View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6053_low_13 (Length: 417)

Name: NF6053_low_13
Description: NF6053
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6053_low_13
NF6053_low_13
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-397)||(17717757-17718153)
chr7 (1-397)||(17707946-17708329)
chr7 (1-397)||(16721810-16722206)
chr7 (1-397)||(17698824-17699220)
chr7 (13-397)||(17735599-17735983)
chr7 (18-397)||(17744784-17745163)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (253-384)||(46483960-46484091)
chr3 (242-384)||(46473830-46473972)
chr3 (96-369)||(46544212-46544485)
chr3 (181-398)||(46490549-46490766)
chr3 (265-383)||(46549070-46549188)
chr3 (196-314)||(46538840-46538958)
chr3 (196-384)||(46479645-46479833)
chr3 (199-386)||(46531777-46531964)
chr3 (199-374)||(46554279-46554454)
chr3 (88-396)||(5155992-5156300)
chr3 (74-318)||(5160008-5160251)
chr3 (112-359)||(45883842-45884089)
chr3 (107-154)||(46549299-46549346)
chr3 (263-383)||(46526508-46526627)
chr3 (107-151)||(46526740-46526784)
chr3 (88-163)||(46479537-46479612)
chr3 (88-163)||(46497692-46497767)
chr3 (265-320)||(51943814-51943869)
chr3 (107-177)||(4614128-4614198)
chr3 (110-152)||(45902723-45902765)
chr3 (107-140)||(4581748-4581781)
chr3 (199-383)||(16025339-16025523)
chr3 (263-323)||(45902876-45902936)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (109-384)||(15555780-15556055)
chr4 (263-395)||(35162361-35162493)
chr4 (265-395)||(35155342-35155472)
chr4 (84-155)||(35155161-35155232)
chr4 (107-163)||(35162205-35162261)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (265-374)||(9692810-9692919)
chr8 (263-374)||(9675788-9675899)
chr8 (105-227)||(21464429-21464551)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (84-163)||(20358872-20358951)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 17717757 - 17718153
Alignment:
Q  1 aatgttttattattctgttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17717757 aatgttttattattctgttataatgctcatgaaaaagttaaaatgatttattttaacatggataattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaag 17717856  T
Q  101 tgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctt 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  17717857 tgagaaaagaagtgaatgtatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggctcagttcacagcttaacgagtctaatatt 17717956  T
Q  201 tgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17717957 tgcaaatgcactatatttcaaaggagtgtggaaacaaccctttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaagtcagtaaag 17718056  T
Q  301 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17718057 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagtttatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaattatgggcgtg 17718153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 17707946 - 17708329
Alignment:
Q  1 aatgttttattattctgttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17707946 aatgttttattattctgttataatgctcataaaaaaattcaaatgatttattttaacat-------------attgatactgatttgaaggctgatgaag 17708032  T
Q  101 tgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | | |||| |||||||||| || || || ||    
T  17708033 tgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttccacacaggtcagttgacagcttaaccagcctcatatt 17708132  T
Q  201 tgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaag 300  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17708133 tgctaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaagtcagtaaag 17708232  T
Q  301 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17708233 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagtttatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaattatgggcgtg 17708329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 16721810 - 16722206
Alignment:
Q  1 aatgttttattattctgttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaag 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  16721810 aatgttttattcttgtgttataatgctcatgaaaaaattcaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgttttgaaggctaatgaag 16721909  T
Q  101 tgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctt 200  Q
    |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  | || |||||    
T  16721910 ttggagaagaagtgaatttctgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttccacctggctcagttaacagcttaacccgcctcatctt 16722009  T
Q  201 tgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaag 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  16722010 tgctaatgcactatatttcaaaggagtgtggaaacaacagttcgatactacaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaagtcagtaaag 16722109  T
