View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6081_high_2 (Length: 353)

Name: NF6081_high_2
Description: NF6081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6081_high_2
NF6081_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-343)||(8522621-8522963)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-343)||(25523264-25523606)
chr6 (89-343)||(24140436-24140690)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-343)||(11117666-11118003)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-346)||(34233020-34233365)
chr5 (1-332)||(34240807-34241138)
chr5 (1-336)||(42128392-42128727)
chr5 (1-336)||(42117250-42117585)
chr5 (1-334)||(41713797-41714130)
chr5 (6-331)||(42123003-42123328)
chr5 (1-286)||(41572306-41572591)
chr5 (1-286)||(41617945-41618230)
chr5 (222-319)||(41444084-41444181)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-331)||(12247957-12248287)
chr2 (126-331)||(11994642-11994847)
chr2 (184-343)||(32682146-32682311)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 295; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Original strand, 8522621 - 8522963
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522621 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgaggtatttctcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 8522720  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8522721 actgttaagattggttaattccaaaggaatcacatcggttaacatatttgaggaaagatccaaagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttggga 8522820  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  8522821 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatctttggaatctcgccttcaaatttgtttcttgaca 8522920  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcat 343  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  8522921 aatcaataattacaaagttgtttggaattttcactagtttcat 8522963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 171; Significance: 9e-92; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 25523606 - 25523264
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    |||||| ||||||| | | | ||||||||||||| || |||||||||    
T  25523606 ccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtgttgaattgctttcctctaggtatttctcccaccaaatggttattggaaagattcatgacttcaag 25523507  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |  ||| | ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25523506 aaagtttaaattggttaattccgcaggaatcacaccggttaacatattcagggaaagatccagagattccaagtatgtcaagtttcctatggatttggga 25523407  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  25523406 atatgaccggtaagtctgttgtgggaaaggttaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaaa 25523307  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcat 343  Q
    ||||||||  ||||||  |  ||||||||||||||| ||||||    
T  25523306 aatcaatagatacaaactttattggaattttcaccaatttcat 25523264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 89 - 343
Target Start/End: Original strand, 24140436 - 24140690
Alignment:
Q  89 caagacttcaagaccgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcct 188  Q
    |||||||||||||| ||| | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||     
T  24140436 caagacttcaagactgttcatattggttaattccgaaggaatcacgccggttaacatatttgatgaaagattcaaagattccaagtatgtcaactttccg 24140535  T
Q  189 atggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaatt 288  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| || |||   ||||||||||||||||||||||    
T  24140536 atggattggggaatatgaccagtaagtctgttatgggaaaggttaatccctttgagtgcatgaagctctccgatagcatttggaatctctccttcaaatt 24140635  T
Q  289 ggtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcat 343  Q
     ||||||||||| ||| ||| |||||||  | |||||||||||||||||| ||||    
T  24140636 tgtttcttgacatatcgatacttacaaacttttttggaattttcaccagtgtcat 24140690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 343
Target Start/End: Original strand, 11117666 - 11118003
Alignment:
Q  6 tttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgt 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |     
T  11117666 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 11117765  T
Q  106 taagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatg 205  Q
      | ||| ||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  11117766 ccaaattggttaattctgcaggaatcacactggttaacatatttgatgaaagatccaaagattccaagtatgccaagtttcctatggagttgggaatatg 11117865  T
Q  206 acctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgacaaatca 305  Q
    ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11117866 accagtaagtctgttacgggaaagattaagccctttgagtgcatgaagctctccaatagcatttgtaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatca 11117965  T
Q  306 ataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcat 343  Q
    ||| |||| ||  |  ||||||||||||||||| ||||    
T  11117966 atacttactaactttattggaattttcaccagtgtcat 11118003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 34233365 - 34233020
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34233365 ccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaag 34233266  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    || ||| | ||| ||||||||   |||||||| ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||    
