 9118667
Alignment:
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9118622 gtgtacaagttgtgcatgccacctaaagtggtttatgtatcactac 9118667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 5e-56; HSPs: 22)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 40216555 - 40216409
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40216555 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgtagggaccacatggacacatgtcacaattatatgtggg 40216456  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||    
T  40216455 tgtacaagtggtatatatcatctaaggtggtttatatatcactaccc 40216409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 3121711 - 3121612
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | || ||||| |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3121711 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgagtgtataagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 3121612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Original strand, 32599337 - 32599428
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32599337 ttgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtggatgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 32599428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 141
Target Start/End: Original strand, 24475782 - 24475877
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||    
T  24475782 tgagtttcttgtgtgtgtggggactacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtgatacataccacctaaggtggtctatgtatca 24475877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 33300082 - 33299981
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgt--gtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 143  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  33300082 tgagtttcttgtgtgtgtgtggggaccacatgaacacatgtcacaattgtatatgggtgtataaatggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcact 33299983  T
Q  144 ac 145  Q
    ||    
T  33299982 ac 33299981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 144
Target Start/End: Original strand, 36272750 - 36272840
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| || ||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36272750 ttgtgtgtgtggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtataagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 36272840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Original strand, 13697054 - 13697145
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  || |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13697054 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 13697145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 17823725 - 17823581
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||  ||||||||| ||| || | ||| |||| |||||||    
T  17823725 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagtttttttgtgtgtggggggaccacaaggacacttatcaaaattgtatgtgg 17823627  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17823626 gtgtacaagtgatacataccatctaaggtggtttatgtatcactac 17823581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 145
Target Start/End: Original strand, 14945866 - 14945916
Alignment:
Q  95 tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14945866 tgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14945916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 55 - 145
Target Start/End: Original strand, 42061321 - 42061411
Alignment:
Q  55 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||    
T  42061321 tgtgtgtggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacccaaagtgctctatgtatcactac 42061411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 40095356 - 40095265
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||  |||||||||  || || ||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  40095356 ttgtgtgtggggggaccacaatgacacttgtcaaaattgtatgtggatgtacaagtggtacatgtcatctaaggtggtctatgtatcactac 40095265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 145
Target Start/End: Original strand, 4434695 - 4434770
Alignment:
Q  70 cacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| ||||||||||||  | |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  4434695 cacatggacacatgtcacaatagtgtgtggaagtacaagtggtacatgccacataaggtggtctatatatcactac 4434770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 103 - 145
Target Start/End: Original strand, 23860302 - 23860344
Alignment:
Q  103 tacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23860302 tacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 23860344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 37143139 - 37143091
Alignment:
Q  96 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    ||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  37143139 gtgggtgtagaagtgatatatgtcatctaaggtggtttatgtatcacta 37143091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 54 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 5563029 - 5562938
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||| | |||||||| || |||||||| |||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||  | || |||||||||||||    
T  5563029 ttgtgtgtgtggagaccacatcgacacatgtcaaaattatatatgaatgtataaatggtacatgccacctaaaatagtctatgtatcactac 5562938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 82 - 145
Target Start/End: Original strand, 14242632 - 14242695
Alignment:
Q  82 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| |||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||    
T  14242632 tgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaggtggtacataccacctaagatggtctatgtatcactac 14242695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 145
Target Start/End: Original strand, 33555498 - 33555543
Alignment:
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  33555498 gtgtacaagtggtacatgccacttaaggtgatctatgtatcactac 33555543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Original strand, 6376357 - 6376416
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6376357 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctatggtggtttatgtat 6376416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 33732636 - 33732577
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  33732636 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 33732577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 36315628 - 36315569
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  36315628 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 36315569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Original strand, 37914360 - 37914419
