View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6046_low_44 (Length: 255)

Name: NF6046_low_44
Description: NF6046
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6046_low_44
NF6046_low_44
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (10-240)||(5952800-5953030)
chr7 (64-203)||(38024624-38024763)
chr7 (106-193)||(33192694-33192781)
chr7 (10-132)||(13583465-13583585)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (10-239)||(7022743-7022972)
chr6 (10-239)||(34252231-34252462)
chr6 (10-239)||(26292197-26292426)
chr6 (10-204)||(10570573-10570765)
chr6 (162-239)||(32286092-32286169)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (10-239)||(19816255-19816484)
chr4 (44-239)||(1804489-1804686)
chr4 (109-237)||(21375056-21375184)
chr4 (120-239)||(49399638-49399757)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (10-239)||(5171183-5171412)
chr1 (10-199)||(6770941-6771130)
chr1 (10-227)||(33931409-33931628)
chr1 (40-186)||(39989269-39989414)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-239)||(15917165-15917395)
chr8 (10-235)||(8567522-8567747)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (10-239)||(55428871-55429094)
chr3 (10-239)||(29018521-29018752)
chr3 (12-202)||(17065116-17065307)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (50-239)||(9992837-9993025)
chr2 (60-225)||(9388798-9388963)
chr2 (119-238)||(7812983-7813105)
chr2 (10-158)||(29763211-29763359)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (35-203)||(28175232-28175400)
chr5 (10-188)||(35946722-35946895)
chr5 (35-95)||(6642291-6642351)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 10 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 5953030 - 5952800
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5953030 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 5952931  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5952930 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcagattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 5952831  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctcat 240  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  5952830 tctaaagtcttggattttctgccctcctcat 5952800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 64 - 203
Target Start/End: Original strand, 38024624 - 38024763
Alignment:
Q  64 caatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacg 163  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  38024624 caatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacg 38024723  T
Q  164 agtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttc 203  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  38024724 agtgtgcggattgacttgctaagcatgatgcttcttcttc 38024763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 106 - 193
Target Start/End: Original strand, 33192694 - 33192781
Alignment:
Q  106 caactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtg 193  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33192694 caactgcaacatcgagattgaattgttaattttcatcataccctccgtcaaggaaacgagtgtgcgaattggcttgctaagcatggtg 33192781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 132
Target Start/End: Original strand, 13583465 - 13583585
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| | | || ||||||||| |||||| ||| ||| |||||||  ||||||| |||||| | ||||| |||| |    
T  13583465 attattcttgaatctgattctagggtggctcattatctaatcatgttggatgttcaacctcgtcatcct--tgctcctttgattactaagattatccatc 13583562  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgtt 132  Q
    | || |||||||||||| |||||    
T  13583563 tccatcatcgagattgggttgtt 13583585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Original strand, 7022743 - 7022972
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7022743 attattcttgagtcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaac 7022842  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7022843 tgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcggattgacttgctaagcatggtgcttcttcttcggatgc 7022942  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||| || | ||||||| | |||||||||||    
T  7022943 tctaaagtattggattgtttgccctcctca 7022972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Original strand, 34252231 - 34252462
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtc--ggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 107  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34252231 attattcttgagtgagattctaggatggctcttgatttaatcatgtctcggatgtccaatcttatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtcca 34252330  T
Q  108 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  34252331 actgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctccgtcaaggcaacgggtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcggat 34252430  T
Q  208 gctctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  34252431 gctctaaagtcttggattgtttgccctcctca 34252462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 26292426 - 26292197
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||     
T  26292426 attattcttgaatcagattctaggagggctcttgatttaaacatgtcgagtgtccaatctcgtcatcctcatgctcctctgattagtcggattttccaat 26292327  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||| ||||| |  |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  26292326 tgcaacatcgatattggattgttaattttcaacagaccctccgtcaaggcaacaagtgtacggattggcttgctaagcataatgcttcttcttcggatgc 26292227  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  26292226 tctaaactcttggattgtttgccctcctca 26292197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 204
Target Start/End: Original strand, 10570573 - 10570765
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| || || |||| | ||||||||||| || ||||    
T  10570573 attattcttgaatcagattctaggatggctcttaatttaattatgtcggatatccaacctcgtcatcatcgtgttcctcttattagtcagatagttcaac 10570672  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcg 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||||   | |||| ||| |  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10570673 tgcaacatcgagattggattgttaattttcattctaccctctattaaggcaacaa--gtgcagattggcttgcgaagcatggtgcttcttcttcg 10570765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 239
Target Start/End: Original strand, 32286092 - 32286169
Alignment:
Q  162 cgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    |||||||||  |||| |||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| | |||||||||||    
