View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6075_high_1 (Length: 809)

Name: NF6075_high_1
Description: NF6075
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6075_high_1
NF6075_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-788)||(8584856-8585626)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 8585626 - 8584856
Alignment:
Q  18 cagagatcgacactggagcaccattcaagtctgttaaagaagctgttcttttgtttggagaaagagtcttagttggagaaatttatgccaacaagctcaa 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8585626 cagagattgacactggagcaccattcaagtctgttaaagaagctgttcttttgtttggagaaagagtcttagttggagaaatttatgccaacaagctcaa 8585527  T
Q  118 agaggttctcatttttctctttctattcatgcctccattcatcaagttatattgttattgatatgtaaccaagtgtatgtttggattcacggtgatattg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8585526 agaggttctcatttttctctttctattcatgcctccattcatcaagttatattgttattgttatgtaacgaagtgtatgtttggattcacggtgatattg 8585427  T
Q  218 acagaatcaaagcgacacattataattttacactttagagcttaacaaaatcacgatatcactacaattttgtcaaactcactgctcatccaaacatgca 317  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8585426 acagaatcaaagtgacacatcataattttacactttagagcttaacaaaatcacgatatcactacaattttgtcaaactcactgcttatccaaacatgca 8585327  T
Q  318 ttgagactggtcaatgaactttagttactcatgtgtttgtagtatatattttatgaattattttcaattttagaaccatcatttgttgacgaatgcatgg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8585326 ttgagactggtcaatgaactttagttactcatgtgtttgtagtatatattttatgaattattttcaattttagaaccatcatttgttgtcgaatgcatgg 8585227  T
Q  418 cgcaactcatcaatgaggtttgaaattgaagagagtgtatatatagtttgattaattttcttatgattatgcatgtgaaatgattaagatgcaaaatgaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8585226 cgcaactcatcaatgaggtttgaaattgaagagagtgtatatatagtttgattaattttcttatgattatgcatgtgaaatgattaagatgcaaaatgaa 8585127  T
Q  518 gcaagcgagactggtcatgcacaatccaaagctggagcattagcagctgagctagaagaaacaaagcaaaaacttgaaggatcaaaagaagaagctaact 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8585126 gcaagcgagactggtcatgcacaatccaaagctggagcattagcagctgagctagaagaaacaaagcaaaaacttgaaggatcaaaagaagaagctaact 8585027  T
Q  618 tcttagcacaatgcatcaaatccctcaagaaagaacttgagcaaacaaagaaagaattggaagaaacaaaggcaagagagttgaagttgcttcaacgacg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8585026 tcttagcacaatgcatcaaatccctcaagaaagaacttgagcaaacaaagaaagaattggaagaaacaaaggcaagagagtggaagttgcttcaacgacg 8584927  T
Q  718 tgatattccagagacaaacgaagacatcaagttcatcgcgaacggaaccaatgtggaaatcaaaacccaaa 788  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8584926 tgatattccagagacaaacgaagacatcaagttcattgcgaacggaaccaatgtggaaatcaaaacacaaa 8584856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University