View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6086_low_1 (Length: 943)

Name: NF6086_low_1
Description: NF6086
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6086_low_1
NF6086_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (21-941)||(33251595-33252510)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 814; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 814; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 941
Target Start/End: Original strand, 33251595 - 33252510
Alignment:
Q  21 aatgagacaaagtaatgtttttggtgttcgtatttagatcaatgacacatgtaatgtattgataataattgacagaca--aattaaagaacaagggagta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  33251595 aatgagacaaagtaatgtttttggtgttcgtatttagatcaatgacacatgtaatgtattgataataattgacagacacaaattaaagaacaagggagta 33251694  T
Q  119 tgtggaaattatttatgatggatggtatttattgggagttaaagtcggttaattaggaaaggaatgctctagaagttgcgcaaaaatatctaagaaacaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251695 tgtggaaattatttatgatggatggtatttattgggagttaaagtcggttaattaggaaaggaatgctctagaagttgcgcaaaaatatctaagaaacaa 33251794  T
Q  219 cattatccttattattattgttaacacgattgtagtggtgaccacggaacatgcacatgctaactctcgaatgttcttgtacaagatatttgtctttgta 318  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251795 cattatccttattattgttgttaacacgattgtagtggtgaccacggaacatgcacatgctaactctcgaatgttcttgtacaagatatttgtctttgta 33251894  T
Q  319 cttgttgcgtgagatgtggatgttttgtatgaaatgaggtaaatataatacacgtggtatagttgtggggctgagatatttttggggttggaagttttgt 418  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33251895 cttgttgcatgagatgtggatattttgtatgaaatgaggtaaatataatacacgtggtatggttgtggggctgagatatttttcgggttggaagttttgt 33251994  T
Q  419 caatcttcactctgtcccacttccttttttcaaggcaactttggggaaattgatattcagatcgttggaattgatatgagaattgaaaaagaaaggacat 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33251995 caatcttcactctgtcccacttccttttttcaaggcaagtttggggaaattgaaattcagatcgttggaattgatatgagaattgaaaaagaaaggacat 33252094  T
Q  519 tattgtttggaatattagaaccaaaaatatctgtctaatagaaaatcttcttaaattgtgttcttgattgggctacccccaataagcttatttggttgga 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  33252095 tattgtttggaatattagaaccaaaaatatctgtctaatagaaaatcttcttaaattgtgttcttgattgggctaagcccaataagcttatttggttgga 33252194  T
Q  619 ctaagcccaataagctaaaagattgggtcgcttctcaacatgttaggatgatgtaacaccggcacacttaaacgagttcagtggtctcgctggcgttaat 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  33252195 ctaagcccaataagctaaaagattgggtcgcttctcaacatgttaggatgatgtaacaccggcacacttaaacgagtttagtggtctcgctggcgtcaat 33252294  T
Q  719 caatgacaatcggacaatgatccattaataaaacttgatacaattcaacagactcgacatatttcacctcgaaaccacatgaaaacctaatgcaagttaa 818  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252295 caatgacaatcggaca-------attaataaaacttgatacaattcaacaggctcaacatatttcacctcgaaaccacatgaaaacctaatgcaagttaa 33252387  T
Q  819 aggtgcactacttttaacccttaaaattccacacatttgatcacaaactaatttgaccgcaagagtatttgcaaaaacatcatcccctttgagcaactac 918  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  33252388 aggtgcattacttttaacccttaaaattccacacatttgatcacaaactaatttgaccgcaagagtatttgcagaaacatcatcccctttgagcaactat 33252487  T
Q  919 tgtcatcctccctatgctactac 941  Q
    |||||||||||| ||||| ||||    
T  33252488 tgtcatcctccccatgcttctac 33252510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University