Q  301 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  16722110 gttccatttatgaccagcaagaatgatcagtttatcagttcgttagatggttttaaagtccttggtcttccttataaacaaggcaaagatgaacgtg 16722206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 397
Target Start/End: Original strand, 17698824 - 17699220
Alignment:
Q  1 aatgttttattattctgttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaag 100  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  17698824 aatgttttattcttgtgttataatgctcatgaaaaaattcaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgttttgaaggctaatgaag 17698923  T
Q  101 tgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctt 200  Q
    |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  | || |||||    
T  17698924 ttggagaagaagtgaatttctgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttccacctggctcagttaacagcttaacccgcctcatctt 17699023  T
Q  201 tgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaag 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17699024 tgctaatgcactatatttcaaaggagtgtggaaacaacagttcgatactacaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaagtcagtaaag 17699123  T
Q  301 gttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  17699124 gttccatttatgaccagcaagaatgatcagtttatcagttcgttagatggttttaaagtccttggtcttccttataaacaaggcaaagatgaacgtg 17699220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 397
Target Start/End: Original strand, 17735599 - 17735983
Alignment:
Q  13 ttctgttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaagtgagagaagaag 112  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  17735599 ttctcttataatgctcgtgaaaaaattcagatgatttattttaacatgtttaattttacaattgatactggtttgcaggctgatgaagtgataaaagaag 17735698  T
Q  113 tgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctttgcaaatgcact 212  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||  ||||||||| ||  || | |||| |||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  17735699 tgaatttatgggctaataaggagacaaaggggtttattaatgatcttcttccacgcgggtcagttgacagcttaaccagcctcatctttgcgaatgcact 17735798  T
Q  213 atatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatg 312  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17735799 atacttcaaaggagtttggaaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaagtcagtaaaggttccctttatg 17735898  T
Q  313 accagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17735899 accagcaagaataatcagtttatcagttcttttgatggttttaaagtccttggtcttccttacaaacaaggcaatgataagcgtg 17735983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 17744784 - 17745163
Alignment:
Q  18 ttataatcctcatgaaaaaattaaaatgatttattttaacatggttaattttacaattgatactgatttgaaggctgatgaa-gtgagagaagaagtgaa 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  17744784 ttataatgctcgtgaaaaaattcagatgatttattttaacatgtttaattttacaattgatacttatttgaaggctgatgaaagtgagaaaacaagtgaa 17744883  T
Q  117 tttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctttgcaaatgcactatat 216  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| ||  || | |||| |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||     
T  17744884 tttatgggctgaaaagaagacaaaagggcttattcaagatcttcttccacacggatcagttaacagcttaaccagcctaatctttgctaatgcactatac 17744983  T
Q  217 ttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgacca 316  Q
    ||||||||||| ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17744984 ttcaaaggagtatggaaacaaaagtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttcttaacggcaagtcagtaaaggttccctttatgacca 17745083  T
Q  317 gcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcgtg 397  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  17745084 gcaagaatgatcagtttatcagttcgttagatggttttaaagtccttggtcttcc-tataaacaaggcaaagatgggcgtg 17745163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 253 - 384
Target Start/End: Original strand, 46483960 - 46484091
Alignment:
Q  253 aaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggtt 352  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| || ||  ||||||||||||    
T  46483960 aaaacaaaagactatgattttcaccttctcaatggcagctcagtcaaggttccctttatgactagcaagaagaagcagtttattagagcttttgatggtt 46484059  T
Q  353 ttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggc 384  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  46484060 ttaaagttcttggtcttccttataagcaaggc 46484091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 242 - 384
Target Start/End: Original strand, 46473830 - 46473972
Alignment:
Q  242 ttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttc 341  Q
    ||||| |||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||  | ||||| || ||  |    
