View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6081_high_1 (Length: 819)

Name: NF6081_high_1
Description: NF6081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6081_high_1
NF6081_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (6-805)||(37661892-37662691)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 37662691 - 37661892
Alignment:
Q  6 aggaggagcagagattgtagcagaaccataaccaaaacttgatgaatctttcagaatcccttcaagaacagaatgcaatgcagttgaaaatgaagaatac 105  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662691 aggaggagcaaagattgtagcagaaccataaccaaaacttgatgaatctttcagaatcccttcgagaacagaatgcaatgcagttgaaaatgaagaatac 37662592  T
Q  106 ccttttgaaccaagtaactgaacaaccttgttccattcaacaaagttcttgaaatcaccaacttcatatgttgaatttgtcttgaatgaaggacaagttg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  37662591 ccttttgaaccaagtaactgaacaaccttgttccattcaacaaagttcttgaaatcaccaacttcatatgttgaattggttttgaatgaaggacaagttg 37662492  T
Q  206 gtgaacgaatgaaatcagaaccaccttgtaaaacttcacgttgcaaagaagaaaaaggtccaagaacaccatgaatgttgaattcttcaccaagaaacat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662491 gtgaacgaatgaaatcagaaccaccttgtaaaacttcacgttgcaaagaagaaaaaggtccaagaacaccatgaatgttgaattcttcaccaagaaacat 37662392  T
Q  306 atcaggctttgatatcaaaacatggttgatctcaactgttttttgcaaagtatcaaccttagtgagtgatgcattcttttggcgaaaaagggttgtttcg 405  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662391 atcagggtttgatatcaaaacatggttgatctcaactgttttttgcaaagtatcaaccttagtgagtgatgcattcttttggcgaaaaagggttgtttcg 37662292  T
Q  406 caagttccttgtgacttgtttaagagttgttgcatggtgagtttggtagtgaaagtgtgatacattagaagacttttgaggaaccaaagagggagtgagg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662291 caagttccttgtgacttgtttaagagttgttgcatggtgagtttggtagtgaaagtgtgatacattagaagacttttgaggaaccaaagagggagtgagg 37662192  T
Q  506 tgtttttgatagcagaatctttgatggcaaagaaagttgagtttttaggtggaagaaagaatggtggtgaacgatgaagaagatcagccataagaacaaa 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37662191 tgtttttgatagcagaatctttgatggcaaagaaagttgagtttttaggtggaagaaagaatggtggtgaacgatgaagaagatcagccataagaacaaa 37662092  T
Q  606 accttgttttttgagtgcttctgttgcgtttgttgagagtgtgtgagtttgtggagggatttcttgaggggaggatttggaatttgagtgtattgctgaa 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  37662091 accttgttttttgagtgcttctgttgcgtttgttgagagtgtgtgagtttgtgatgggattacttcaggcgaggatttggaatttgagtgtattgctgag 37661992  T
Q  706 gtgattgctatgacaccaagtgctacagatgctatgaagtagattggaaaccaacaccaacatgaatatgatgaagccatgtttgagttttgatgaatgt 805  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37661991 gtgatagctatgacaccaagtgctacagatgctatgaagtagattggaaaccaacaccaacatgaatatgatgaagccatgtttgagttttgatgaatgt 37661892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University