View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6063_low_9 (Length: 481)

Name: NF6063_low_9
Description: NF6063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6063_low_9
NF6063_low_9
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (19-475)||(49208599-49209055)
chr3 (19-475)||(49213439-49213895)
chr3 (19-414)||(49188586-49188981)
chr3 (19-475)||(49203424-49203879)
chr3 (19-475)||(49192322-49192778)
chr3 (82-243)||(29622865-29623026)
chr3 (327-413)||(29622726-29622814)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-475)||(51825107-51825563)
chr1 (19-475)||(32591771-32592227)
chr1 (19-475)||(31527704-31528160)
chr1 (19-418)||(37031097-37031496)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (21-367)||(26756967-26757313)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 449; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 49208599 - 49209055
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208599 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaattggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 49208698  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49208699 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacaagttcattaacgtgattggagagt 49208798  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208799 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 49208898  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208899 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 49208998  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208999 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 49209055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 49213439 - 49213895
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||    
T  49213439 gcacatccaccaattgcttaacattcgcattataaatcaataacccgaattgattcaactcaagttgaactttatcaaatacttcttgtttaaactgttt 49213538  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  49213539 tgttcctctgaaaacctcctccatagtcatggaggcagctaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacaagttcattaacatgattggagtgt 49213638  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
     ||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  49213639 ctatcatggggtgaaataagtttggcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccgatagtgaagacagcagggagaacgaaagggagtt 49213738  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||  ||    
T  49213739 tttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgaaaggtcgaagaccgtgcatgattgaccggggaaaatccatgctttcttttggag 49213838  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
     ||||  ||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||    
T  49213839 ttttatgtcgtcgattccggcaccagttatagcaagatattctgatgcttttgctac 49213895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 19 - 414
Target Start/End: Original strand, 49188586 - 49188981
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||    
T  49188586 gcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcaaatacttcttgtttaaactgttt 49188685  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49188686 cgttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagtgt 49188785  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
      ||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  49188786 cgatcatgaggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacggcggggagaacaaaaggaagtt 49188885  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttctttt 414  Q
    | || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49188886 tctcggcactcatagcttgaacttcaaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagtgcaggattgaccgggaaaaatccatgctttctttt 49188981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 49203424 - 49203879
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||    
T  49203424 gcacatccaccaattgcttaacatttgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaata-ttcttgtttaaactgttt 49203522  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
     ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  49203523 cgttcctctgaaaacctcctccatggtcatggaagcagccagtacacgtgtttccccttcaatgattccttgaacaagttcattaacatgattggagagt 49203622  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
      |||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| ||||    
T  49203623 cgatcatgtggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaatagtgaaaacggcagggagaacaaaaggaagtt 49203722  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  49203723 tctcggcactcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacggagcaggactgaccgggaataatccatgctttctttgcaag 49203822  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
     ||||  || |  ||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203823 ttttatgtctttgatgagaatacctgttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 49203879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 49192322 - 49192778
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||| || || || |||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||| | ||| |||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  49192322 gcacatcaactaactgtttaacattagcattgtaaatcaataaaccgaattggtttagttcgagttgaacttttccaaatacttcttgtttaaactcttt 49192421  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  49192422 tgttcctctgaaaacctcttccatggtcattgatgcagcgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttccttaacatgattggagagt 49192521  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
    ||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||    
T  49192522 ttatcgtgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccgatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtt 49192621  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    | || || ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| | | |||||||||| || | |||||||||||||||| | ||    
T  49192622 tctctgcgctcattgcttgaacttcaaaggtgtaatttacaggtgagaggtcgaagacggagtaggattgaccgggtagaatccatgctttctttgcgag 49192721  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
    |||||  || |  ||||||   || |||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  49192722 ctttatgtctttgattccgattccggttatcacaaggtattgtgatgcttttgctac 49192778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 82 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 29623026 - 29622865
Alignment:
Q  82 gttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgat 181  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||| ||||||| ||||||||    
T  29623026 gttgaactttcttgaatacttcttgtttaaactcttctgttcctctaaaaacctcttccatagtcatggaagctgcgaggacatgtgtctcaccttcgat 29622927  T