T  34233265 actgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgagga 34233166  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| || || |||   ||||||||  |||| | ||| | ||||||||| |    
T  34233165 ataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgaga 34233066  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcatatt 346  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||||| |||| | |||||||    
T  34233065 aatcaatacttacaaagtttattggaatttttaccaatgtcatatt 34233020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 34241138 - 34240807
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  34241138 ccaagttccctttataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattggaaagatccaagacttcaag 34241039  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    || ||| | ||| ||||||||   |||||||| ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||||||  |||    
T  34241038 actgttcaaattggttaattctgcaggaatcataccagtgagcatatttgacgagagatccaacgattccaagtttgtcaagttttgtatggattgagga 34240939  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| || || |||   ||||||||  |||| | ||| | ||||||||| |    
T  34240938 ataggaccagtgagtctgttatgtgaaaggttaagccctttgagtgcgtgaagttctcctatatcatttggaattcctccattaaacttgtttcttgaga 34240839  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttc 332  Q
    |||||||| ||||||| ||  |||||||||||    
T  34240838 aatcaatacttacaaacattgttggaattttc 34240807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 42128392 - 42128727
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||| ||| | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  42128392 ccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaattgcggtccttgaggtatttctcccactagatggttatttgaaagatctaagacttcaag 42128491  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |      | |||  |||||||   |||||||||| | || | || |||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  42128492 aaaacccaaattgcttaattctgcaggaatcacatcagtgagcacatttgatgagagatccaaccattccaagtttgtcaagtttcccatggattttgga 42128591  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    ||| | ||  | ||| |||||||||||||||| || ||||| | ||||||||||||||||| |   |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  42128592 atagggccaatgagtttgttatgggaaaggttgagtcctattagtgcatgaagctcaccaaaatcatttggaatatctccttcaaatttgtttcttgaca 42128691  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcacca 336  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42128692 aatcaataattacaaagatatttggaattttcacca 42128727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 42117250 - 42117585
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||||| ||| |||    | || ||||||  |||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| |||    
T  42117250 ccaagtttcctttgtaggaatcatttggaaatgtatcgaagtgcggctcttgaggtatttttcccactagatggttattggaaagattcaagacttgaag 42117349  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |  ||  | ||| ||||||||   ||| |||| |||||| | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||||||| |||||||| |||    
T  42117350 aaagtctaaattggttaattctgcagggatcataccggtaagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttgacaagtttcccatggatttggga 42117449  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||||||   |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  42117450 atatgaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgcatggaggtctccaatagcatttggaatctctccctcaaatttgttttttgaca 42117549  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcacca 336  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42117550 aatcaataattacaaaaatgtttggaattttcacca 42117585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 41714130 - 41713797
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41714130 ccaagtttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttattagaaagatccaagacttcaag 41714031  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |  ||  | ||| ||||| |  | |||||||  ||| || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||  |||    
T  41714030 aaagtccaaattggttaactttacaggaatccgaccagtgagcatatttgacgagagatccaatgattccaagtttatcaagtttcccatggattgggga 41713931  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    || ||||| || ||| ||||||  ||||||||||||||| |||   |||||||||| |||||||  | ||||||||| || |||||||  |||||||| |    
T  41713930 atgtgaccagtgagtttgttatatgaaaggttaagccctttgagatcatgaagctctccaataacatctggaatctccccatcaaatttatttcttgaaa 41713831  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaattttcac 334  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  41713830 aatcaatacttgcaaagatttttggaattttcac 41713797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 331
Target Start/End: Original strand, 42123003 - 42123328
Alignment:
Q  6 tttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaagaccgt 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| | ||||| |||| ||| ||||||||||||  |     
T  42123003 tttccttcataggaatcatttgtaaatgtattgaactgctttccttgaggtatttctcccacaagatggttatttgaaatatctaagacttcaagaaagc 42123102  T
Q  106 taagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatg 205  Q
      | ||| |||| |||   |||||||||| | || | ||||||||| || ||||||||  ||||||||| || ||||| ||| || ||||  |||||| |    
T  42123103 ccaaattggttagttctgcaggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccaaccattccaagtttgacaagtatccaattgattggggaatagg 42123202  T