T  32286092 cgagtgtgcggattgacttgttaagaatgatgcttcttcttcggatgctctaaaattttggattgtttgccctcctca 32286169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 19816484 - 19816255
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  19816484 attattcttgaatcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgttgaatctcatcatcctcatgctcccctgattagtcagattgtccaac 19816385  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  19816384 tgcaacatcaagattggattgttcattttcatcatactctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcggatga 19816285  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  19816284 tctaaagtcttggattttttgccctcctca 19816255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 44 - 239
Target Start/End: Original strand, 1804489 - 1804686
Alignment:
Q  44 atttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagca 143  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||    
T  1804489 atttaattatgtcggatgtccaagctcatcatcttcatgctcttctgattagttagattgtccacctgcaacatcgatattggattgttaattttcatca 1804588  T
Q  144 tac--ccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||| | || ||||||||    
T  1804589 tacagcctccgtcaaggtaacgagtgtgcagattgacttgctaagcatggtgcttcttcttcggatactctaaagtcttggattgtttgtcctcctca 1804686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 109 - 237
Target Start/End: Original strand, 21375056 - 21375184
Alignment:
Q  109 ctgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatg 208  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| | | |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21375056 ctgcaacatcgagattagattgttaattttcatcataccttccatcaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatg 21375155  T
Q  209 ctctgaaatcttggattttctgccctcct 237  Q
    |||| || ||||||||| | |||||||||    
T  21375156 ctctaaagtcttggattgtttgccctcct 21375184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 120 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 49399757 - 49399638
Alignment:
Q  120 agattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaaatct 219  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||| | | | |||| |||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||| || |||    
T  49399757 agattgaattgttaattttcaacatatcttccatcaaagtaacgagtgtgcggattgacttgataaacatggtgtttctttttcgaatgctctaaagtct 49399658  T
Q  220 tggattttctgccctcctca 239  Q
    |||| ||| || ||||||||    
T  49399657 tggagtttttgtcctcctca 49399638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Original strand, 5171183 - 5171412
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5171183 attattcttgagtcagattctaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaac 5171282  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  5171283 tgcaacatcgagattgaattgttaattttcattataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcggatac 5171382  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  5171383 tctaaagtcttggattgtttgccctcctca 5171412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 10 - 199
Target Start/End: Original strand, 6770941 - 6771130
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6770941 attattcttgaatcaaattataggatggctcttgatttaatcatgtcgaatgtcgaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaac 6771040  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttctt 199  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  6771041 tgcaacatcgagattgaattgttcattttcagcatgccctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatgatgcttctt 6771130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 10 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33931628 - 33931409
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggccctt--gatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtcca 107  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||  |||| ||||    
T  33931628 attatttttgaatcagattttaggatgactcttttgatttaatcatgtcggatgtccaacctcatcatcctcatgcttctctgattagtttgattctcca 33931529  T
Q  108 actgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaat 207  Q
    ||||||||||||||||| |||| || ||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||  ||||  || |||  || |||||||||| |||| ||    
T  33931528 actgcaacatcgagattagattttttattttcatcataccctccatcaaggcaacgagtgtgcggattgaattactacacaaggtgcttctttttcggat 33931429  T
Q  208 gctctgaaatcttggatttt 227  Q
    ||||| || ||||| |||||    
T  33931428 gctctaaagtcttgaatttt 33931409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 186
Target Start/End: Original strand, 39989269 - 39989414
Alignment:
Q  40 cttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttc 139  Q
    |||||| ||||||||| ||||  | || ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  39989269 cttgatctaatcatgttggat--caaacctcatcatccttatgcttctctgataagttagaatgtctaactgcatcatcgagattggattgttaattttc 39989366  T
Q  140 agcata-cccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaag 186  Q
    | |||| |||| || ||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  39989367 atcatacccctccgccaaggcaacgagtgtgcggattggcttgctaag 39989414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 15917395 - 15917165
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  15917395 attattcttgaatcagattttaggatggctcttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatccccatgctcctctaattagtcagattgtccaac 15917296  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  15917295 tgcaacatcgagattgcattgttaattttcatcataccctccgtcaaggtaacgcgtgtgcggattggcttgctaagcatgatgcttcttcttcgtatgc 15917196  T
Q  210 tctgaaatcttgga-ttttctgccctcctca 239  Q
    ||| || ||||||| |||| |||||||||||    
T  15917195 tctaaagtcttggatttttttgccctcctca 15917165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8567747 - 8567522
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||  ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8567747 attattcttgaatcagattctatggtggcttttgatctaatcatgtcggatgtcgaacctcatcatcttcatgctcctttgattagtcagattgtccaac 8567648  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
    || ||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||  || |||| |||||||||||| |||| ||||||||| | | ||||||||||||| ||||    
T  8567647 tgtaacatcgagattgaattattaattttcatcataccctctgttaaggcaacgagtgtgcagattgacttgctaagtacgatgcttcttcttcggatgc 8567548  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctc 235  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||    
T  8567547 tctaaagtcttggattttttgccctc 8567522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 55429094 - 55428871
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||        