T  46473830 ttgatgcttcaacaacaaaagactatgatttttaccttctcaatggcagctcagttaaggtttcctttatgactagcaagaagaagcagtttattagagc 46473929  T
Q  342 ttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggc 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  46473930 ttttgatggttttaaagttcttggtcttccttataagcaaggc 46473972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 369
Target Start/End: Original strand, 46544212 - 46544485
Alignment:
Q  96 tgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtcta 195  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| || | |||| ||||| ||  ||| | |||||||| |  ||     
T  46544212 tgaagggagaaaagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggtcttataaaagatttacttccacctgactcggttgatagcttaaccaacctc 46544311  T
Q  196 atctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcag 295  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||        |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||    
T  46544312 atctttgcaaacgcactatacttcaaaggagcatggtcggaggagtttgatacttcaaaaacaaaagactatgattttaaccttctcaatggcagccaag 46544411  T
Q  296 taaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtctt 369  Q
    | |||||||| || ||||| |||| |||    || || ||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  46544412 tcaaggttcctttcatgacaagcatgaagagacaatttatcagtgtttttgatggttttaaagtccttcgtctt 46544485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 181 - 398
Target Start/End: Original strand, 46490549 - 46490766
Alignment:
Q  181 agcttaacgagtctaatctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgacc-gtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgacctt 279  Q
    |||||||| || |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| || ||   ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  46490549 agcttaaccaggctaatcattgctaatgcactatacttcaaaggagtgtgg-aatgataagtttgatgcttcaaaaacgaaagactatgattttcacctt 46490647  T
Q  280 ctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaac 379  Q
     | ||||||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||| | || || |  || ||  |||| |||| ||||||||||||||| |||||||| || |    
T  46490648 ttgaatggcagctcaattaaggttcccttcatgactagcaaggaagaacaatatattagagctttcgatgattttaaagttcttggccttccttataagc 46490747  T
Q  380 aaggcaatgatgagcgtga 398  Q
    ||||| | ||| |||||||    
T  46490748 aaggcgaagataagcgtga 46490766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 46549188 - 46549070
Alignment:
Q  265 tatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttg 364  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||     
T  46549188 tatgattttcaccttctcaatggcagctcggtcaaggttcccttcataaccagcaggaatgatcagtttatcagtgtttttgatggtttcaaagttcttt 46549089  T
Q  365 gtcttccttacaaacaagg 383  Q
     ||||||||| ||| ||||    
T  46549088 atcttccttataaataagg 46549070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 196 - 314
Target Start/End: Original strand, 46538840 - 46538958
Alignment:
Q  196 atctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcag 295  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||    | |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  46538840 atctttgcaaatgcactatacttcaaaggagtatggttacaggaggttgatacttcaaaaacaaaagactatgattttaaccttcttaatggcagctcag 46538939  T
Q  296 taaaggttccctttatgac 314  Q
    | ||||||||||| |||||    
T  46538940 tcaaggttcccttcatgac 46538958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 196 - 384
Target Start/End: Original strand, 46479645 - 46479833
Alignment:
Q  196 atctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgacc-gtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactca 294  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||| || ||   ||||||| ||||||||||| | ||||| || ||| ||||| | ||||| | | ||    
T  46479645 atctttgccaatgcactatacttcaaaggagcgtgg-aatgataagtttgatgcttcaaaaacggaagactacgagtttcaccttttgaatggtagccca 46479743  T
Q  295 gtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggc 384  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| || ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  46479744 gtcaaggttcccttcatgaccagcaagaagaagcagtttattagagcttttgatggttttaaagttctcggtcttccttataagcaaggc 46479833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 199 - 386
Target Start/End: Original strand, 46531777 - 46531964
Alignment:
Q  199 tttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaa 298  Q
    ||||| |||||||| || || || ||||  ||||| | ||| |||||| |||||||||| || ||| |||||||| ||||||||  ||||| |||| | |    
T  46531777 tttgctaatgcactctactttaatggagcatggcatcaaccatttgatgcttcaaaaacaaaagaccatgattttcaccttctcggtggcagctcaatta 46531876  T