Q  182 gattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagtttatcatgaggggaaattagtttgg 243  Q
    | |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  29622926 gtttccctgaacaagttcattgacgtgatttgagagtttatcgtgtggggaaattagtttgg 29622865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 327 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 29622814 - 29622726
Alignment:
Q  327 ctcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtg--agaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttt 413  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |  |||| ||| |||| |||||||    
T  29622814 ctcattgcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagagaggtcgaagacggtgcaggattgcctgggaagaattcatgatttcttt 29622726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 51825107 - 51825563
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  51825107 gcacgtccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaaactcttt 51825206  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||    
T  51825207 tgttcctttgaaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcaatgattccttgaacgagttccttgacgtggttcgagagt 51825306  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  51825307 ttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcgtgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagaccgcaggaagaacgaaaggcagtt 51825406  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||||| ||||||| ||||    
T  51825407 tttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtggaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgcaag 51825506  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
     || |  || || |||||||| || |||| ||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  51825507 tttgatgtcttcgattccggctccggttaacaccaggtactcggatgcttttgctac 51825563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 32592227 - 32591771
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  32592227 gcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccgaattggtttagttcgagttgaactttctcgaatacttcttgtttaaactcttt 32592128  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||    
T  32592127 tgttcctctgaaaacctcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctccccttcaatgattccttgaacgagttccttgacatgattcgagagt 32592028  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||    
T  32592027 ttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcatcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagtt 32591928  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| ||||| ||||||| ||||    
T  32591927 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtatagttcaccggtgagaggtcgaagacggtgcaagattgaccagggaaaacccatgatttctttgcaag 32591828  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
     || |  || || ||||| || || |||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  32591827 tttgatgtcttcgattccagctccggttatcaccaggtactcggatgcttttgctac 32591771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 31527704 - 31528160
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || || ||||| | ||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||||    
T  31527704 gcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataacccaaattggtttagttcgagttgaactttcttgaatatttcttgtttaaactcttt 31527803  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  31527804 tgttcctctgaaaacttcttccatggtcatcgaagcagcgaggacacgtgtctcaccttcgatgattccttgaacgagttccttaacgtgattcgagagt 31527903  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||    
T  31527904 ttatcatgaggggaaatcagtttagcgtatttgaggaggctttcctgatcgtcaacacgaggaccaattgtgaagacagcgggaagaacgaaaggcagtt 31528003  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||| ||||||| ||||    
T  31528004 tttcggcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggagagaggtcgaaaacggtgcaagattgaccagggaaaatccatgatttctttgcaag 31528103  T
Q  419 ctttacatcgtcaattccggcgccagttatcacaaggtattctgatgcctttgctac 475  Q
     || |  || || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||||||||    
T  31528104 tttgatgtcttcgattccggctccggttatcaccagatactcggatgcttttgctac 31528160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 418
Target Start/End: Original strand, 37031097 - 37031496
Alignment:
Q  19 gcacatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  37031097 gcacatccaccaattgcttaacattcgcattgtaaatcaataatccgaattgattcaactcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaactgttt 37031196  T
Q  119 tgttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagt 218  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  37031197 tgttcctctgaaaacctcctccatcgtcatggaagcagcgaggacacgtgtctccccttcgatgattccttgaacaagttcattaacatgattggagtgt 37031296  T
Q  219 ttatcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtt 318  Q
     || |||| || ||||| |||||||| |||||||| |||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| ||||    
T  37031297 ctagcatgcggtgaaataagtttggcgtatttgagaaggctttccttatcatccacacgaggaccaatagtgaagacagcggggagaacaaaaggaagtt 37031396  T
Q  319 tttcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagaggtcgaagacagtgcaggattgacctggaaaaatccatgctttcttttcaag 418  Q
    | || || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  37031397 tctccgcgctcatagcttgaacttcgaaggtgtagtttaccggtgagaggtccaagacagagcaggattgaccgggaagaatccatgctttctttgcaag 37031496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 367
Target Start/End: Original strand, 26756967 - 26757313
Alignment:
Q  21 acatccaccaattgcttaacattggcgttgtaaatccataatccgaactggttcaattcaagttgaactttgtcgaatacttcttgtttaaattcttttg 120  Q
    ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||||||  |||| ||| ||||||||||| | ||||||||||| | |||| |||||||    
T  26756967 acatctaccaattgcttaacattcacattgtaaatcaataacccgaactaattcagttcgagttgaactttcttgaatacttcttttataaactcttttg 26757066  T
Q  121 ttcctctgaaaacctcttccatcgtcattgaagcaacgaggacacgtgtctcgccttcgatgattccttgaacgagttcattaacgtgattggagagttt 220  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  26757067 ttcctctgaagacctcttccatagtcatggaagcagcgaggacacgtgtctcgctttcgatgattccttgaacaagttcattaacgtgattggagtgtct 26757166  T
Q  221 atcatgaggggaaattagtttggcatatttgaggaggctttcgtaatcgtcaacacgaggaccgattgtgaagacggcagggaggacgaaagggagtttt 320  Q
    ||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||| ||||| |||||||||    
T  26757167 atcatgctgtgaaattagtttggcgtatttgagaaggctttcatgatcgtccacacgaggacctatagtgaacacagcggggagaacgaatgggagtttt 26757266  T
Q  321 tcagcactcatggcttgaacttcgaaggtgtagttcaccggtgagag 367  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  26757267 tcagcactcattgcttgaactttgaaggtgtagtttactggtgagag 26757313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University