Q  206 acctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgacaaatca 305  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  42123203 accattgagtctgttatgggaaaggttaagccctatgagtgcatgtagctttccaatagcatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacatatca 42123302  T
Q  306 ataattacaaagatgtttggaatttt 331  Q
    ||| |||||||  | |||||||||||    
T  42123303 atacttacaaacttttttggaatttt 42123328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 41572591 - 41572306
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| |||     
T  41572591 ccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 41572492  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||| || |  |||||||| |||||||||||  |||||| || || ||||||||||| |||||  |||    
T  41572491 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 41572392  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaa 286  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  41572391 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaa 41572306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 41618230 - 41617945
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    |||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| | ||||  ||||||| ||| ||| |||     
T  41618230 ccaagtttccttcatatgagtcattggaaaatgtattgaactgttttccttgaggtatttctcccactagatggttatgagaaagattcaatactccaat 41618131  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |||||| |||||  |||||||  ||||||| ||||| || |  |||||||| |||||||||||  |||||| || || ||||||||||| |||||  |||    
T  41618130 accgttcagattgattaattctgaaggaattacaccagtgagtatatttgacgaaagatccaatgattccatgtttgacaagtttcctacggattgagga 41618031  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaa 286  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  41618030 ataggaccggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctttgagtgagtgaagctccccaataacattcagaatctctccttcaaa 41617945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 222 - 319
Target Start/End: Original strand, 41444084 - 41444181
Alignment:
Q  222 tgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgacaaatcaataattacaaagat 319  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
T  41444084 tgggaaaggttgagtcctatgattgcatgaagctcaccaataacatttggaatgtctccttcaaatttgtttcctgaaaaatcaatacttacaaagat 41444181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 111; Significance: 6e-56; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 331
Target Start/End: Original strand, 12247957 - 12248287
Alignment:
Q  1 ccaagtttccttcataagaatcatttgtaaatgtattgaattgctttccctgcggtattactcccacaagacgattattggaaagatccaagacttcaag 100  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| | ||| || |||||  | |||||| ||||||| ||| | ||||||||||  || || ||| ||||    
T  12247957 ccaagtttcctacatatgaatcatttgaaaatgtctcgaactgttttcctcgaggtatttctcccactagatggttattggaaaagtctaaaactgcaag 12248056  T
Q  101 accgttaagattagttaattccaaaggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcgga 200  Q
    |  |   | ||| |||||||     ||||||||| | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  12248057 aaagcccaaattggttaattttgctggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttggga 12248156  T
Q  201 atatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgaca 300  Q
    ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12248157 ataggaccaatgagtctgttatgggaaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgaca 12248256  T
Q  301 aatcaataattacaaagatgtttggaatttt 331  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12248257 aatcaataattactaagatgtttggaatttt 12248287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 126 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 11994847 - 11994642
Alignment:
Q  126 ggaatcacaccggttaacatatttgaggaaagatccaaaaattccaagtatgtcaagtttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatggg 225  Q
    ||||||||| | || | ||||||||| || |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| ||||  | |||||||||||||    
T  11994847 ggaatcacatcagtgagcatatttgatgagagatccagccattccaagtttgtcaagtttcccatggatttgggaataggaccaatgagtctgttatggg 11994748  T
Q  226 aaaggttaagccctatgattgcatgaagctcaccaataatgtttggaatctctccttcaaattggtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttgg 325  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11994747 aaaggttaagccctataagtgcttgaagctcatcaataacatttggaatctctccttcaaatttgtttcttgacaaatcaataattactaagatgtttgg 11994648  T
Q  326 aatttt 331  Q
    ||||||    
T  11994647 aatttt 11994642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 184 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 32682311 - 32682146
Alignment:
Q  184 ttcctatggatttcggaatatgacctgtaagtctgttatgggaaaggttaagccctatgatt------gcatgaagctcaccaataatgtttggaatctc 277  Q
    |||| |||||||  ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  32682311 ttcccatggattggggaatatgatcggtgagtctgttatgggaaaggttaagccctctgattctgagtgcatgaagctccccaatagcatttggaatctc 32682212  T
Q  278 tccttcaaattggtttcttgacaaatcaataattacaaagatgtttggaattttcaccagtttcat 343  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||| ||| ||||    
T  32682211 tccttcaaatctgtttcttgacaaatcaatacttacaaagtttcttggaattttcactagtgtcat 32682146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University