View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6082_high_2 (Length: 690)

Name: NF6082_high_2
Description: NF6082
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6082_high_2
NF6082_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-675)||(32725926-32726586)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 617; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 617; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 32726586 - 32725926
Alignment:
Q  24 ggatgaggaagaagaagaaatggaaacaacaac---------aacaacgacaataaaaacgcaagaagttggtgatgattcaaaagggctaaaactagtg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726586 ggatgaggaagaagaagaaatggaaacaacaaccacaacaacaacaacggcaataaaaacgcatgaagttggtgatgattcaaaagggctaaaactagtg 32726487  T
Q  115 cacctattgatggctggcgcggaagccttaaccggttcaaccaaaaaccgtgacttagctcgagtgatattgatccggctcaaggaattagtctcacaac 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726486 cacctattgatggctggcgcggaagccttaaccggttcaaccaaaaaccgtgacttagctcgagtgatattgatccggctcaaggaattagtctcacaac 32726387  T
Q  215 atgctaacggctccaacatggagagacttgccgctcatttcaccgaagcccttcatggactactagaaggtgctgggggtgcgcataataaccaccatca 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726386 atgctaacggctccaacatggagagacttgccgctcatttcaccgaagcccttcatggactactagaaggtgctgggggtgcgcataataaccaccatca 32726287  T
Q  315 ccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccgcgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagacatgtcaccttac 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726286 ccacaacaacaacaaacattacctcaccacaaatggtccccacgacaaccaaaacgacacacttgctgctttccaactacttcaagacatgtcaccttac 32726187  T
Q  415 gtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatcatggaaggggtcc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726186 gtcaaattcggccacttcacagccaatcaagccatcatcgaagccgtggcccacgaacgccgcgtccatgtcatcgactacgatatcatggaaggggtcc 32726087  T
Q  515 aatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccggaggtcaatcgc 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32726086 aatgggcctcattaatccaatcacttgcttccaacaacaacggtccacatcttcggataaccgcattatcgcggacaggaaccggccggaggtcaatcgc 32725987  T
Q  615 caccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattt 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725986 caccgtacaagaaaccggcaggcgattaacctcctttgccgcttccctcggacaaccattt 32725926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University