View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6089_low_11 (Length: 241)

Name: NF6089_low_11
Description: NF6089
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6089_low_11
NF6089_low_11
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-232)||(37214073-37214304)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-232)||(45164944-45165175)
chr4 (49-232)||(14024948-14025131)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-232)||(2407069-2407300)
chr1 (49-232)||(2792555-2792738)
chr1 (49-232)||(14473591-14473774)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (135-232)||(8533467-8533564)
chr3 (1-128)||(8533607-8533734)
chr3 (49-232)||(5380061-5380244)
chr3 (49-205)||(13719828-13719984)
chr3 (49-128)||(4101692-4101771)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (49-232)||(26243-26426)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (49-232)||(89663-89846)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (49-232)||(11714517-11714700)
chr7 (49-207)||(11710180-11710338)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (49-207)||(32706191-32706349)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 37214304 - 37214073
Alignment:
Q  1 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37214304 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttt 37214205  T
Q  101 taatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37214204 taatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 37214105  T
Q  201 gtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37214104 gtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 37214073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 45165175 - 45164944
Alignment:
Q  1 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45165175 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctgtaagtggggtggcaatcgagctaaagtttt 45165076  T
Q  101 taatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45165075 taatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 45164976  T
Q  201 gtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45164975 gtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 45164944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14025131 - 14024948
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  14025131 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggtagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 14025032  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| ||||||||||  || ||| |||||||||| ||||    
T  14025031 catgaaatgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaacttgaataccttcagcagtgattatgt 14024948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Original strand, 2407069 - 2407300
Alignment:
Q  1 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  2407069 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcagaccacctaaatttatctcctttgatgcattctgtaagtggggtggaaactgagataaagtttt 2407168  T
Q  101 taatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 200  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2407169 taatgaaccttttgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatgtcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgg 2407268  T
Q  201 gtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2407269 gtcaacttttattcctctagcagtgatgatgt 2407300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Original strand, 2792555 - 2792738
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || |  ||||| || | ||    
T  2792555 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatagaaacttctcacat 2792654  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  2792655 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 2792738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Original strand, 14473591 - 14473774
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || |||||| | ||||  |    
T  14473591 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatgaaaatttcttacgt 14473690  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||| ||| | ||||| || ||||| || |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  14473691 catgaattgacttgggaataggccaactattgatggcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 14473774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 135 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 8533564 - 8533467
Alignment:
Q  135 aaaactccttatatcatggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  8533564 aaaactccttatatcatgaacatactttggagttgaccaattgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttatgccttcaacagtgatgatgt 8533467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8533734 - 8533607
Alignment:
Q  1 ttcttaagttccttaaagctcttatcagcttcttcggaccacctaaatttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttt 100  Q
    ||||| ||||||| |||| ||||||  |||||||| ||||| || | ||| |||| ||||||||||| | |||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  8533734 ttctttagttcctcaaagttcttattggcttcttctgaccatctgattttctctcttttgatgcattatgtaagaggggcggcaatcgagctaaagtttt 8533635  T
Q  101 taatgaaccttctgtagaaagaagctaa 128  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8533634 taatgaaccttttgtagaaagaagctaa 8533607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Original strand, 5380061 - 5380244
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  5380061 ttatccccttttatgcaatctgtaagtggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 5380160  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  5380161 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 5380244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 205
Target Start/End: Original strand, 13719828 - 13719984
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || | |||| | || | ||    
T  13719828 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccataaaaaattctaacat 13719927  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaa 205  Q
    |||| |  ||||| ||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||    
T  13719928 catgaattgacttaggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctagggtcaa 13719984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 4101771 - 4101692
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaa 128  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||  ||||| || |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||    
T  4101771 ttatctccttttatgcaatctgtaagtggggcagcaacagaactaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaa 4101692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Original strand, 26243 - 26426
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  26243 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 26342  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  26343 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 26426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 89846 - 89663
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  89846 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 89747  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  89746 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 89663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11714700 - 11714517
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  11714700 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 11714601  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaacttttattcctccagcagtgatgatgt 232  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||   || ||| |||||||||| ||||    
T  11714600 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgctggggtcaactcgaataccttcagcagtgattatgt 11714517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 11710338 - 11710180
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  11710338 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 11710239  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaact 207  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  11710238 catgaattgactttggaataggccacctattgatagcctcaaccttgctggggtcaact 11710180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 32706349 - 32706191
Alignment:
Q  49 ttatctcctttgatgcattctataagtggggtggcaaccgagctaaagtttttaatgaaccttctgtagaaagaagctaagccgtgaaaactccttatat 148  Q
    |||||||| || ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| || | ||    
T  32706349 ttatctccctttatgcaatctgtaagcggggcagcaacagagctaaagttcttgatgaaccttctataaaatgaagctaatccatggaaacttctcacat 32706250  T
Q  149 catggacagactttggagttggccagctgttgatagcttcaatcttgcttgggtcaact 207  Q
    |||| |  ||||||||| | ||||| || |||||||| |||| |||| | |||||||||    
T  32706249 catgaattgactttggaataggccaactattgatagcctcaaccttgttggggtcaact 32706191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University