View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6102_low_1 (Length: 876)

Name: NF6102_low_1
Description: NF6102
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6102_low_1
NF6102_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (54-860)||(47350313-47351119)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 47351119 - 47350313
Alignment:
Q  54 ggttatgctctaattcgtcaagaatgtaaaactttttacatgtataaaaattgatctctagttattatgtataactactagaactgtttttgttgaatca 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  47351119 ggttatgctctaattcgtcaagaatgtaaaactttttacatgtataaaaattgatctctagttattatgtataactactaaaattgtttttgttggatca 47351020  T
Q  154 aattcttatatgagtgttggttgatatcttttggtgttaacccttcgattcctaaagaagaaagattctaataatttaaaattcgaccagaaagtaaata 253  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  47351019 aattcttatgtgagtcttgtttgatattttttgatgttaacccttcgattcctaaaagagaaatattctaataatttaaaattcgaccggaaagtaaata 47350920  T
Q  254 aagtcacaaccaaaattttatttgattctcctaaacaattactaatactttagtggagcttaatgttggctgatatgaaacccatttggagtattagttc 353  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47350919 aagtcacaaacaaaattttatttgattctcctaaacaattactaatactttagtggagcttaatgttggctgatatgaaacccatttggagtattagttc 47350820  T
Q  354 taatattatgcctaattttgtagttgaatttggacggtcaagatgagaaaatttgaattggtagatttagctgagaatgaaaggcattttcattggagct 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47350819 taatattatgcctaattttgtagttgaatttggacggtcaagatgagaaaatttgaattggtagatttagctgagaatgaaaggcattttcattggagct 47350720  T
Q  454 gggattcatgagctacgcttagccgaagttagtatgatggctcttgaagaaaccactctcttccaacattgttttagttgaaggtcacagtttgttcatt 553  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47350719 gggattcatgagctacgcttagctgaagttagtatgatggctcttgaagaaaccactctcttccaacattgttttagttgaaggtcacagtttgttcatt 47350620  T
Q  554 ttttaacgtcccattaaattgatgcaagggagaatcctgtcaaataaattttggcagtacaaaacttgttactgtagaattatataaaatggaccgagag 653  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47350619 ttttaacgtcccattaaattgatgcaagggagaatcctgtcaaataaattttggcagtacaaaacttgttactgtagaattaaataaaatggaccgagag 47350520  T
Q  654 tgttggtagatctagaagccagcagttcattgaagcattcattataaagttcaacgtttctctacttgtcaccaacttgtcacgcacaagataaatgata 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47350519 tgttggtagatctagaagccagcagttcattgaagcattcattataaagttcaacgtttctctacttgtgaccaacttgtcacgcacaagataaatgata 47350420  T
Q  754 aatgcgtagactttttcgttaaatcattaagcaactcgaatttaattgaaagcaaaaagaaaagccacaaggtggatattattcacggaacaatcttgta 853  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  47350419 aatgcatagactttttcgttaaatcattaagcaactcgaatttaattgaaagcaaaaagaaaagccacaacgtggatattattcacggaacaatcttgta 47350320  T
Q  854 agctctg 860  Q
    |||||||    
T  47350319 agctctg 47350313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University