View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6082_high_1 (Length: 744)

Name: NF6082_high_1
Description: NF6082
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6082_high_1
NF6082_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-734)||(37259337-37260055)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 37260055 - 37259337
Alignment:
Q  18 catctgtaacgatgcaatgcaatacattattaatatggtgattggtgaacctatatgcataaattgcagtttacattttattggttcttttgttctgtaa 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37260055 catctgtaacgatgcgatgcaatacattattaatatggtgattggtgaacctatatgcataaattgcagtttacattttattggttcttttgttctgtaa 37259956  T
Q  118 cttcacatcaccaacgcaatttacgttcattcaagcttaacctcactcacgtgatcaatttatccttttctacacgacaacggaataacgttccatataa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37259955 cttcacatcaccaacgcaatttacgttcattcaagcttaacctcactcacgtgatcaatttatccttt-ctacacgacaacggaataacgttccatataa 37259857  T
Q  218 aatacaaaaatatatatctattcagaatccgaacgtaatccaaagttaaagatgatttatgttttttggtacactattctggaatgcaattgaaatttta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37259856 aatacaaaaatatatatctattcagaatccgaacgtaatccaaagttaaagatgatttatgttttttggtacactattctggaatgcaattgaaatttta 37259757  T
Q  318 tattgtcgtcaaaccctttattaacaca-----cacaaggcctttcatattttatttacgtgggacggctcatatatcttattattattatttttacgat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  37259756 tattgtcgtcaaaccctttattaacacaacacacacaaggcctttcatattttatttacgtgggacggctcatat--cttattattattatttttacgat 37259659  T
Q  413 atgatttctttctttaatttgaatgcaccaaaaaaggtataatccataatagtaattgattccactaattaatccaatttgacttgttctctacttctcc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37259658 atgatttctttctttaatttgaatgcaccaaaagaggtataatccataatagtaattgattccactaattaatccaattttacttgttctctacttctcc 37259559  T
Q  513 ttattaccaattcctacaatcatggatggctatatatattgtcaagcatatttgtctaaagatcggacccatttaatactttatcatattctttaatttt 612  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37259558 ttattactaattcctacaatcatggatggctatatatattgtcaagcatatttgtctaaagatcggacccatttagtactttatcatattctttaatttt 37259459  T
Q  613 gttttgcctcctacccactttgtaatcaacgccaatccatataacatatgttatatgccattaaagggatgcttaaagttactaacaagtaacaaaaaca 712  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37259458 cttttgcctcctacccactttgtaatcaacgccaatccatataacatatattatatgccattaaagggatgcttaaagttactaacaagtaacaaaaaca 37259359  T
Q  713 gaatgaaacaatgccacctttg 734  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  37259358 gaatgaaacaatgccacctttg 37259337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University