Q  299 aggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaa 386  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  | ||||| || | | ||||||||||||||||  | ||| |||||||||| || ||||||||    
T  46531877 aggttcccttcatgactagcaagaagaagcagtttataaatgcttttgatggttttaagatccttcgtcttccttataagcaaggcaa 46531964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 199 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 46554454 - 46554279
Alignment:
Q  199 tttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaa 298  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |  ||||| | |||||||||  ||||| |||| || |||||||||||| |||||||  |||| | |||| | |    
T  46554454 tttgctaatgcactatattttaaaggtgcatggcatcaaccgtttgacgcttcagaaacaaaagactatgattttcaccttcttgatggtagctcattca 46554355  T
Q  299 aggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttcctta 374  Q
    |||||||||| | |||||||| | |   |||||| ||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  46554354 aggttcccttcaagaccagcagggagagtcagtttatcagtgtttttgatggttttaaggtccttcgtcttcctta 46554279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 88 - 396
Target Start/End: Original strand, 5155992 - 5156300
Alignment:
Q  88 aaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaa 187  Q
    ||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||  ||  | | |||| | |||||||    
T  5155992 aaggctgttgaagtgactaaagaagggaatttatgggctgaaaaagagacaaatggccttattaaagaacttcttcctccaagatcagttgatagcttaa 5156091  T
Q  188 cgagtctaatctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacga-ccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatg 286  Q
    |  | || |||||||| |||||||| || || |||||||  ||| |  ||   |||||||  ||  |||||||| |||||||||||| ||||| | ||||    
T  5156092 cccgcctcatctttgctaatgcactctactttaaaggagcatgg-agtgagaagtttgatgttttgaaaacgaaagactatgattttcaccttttgaatg 5156190  T
Q  287 gcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggcaa 386  Q
    ||| ||| || ||||||||||| ||||||||| || |  ||||||| ||     ||| || ||| |||||||||||| ||||||| || ||| |||||||    
T  5156191 gcagctcggtcaaggttcccttcatgaccagcgaggagaatcagtttattgaagcttatggtggctttaaagttcttcgtcttccgtataaaaaaggcaa 5156290  T
Q  387 tgatgagcgt 396  Q
     ||| |||||    
T  5156291 agataagcgt 5156300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 318
Target Start/End: Original strand, 5160008 - 5160251
Alignment:
Q  74 ttgatactgatttgaaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggctt 173  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||  |   | |     
T  5160008 ttgatattgttttgaaggctattgaagtgactaaagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggccttattaaagaacttcttcctctaagatc 5160107  T
Q  174 agttcacagcttaacgagtctaatctttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgacc-gtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattt 272  Q
    |||| | || ||||| || || |||||||| |||||||| || || |||||||  ||| |  ||   |||||||  ||| |||||||| |||||||||||    
T  5160108 agttgataggttaaccagactcatctttgctaatgcactctactttaaaggagcatgg-agtgataagtttgatgtttcgaaaacgaaagactatgattt 5160206  T
Q  273 tgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagc 318  Q
    | ||||| | ||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5160207 tcaccttttgaatgg-agctcagtcaaggttcccttcatgaccagc 5160251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 45884089 - 45883842
Alignment:
Q  112 gtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctttgcaaatgcac 211  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |  |||||   || || | |||| ||| |||||| || || || ||||| ||||||     
T  45884089 gtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggtcttattaaagaaattctttctccagggtcagttaacaacttaaccagactcatatttgctaatgcat 45883990  T
Q  212 tatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttat 311  Q
    | || || || ||||  ||| | | |||||||||| |||| ||||| ||  |||| |||||| |  |||  ||||| |  ||||| || |||||||| ||    
T  45883989 tgtactttaagggagcatggaatcaaccgtttgatccttcgaaaacaaaatactacgattttcatattcataatggtagttcagtcaaagttcccttcat 45883890  T
Q  312 gaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagt 359  Q
    |||||||||||| ||||| || || ||  |||||||||||||||||||    
T  45883889 gaccagcaagaaagatcaatttattagagcttttgatggttttaaagt 45883842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 46549346 - 46549299
Alignment:
Q  107 aagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaa 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  46549346 aagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggtcttattaaaa 46549299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 46526627 - 46526508
Alignment:
Q  263 actatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttct 362  Q
    ||||||||||| ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||   || || ||||||  ||| |||||||| ||||| ||    
T  46526627 actatgattttcacctt-taaatggcagctcagtcaaggttcccttcatgaccagcgagaatagacaatttatcagtgttttcgatggtttcaaagtact 46526529  T
Q  363 tggtcttccttacaaacaagg 383  Q
      |||||||||| || |||||    
T  46526528 ccgtcttccttataagcaagg 46526508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 46526784 - 46526740
Alignment:
Q  107 aagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttatta 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  46526784 aagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggccttatta 46526740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 163
Target Start/End: Original strand, 46479537 - 46479612
Alignment:
Q  88 aaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttc 163  Q
    ||||||| ||||||||   | |||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||||    
T  46479537 aaggctgttgaagtgaccaatgaagtgaattcatgggctgaaaaagagacaaatggccttattaaagaacttcttc 46479612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 88 - 163
Target Start/End: Original strand, 46497692 - 46497767
Alignment:
Q  88 aaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttc 163  Q
    ||||||| ||||||||   | ||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||| | |||||||    
T  46497692 aaggctgttgaagtgaacaatgaagtgaatttatgggctgaaagagagacaaatggtcttattaaagaacttcttc 46497767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 265 - 320
Target Start/End: Original strand, 51943814 - 51943869
Alignment:
Q  265 tatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaa 320  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51943814 tatgattttcaccttctaaatggtagctcagtcaaggttcccttcatgaccagcaa 51943869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 4614198 - 4614128
Alignment:
Q  107 aagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagtt 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | || |||||||| |||| ||| |||| ||||    
T  4614198 aagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaacggtttaataaaaaatctacttccacccggctcagtt 4614128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 152
Target Start/End: Original strand, 45902723 - 45902765
Alignment:
Q  110 aagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaa 152  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  45902723 aagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaatggccttattaa 45902765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 107 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 4581781 - 4581748
Alignment:
Q  107 aagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4581781 aagaagtgaatttatgggctgaaaaagagacaaa 4581748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 199 - 383
Target Start/End: Original strand, 16025339 - 16025523
Alignment:
Q  199 tttgcaaatgcactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaa 298  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| || ||| | | || ||||||| ||||  |||| || |||||||||||| || |||| |||||||||  | | |    
T  16025339 tttgctaatgcactttactttaaaggggtgtgggatcaacagtttgatgcttcggaaacaaaagactatgattttcacattctgaatggcaacgtaatca 16025438  T
Q  299 aggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaagg 383  Q
    | |||||||| |||||||||||  | ||||| || ||  || |||| |||| ||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||    
T  16025439 aagttcccttcatgaccagcaacgaggatcaatttatttgtgctttcgatgatttcaaagtacttcgtcttccatacagacaagg 16025523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Original strand, 45902876 - 45902936
Alignment:
Q  263 actatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaa 323  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  45902876 actataatttttaccttctaaatggtagctcagtcaaggttcccttcatgaccagcgagaa 45902936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 384
Target Start/End: Original strand, 15555780 - 15556055
Alignment:
Q  109 gaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctttgcaaatg 208  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||    || ||||||| || |  ||  |||||||||| || || |||||||||||||    
T  15555780 gaagtcaattcatgggttgaaaaggagacaaatggccttattaaaggagttattcaaccagggtcggtcaacagcttaaccagactcatctttgcaaatg 15555879  T
Q  209 cactatatttcaaaggagtttggcaacgaccgtttgatacttcaaaaacgaaggactatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctt 308  Q
    |||| || || |||||| | ||| | |    ||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |||| | |||||||| ||    