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | ||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37914360 acatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 37914419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 44958180 - 44958121
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  44958180 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 44958121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 16718143 - 16717992
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggata-----catgtcacaattata- 94  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |     |||||||||||||||     
T  16718143 acattgtaccacttccatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccaaatggacacatgtcatgtcacaattatat 16718044  T
Q  95 -tgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16718043 gtgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 16717992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 12748358 - 12748217
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttct-tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  12748358 acattgtaccacttccatgtgagagtgtttgagagacacaaaagatgattttttgtgtgtgtgtaggaaccacatggacagatgtcacaattatatgtgg 12748259  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12748258 gtgtacaagtggtatatgccacctaaagtggtttatgtatca 12748217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 34792687 - 34792831
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtaggga--ccacatggatacatgtcacaattatatgtg 98  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||| || ||||| |||||||||||    
T  34792687 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgagttt-ttgtgtgtgtagagagaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtg 34792784  T
Q  99 ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  34792785 ggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 34792831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 46 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23916073 - 23915974
Alignment:
Q  46 tgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  23916073 tgagtttcttgtgtatgtggggaccacatggacacatgtcacaattgtgtatgggtgtataagtggtacatgccatctaaggtgatctatgtatcactac 23915974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Original strand, 14314022 - 14314166
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||  | |  ||| ||| || |||||||  || |||||| ||| || ||||| |||| | |||||    
T  14314022 acattgtaccacttt-atgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtgactttttttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgg 14314120  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14314121 gtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 14314166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 65 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 29429666 - 29429584
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactaccc 147  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| |||||    
T  29429666 gggaccatgtggacacatgtcacaattgtatgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtagtctgtgtatcagtaccc 29429584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 145
Target Start/End: Original strand, 9521891 - 9521997
Alignment:
Q  45 atgagtttcttgtgtgtgta----gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtg--ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgta 138  Q
    |||||||| |||||||||||    |||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  9521891 atgagttttttgtgtgtgtatgtggggatcacatgaatatatgtcacaattatgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtgatctatgta 9521990  T
Q  139 tcactac 145  Q
    | |||||    
T  9521991 ttactac 9521997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 9045978 - 9045835
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtag-ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgg 99  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | |  | ||||| |||||||||| | |||||||| | | || ||||| |||| | |||||    
T  9045978 acattgtaccactc-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatgtaagttt-ttgtgtgtgtggaggaccacaagaacacttgtcaaaattgtgtgtgg 9045881  T
Q  100 gtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9045880 gtgtacaagtgatacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 9045835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 144
Target Start/End: Original strand, 1244645 - 1244735
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||||||  ||||||||| ||| || || || |||| | ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  1244645 ttgtgtgtggggggaccacaaggacacttgccaaaattgtgtgtggatgtacaagtggtacatgccacttaaggtggtctatgtatcacta 1244735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 14023001 - 14022942
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14023001 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggtttatgtat 14022942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 146
Target Start/End: Original strand, 36674555 - 36674700
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  36674555 acattgtaccacttccatatgagagtgtttgagagacataaaagatgagtttcttatgtgtgtagtgatcacatggacacatgtcacaattatatgtgag 36674654  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactacc 146  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36674655 tgtacaagtggtatatgtcacctaaggtggtttatgtatcactacc 36674700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 57 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23004846 - 23004758
Alignment:
Q  57 tgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23004846 tgtgtgtggggaccacatgaatacatgtcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 23004758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 50 - 145
Target Start/End: Original strand, 12224088 - 12224183
Alignment:
Q  50 tttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12224088 tttcttgtgtgtgaggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaaatggtacatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 12224183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 9271202 - 9271112
Alignment:
Q  55 tgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| |||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  9271202 tgtgtgtggagggaccacaaggacacttgtcaaaattatgtgtgggtgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 9271112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Original strand, 48034844 - 48034986
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttctt-gtgtgtgtaggg-accacatggatacatgtcacaattatatgtg 98  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||  | |  ||||||| || |||||||  ||| |||||| ||| || ||||| |||| ||||||    
T  48034844 acattgtaccactt-catgtgagagtgtgtgagagacaatacatttgagtttttttgtgtgtgggggggaccacaaggacacttgtcaaaattgtatgtg 48034942  T