T  55429094 attattcttgaatcagattccaggatggctattgatttaatcatgtcggatgtcgaatctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtc---- 55428999  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgc 209  Q
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||    
T  55428998 --caacatctagattggattgttcattttcatcataccctccgtcaaggtaacgagtgtgcggattggcttgctaagcatggtgcttcttatttggatgc 55428901  T
Q  210 tctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    | | || ||||||||||| ||||| |||||    
T  55428900 tttaaagtcttggattttttgcccccctca 55428871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 10 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 29018752 - 29018521
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||| |||||||| | || | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29018752 attattcttgaattagattctaaggtgactcttgatctaatcatgtcggatgtccaacctcatcatcctcatgctcctctgattagtcagattgtccaac 29018653  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacga--gtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaat 207  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||||| ||| || | |||||||| |||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  29018652 tacaacatcgagattggattgtcaattttcaacattccatccgtcaaggcaacgagtgtgtgcggattggcttgcaaagcatggtgcttcttcttcatat 29018553  T
Q  208 gctctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  29018552 gctctaaaatcttggagtttttgccctcctca 29018521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 12 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17065307 - 17065116
Alignment:
Q  12 tattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatga-ttagtcagattgtccaact 110  Q
    |||||||||||| ||||||||| || | ||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||  || |  | | | ||||| |||||||||| ||    
T  17065307 tattcttgaatccgattctagggtgactcttgatttaattatgtcgaatttccaacctcatcatccttttgttttttttaattagttagattgtccagct 17065208  T
Q  111 gcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttctt 202  Q
     ||   ||||||| |||||||| ||||||| ||||| || | |||||| ||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  17065207 ccattgtcgagataggattgttaattttcatcatactctccatcaaggcaacgagtgtacgaattgacttgctaaacatggtgcttcttctt 17065116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 50 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 9993025 - 9992837
Alignment:
Q  50 tcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcataccct 149  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9993025 tcatgtcggatgtccaatcttatcatcctcatgctcctttgattagtcaaattgtccaactgcatcgtcgagattggattgttaattttcatcataccct 9992926  T
Q  150 tcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaaatcttggattttctgccctcctca 239  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||  | |||||||||||    
T  9992925 tcgtcaaggcaacgagtgtgcggattggc-tactaagcatggtgcttcttcttcggatgctctaaaatcttgaatcgtttgccctcctca 9992837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 60 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9388963 - 9388798
Alignment:
Q  60 tgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaaggt 159  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||      
T  9388963 tgtccaatatcatcatcctgatgctcctcttattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttaattttcatcataccctctgtcaagac 9388864  T
Q  160 aacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaaatcttggatt 225  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||    
T  9388863 attgagtgtgcagattggcttgctaagtatggtgcttcttcttcggatgctctaaagttttggatt 9388798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 7813105 - 7812983
Alignment:
Q  119 gagattggattgttcattttcagcatacccttcg---tcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttcgaatgctctgaa 215  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||    ||||||||| ||||||||| | ||  |||||||||||| | ||||||||||  ||||||| ||    
T  7813105 gagattggattgttaattttcatcatacccttctccatcaaggtaatgagtgtgcagaatgatttgctaagcatgttacttcttcttcagatgctctaaa 7813006  T
Q  216 atcttggattttctgccctcctc 238  Q
     ||||| ||||| |||| |||||    
T  7813005 gtcttgaattttttgccttcctc 7812983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 158
Target Start/End: Original strand, 29763211 - 29763359
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    |||||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||   |    
T  29763211 attattcttgaatttgatactagggtggctcttgatttaatcacgtcagatgtccaactttatcatccttatgctcctataatctgtcagattgtcgggc 29763310  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttcgtcaagg 158  Q
    | || | | ||||||  |||||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  29763311 tccatcgtagagattaaattgttaattttcatcaaaccctccgtcaagg 29763359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 35 - 203
Target Start/End: Original strand, 28175232 - 28175400
Alignment:
Q  35 tggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaactgcaacatcgagattggattgttca 134  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||| |    
T  28175232 tggctcttgatctaatcttgtcggatgttcaacctcatcattttcatgctcctcttattagtaagattgtccaattacaacatcgagattggaatgttaa 28175331  T
Q  135 ttttcagcatacccttcgtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagcatggtgcttcttcttc 203  Q
    |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  28175332 ttttcatcataccctccgtcaaggcaacgagtgtgcaaattggcttgttaagcatggtgtttcttcttc 28175400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 35946895 - 35946722
Alignment:
Q  10 attattcttgaatcagattctaggatggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattagtcagattgtccaac 109  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||| ||||| ||||  |||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||     
T  35946895 attattcttgaatcatattcttggatgactcttgatctaatcatgttggatgcccaacatcatcatccatatgctcctttgattagtcagattgcccaat 35946796  T
Q  110 tgcaacatcgagattggattgttcattttcagcatacccttc-gtcaaggtaacgagtgtgcaaattggcttgctaagca 188  Q
    |||| |||||| |||| ||||||  ||||||      ||||| ||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||    
T  35946795 tgcatcatcgaaattgaattgttatttttca------ccttctgtcaaggcaacgagtgtgcggattgacttgctaagca 35946722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 95
Target Start/End: Original strand, 6642291 - 6642351
Alignment:
Q  35 tggcccttgatttaatcatgtcggatgtccaatctcatcatcctcatgctcctatgattag 95  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||    
T  6642291 tggctcttgatttaatcatgttggatgtccaacctcattatccttattctcctgtgattag 6642351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University