T  15555880 cactgtactttaaaggactatggtatcagaagtttgatgcttccaaaacgaaagactatgattttcaccttctcaatggtagctcactcaaggttccgtt 15555979  T
Q  309 tatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttggtcttccttacaaacaaggc 384  Q
    ||||| ||||||  | ||||| |  ||  || ||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||| |||||||||    
T  15555980 tatgagcagcaaagaggatcaatatattggtgcttttgatggtttcaaagtactttgtcttcattataaacaaggc 15556055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 263 - 395
Target Start/End: Original strand, 35162361 - 35162493
Alignment:
Q  263 actatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttct 362  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||| ||||| | |||   ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||    
T  35162361 actatgattttcaccttctgaatggaagctcagtcaaggttcccttcatgactaccaaccttgatcagtttattagagcttttgatggttttaaagttct 35162460  T
Q  363 tggtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcg 395  Q
    | |||||||||| || ||||| || ||||||||    
T  35162461 tcgtcttccttataagcaaggaaaagatgagcg 35162493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 265 - 395
Target Start/End: Original strand, 35155342 - 35155472
Alignment:
Q  265 tatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttg 364  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||    |||||| || || ||  |||||||||||||||||||||||     
T  35155342 tatgattttcaccttctgaatggcagctcagtcaaggttcccttcatgaccagcagccttgatcaatttattagagcttttgatggttttaaagttcttc 35155441  T
Q  365 gtcttccttacaaacaaggcaatgatgagcg 395  Q
    ||||||| || || ||||| || ||||||||    
T  35155442 gtcttccgtataagcaaggaaaagatgagcg 35155472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 84 - 155
Target Start/End: Original strand, 35155161 - 35155232
Alignment:
Q  84 tttgaaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaa 155  Q
    ||||||||||  ||||||||   |||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||    
T  35155161 tttgaaggctattgaagtgactaaagaagtgaatttatgggctaaaaaagagacaaatggccttattaaaaa 35155232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 163
Target Start/End: Original strand, 35162205 - 35162261
Alignment:
Q  107 aagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttc 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| | |||||||    
T  35162205 aagaagtgaatttatgggctgaaaaagaaacaaatggccttattaaagaacttcttc 35162261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 265 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 9692919 - 9692810
Alignment:
Q  265 tatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttcttg 364  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||   ||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||     
T  9692919 tatgattttcaccttccgaatggcagctcagtcaaggttccttttatgagcagcaaccttgatcagtttattagagcttttgatggttttaaagttcttc 9692820  T
Q  365 gtcttcctta 374  Q
    ||||||||||    
T  9692819 gtcttcctta 9692810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 263 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 9675899 - 9675788
Alignment:
Q  263 actatgattttgaccttctcaatggcaactcagtaaaggttccctttatgaccagcaagaatgatcagttgatcagttcttttgatggttttaaagttct 362  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||| || |||   ||||||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||    
T  9675899 actatgattttcaccttctgaatggcagctcagtcaaagttccctttatgagcaccaaccttgatcagtttattagagcttttgatggttttaaagtgct 9675800  T
Q  363 tggtcttcctta 374  Q
    | |||| |||||    
T  9675799 ttgtctccctta 9675788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 105 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 21464551 - 21464429
Alignment:
Q  105 agaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttcaacctggcttagttcacagcttaacgagtctaatctttgca 204  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |||||||| |||| |||||  | | || | || ||||| |  || || ||||||    
T  21464551 agaagaagcaaatttatgggctgaaaaagagacaaatggtcatatcaaaaatctacttccacctgagtcatttaatagtttaaccaaccttatatttgca 21464452  T
Q  205 aatgcactatatttcaaaggagt 227  Q
    ||||||||||| || ||||||||    
T  21464451 aatgcactatactttaaaggagt 21464429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 163
Target Start/End: Original strand, 20358872 - 20358951
Alignment:
Q  84 tttgaaggctgatgaagtgagagaagaagtgaatttatgggctgaaaaggagacaaaagggcttattaaaaatcttcttc 163  Q
    |||||||| || |||||||| | || |||||||||||||| ||||||| |||||||  || ||||||||| | |||||||    
T  20358872 tttgaaggttgttgaagtgacaaaaaaagtgaatttatggtctgaaaaagagacaattggccttattaaagaacttcttc 20358951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University