Q  99 ggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcac 142  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48034943 ggtgtacaagtggtacatgtcacctaaggtggtttatgtatcac 48034986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 33288225 - 33288136
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 143  Q
    ||||||||||  ||||||||| || |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  33288225 ttgtgtgtgtgaggaccacatagacacatatcacaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacataccacctaaggtggtctatgtatcact 33288136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 50989285 - 50989205
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50989285 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 50989205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 51092417 - 51092337
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51092417 gggaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcactac 51092337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 54 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 38247891 - 38247801
Alignment:
Q  54 ttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcacta 144  Q
    |||||||||  || |||||| ||| || ||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38247891 ttgtgtgtgggggaaccacaaggacacttgtcaaaattgtgtgtgggtgtacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatcacta 38247801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 54713656 - 54713532
Alignment:
Q  16 catgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtt-tcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtat 114  Q
    ||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||| | |||| ||||| ||||  ||||||| |||||||| |||||| ||||| ||| |||||||||     
T  54713656 catgtgagagtgtgtgagagacaataaatatgagttcttttgtatgtgtggggattacatggacacatgtcataattatgtgtggatgttcaagtggtac 54713557  T
Q  115 atgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||    
T  54713556 atgccacctaacgtggtctatgtat 54713532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 96 - 145
Target Start/End: Original strand, 29915090 - 29915139
Alignment:
Q  96 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29915090 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactac 29915139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 96 - 145
Target Start/End: Original strand, 29964243 - 29964292
Alignment:
Q  96 gtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  29964243 gtgggtgtacaagtggtatatgccacataaggtggtctatgtatcactac 29964292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 145
Target Start/End: Original strand, 8330692 - 8330772
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    ||||||||||||| | || |||||||| | ||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  8330692 gggaccacatggacatatatcacaattgtgtgtgaatgtacaagtggtacatgccatctaaggtggtctatgtatcactac 8330772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 8496788 - 8496712
Alignment:
Q  65 gggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||||  || || ||||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8496788 gggaccacaaagacacttgtcaaaattgtatgtgggtggacaagtggtacatgccacctaaggtggtctatgtatca 8496712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 141
Target Start/End: Original strand, 39947262 - 39947333
Alignment:
Q  70 cacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatca 141  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||| ||| |||||    
T  39947262 cacatggacacatatcacaattgtatgtgggtgtataagtggtacatgtcacttaaggtggtctatatatca 39947333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 139
Target Start/End: Original strand, 29820422 - 29820482
Alignment:
Q  78 tacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||| |||||||    
T  29820422 tacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtg-tgtatgccacctaaggtggtctatgtat 29820482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 139
Target Start/End: Original strand, 34750025 - 34750081
Alignment:
Q  82 tgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  34750025 tgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 34750081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 139
Target Start/End: Original strand, 54413434 - 54413572
Alignment:
Q  5 tgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggacc----acatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    ||||||||  |||||||| ||||| ||||||||| ||||  ||| ||| |||||  ||||||||||    ||||||  ||||||| ||||| | ||||||    
T  54413434 tgtaccaccctcatgtgagagtgtgtgagagacaaaaaaagtgaattttttgtgcatgtagggaccacgtacatggtcacatgtcgcaattgtgtgtggg 54413533  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    |||||||||| ||  || ||  ||||||||| |||||||    
T  54413534 tgtacaagtgttagttgtcagttaaggtggtctatgtat 54413572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 38231360 - 38231301
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtat 139  Q
    ||||||||||| | | |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  38231360 acatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaag-ggtgtatgccacctaaggtggttcatgtat 38231301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 79 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 46135595 - 46135531
Alignment:
Q  79 acatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcact 143  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||| || || ||||||  |||| |||| |||||||||||    
T  46135595 acatgtcacaattgtatgtaggtgtacaaatgatacatgccatttaagatggtctatgtatcact 46135531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 66 - 145
Target Start/End: Original strand, 10332 - 10411
Alignment:
Q  66 ggaccacatggatacatgtcacaattatatgtgggtgtacaagtggtatatgccacctaaggtggtttatgtatcactac 145  Q
    |||||||| ||| || ||||| |||||||||||  | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||||    
T  10332 ggaccacaaggacacttgtcaaaattatatgtgaatatacaagtagtacatgtcacctaaggtggtctatgtattactac 10411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 142
Target Start/End: Original strand, 3092 - 3231
Alignment:
Q  1 acattgtaccactttcatgtgatagtgtttgagagacacaaaagatgagtttcttgtgtgtgtagggaccacatggatacatgtcacaattatatgtggg 100  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||||  | | |||| ||| || |||||| |||||| ||| ||| || ||||| |||| ||||||||    
T  3092 acattgtaccactc-catgtgagagtgtatgagagacaatacatatgaatttttt-tgtgtg-agggactacaaggacacttgtcaaaattgtatgtggg 3188  T
Q  101 tgtacaagtggtatatgccacctaaggtggt-ttatgtatcac 142  Q
    ||||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||||||||||    
T  3189 tgtacaaatggtacatgtcatctaagatggtcttatgtatcac 3231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University