View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF6116_low_2 (Length: 360)

Name: NF6116_low_2
Description: NF6116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF6116_low_2
NF6116_low_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (102-341)||(19158345-19158582)
chr2 (3-101)||(13922185-13922283)
chr2 (1-98)||(11828960-11829057)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (3-103)||(49786391-49786491)
chr3 (3-104)||(47940823-47940924)
chr3 (3-101)||(8152977-8153077)
chr3 (3-101)||(8436897-8436995)
chr3 (3-101)||(29836771-29836868)
chr3 (3-95)||(48778974-48779066)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (3-101)||(20186842-20186940)
chr1 (3-101)||(30339636-30339734)
chr1 (3-106)||(51787267-51787370)
chr1 (13-95)||(9672981-9673062)
chr1 (3-107)||(43740408-43740512)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (3-107)||(2286452-2286556)
chr7 (3-103)||(11765705-11765805)
chr7 (3-101)||(496683-496781)
chr7 (3-101)||(48057700-48057798)
chr7 (3-101)||(25185934-25186032)
chr7 (3-94)||(23844642-23844733)
chr7 (3-101)||(42535215-42535313)
chr7 (5-102)||(7527267-7527364)
chr7 (3-107)||(31427261-31427367)
chr7 (5-101)||(40855154-40855251)
chr7 (39-105)||(4649474-4649540)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (3-101)||(25955961-25956059)
chr5 (3-100)||(38280274-38280371)
chr5 (3-101)||(42250116-42250214)
chr5 (3-102)||(1501370-1501469)
chr5 (3-107)||(7886349-7886453)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (3-106)||(52055149-52055252)
chr4 (3-101)||(1158256-1158354)
chr4 (3-81)||(49866670-49866748)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (3-101)||(4076945-4077043)
chr8 (3-96)||(3780360-3780453)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (3-101)||(33594520-33594618)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 102 - 341
Target Start/End: Original strand, 19158345 - 19158582
Alignment:
Q  102 atatttggagtgacaatattcaatgtggtgtttgtggagtgatgttcaagacctgcaatttcaatatctaaacttttaagccaaaatcggcatataaaga 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||    
T  19158345 atatatggagtgacaatattcaatgtggtat--gtggagtgatgttcaagaccggcaatttcaatgtctaaacttttaagcaaaaatcgatgtataaaga 19158442  T
Q  202 catcgatcgcaataacaactaacatctcaactacgttaacgccatattcgatccaaatacatttgatttgatctctttgcgatttaagcttatatattaa 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19158443 catcgatcgcaataacaactaacatctcaactacgttaacgccatatttgatccaaatacatttgatttgatctctttgcgatttaagcttatatattaa 19158542  T
Q  302 ggatcacattgttatccaattcaaaatcttgcacctaaag 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19158543 ggatcacattgttatccaattcaaaatcttgcacctaaag 19158582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13922283 - 13922185
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  13922283 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccactc 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 11829057 - 11828960
Alignment:
Q  1 ggagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcacca 98  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  11829057 ggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 49786491 - 49786391
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  49786491 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccgctca 49786392  T
Q  103 t 103  Q
    |    
T  49786391 t 49786391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 47940924 - 47940823
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||    
T  47940924 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactactca 47940825  T
Q  103 ta 104  Q
    ||    
T  47940824 ta 47940823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 8153077 - 8152977
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgc--atgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||    
T  8153077 agagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgtgcatatgtatcaccact 8152978  T
Q  101 c 101  Q
    |    
T  8152977 c 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 8436897 - 8436995
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  8436897 agagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgtacatatatcaccactc 8436995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 29836771 - 29836868
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29836771 agagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccactc 29836868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 95
Target Start/End: Original strand, 48778974 - 48779066
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatca 95  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48778974 agagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 20186842 - 20186940
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20186842 agagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccactc 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 30339734 - 30339636
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30339734 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 51787370 - 51787267
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||     
T  51787370 agagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccactct 51787271  T
Q  103 tatt 106  Q
    ||||    
T  51787270 tatt 51787267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 95
Target Start/End: Original strand, 9672981 - 9673062
Alignment:
Q  13 agtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatca 95  Q
    |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  9672981 agtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtgtacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 3 - 107
Target Start/End: Original strand, 43740408 - 43740512
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||  | |||||| ||| |||| ||||||||||     
T  43740408 agagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccactcg 43740507  T
Q  103 tattt 107  Q
    |||||    
T  43740508 tattt 43740512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 2286556 - 2286452
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||    
T  2286556 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgtgcatgtatcactactca 2286457  T
Q  103 tattt 107  Q
    |||||    
T  2286456 tattt 2286452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 3 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 11765805 - 11765705
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  11765805 agagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccactca 11765706  T
Q  103 t 103  Q
    |    
T  11765705 t 11765705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 496781 - 496683
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  496781 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcaccactc 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 48057700 - 48057798
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48057700 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccactc 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 25185934 - 25186032
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  25185934 agagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtgcatgcatcaccactc 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 3 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 23844733 - 23844642
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatc 94  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  23844733 agagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgtgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 42535215 - 42535313
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    |||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||    
T  42535215 agagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgtacatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 5 - 102
Target Start/End: Original strand, 7527267 - 7527364
Alignment:
Q  5 agagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||||| ||||    
T  7527267 agagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatatgcatgtatcacccctca 7527364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 107
Target Start/End: Original strand, 31427261 - 31427367
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatgggtgtgcatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |||||| |||||||||| | |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31427261 agagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggatgtgcatgtatcaccact 31427360  T
Q  101 catattt 107  Q
    |||||||    
T  31427361 catattt 31427367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 101
Target Start/End: Original strand, 40855154 - 40855251
Alignment:
Q  5 agagacaaagtgtttgtggggtctaggac-acatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||| |||| |||||    
T  40855154 agagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggatatgcatgcatcatcactc 40855251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 105
Target Start/End: Original strand, 4649474 - 4649540
Alignment:
Q  39 tcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactcatat 105  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||  | ||||| |||||||||||||||    
T  4649474 tcacatatttatgtggagttttaaatgtgtatgccacttatgaatttgcatctatcaccactcatat 4649540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 25955961 - 25956059
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25955961 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccactc 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 100
Target Start/End: Original strand, 38280274 - 38280371
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  38280274 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgtacatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 42250214 - 42250116
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  42250214 agagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgtgcatgtatcaccactc 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 3 - 102
Target Start/End: Original strand, 1501370 - 1501469
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  1501370 agagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatctgcatgtatcaccactca 1501469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 3 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 7886453 - 7886349
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||| | | |||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |||||||||||    
T  7886453 agagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaatcaccactca 7886354  T
Q  103 tattt 107  Q
    |||||    
T  7886353 tattt 7886349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 3 - 106
Target Start/End: Original strand, 52055149 - 52055252
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||     
T  52055149 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccactct 52055248  T
Q  103 tatt 106  Q
    ||||    
T  52055249 tatt 52055252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 1158256 - 1158354
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  |||| | ||||||||||||| |||||    
T  1158256 agagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgtgcatgtatcatcactc 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 3 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 49866748 - 49866670
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgg 81  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866748 agagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 4076945 - 4077043
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4076945 agagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtatgcatgtatcatcactc 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 3 - 96
Target Start/End: Original strand, 3780360 - 3780453
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcac 96  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  3780360 agagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgtacatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 3 - 101
Target Start/End: Original strand, 33594520 - 33594618
Alignment:
Q  3 agagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccactc 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  33594520 agagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgtgcatgtatcactactc 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University