View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6076_low_1 (Length: 921)

Name: NF6076_low_1
Description: NF6076
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6076_low_1
NF6076_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-904)||(43408095-43408981)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 816; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 816; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 904
Target Start/End: Original strand, 43408095 - 43408981
Alignment:
Q  23 aatggaatgcactgctccagcagcaaatcatgatgatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggt 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408095 aatggaatgcactgctccagcagcaaatcatgatgatcagcaggaaagtggttttgttgttgggaagagatggtggattgggcctagggcaaatccaggt 43408194  T
Q  123 ccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttgctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtac 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408195 ccaacaacatctgtcaaagaaagattagtggttgctgttggttacttaaaagagtacacaaagaactcatccaacaacgtccttattcagatatgggtac 43408294  T
Q  223 ctatgaggaggagatcagccctaattcacactcaaaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttca 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408295 ctatgaggaggagatcagccctaattcacactcaaaaccactaccttcagcaggagtcatcatctgcacctgtttctgtgaatccaaacatgaacgttca 43408394  T
Q  323 tgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgtcatcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggaca 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408395 tgttcgtttctttagaagccatgactatccgcgtcatcagcagcaacagcaatatggatctcttctagcacttccagtttttgagagaggaagtgggaca 43408494  T
Q  423 tgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgaggtatatatgtttg 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||    
T  43408495 tgccttggtgttattgagtttgttatctccaatcaaaccctcatcaattaccgtccacaacttgatcatctctctaatgctcttgagg----tatgtttg 43408590  T
Q  523 ttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtag 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408591 ttacttcttcttgaaattaaattaacaaatgttagaaacatacatgagattgaatatggatccatcttttgctgatgcaggctgttgattttagaagtag 43408690  T
Q  623 tcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggta---agcaaaca---atcatcagatcatagtactggatttgattaaatcaacaaaaactaaataaaa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  43408691 tcacaacatgaatatcccacaagcagtaaaggtaattagcaaacaatcatcatcagatcatagtactggatttgattagatcaacaaaaactatataaaa 43408790  T
Q  717 ttgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagccgtgaacgagataatggaagtgttggcttcagtgtgcaa 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  43408791 ttgtttctaaaaatgatatgataatgaataattaggtatttgaagagctatatgaagcagcggtgaacgagataatggaagtgttggcgtcagtgtgcaa 43408890  T
Q  817 gacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcct---acaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgt 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43408891 gacgcacaatttaccattagcactaacatgggctccttgcctacaacaacaacaaggaggaggaaagggaagtagtggtgcatcaggttgt 43408981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University