View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6107_high_1 (Length: 474)

Name: NF6107_high_1
Description: NF6107
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6107_high_1
NF6107_high_1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (13-454)||(25434475-25434916)
chr6 (17-441)||(25442396-25442820)
chr6 (24-438)||(25322021-25322438)
chr6 (24-438)||(26151714-26152131)
chr6 (17-415)||(25324542-25324943)
chr6 (17-415)||(26154235-26154636)
chr6 (17-292)||(25989525-25989800)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 25434916 - 25434475
Alignment:
Q  13 gcagaacctgtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaag 112  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25434916 gcagaaccggtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcctaag 25434817  T
Q  113 acgtgtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgt 212  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25434816 acgcgtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgt 25434717  T
Q  213 ccttgatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25434716 ccttgatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttgg 25434617  T
Q  313 ggtttcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataagttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgct 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25434616 ggtttcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataagttgttgtttgtgagattgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgct 25434517  T
Q  413 tgaaggggatactattatccaaaagacgaagattgtaattac 454  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25434516 tgaaggggagactattatccaaaagacgatgattgtaattac 25434475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 17 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 25442820 - 25442396
Alignment:
Q  17 aacctgtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgt 116  Q
    |||| |||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  25442820 aaccggtggcttaaaccgaccacttttataaaagctaccaaacttagctctaattcgaaaatcaaaatcaacagccaaatcgttataaatcccaagacgc 25442721  T
Q  117 gtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtcctt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25442720 gtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatggtagcatttcctttaaattctacaggtccaagaaaagtggtattcttgtgtcctt 25442621  T
Q  217 gatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtt 316  Q
    |||||||||| | |||| |   | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25442620 gatcaaagggagacaaactcgcacgactgaaatcattgtctttgtaccaggcaatcgcggtgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtt 25442521  T
Q  317 tcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataagttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgcttgaa 416  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||     
T  25442520 tcttgctgtgatattcactttgaaattgtaaaataagttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagatgcatcagttacgtgaaatttcacgcttgag 25442421  T
Q  417 ggggatactattatccaaaagacga 441  Q
    ||||| | || |||||| |||||||    
T  25442420 ggggagattactatccagaagacga 25442396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 24 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25322438 - 25322021
Alignment:
Q  24 ggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgtgtctctt 123  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||  ||||||    
T  25322438 ggattaaaccgaccactcttgtaaaagcttccaaacttagctctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgcctctctt 25322339  T
Q  124 cagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaa 223  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  25322338 caaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaa 25322239  T
Q  224 gggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgct 323  Q
     ||||||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | ||    
T  25322238 cggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtact 25322139  T
Q  324 gtgacattcactttgaaattgtaatataa---gttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgcttgaagggg 420  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || ||   |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  25322138 gtgacattgactttcaaattgtagtacaaggtgttgttgtttgtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgaggggg 25322039  T
Q  421 atactattatccaaaaga 438  Q
    | | || |||||| ||||    
T  25322038 agattactatccagaaga 25322021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 24 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 26152131 - 26151714
Alignment:
Q  24 ggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgtgtctctt 123  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||  ||||||    
T  26152131 ggattaaaccgaccactcttgtaaaagcttccaaacttagctctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgcctctctt 26152032  T
Q  124 cagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaa 223  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  26152031 caaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaa 26151932  T
Q  224 gggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgct 323  Q
     ||||||||| | | || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | ||    
T  26151931 cggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtact 26151832  T
Q  324 gtgacattcactttgaaattgtaatataa---gttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgcttgaagggg 420  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || ||   |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  26151831 gtgacattgactttcaaattgtagtacaaggtgttgttgtttgtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgaggggg 26151732  T
Q  421 atactattatccaaaaga 438  Q
    | | || |||||| ||||    
T  26151731 agattactatccagaaga 26151714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 415
Target Start/End: Original strand, 25324542 - 25324943
Alignment:
Q  17 aacctgtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgt 116  Q
    |||| ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |    
T  25324542 aaccggtgtattaaatcgaccacttttataaaagcttccaaacttcgctctaattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccgagactt 25324641  T
Q  117 gtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtcctt 216  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || |||||   || ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  25324642 ctctcttcaaaatactcgtcaagttgtttacgtcctagattgatcttagtattccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtcctt 25324741  T
Q  217 gatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtt 316  Q
    ||||||| ||||||||| | | || ||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25324742 gatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattatctttgtaccaagaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtt 25324841  T
Q  317 tcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataag---ttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgctt 413  Q
    || |  ||||||||| ||||||||||| || ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||||    
T  25324842 tcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggtattgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgctt 25324941  T
Q  414 ga 415  Q
    ||    
T  25324942 ga 25324943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 415
Target Start/End: Original strand, 26154235 - 26154636
Alignment:
Q  17 aacctgtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgt 116  Q
    |||| ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |    
T  26154235 aaccggtgtattaaatcgaccacttttataaaagcttccaaacttcgctctaattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccgagactt 26154334  T
Q  117 gtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtcctt 216  Q
     |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || |||||   || ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  26154335 ctctcttcaaaatactcgtcaagttgtttacgtcctagattgatcttagtattccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtcctt 26154434  T
Q  217 gatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtt 316  Q
    ||||||| ||||||||| | | || ||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26154435 gatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattatctttgtaccaagaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtt 26154534  T
Q  317 tcttgctgtgacattcactttgaaattgtaatataag---ttgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgctt 413  Q
    || |  ||||||||| ||||||||||| || ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||||    
T  26154535 tcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggtattgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgctt 26154634  T
Q  414 ga 415  Q
    ||    
T  26154635 ga 26154636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 25989800 - 25989525
Alignment:
Q  17 aacctgtggattaaaccgaccactcttatagaagcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcccaagacgt 116  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||     
T  25989800 aaccggtggattaaaccgaccactcttataaaagcttccaaacttagctctaattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgc 25989701  T
Q  117 gtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtcctt 216  Q
     |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||   || |||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  25989700 ctctcttcaaaatactcgtcaagttcttgacgtccaagattgatcctagtatttcctttaaactctataggttcaagaaatgttgtattcttgtgtcctt 25989601  T
Q  217 gatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaatcattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataata 292  Q
    |||| || ||||||||| | | || ||| ||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||| |||||    
T  25989600 gatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccgagcaatcacagtgattcttcggtaata 25989525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University